Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) - FBMC

Genómica Aplicada
Verano 2012
20.2) Ahora debemos definir los parámetros con los
cuales va a realizar la búsqueda de los picos
Utilizar los valores sugeridos en el cuadro de arriba. El parámetro
más crítico en este punto es “Low Intensity Threshold”,
y está relacionado con el ruido de los cromatogramas;
si el ruido es muy bajo (>50), utilizar un valor de threshold de
50 o 100; este valor es empírico para cada caso y se obtiene
testeando distintos valores: la idea es que los archivos .txt no
sean demasiado pesados porque ralentizan muchísimo el análisis
posterior. Como norma general, cuanto menor es el valor
de threshold utilizado, mayor es el tamaño de los archivos .txt
generados (incluyen más información). Lo esperado es obtener
archivos .txt con un tamaño entre 100-300 KB.
Seleccionar en “Output Path” el directorio donde se guardan
los archivos .txt (que será el wsp donde estamos trabajando).
Presionar “Add” y seleccionar los archivos .cdf que
vamos a convertir. Finalmente OK! Esta operación demora
unos segundos, revisar el tamaño de los archivos .txt
obtenidos, de ser necesario repetir la búsqueda de picos con
nuevos parámetros!
21) Importar espectros. Una vez que los picos fueron hallados
por el programa y convertidos .txt, debemos importar la
información para poder analizarla.
21.1) En el menú TAG FINDER, seleccionar la opción
“Import” (o bien presionar el ícono ). Se abre un cuadro de diálogo donde debemos seleccionar los parámetros
para importar archivos:
Solapas
Ventana de resultados
Utilizar los valores que figuran en el cuadro de arriba; “omit fragments with intensity lower than” es el parámetro
crítico y nuevamente define los datos que serán excluidos; este valor también hace referencia al ruido de nuestros datos
y se determina en forma experimental. Para los datos generados con nuestro GC-MS, el valor de 400 dio los mejores
resultados en cuanto a tiempo de análisis y cantidad de tags detectados. Menores valores ralentizan el análisis y no
redundan en una mayor calidad ni cantidad de información. Los parámetros de tiempo se refieren al lapso de corrida
que se desea importar, los va-lores usados indican que se importa la corrida completa.
Es necesario ahora, indicar los datos que van a ser importados; presionar “File…“ y seleccionar todos los archivos .txt
generados OK! Esta operación puede demorar unos minutos, el tiempo varía en función de la cantidad de archivos
que se desea importar y el valor de “omit fragments with intensity lower than” que hayamos utilizado. El programa
genera dos archivos spectra.tf y samples.tf (en la carpeta de nuestro wsp), que serán utilizados para los análisis posteriores.
Estos archivos NO pueden renombrarse y si decidimos volver a importar los .txt, los archivos se reemplazan,
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