note - FIZ Karlsruhe
note - FIZ Karlsruhe
note - FIZ Karlsruhe
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
Advanced similarity searching<br />
Run a BLAST search with altered settings<br />
=> RUN BLAST GSSFLSPEHQR/SQP -W 2 -F F -E 20000 -M PAM30<br />
BLAST Version 2.2<br />
The BLAST search is adjusted with the NCBI<br />
recommended settings for short amino acid<br />
The BLAST software is used herein with permission sequence of queries theNational (see Helpful Center HINT above).<br />
for<br />
Biotechnology Information (NCBI) of the National Library of Medicine (NLM).<br />
. . . .<br />
7053 ANSWERS FOUND BELOW EXPECTATION VALUE OF 20000.0<br />
QUERY SELF SCORE VALUE IS 38<br />
BEST ANSWER SCORE VALUE IS 38<br />
Similarity<br />
Score<br />
38 |||||<br />
|||||<br />
|||||||<br />
|||||||<br />
|||||||||<br />
|||||||||<br />
|||||||||||<br />
|||||||||||||<br />
|||||||||||||||||<br />
|||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
19 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
Answer Count 1420 2840 4260 5680 7100<br />
ENTER EITHER THE NUMBER OF ANSWERS YOU WISH TO KEEP<br />
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SELF SCORE FOLLOWED BY % The BLAST settings can be<br />
(BEST ANSWER PERCENTAGE OF SELF SCORE IS 100%)<br />
seen associated with the RUN<br />
ENTER (ALL) OR ? :ALL<br />
command L-number (L1).<br />
L1 RUN STATEMENT CREATED<br />
L1 7053 GSSFLSPEHQR/SQP.-W 2 -F F -E 20000 -M PAM30<br />
Answer set arranged by accession number; to sort by descending<br />
similarity score, enter at an arrow prompt (=>) "sor score d".<br />
=><br />
Sort the answer set according to similarity score<br />
=> SOR SCORE D<br />
PROCESSING COMPLETED FOR L1<br />
L2 7053 SOR L1 SCORE D<br />
Page 60 | GENESEQ on STN (DGENE) Workshop Manual<br />
Using the appropriate<br />
BLAST settings, 7053<br />
answers are retrieved.