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A través de la época del Virreynato se crearon otras universidades.
En efecto, el 08 de Agosto de 1621 por Bula de Gregorio XV y Real Cédula de
Felipe IV del 02 de Febrero de 1622, se creó la Universidad San Ignacio en la
ciudad del Cuzco. Posteriormente fue cerrada al producirse la expulsión de los
jesuitas en el año 1767irreynal
Igualmente, el 3 de Julio de 1677 el obispo don Cristóbal de Castilla
y Zamora crea la Universidad San Cristóbal de Huamanga en la ciudad de
Ayacucho, se formaliza su creación con la Real Cédula de Carlos II, el 31 de
diciembre de 1680, y por la Bula Papal de Inocencio XI del 20 de diciembre de
1682. Posteriormente en 1704 empezó a operar siendo su primer rector el obispo
don Diego Ladrón de Guevara sus primeras facultades fueron la de Teología y de
Artes; a fines del siglo XVII se creó la de Leyes y Sagrados Cánones.
El 01 de marzo de 1692, por Bula de Inocencio XII y por Real
Cédula de Carlos II del 01 de Junio de 1692 se fundó en la ciudad del Cuzco la
Universidad San Antonio Abad, con una estructura académica similar a la de San
Marcos y a la de San Cristóbal de Huamanga.
Entonces, según como relata la historia en la época de la colonia
funcionaron las tres universidades mencionadas: San Marcos, San Cristóbal y
San Antonio de Abad, en las que se otorgaban los grados de bachiller, de
licenciado, de doctor y de maestro, se formaban teólogos, filósofos, letrados y
médicos.
La universidad de esta época se caracterizó por ser una institución
elitista, al servicio exclusivo de la Corona y de la aristocracia colonial;
vinculándose a los sistemas político, religioso y cultural implantados en América
por disposición española. Los egresados de estos claustros universitarios
asumían los cargos de la burocracia administrativa colonial y de la iglesia.
La ilustración europea de la segunda mitad del Siglo XVIII, así como
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