Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) - FBMC

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Paniego N, Heinz R, Fernandez P, Lew S, Hopp HE 2004. Análisis informático de secuencias moleculares- "Biotecnología y Mejoramiento Vegetal" - V. Echenique, C. Rubinstein y L. Mroginski (Eds), Argen Bio /INTA, Buenso Aires, Argentina - Vol. 1. pp 239-254 Papadopoulos JS and Agarwala R. 2007. COBALT: COnstraint Based ALignment Tool for Multiple Protein Sequences. Bioinformatics, doi:10.1093/bioinformatics/btm076 Thompson JD, Higgins DG y Gibson TJ 1994. CLUSTAL W improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting position specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22: 4673-4680 TP 4: Bioinformática Tutorial bases de datos Ana Distéfano, Paula Fernández, Norma Paniego Tutorial bases de datos 1) Uso de ENTREZ a) Utilizando ENTREZ, encontrá cuántas proteínas humanas tienen un dominio WAP Tipear human [orgn] AND WAP domain b) Acotar la búsqueda para encontrar cuantas proteínas con este tipo de dominio están localizadas en el cromosoma 20. Usar el buscador en la página principal de ENTREZ y tipear: 20 [chromosome] or [chr] AND human [organism] or [orgn] and WAP domain. 2) Estamos trabajando con el cDNA AF217525. Utilizá ENTREZ para obtener la secuencia FASTA y encontrar la siguiente información: a) ¿Cuál gen está codificado por este cDNA? b) ¿Cuántos aminoácidos tiene la traducción? c) ¿Cuáles son los IDs de RefSeqs y confirmar si el gen fue manual o automáticamente curado (NM o XM)? d) ¿Qué dominios Pfam contiene la proteína? e) Utilizando NCBI Blast, ¿cuál es el número de acceso manualmente curado por RefSeq que tiene una identidad del 100% a este cDNA? ¿Por qué hay un gap en el match contra sí mismo? f) ¿Cuál es el número de acceso de RefSeq y el cDNA que tiene mejor similitud con ratón? URLs Entrez: http://www.ncbi.nlm.nih.gob./Entrez/ Blast searches: http://www.ncbi.nlm.nih.gob./BLAST Tutorial BLAST Objetivo Familiarizarse con el uso de herramientas bioinformáticas y consulta de bases de datos disponibles a través de internet, empleadas frecuentemente en el estudio molecular de genomas virales. Desarrollo Se analizarán cuatro clones obtenidos a partir de una genoteca del MRCV, estudiando el nivel de identidad con otras secuencias depositadas en bases de datos públicas y ubicando la posición de los clones en el genoma del virus. 1. Identificar la carpeta Practica bioinformática en el Escritorio de la computadora. Abrirla y localizar los archivos Clon A.txt, clon B.txt, clon C.txt, clon D.txt, allí se encuentran la secuencia de cuatro clones correspondiente a la genoteca del MRCV. Abrir dichos archivos con el block de notas, WordPad o Word. 2. Buscar en la base de datos Genbank utilizando el programa BLAST la identidad de los cuatro clones. A la secuencia enviada, la denominaremos secuencia query. Para ello acceder a través de la página del National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi, Seleccionar Nucleotide blast (blastn). 3. Copiar la secuencia de cada archivo y pegarla en la ventana del BLAST “enter query sequence”. En programme selection elegir “somewhat similar sequence (Blastn)”. Enviar búsqueda (click en “blast”). 4. Interpretar, analizar y discutir el resultado de las búsquedas con los docentes. Clon A CCCGTTCGGCAAAGTCACAGCGAAAGAAAAATTTCTTGATATTGAAAAGAATATGTTACAA- GTATGGCAGAATCAAGCTCTTAACTGAAAGCGAATACGCCTCCAAATTACTATTGAAAGAA- AGTGCTATGGATGGGATAATTGCCAATGCCGTTAGAGATTAGAAAAACATTATTTGGAGAA- ATACGGTTAACCACAGAAATAATTGAATCATAATTAAAAGACATTGCTTTAGTTCTCAA- TAATGCTAGCGATTTAATTTTAAAACTATTCGAAAACGACGGTGGTATTGAAAAATCTTGCAT- CATTCCAATTTCAGTAATTGAAAAAGACATTTTTGGCGTACTACATCCGATTG Clon B TTGAAAAAGACATTTTTGGCGTACTACATCCGATTGAAATCTTTGATTTTAATGCTTTT- GGTATCGATGAAGTTAACAATTTAGCTATAAATCCTAAAATCCGTTACCTGCCAAATT- GCATTGTTCAGAAATTTAGAGATACCATAGATAACTTAAAAGATGAAAGTTCATATGT- TAAAGCTAAATCATTGTCAAAAGAATATGGTATAGTTTGTAATTGAATGAAAAGACAATAGT- TAATTGGCGTAGATAGAATGTTTAATAAGTTAAGTATTCAGCATAGGTTTGGAACTTTTGAA- AGTCAAATGTTTAGAAGTTTTCTTATGAGGCAAATTCTTACAGAGGATCAGTCATATGTTAAT- TAACCAGAATGTGTCTCGAAGAAAAGTATTCAGAAGCGTGGTGTTGATACTGTTTGTTGGCAA- AATTTACGTGAAATTGTACATCATAATGGTTCCTTTCCATTTTATCATCATACACATAGTT- CAAATTTTGGAGTCTAAGATAGTACTCGTATTTCAATCCACACTGATAA Clon C Página 12 de 40
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