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Eduardo Gómez Casado Material y Métodos 58 Tabla 7. Oligonucleótidos empleados en el oligotipaje del locus HLA-B. URSTO a Secuencia 5'!3' Localización Especificidades del grupo CG Especificidades del grupo TA 4 # CGG ATC GCG CTC CGC TAC 307-324 B*15(13,16,17,23,24),*2702,*4406,*4901,*57,*59 B*0803,*3801,*51,*52,*53,*58 5 # TAC CTG GAG GGC CTG TGC 547-564 B*1303,*15,*4005,*41,*44(-04),*45,*49,*50,*56,*57 B*35,*4802,*51,*52,*53,*58 6 # CAG AGG ATG TAT GGC TGC 358-375 B*1301,*15(02,13,16,20,21,25),*4004,*4101, B*35(-05,12),*4802,*5104,*53,*58 *44032,*45,*49,*50 7 # ACA CCC TCC AGA GGA TGT 350-367 B*15(-02,04,07,13,16,20,21,25)1801,*40(01,07),*4601, B*1522,*38,*39(-03,06),*67 *47,*5602 8 # CAG AGG ATG TTT GGC TGC 358-375 B*1506,*47 --- 10 # CTC ACA TCA TCC AGA GGA 347-364 B*1301,*15(02,13,20,21,25),*4004,*44 B*35(-05),*4802,*5104,*53,*5801 11 # TGT ATG GCT GCG ACC TGG 365-382 B*13,*15(16,20,34),*4004,*4410,*45,*49,*50,*54, B*35(-05,12,16,17),*4802,*53,*58 *55(-04,06),*5601,*59,*8201 14 # GCG GAC ACG GCG GCT CAG 478-495 B*15(-20),*27(-053),*3702,*40,*46,*47,*5603,*57,*73 B*7,*1522,*35(092,18),48(01,03),*81 15 # GGA GCA GTG GAG AGC CTA 531-548 B*15(01,04,07,08,11,12,14,15,19,22,24,26N,28),*46 B*1522 20 # GGC CCG ACG GGC GCC TCC 382-400 B*1520,*4501,*49,*50 B*35(-02,12),*4802,*53(01,02),*58 22 # TCC GCG GGC ATA ACC AGT 401-418 B*13,*15(09,30),*27(07,11),*40(-03,09),*41,*4410, B*7,*8,*35(02,04,06,09,12,18),*38,*39(-07), *54,*55,*56(-03),*57(02,03),*59,*82 *42,*48(01,03),*51,*52,*67,*78,*81 23 # ACC AGT TCG CCT ACG ACG 413-430 B*3701,*73 B*14,*35(03,06,13),*38,*39(-07),*67 24 # ATT GGG ACC GGA ACA CAC 248-265 B*15(02,08,09,10,11,13,15,18,22,23,29),*18,*4008, B*7,*8,*14,*35(-10,13,16),*38,*39(-021, *4406,*54,*55,*56,*59,*73,*82 022,08),*42,*51,*53,*67,*78,*8101 25 # TAC CTG GAG GGC ACG TGC 557-574 B*18,*37,*41,*4404,*54,*55,*59 B*8,*14,*38,*39,*42,*67 26 # TGT ATG GCT GCG ACG TGG 365-382 B*15(02,04,13,21,25),*1802,*27(-07,11),*4101, B*14,*39062,*51(-06),*52,*78 *44(032,07) 30 # CGG AAC CTG CGC GGC TAC 307-324 --- B*7,*8(01,04),*14,*35,*39(-07),*42,*48, *67,*78,*81 31 # ATT TCT ACA CCT CCG TGT 92-109 --- B*7,*1401,*38,*39(-04,12),*4201,*48,*67, *8101 32 # GCC CGT GTG GCG GAG CAG 520-537 --- B*8,*35(-11,*21),*38,*39,*42,*48, *51(05,08),*53,*58,*67,*81 33 # GAT CTC CAA GAC CAA CAC 267-284 --- B*3520,*39(021,022,08),*48,*52,*5107 34 # TGA CCA GTC CGC CTA CGA 411-428 --- B*35(01,05,07,08,10,11,15,16,17,19,20,21), *3907,*4802,*53,*58 35 # AAC ACA CAG ATC TAC AAG 259-276 B*1511,*54,*55,*56 B*7,*3910,*42,*67,*8101 36 # CGC GGG CGC CGT GGG TGG 212-229 B*54 --- 41 # ACC AAC ACA CAG ACT GAC 277-295 B*1803 B*0703,*8(-03),*14,*39(-05,07,08,11),*7801 C 42 # GGC GGA GCA GCG GAG A 528-543 B*4404 B*7(-04),*35(08,18),*39(08,11),*5105 43 # CAG GAC GCC TAC GAC GGC 415-432 B*15(14,17),*27(-06,07,09),*3702,*44(-05),*47
Tabla 7 (Cont.). Oligonucleótidos empleados en el oligotipaje del locus HLA-B. URSTO a Secuencia 5'!3' Localizaciónb Especificidades del grupo CG Especificidades del grupo TA 50@ AGGTATTTCGACACCGCC 88-106 --- B*8 51 @ ATCTGCAAGGCCAAGGCA 268-286 B*27,*3701 --- 52 @ ACGGAGCCCCGGGCGCCA 205-223 --- B*35,*1522,*51,*52,*53,*58,*78 53 @ TAGAGCAAGAGGGGCCGG 227-245 B*18 --- 54 @ GGGGCCGGAATATTGGGA 237-255 --- B*14,*38,*39,*67 55 @ GCCTGTGCGTGGAGTCGC 557-575 B*44(-04),*45 --- 56 @ CCATCCAGAGGATGTCTG 353-371 B*3701 --- 57 @ ACACCCTCCAGAATATGT 350-368 B*1802,*27(-07,11),*3702 --- 58 @ GAGACACGGAACATGAAG 259-277 --- B*15(16,17),*57,*58 TA1 @i CTCAGCCCCTCCTCACCC 108-125 --- B*7,*4201,*4801 TA2 @i TCGGGCGGGTTTCAGCCC 98-115 --- B*1402 TA3 @i TCCCCCACGGACGGCCCG 41-58 --- B*8,*1402,*4101,*4201 TA4 @i TGAGGCCGGGGGACCCGC 96-113 --- B*4201 TA5 @i GGGCTCGGGGGGACGGGG 207-224 --- B*8,*18,*27,*37,*38,*39,*4011,*4101,*4201,*57, *67 TA6 @i CTCGGGGGACGGTGCTGA 210-228 --- B*39061,*5101,*5201 TA7 @i CGGGGGACTGGGCTGACC 217-234 --- B*0702,*40012,*4002,*4801 CG1 @i AGGAGGGTCTGGCGGGTC B*1302,*5401 --- CG2 @i CAGCCCCTCCTGGCCCCC B*1302 --- CG3 @i CCCGGCCTGGGGCGCAGG 10-27 B*15(-22),*46 --- CG4 @i TCAGCCCCTCCTTGCCCC 109-126 B*18 --- CG5 @i ATCCGCCCCCGAGGCCGC B*2705,*4011,*44031,*4701 --- CG6 @i GTCTCAGCTCCTCCTCGC 106-123 B*40012,*4101 --- CG7 @i AGATCCACCCCCCTGAGG B*57 --- CG8 @i CCGCCCCCCTGAGGCCGC 87-104 B*15,*18,*37,*45,*46,*49,*50 --- CG9 @i CGGGGCGGAGGTCACGAC 17-34 B*50 --- Bw4c GCTCTGGTTGTAGTAGCGGA 317-336 Alelos Bw4 Alelos Bw4 Bw6c CTCTGGTTGTAGTAGCCGC 317-336 Alelos Bw6 Alelos Bw6 a b @ del Inglés, Universal Recognition Site Targetting Oligoprobe. Posiciones respecto del alineamiento de secuencias HLA de clase I (Mason y Parham 1998). Oligonucleótidos diseñados para este trabajo. i Oligonucleótidos específicos de los intrones 1y 2. cOligonucleótidos tomados de Yoshida y col. (1992); en estos últimos, el oligotipaje se realizó de forma idéntica a los anteriores cambiando la temperatura de hibidación a 56ºC y el lavado con solución TMAC a 62ºC. Los signos negativos entre paréntesis antes de un/os subtipo/s indican que estos no son reconocidos por su correspondiente oligonucleótido (URSTO). Eduardo Gómez Casado Material y Métodos 59
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