Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) - FBMC

“Results” podremos ver cada metabolito y la comparación de espectros.
Ordenar la tabla que aparece arriba a la izquierda ubicando primero la columna
“select” luego “time group” y finalmente “Name analyte”; estos son los datos
que van a ocuparnos para seleccionar los metabolitos.
Ir mirando espectro por espectro (molécula por molécula), revisar los espectros
(las barras rojas corresponden al espectro de la biblioteca y las azules al de las
muestras que estamos analizando) y los tiempos esperados de salida “time expected”.
Observar que hay varias opciones de visualización de espectros, las que
superpone ambos es la más informativa. Seleccionar los metabolitos con los mejores
espectros. Luego de revisar toda la lista de metabolitos y haber selecciona-
Genómica Aplicada
Verano 2012
do los mejores, debemos exportarlos presionando el ícono , nombrar el archivo
como “target results” + el nombre de usuario (.txt) y guardarlo en la carpeta
del wsp. Ya tenemos nuestra lista de moléculas identificadas !
27) Perfiles metabólicos y estadística
27.1) El archivo obtenido contiene todos los datos espectrales de cada metabolito, además de una valoración de si la
comparación resulta verdadera o no; muchas veces un espectro puede parecer muy bueno, pero luego algunas de las
masas más importantes no aparecen. Entonces debemos refinar nuestro análisis.
27.2) Abrir el archivo obtenido en Excel, activar filtros para las columnas y seleccionar aquellos metabolitos con
“true” para las columnas A y B; trabajaremos sobre estos metabolitos. Y vamos a centrarnos en las columnas D
(Analyte name), P (tag mass) y W (time group).
27.3) Como puede observarse el nombre de cada metabolito esta repetido muchas veces asociado a un mismo time
group, pero con distintas tag mass; esto representa las masas seleccionadas como “específicas” para ese metabolito.
Para cuantificarlo debemos elegir sólo una masa y para ello vamos a utilizar la tabla que les entregará el docente, con
las masas que se utilizan para este fin. Pero además vamos a verificar que las intensidades de las distintas masas correlacionan
(haciendo gráficos de dispersión), asegurándonos que se trata de un metabolito y que no hay contaminación o
co-elución de compuestos (si esto sucediera, y no existen masas únicas para cada metabolito, el o los compuestos no
pueden ser cuantificados y deben eliminarse del análisis).
27.4) Si algún metabolito aparece en más de un time group, debemos evaluar el tiempo de salida y su espectro (volviendo
al TagFinder; en esta parte del análisis es recomendable tener el TagFinder abierto como lo dejamos al final del
punto v) y seleccionar el mejor.
27.5) Debemos ubicar el estándar interno “Ribitol” (que usaremos para standarizar los datos) y seleccionar la masa
319.
27.6) Una vez que seleccionamos todas las masas, de todos los metabolitos y eliminamos aquellos que no podemos
analizar; procedemos a estandarizar los datos. Copiar las masas seleccionadas en una nueva hoja (dejar sólo los nom-
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