note - FIZ Karlsruhe
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Advanced similarity searching<br />
Matrix: blastn matrix:1 -3<br />
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2<br />
Number of Hits to DB: 403,856<br />
Number of Sequences: 21864624<br />
Number of extensions: 403856<br />
Number of successful extensions: 401465<br />
Number of sequences better than 10.0: 540<br />
length of query: 31<br />
length of database: 11,662,457,082<br />
effective HSP length: 19<br />
effective length of query: 12<br />
effective length of database: 11,247,029,226<br />
effective search space: 134964350712<br />
effective search space used: 134964350712<br />
T: 0<br />
A: 40<br />
X1: 6 (11.9 bits)<br />
X2: 15 (29.7 bits)<br />
S1: 12 (24.3 bits)<br />
S2: 17 (34.2 bits)<br />
540 ANSWERS FOUND BELOW EXPECTATION VALUE OF 10.0<br />
QUERY SELF SCORE VALUE IS 62<br />
BEST ANSWER SCORE VALUE IS 62<br />
Similarity<br />
Score<br />
62 |||||||||||||||||||||||||||||<br />
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31 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<br />
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Answer Count 110 220 330 440 550<br />
ENTER EITHER THE NUMBER OF ANSWERS YOU WISH TO KEEP<br />
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SELF SCORE FOLLOWED BY % The BLAST settings can be<br />
(BEST ANSWER PERCENTAGE OF SELF SCORE IS 100%)<br />
seen associated with the RUN<br />
ENTER (ALL) OR ? :ALL<br />
command L-number (L1).<br />
L1 RUN STATEMENT CREATED<br />
L1 540 AAAATGTTTTTAAAGAAGCCAGCTCAAGCAA/SQN. -E 10.0<br />
Page 52 | GENESEQ on STN (DGENE) Workshop Manual<br />
The BLAST summary gives the BLAST<br />
parameters. In this example, the default<br />
values are used (page 137). These are:<br />
a) Matrix: 1 and –3 for<br />
match/mismatch of nucleotides<br />
b) Gap penalties: 5 for opening and 2<br />
for extending a gap
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