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suplir este inconveniente se establece un estudio
estadístico que estima las asociaciones o haplotipos
formados por alelos de diferentes loci.
El cálculo de haplotipos, su desequilibrio de
ligamiento, la frecuencia de los mismos y el valor
estadístico de significación p para cada asociación se
realizó mediante el programa informático Arlequin
(versión 1.1), que combina el algoritmo de expectaciónmaximización
(EM) con el método de máxima
probabilidad (maximum-likelihood, ML). Este es un
proceso iterativo que persigue estimados de máxima
probabilidad de frecuencias haplotípicas, obtenidos a
partir de datos genotípicos de varios loci cuando su
distribución gamética es desconocida. El principio del
algoritmo EM es el siguiente:
1) cálculo inicial aleatorio de frecuencias
haplotípicas.
2) uso de estos estimados para computar las
frecuencias genotípicas esperadas para cada
fenotipo, asumiendo el equilibrio de Hardy-
Weinberg (paso de expectación).
3) las frecuencias genotípicas relativas sirven como
pesos para los dos haplotipos que se constituyen
en un procedimiento de contaje génico, dando
lugar a nuevos estimados de frecuencias
haplotípicas (paso de maximización).
4) se repiten los pasos 2 y 3 hasta que las frecuencias
de los haplotipos alcanzan el equilibrio.
La probabilidad de los datos observados (Q) con las
frecuencias haplotípicas calculadas (r), viene dada por:
n gi
L (Q|r) = Σ Π Gij
i=1 j=1
donde la suma es sobre "n" individuos de la muestra y
el producto sobre todos los posibles genotipos.
Dos o más alelos de loci diferentes se consideran
asociados o en desequilibrio de ligamiento cuando
aparecen juntos en un mismo cromosoma con mayor
frecuencia de la que cabría esperar del producto de las
frecuencias génicas de los alelos implicados. El
desequilibrio de ligamiento (D) se define
matemáticamente como Dab=FHab-(FaxFb), donde
FHab es la frecuencia del haplotipo ab en la población,
Fa es la frecuencia alélica de a, y Fb es la frecuencia
alélica de b. Los haplotipos con D0 indican que los alelos que
componen los haplotipos tienden a formar estos y no
otros. Los haplotipos con valores de D>0 pueden a su
vez tener una probabilidad estadísticamente
significativa para un grado de libertad de p0) y p