Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) - FBMC

6) Clickear sobre el nombre del primer componente,
observar el gráfico detallado de ese componente.
6.1) Registrar qué ILs tienen aumentado o disminuido
el nivel. Hacer lo mismo para cada
componente de la neurona 7.
6.2) Registrar la primer anotación que surge de
cada metabolito o transcripto en la ventana
inferior del omeSOM.
7) Abrir la solapa “Search pattern”. Buscar alguno
de los componentes de la neurona 7 por nombre
del metabolito y por nombre del transcriptos.
7.1) Registrar en qué neurona están localizados
los componentes, es más de una? Por qué?
Cerrar el *omesom (cerrando el MATLAB se
cierra todo)
Genómica Aplicada
Verano 2012
8) Abrir un navegador y pegar el URL obtenido en 7) para uno de los metabolitos
8.1) registrar en qué via metabólica está involucrado el componente. Repetir el procedimiento para todos los
metabolitos de la neurona 7.
9) Ir al sitio: http://www.genome.jp
Seleccionar en el casillero “search” la base de datos “Chemical reaction: KEGG ENZYME”. Copiar la descripción del
trancripto, por ej (para LE9H17): glutathione S-transferase. Aparece en la pantalla:
Clickear sobre el
código EC de la
enzima. Aparece
una descripción
detallada de la misma.
Clickear sobre
el primer código de
la seccion Pathway (ec00480). Aparece la via metabólica donde está involucrada la enzima:
9.1) Observar si algún paso de esta vía se
encuentra relacionada con alguna vía registrada
en 9.1) repetir el procedimiento para
todos los transcriptos de la neurona 7
10) Observar qué ILs son las que presentan
alterados los metabolitos y transcriptos.
¿Podría elegir alguna IL que muestre covariacion
entre componentes de una misma
vía? ¿Cuál?
Cuestionario:
1) ¿Qué limitaciones tiene esta aproximación
experimental en cuanto a las conclusiones que
se deducen después de establecer las asociaciones?
2) ¿Qué información previa y tecnologías establecidas
se requieren para utilizar esta herramienta?
¿Se requiere, por ejemplo, que los
genomas de las especies analizadas estén totalmente
secuenciados?
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