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Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) - FBMC

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G<strong>en</strong>ómica Aplicada<br />

Verano 2012<br />

Seleccionar el directorio don<strong>de</strong> se guarda el archivo con los tags, hacerlo <strong>en</strong> el directorio <strong>de</strong>l wsp; poner el nombre <strong>de</strong>l<br />

usuario con ext<strong>en</strong>sión .tab. A<strong>de</strong>más, <strong>de</strong>be seña<strong>la</strong>rse <strong>la</strong> sample list utilizada para <strong>de</strong>finir <strong>la</strong>s muestras.<br />

Una vez <strong>de</strong>finidos TODOS los parámetros, presionar “Apply” (se pued<strong>en</strong> salvar estos parámetros para usos posterio-<br />

res); ir al m<strong>en</strong>ú TAGFINDER y seleccionar “Run” o presionar el ícono .<br />

Ahora ya t<strong>en</strong>emos nuestra matriz <strong>de</strong> datos con todos los tags <strong>en</strong>contrados <strong>en</strong> nuestra muestra. Ahora <strong>de</strong>bemos id<strong>en</strong>tificar<br />

los compuestos y obt<strong>en</strong>er, finalm<strong>en</strong>te, <strong>la</strong> lista <strong>de</strong> metabolitos id<strong>en</strong>tificados.<br />

Nombre y<br />

ubicación<br />

<strong>de</strong>l archivo<br />

<strong>de</strong> salida<br />

Sample list<br />

26) Id<strong>en</strong>tificación <strong>de</strong> los tags<br />

Id<strong>en</strong>tificar los tags, implica comparar <strong>la</strong> información <strong>de</strong> los espectros y RI con datos <strong>de</strong> bibliotecas <strong>de</strong> metabolitos. Ir<br />

al m<strong>en</strong>ú TOOLS (o ícono correspondi<strong>en</strong>te) y elegir <strong>la</strong> herrami<strong>en</strong>ta “pbuil<strong>de</strong>r.TargetFin<strong>de</strong>rPane” Run!.<br />

Se abre una nueva v<strong>en</strong>tana con una nueva barra <strong>de</strong> m<strong>en</strong>ú:<br />

26.1) En primer lugar <strong>de</strong>bemos elegir qué biblioteca <strong>de</strong> metabolitos vamos a usar, para ello ir al m<strong>en</strong>ú FILE y seleccionar<br />

“op<strong>en</strong>”. Buscar al carpeta “target_search_lists” (d<strong>en</strong>tro <strong>de</strong> <strong>la</strong> carpeta TagFin<strong>de</strong>r) y elegir “TFLIB (Version_20070220_05)_AFE_FEMS-Alexan<strong>de</strong>r-PHuc.txt”,<br />

esta es nuestra biblioteca <strong>de</strong> metabolitos, que aparecerá ahora<br />

<strong>en</strong> <strong>la</strong> v<strong>en</strong>tana <strong>de</strong>l programa.<br />

26.2) En segundo lugar <strong>de</strong>bemos cargar <strong>la</strong> matriz <strong>de</strong> datos que hemos g<strong>en</strong>erado con todos nuestros tags (archivo .tab),<br />

para ello ir al m<strong>en</strong>ú FIND TARGETS y seleccionar “Load Tags”, elegir <strong>la</strong> matriz <strong>de</strong> datos OPEN!<br />

Por último <strong>de</strong>bemos <strong>de</strong>finir los parámetros <strong>de</strong> comparación, ir al m<strong>en</strong>ú FIND TARGETS y seleccionar “Setup Target<br />

Fin<strong>de</strong>r”, aparece una nueva v<strong>en</strong>tana:<br />

Utilizar los parámetros que figuran <strong>en</strong> <strong>la</strong> figura; pue<strong>de</strong> testearse primero un valor <strong>de</strong> 5 para “Min Matching Mass<br />

Pairs” y ver cuántos resultados <strong>en</strong>cu<strong>en</strong>tra. Una vez <strong>de</strong>finidos los parámetros presionar OK!<br />

Ir al m<strong>en</strong>ú EDIT, seleccionar “Select All”, aparecerá toda <strong>la</strong> biblioteca seleccionada; ir a FIND TARGETS y seleccionar<br />

“Find Targets” Listo!!!! El número <strong>de</strong> tags <strong>en</strong>contrados aparece <strong>en</strong> <strong>la</strong> parte inferior <strong>de</strong> <strong>la</strong> v<strong>en</strong>tana. En <strong>la</strong> so<strong>la</strong>pa<br />

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