karty przedmiotÃ³w - WydziaÅ Chemiczny

Advanced Programming and Numerical Methods ..................................................................... 2 

Applied informatics .................................................................................................................... 6 

Bionanotechnology ................................................................................................................... 10 

Bioprocess project .................................................................................................................... 15 

Economics and organization of industrial biotechnology ................................................... 19 

Philosophy of Science and Technology ................................................................................... 23 

Graduation seminar and thesis preparation ........................................................................ 27 

Instrumental drug analysis .................................................................................................... 30 

Introduction to practical statistics ............................................................................................ 34 

Methodology of experimental research ................................................................................ 39 

Molecular Dynamics .............................................................................................................. 43 

Molecular modeling ................................................................................................................ 49 

Networks and workstations with unix system .......................................................................... 55 

Quality Management Systems .................................................................................................. 60 

Rational drug design .............................................................................................................. 64 

Retrieval of scientific and technical information ................................................................ 68 

Terrestrial ecology .................................................................................................................. 71 

Theoretical Chemistry ........................................................................................................... 75 

1

WYDZIAŁ CHEMICZNY 

Nazwa w języku polskim 

Zał. nr 4 do ZW 33/2012 

KARTA PRZEDMIOTU 

Programowanie zaawansowane i metody numeryczne 

Nazwa w języku 

angielskim 

Kierunek studiów (jeśli dotyczy): biotechnologia 

Specjalność (jeśli dotyczy): bioinformatyka 

Stopień studiów i forma: II stopień, stacjonarna 

Rodzaj przedmiotu: obowiązkowy 

Kod przedmiotu INC024003 

Grupa kursów 

NIE 

Advanced Programming and Numerical 

Methods 

Liczba godzin zajęć 

zorganizowanych w Uczelni 

(ZZU) 

Liczba godzin całkowitego 

nakładu pracy studenta 

(CNPS) 

Forma zaliczenia 

Dla grupy kursów zaznaczyć 

kurs końcowy (X) 

Liczba punktów ECTS 2 

w tym liczba punktów 

odpowiadająca zajęciom 

o charakterze praktycznym (P) 

w tym liczba punktów ECTS 


wymagającym bezpośredniego 

kontaktu (BK) 

*niepotrzebne skreślić 

Wykład Ćwiczenia Laboratorium Projekt Seminarium 

30 

60 

2 

1 

zaliczenie na 

ocenę 

WYMAGANIA WSTĘPNE W ZAKRESIE WIEDZY, UMIEJĘTNOŚCI I INNYCH 

KOMPETENCJI 

1. Podstawowa znajomość algebry liniowej 

2. Podstawowa znajomość analizy matematycznej (na poziomie kursu Analiza 

matematyczna 1) 

3. Znajomość języka skryptowego Python 

\ 

C1 

C2 

CELE PRZEDMIOTU 

Zaawansowane techniki programowania, z uwzględnieniem optymalizacji kodu. 

Wprowadzenie do metod numerycznych, wykorzystywanych w nauce i inżynierii. 

2

PRZEDMIOTOWE EFEKTY KSZTAŁCENIA 

Z zakresu wiedzy: 

Osoba, która zaliczyła przedmiot: 

PEK_W01 – zna podstawowe metody numeryczne, stosowane w nauce i inżynierii 

Z zakresu umiejętności: 


PEK_U01 – potrafi rozwiązywać zaawansowane problemy numeryczne, stosując język 

skryptowy. 

PEK_U02 – potrafi pisać efektywne i szybkie programy, w sposób odporny na błędy. 

Forma zajęć - laboratorium 

La1 Sposób prowadzenia i zaliczenia laboratorium. 2 

La2 Prosta symulacja komputerowa przy użyciu języka Python. 2 

La3 

Reprezentacja danych w typie zmiennoprzecinkowym; 

wykorzystanie szeregu Taylora. 

2 

La4 Różniczkowanie i całkowanie numeryczne. 2 

La5 Generatory liczb pseudolosowych. 2 

La6 Szukanie miejsc zerowych; wielomiany. 2 

La7 Rozwiązywanie układów równań. 2 

La8 Regresja liniowa i interpolacja. 2 

La9 Algebra liniowa. 2 

La10 Omówienie pierwszego zadania. 2 

La11 Techniki optymalizacji numerycznej. 2 

La12 Stabilność i wskaźnik uwarunkowania. 2 

La13 Obliczenia równań różniczkowych. 2 

La14 Optymalizacja kodu i efektywne programowanie. 2 

La15 Dyskusja indywidualnych projektów. 2 

Suma godzin 30 

Liczba godzin 

N1 

N2 

N3 

N4 

STOSOWANE NARZĘDZIA DYDAKTYCZNE 

omówienie przykładowych programów 

pisanie programu 

wykorzystanie gotowego oprogramowania 

przygotowanie projektu 

OCENA OSIĄGNIĘCIA PRZEDMIOTOWYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA 


Oceny (F – formująca 

(w trakcie semestru), P 

– podsumowująca (na 

koniec semestru)) 

Numer 

przedmiotowego 

efektu kształcenia 

Sposób oceny osiągnięcia efektu kształcenia 

3

F1 (laboratorium) PEK_U01 Projekt 1 

F2 (laboratorium) PEK_W01, Projekt 2 

PEK_U02 

P (laboratorium) = 3,0 jeżeli (F1 + F2) = 11-12 punktów. 

3,5 jeżeli (F1 + F2) = 13-14 punktów. 




5,5 jeżeli (F1 + F2) = 19-20 punktów oraz F1, F2 zostanie wykonany w 

sposób znacznie wykraczający poza wymogi programowe. 

LITERATURA PODSTAWOWA I UZUPEŁNIAJĄCA 

LITERATURA PODSTAWOWA: 

1. H. P. Langtangen. A Primer on Scientific Programming with Python (Springer, 2011) 

ISBN: 978-3-642-18365-2 

http://link.springer.com/book/10.1007/978-3-642-18366-9/page/1 

2. T. Pang, Metody obliczeniowe w fizyce (PWN 2001), ISBN: 83-01-13511-5 

LITERATURA UZUPEŁNIAJĄCA: 

3. A. B. Downey. Python for Software Design: How to Think Like a Computer Scientist 

(Cambridge University Press, 2009), 1st edn. ISBN: 978-0521725965. 

http://www.greenteapress.com/thinkpython/index.html 

4. M. Pilgrim. Dive Into Python (Apress, 2004), 1st edn. ISBN: 978-1590593561. 

http://www.diveintopython.net 

5. K. D. Lee. Python Programming Fundamentals (Springer, 2011) ISBN: 978-1-84996- 

536-1 


6. J. F. Epperson, An Introduction to Numerical Methods and Analysis (Wiley 2002) 

ISBN: 0-471-31647-4 

4

OPIEKUN PRZEDMIOTU 

(Tytuł, Imię, Nazwisko, adres e-mail) 

dr inż. Borys Szefczyk, borys.szefczyk@pwr.wroc.pl 

MACIERZ POWIĄZANIA EFEKTÓW KSZTAŁCENIA DLA PRZEDMIOTU 

Programowanie zaawansowane i metody numeryczne 

Z EFEKTAMI KSZTAŁCENIA NA KIERUNKU biotechnologia 

I SPECJALNOŚCI bioinformatyka 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

Odniesienie przedmiotowego efektu 

do efektów kształcenia 

zdefiniowanych dla kierunku studiów 

i specjalności 

(o ile dotyczy)** 

Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

PEK_W01 S2Abt5_U12 C2 La1-La13 N1-N4 

PEK_U01 S2Abt5_U12 C2 La1-La13 N1-N4 


** - wpisać symbole kierunkowych/specjalnościowych efektów kształcenia 

*** - z tabeli powyżej 

5




Informatyka stosowana 

Zał. nr 4 do ZW 33/2012 

Applied informatics 

Nazwa w języku angielskim 

Kierunek studiów (jeśli dotyczy): biotechnologia 

Specjalność (jeśli dotyczy): bioinformatyka 



Kod przedmiotu INC024006 

Grupa kursów 

NIE 



(ZZU) 



(CNPS) 



60 

120 

zaliczenie na 

ocenę 










kontaktu (BK) 


4 

2 


KOMPETENCJI 

4. Podstawowa znajomość algebry liniowej 

5. Podstawowa znajomość analizy matematycznej (na poziomie kursu Analiza 

matematyczna 1) 

\ 

C1 

C2 

C3 

C4 


Zapoznanie z systemem operacyjnym Linux. 

Nauczenie studentów języka skryptowego Python i umiejętności automatyzacji 

typowych zadań z dziedziny bioinformatyki. 

Nauczenie technik seryjnego sporządzania wykresów i graficznej wizualizacji 

danych. 

Nauka i zastosowanie języka SQL (w oparciu o program MySQL). 

6




PEK_W01 – Ma ogólną wiedzę z zakresu programowania strukturalnego i obiektowego; 

rozumie pojęcia: zmienna, typ, funkcja, operator, klasa, instancja, 

dziedziczenie, polimorfizm; potrafi posługiwać się instrukcjami warunkowymi, 

pętlami, posiada wiedzę niezbędną do tworzenia i wczytywania plików 

tekstowych. 

PEK_W02 – ma podstawową znajomość języka SQL. 



PEK_U01 – Potrafi praktycznie posługiwać się systemem operacyjnym Linux, 

PEK_U02 – Potrafi wykorzystać język skryptowy do zautomatyzowania pracy na 

komputerze oraz rozwiązywania prostych, choć niestandardowych problemów 

numerycznych; umie pisać skrypty do obróbki dużych zbiorów danych i 

przetwarzania ich w sposób seryjny. 

PEK_U03 – Umie przedstawiać dane w postaci wykresów, również w sposób 

zautomatyzowany. 

PEK_U05 – potrafi tworzyć zapytania SQL oraz tworzyć i obsługiwać bazy danych. 


La1 

Sposób prowadzenia i zaliczenia laboratorium. Nauka poleceń 

systemu Linux. 

4 

Pierwsze skrypty w Pythonie: wyświetlenie napisu podanego przez 

La2 

użytkownika, skrypt wczytujący dane liczbowe i wykorzystujący 

operatory arytmetyczne (np. konwersja jednostek energii). Tryb 

4 

interaktywny Pythona: obliczanie wyrażeń, typy danych. 

Zastosowanie instrukcji warunkowej: obliczanie pierwiastków 

La3 równania kwadratowego. Zastosowanie pętli: obliczanie silni i sumy 4 

szeregu; drukowanie tabliczki mnożenia. 

La4 Używanie pętli sterowanej warunkiem logicznym. 4 

La5 

Używanie pętli sterowanej licznikiem. Obliczanie silni i sumy 

szeregu. 

4 

La6 Pisanie skryptów przetwarzających pliki tekstowe. 4 

La7 Używanie wyrażeń regularnych. 4 

La8 Uruchamianie programów z poziomu skryptu Pythona. 4 

La9 Omówienie pierwszego zadania. 4 

La10 Pisanie skryptów z wykorzystaniem modułu numpy. 4 

Tworzenie wykresów na podstawie danych dostarczonych przez 

prowadzącego i przetworzonych skryptami napisanymi 

La11 samodzielnie. Przykładowe dane: temperatura vs. czas, gęstość vs. 4 

temperatura, napięcie powierzchniowe vs. stężenie. 

Liczba godzin 

La12 Zastosowania modułu scipy. 4 

7

La13 Podstawy SQL. 4 

La14 Zapytania SQL z poziomu skryptu języka Python. 4 

La15 Poprawa sprawdzianów oraz dyskusja indywidualnych projektów. 4 


N1 

N2 

N3 

N4 


omówienie przykładowych programów 

pisanie programu 

wykorzystanie gotowego oprogramowania 




Oceny (F – formująca Numer 








PEK_U01 – 

PEK_U03 


PEK_U04 

P (laboratorium) = 3,0 jeżeli (F1 + F2) = 11-12 punktów. 





5,5 jeżeli (F1 + F2) = 19-20 punktów oraz F1, F2 zostanie wykonany w 

sposób znacznie wykraczający poza wymogi programowe. 



7. D. M. Beazley. Programowanie: Python (Wydawnictwo RM, 2002) ISBN: 83-7243-218-X 


8. Æ. Frisch. Essential System Administration, Third Edition (O’Reilly, 2002), 3rd edn. 

ISBN: 978-0596003432. 

9. S. Vugt. Beginning the Linux Command Line (Springer, 2009) ISBN: 978-1-4302- 

1889-0 


10. http://docs.python.org 

11. A. B. Downey. Python for Software Design: How to Think Like a Computer Scientist 

(Cambridge University Press, 2009), 1st edn. ISBN: 978-0521725965. 

http://www.greenteapress.com/thinkpython/index.html 

12. M. Pilgrim. Dive Into Python (Apress, 2004), 1st edn. ISBN: 978-1590593561. 

8

http://www.diveintopython.net 

13. M. L. Hetland, Beginning Python (Springer, 2005) ISBN: 978-1-59059-519-0 


14. H. P. Langtangen. A Primer on Scientific Programming with Python (Springer, 2011) 

ISBN: 978-3-642-18365-2 


15. K. D. Lee. Python Programming Fundamentals (Springer, 2011) ISBN: 978-1-84996- 

536-1 


16. http://docs.scipy.org/doc 

17. http://matplotlib.org/contents.html 

18. http://dev.mysql.com/doc 



dr inż. Borys Szefczyk, borys.szefczyk@pwr.wroc.pl 


Informatyka stosowana 

Z EFEKTAMI KSZTAŁCENIA NA KIERUNKU biotechnologia 

I SPECJALNOŚCI bioinformatyka 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 







9

Politechnika Wrocławska 


Zał. nr 4 do ZW 33/2012 




Kierunek studiów (jeśli dotyczy): 

Specjalność (jeśli dotyczy): 

Stopień studiów i forma: 

Rodzaj przedmiotu: 

Kod przedmiotu 

Grupa kursów 

*niepotrzebne usunąć 

Bionanotechnologia 

Bionanotechnology 

Biotechnologia 

Bioinformatics 

II stopień, stacjonarna 

obowiązkowy 

BTC024004 

NIE 



(ZZU) 



(CNPS) 



30 15 

90 30 

egzamin 

zaliczenie na 

ocenę 

Dla grupy kursów 

zaznaczyć kurs końcowy 

(X) 

Liczba punktów ECTS 3 1 







kontaktu (BK) 

1 0,5 

1 


KOMPETENCJI 

Znajomość chemii fizycznej na poziomie I stopnia studiów chemicznych 

Znajomość biochemii na poziomie I stopnia studiów chemicznych 

C1 

C2 

C3 


Zapoznanie studentów z zasadami działania i funkcjonowania maszyn molekularnych 

w biologii. 

Uzyskanie podstawowej wiedzy o metodach wykorzystywanych w 

bionanotechnologii do projektowania, syntezy i analizy bionanomaszyn. 

Nauczenie wykonywania podstawowych obliczeń symulacji dynamiki molekularnej 

1 

0

C4 

do rozwiązywania problemów bionanotechnologicznych. 

Uzyskanie podstawowej wiedzy o rozwoju i najnowszych osiągnięciach w zakresie 

bionanotechnologii. 




PEK_W01 – zna podstawowe pojęcia z zakresu nanobiotechnologii i bionanotechnologii, 

PEK_W02 – zna podstawy działania maszyn molekularnych w biologii, 

PEK_W03 – ma podstawowe wiadomości o metodach eksperymentalnych używanych do 

projektowania, syntezy i analizy w bionanotechnologii, 

PEK_W04 – ma podstawowe wiadomości o metodach eksperymentalnych używanych w 

badaniach strukturalnych w bionanotechnologii, 

PEK_W05 – zna podstawowe techniki projektowania syntetycznych bionanomaszyn, 

PEK_W06 – zna podstawowe aspekty funkcjonowania bionanomaszyn, 

PEK_W07 – ma podstawowe wiadomości o metodach modelowanie molekularnego 

używanych do projektowania bionanomaszyn. 



PEK_U01 – umie przygotować pliki wsadowe i potrafi wykonać proste obliczenia 

minimalizacji i dynamiki molekularnej dla nanopory, 

PEK_U02 – umie przeprowadzić podstawowe obliczenia dynamki molekularnej dla DNA 

przechodzącego przez nanopory w membranie. 

PEK_U03 – umie zaprezentować w formie prezentacji multimedialnej najnowsze osiągnięcia 

z dziedziny bionanotechnologii. 

Wy1 

Wy2 

Wy3 

Forma zajęć - wykład 

TREŚCI PROGRAMOWE 

Pojęcia podstawowe. Nonotechnologa, biotechnologia, 

bionanotechnologia, nanobiotechnologia. Idea Feynmana. Podejścia 

'top-down' i 'bottom-up'. Kalendarium największych osiągnięć w 

bionanotechnologii. Nanobiotechnologia/bionanotechnologia w 

elektronice, informatyce, energetyce, wojsku, rolnictwie i technologii 

żywności – przykłady. 

Jak działają maszyny molekularne w biologii: Właściwości 

cząstek na poziomie makro i nano. Bionanomolekuły w środowisku 

wodnym – efekt hydrofobowy. Białka jako materiał strukturalny w 

bionanotechnologii. Ograniczenia bionanomolekuł występujących w 

naturze. 

Metody w bionanotechnologii: do projektowania, syntezy i 

analizy. Technologia rekombinacji DNA. Klonowanie DNA. 

Metoda PCR. Pozakomórkowa synteza białka. Mutageneza 

kierowana. Białka fuzyjne i chimeryczne. Przeciwciała 

monoklonalne. 

Liczba 

godzin 

2 

2 

2 

1 

1

Wy4 

Metody w bionanotechnologii: do projektowania, syntezy i 

analizy – część 2. Metoda X-ray, NMR do badania biomolekuł. 

Metody mikroskopii elektronowej: TEM, SEM, tomografii. Metoda 2 

AFM. Modelowanie molekularne jako narzędzie w pozyskiwaniu 

informacji o strukturze i dynamice biomolekuł. 

Projektowanie nanomaszyn. Metody projektowania 

Wy5 

bionanomaszyn: sekwencyjne tworzenie wiązań kowalencyjnych, 

polimeryzacja, samoorganizacja i agregacja. Zwijanie białek. Rola 

białek opiekuńczyk w procesie zwijania białek. Białka stabilne w 2 

wysokich temperaturach. Jak usztywnić białka? Jak wprowadzić 

nieporządek w białkach? Kompleksy symetryczne i quasisymetryczne. 

Wy6 

Aspekty funkcjonalne bionanomelekuł. Proces przepływu energii 

w naturalnych bionanomaszynach. Proces przepływu elektronów w 

naturalnych bionanomaszynach. Wykorzystanie energii świetlnej 

przez bionanomaszyny. Przepływ ładunku w biosystemach. Model 

2 

działania enzymów. Sposoby kontroli bionanomaszyn – regulacja 

allosteryczna, modyfikacja kowalencyjna. 

Projektowanie bionanomaszyn. Projektowanie białek metodą de 

novo. Protokół projektowania enzymów bazujący na metodach 

Wy7 modelowanie molekularnego. Projektowanie bioukładów o 2 

specyficznych właściwościach spektroskopowych. PNA (Peptide 

Nucleic Acid) vs. DNA. 

Wy8 

Sekwencjonowanie DNA metodami MD – część 1. Budowa 

krystalicznej membrany Si 3 N 4 . Syntetyczne nanopory w membranie 2 

Si 3 N 4 . 

Wy9 

Sekwencjonowanie DNA metodami MD – część 2. Kalibracja pola 

siłowego w celu reprodukcji doświadczalnej wartości stałej 2 

dielektrycznej. 

Sekwencjonowanie DNA metodami MD – część 3. Solwatacja 

Wy10 

nanopor. 

2 

Sekwencjonowanie DNA metodami MD – część 4. Minimalizacja 

Wy11 energii. Dynamika molekularna pod stałym ciśnieniem. Przepływ 2 

prądu jonowego w nanoporach. 

Sekwencjonowanie DNA metodami MD – część 5. Symulowane 

Wy12 procesu przechodzenia DNA przez nonopory w krystalicznej 2 

membranie Si 3 N 4 . 

Sekwencjonowanie DNA metodami MD – część 6. Przepływ prądu 

Wy13 jonowego w nanoporach w obecności DNA. Porównanie przepływu 2 

prądu jonowego z/bez DNA w układzie. 

Sekwencjonowanie DNA metodami MD – część 7. Przechodzenie 

DNA przez nanopory – symulacja dynamiki molekularnej. 

Wy14 

Przechodzenie ubikwityny przez nanopory – symulacja dynamiki 

2 

molekularnej. 

Wy15 Egzamin. 2 


1 

2

Se1- 

Se8 

Forma zajęć - seminarium 

Liczba 

godzin 

Studenci w formie prezentacji multimedialnych przedstawiają i 

dyskutują osiągnięcia, rozwój i trendy w bionanotechnologii bazując 

na najnowszej literaturze przedmiotu – artykułach naukowych z 

15 

ostatnich 5-10 lat. Baza tematów wystąpień jest co roku 

aktualizowana z uwagi na niezwykle szybki postęp w tej dziedzinie 

nauki. 


N1 

N2 

N3 

N4 


wykład z prezentacją multimedialną 

wykorzystanie oprogramowania 

przygotowanie sprawozdania 

prezentacja multimedialna 









F1 (wykład) PEK_W01 – egzamin pisemny 

PEK_W06 

F2 (wykład) PEK_W07 raport 

P (seminarium) PEK_U01 – prezentacja multimedialna 

PEK_U04 

P (wykład) = 3,0 jeżeli (F1 + F2) = 50-60% max. liczby punktów. 

3,5 jeżeli (F1 + F2) = 61-70% max. liczby punktów. 




5,5 jeżeli (F1 + F2) = 100% max. liczby punktów. 

1 

3



[1] E. Gazit “Plenty of room for biology at the bottom: An introduction to bionanotechnology”, 

Imperial College Press, 2007. 


[1] Bionanotechnology: Proteins to Nanodevices, Eds. V. Renugopalakrishnan, R.V.Lewis, 

Springer, 2006. 

[2] Nanobiotechnology: Concepts, Applications and Perspectives, Eds. C.M.Niemeyer, 

C.A.Mirkin, Wiley-VCH, 2004. 

[3] Nanobiotechnology II: More Concepts and Applications, Eds. C.M.Niemeyer, C.A.Mirkin, 

Wiley-VCH, 2007. 



dr hab. Tadeusz Andruniów, tadeusz.andruniów@pwr.wroc.pl 


Bionanotechnology 

Z EFEKTAMI KSZTAŁCENIA NA KIERUNKU 

Biotechnologia, specjalność: bioinformatics 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

(wiedza) 

PEK_W01 

S2bt5_W07 C1 Wy1 N1 

PEK_W02 S2bt5_W07 C1 Wy2 N1 





PEK_W07 S2bt5_W07 C3 Wy7-Wy14 N1, N2, N3 

(umiejętności) 

PEK_U01 

S2bt5_U10 C4 Wy8– Wy10 N2 

PEK_U02 S2bt5_U10 C4 Wy11 – Wy14 N2, N3 

PEK_U03 S2bt5_U10 C4 Se1-Se8 N4 


*** - odpowiednie symbole z tabel powyżej 

1 

4



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 

Projekt bioprocesowy 

Bioprocess project 




obowiązkowy 

BTC024015 

NIE 


zorganizowanych w 

Uczelni (ZZU) 

Liczba godzin 

całkowitego nakładu 

pracy studenta (CNPS) 



30 

90 

zaliczenie 

na ocenę 



(X) 




o charakterze 

praktycznym (P) 


ECTS odpowiadająca 

zajęciom wymagającym 

bezpośredniego kontaktu 

(BK) 

3 

3 


KOMPETENCJI 

Matematyka 


Chemia fizyczna 

1 

5

C1 

C2 

C3 


Rozumienie i praktyczne zastosowanie wiedzy o projektowaniu jednostkowych 

procesów biotechnologicznych 

Umiejętność stosowania komercyjnego oprogramowania w projektowaniu i 

optymalizowaniu jednostkowych procesów biotechnologicznych, sporządzaniu 

bilansów masowych i energetycznych oraz analizie ekonomicznej 

Zapoznanie z przykładami projektowania, obliczeń i optymalizacji jednostkowych 

procesów biotechnologicznych 




PEK_U01 – Rozumie i potrafi zastosować zasady projektowania procesów 

biotechnologicznych z zakresu termodynamiki, równowagi i kinetyki procesów 

jednostkowych 

PEK_U02 – Potrafi zastosować specjalistyczne oprogramowanie do obliczenia optymalnych 

parametrów bioprocesu 

PEK_U03 – Umie dobrać i zaprojektować odpowiednie procesy otrzymywania i separacji 

bioproduktów oraz ich kolejność 

PEK_U04 – Potrafi przewidzieć wąskie gardła bioprocesu 

PEK_U05 – Posiada umiejętność korzystania ze specjalistycznego oprogramowania w celu 

oszacowania ekonomiki procesu biotechnologicznego 

PEK_U06 – Potrafi omówić przykładowe procesy biotechnologiczne z zakresu ochrony 

środowiska oraz produkcji i oczyszczania bioproduktów 

Pr1 

Pr2 

Pr3 

Pr4 

Forma zajęć - projekt 


Zajęcia organizacyjne. Zapoznanie z zasadami bhp w sali 

komputerowej. Sposób prowadzenia zajęć i warunki zaliczenia. 

Klasyfikacja i zastosowania procesów jednostkowych w 

biotechnologii. 

Podstawy projektowania procesów biotechnologicznych: 

termodynamika, równowaga i kinetyka procesów jednostkowych. 

Bilanse masowe i energetyczne. 

Formułowanie i analiza problemu, koncepcja rozwiązania, metody i 

techniki wspomagające. Wstęp do obsługi programu SuperPro 

Designer. Interfejs użytkownika. Bazy danych. 

Wyznaczanie optymalnych parametrów warunków procesowych i 

konstrukcji. 

Liczba 

godzin 

2 

Pr5 Proces mieszania w projektowaniu procesów biotechnologicznych. 2 

Projektowanie dyfuzyjnych procesów separacji: destylacja, 

2 

Pr6 

ekstrakcja, absorpcja, adsorpcja, krystalizacja i suszenie. 

Pr7 Projektowanie i konstrukcje wymienników ciepła. 2 

2 

2 

1 

6

Pr8 

Projektowanie procesów membranowych do odzyskiwania, 2 

oczyszczania i koncentrowania bioproduktów. 

Pr9 Harmonogram zadań. Wykresy Gantta. 2 

Pr10 Wąskie gardła procesów. 2 

Pr11 

Ekonomika procesów biotechnologicznych. Kalkulacja kosztów. 

2 

Zużycie energii i rozmiary aparatów. Powiększanie skali. 

Pr12 

Projektowanie procesów biotechnologicznych w aspekcie ich 2 

oddziaływania na środowisko. 

Pr13 

Przykładowe procesy oczyszczania ścieków przemysłowych i 2 

komunalnych, uzdatniania wody. 

Pr14 Przykładowe procesy produkcji i oczyszczania bioproduktów. 2 

Pr15 Prezentacja projektu zaliczeniowego. Zaliczenie zajęć. 2 


N1 

N2 

N3 


Wykład z prezentacją multimedialną 

Wspólne rozwiązywanie przykładowych zagadnień na zajęciach 

Wykorzystanie specjalistycznego oprogramowania do tworzenia projektów 

indywidualnych 






Numer 




F1-F3 

F4 

P=0,4(F1+F2+F3)/3+0,6F4 

PEK_U01- 

PEK_U05 

PEK_U01- 

PEK_U05 

projekty cząstkowe wykonane z 

wykorzystaniem specjalistycznego 

oprogramowania 

projekt końcowy wykonany z 

wykorzystaniem specjalistycznego 

oprogramowania 



[1] E. Heinzle, A.P. Biwer, C.L. Cooney - Development of Sustainable Bioprocesses: 

Modeling and Assessment, Viley 2006 (dostępne z sieci PWr.). 


[1] R.G. Harrison, P. Todd, S.R. Rudge, D.P. Petrides - Bioseparations Science and 

Engineering, Oxford 2002. 

[2] M.C. Flickinger - Encyclopedia of Industrial Biotechnology, Bioprocess, 

Bioseparation, and Cell Technology, Volumes 1-7, John Wiley & Sons, 2010. 

1 

7



Dr inż. Izabela Polowczyk, izabela.polowczyk@pwr.wroc.pl 


Bioprocess project 



I SPECJALNOŚCI 


Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 


S2Abt5_U13 C1 Pr1-Pr3 N1, N2 

PEK_U01 

PEK_U02 S2Abt5_U13 C1, C2 Pr4 N1, N2, N3 

PEK_U03 S2Abt5_U13 C1, C2 Pr5-Pr9 N1, N2, N3 



PEK_U06 S2Abt5_U13 C1, C3 Pr12-Pr14 N1, N2 

1 

8



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 


Ekonomiczne i organizacyjne zagadnienia 

biotechnologii 

Economics and organization of industrial 

biotechnology 

Biotechnologia, Chemia 

Bioinformatics, Medicinal Chemistry 

II stopień stacjonarna 

obowiązkowy 

BTC024013 

NIE 



Uczelni (ZZU) 

Liczba godzin 





30 

90 

zaliczenie 

na ocenę 



(X) 




o charakterze 






(BK) 


1 


KOMPETENCJI 

1 

9

… 

C1 

C2 

C3 

C4 


Omówić perspektywy rozwoju biotechnologii 

Przedstawić możliwości tworzenia przedsięwzięć z obszaru biotechnologii 

Zapoznać ze sposobami zarzadzania przedsiębiorstwem 

Pokazać sposóby projektowania i optymalizowania technologii 




PEK_W01 – posiada wiedzę dotyczącą perspektyw przemysłu biotechnologicznego 

PEK_W02 – posiada podstawową wiedzę w zakresie organizacji i zarządzania 

przedsiębiorstwa 

PEK_W03 – ma wiedzę dotyczącą projektów inwestycyjnych 



PEK_U01 – potrafi przeprowadzic analizę kosztów rozwiazań technologicznych 

Wy1 

Wy2 



Przedsiewzięcie, otoczenie, programy Narodowe foresight, technologie krytyczne, 

Typy przedsiębiorstw 

Źródła finansowania, Programy operacyjne innwacyjna gospoardka, Projekty 

międzynarodowe 

Liczba 

godzin 

Wy3 , dokumentacja, zasaddy przygotowania wniosku, studium wykonalności, 2 

Wy4 Proces produkcji, operacje, czynniki produkcji, marketing 2 

Wy5 Metody organizacji i zarządzania, badanie pracy 2 

Wy6 

Wy7 

Metody zarządzania produkcja, optymalizacja dostaw, minimalizacja zapasów, 

2 

łańcuch krytyczny 

zagadnienia ekonomiczne w planowaniu i projektowaniu przedsięwzięć 

technologicznych, dokumentacja technologiczna, projekt procesowy, 2 

2 

2 

Wy8 

Wy9 

Wy10 

Studium inwestycyjne - fazy przedsięwzięcia inwestycyjnego, 

metody opracowania programu produkcji i zdolności produkcyjnej zakładu, 

zabezpieczenie materiałowe przedsięwzięcia, logistyka 2 

wskaźniki oceny efektywności ekonomicznej przedsięwzięcia, koszty 

ogólnozakładowe przedsięwzięcia technologicznego 2 

2 

Wy11 

zaktualizowana wartość netto (NPV) i wewnętrzna stopa zwrotu (IRR) 

przedsięwzięcia technologicznego, ocena ryzyka 

Wy12 Wprowadzenie do programu SuperPro Designer 2 

2 

2 

0

Wy13 Pokaz metod zarządzania procesem biotechniologicznym 2 

Wy14 Pokaz metod obliczania kosztów procesu biotechniologicznego 2 

Wy15 Kolokwium zaliczeniowe 


N1 

N2 


Wykład – srodki audiowizulane 

Projektowanie – program Super Pro Designer 






Numer 



Sposób oceny osiągnięcia efektu 

kształcenia 

P 

PEK_W01- PEK_W04, 

PEK_U01 

Kolokwium 

ocena 2,0: 0-50% 

ocena 3,0: 51- 60% 

ocena 3,5: 61-70% 

ocena 4,0: 71- 80% 

ocena 4,5: 81- 90% 

ocena 5,0: 91- 99% 

ocena 5,5: 100% 



[1] Poradnik Przygotowania Przemysłowych Studiów Feasibility - W. Behrens, 

P.M. Hawranek, UNIDO 

[2] R.McGary, R.Wysocki, Efektywne zarzadzanie projektami, Hellion 2005 



Prof. Dr hab inż. Marek Bryjak, marek.bryjak@pwr.wroc.pl 

2 

1


Ekonomiczne i organizacyjne zagadnienia biotechnologii 





Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

(wiedza) 

PEK_W01 

K2Abt_W04 C1, C2 Wy1 N1 

PEK_W02 K2Abt_W04 C3 W2 N1 

PEK_W03 K2Abt_W04 C4 W3-W11 N1 


PEK_U01 

K2Abt_W04 C4 W12-W14 N2 

** - wpisać symbole kierunkowych / specjalnościowych efektów kształcenia 


2 

2




Filozofia nauki i techniki 

Zał. nr 4 do ZW 33/2012 


Kierunek studiów (jeśli dotyczy): Wydział Chemiczny 

Specjalność (jeśli dotyczy): ……………………….. 



Kod przedmiotu FLC024004 

Grupa kursów 

NIE 

Philosophy of Science and Technology 



(ZZU) 



(CNPS) 



15 

30 

Zaliczenie 

na ocenę 







w tym liczba punktów ECTS 0,5 



kontaktu (BK) 


Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 

Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 

Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 

Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 


KOMPETENCJI 

Wiedza humanistyczna na poziomie edukacji ponadgimnazjalnej 

\ 


C1 Zapoznanie słuchaczy z podstawowymi zagadnieniami z zakresu filozofii nauki i techniki ze 

szczególnym uwzględnieniem metod wnioskowania. 

C2 Zwrócenie studentom uwagi na problem twórczości w procesie rozwoju wiedzy naukowej. 

C3 Przedstawienie uwarunkowań działalności inżynierskiej oraz ukazanie problemu społecznej 

odpowiedzialności takich dziedzin jak nauka i technika. 

2 

3



PEK_ HUM W07 – Student uzyskuje wiedzę na temat uprawnionych metod wnioskowania 

(indukcji, dedukcji, abdukcji); 

PEK_ HUM W08 – Student ma wiedzę niezbędną do rozumienia i interpretowania 

społecznych oraz filozoficznych uwarunkować działalności inżynierskiej; 

Z zakresu kompetencji społecznych: 

PEK_ HUM K01: Student ma świadomość ważności działalności inżyniera i rozumie jej 

pozatechniczne aspekty i skutki, w tym jej wpływ na środowisko i związaną z tym wpływem 

odpowiedzialność za podejmowane decyzje. 

Wy 

1,2 

Wy 

3,4 

Wy 

5,6 

Wy 

7,8 

Wy9, 

10,11 

Wy 

12,13 

Wy 

14,15 


Forma zajęć – wykład 

Czym jest nauka i technika. Podstawowe pojęcia i założenia z zakresu 

filozofii nauki i filozofii techniki 

Główne kryteria wiedzy naukowej 

Teoretystyczna tradycja uprawiania nauki 

Eksperymentalna tradycja uprawiania nauki 

Podstawowe metody wnioskowania – dedukcja, indukcja, abdukcja 

Zasadnicze cele i funkcje nauki oraz techniki 

Problem społecznej odpowiedzialności nauki i techniki 

Liczba godzin 


2 

2 

2 

2 

3 

2 

2 


N1. Prezentacja multimedialna 

N2. Wykład informacyjny 

N3. Wykład interaktywny 


Oceny (F – formująca Numer efektu Sposób oceny osiągnięcia efektu kształcenia 

2 

4



koniec semestru) 

F1 

P = F1 

kształcenia 

PEK_ HUM W07 

PEK_ HUM W08 

PEK_ HUM K01 

Praca pisemna przygotowana na podstawie 

wykładów i zalecanej literatury lub kolokwium 



[3] E. Agazzi, Dobro, zło i nauka. Etyczny wymiar działalności naukowo-technicznej, 

Warszawa 1997; 

[4] S. Blackburn, Oksfordzki słownik filozoficzny, Warszawa 2004; 

[5] A. Chalmers, Czym jest to, co zwiemy nauką, Wrocław 1997; 

[6] R. M. Chisholm, Teoria poznania,1994; 

[7] V. Dusek, Wprowadzenie do techniki, Warszawa 2010; 

[8] Ch. Frankfort- Nachmiast, D. Nachmiast, Metody badawcze w naukach społecznych, 

Poznań 2001; 

[9] A. Grobler, Metodologia nauk, Kraków 2004; 

[10] M. Heidegger, Budować, mieszkać, myśleć, Warszawa 1977; 

[11] T. Kuhn, Dwa bieguny, Warszawa 1985; 

[12] B. Latour, Polityka natury, Warszawa 2009; 

[13] K.R. Popper, Wiedza obiektywna, Warszawa 1992; 

[14] J. Woleński, Epistemologia, Warszawa 2005. 


[1] D. Sobczyńska, P. Zeidler, Nowy eksperymentalizm. Teoretycyzm. Reprezentacja, 

Poznań 1994, 

[2] P. Zeidler, Spór o status poznawczy teorii, Poznań 1992. 

OPIEKUN PRZEDMIOTU (IMIĘ, NAZWISKO, ADRES E-MAIL) 

Marek Sikora, m.sikora@pwr.wroc.pl 

2 

5


Filozofia nauki i techniki 

Z EFEKTAMI KSZTAŁCENIA W ZAKRESIE NAUK TECHNICZNYCH NA WYDZIALE 

CHEMICZNYM 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

Odniesienie przedmiotowego efektu do 

efektów kształcenia zdefiniowanych dla 

kierunku studiów i specjalności (o ile 

dotyczy)** 

Cele 

przedmiotu*** 

Treści 

programowe*** 

Numer 

narzędzia 

dydaktycznego*** 

(wiedza) 

PEK_ HUM 

W07; 

PEK_ HUM 

W02 

(kompetencje 

społeczne) 

PEK_ HUM 

K01 

T2A_ W07 

T2A_W08 

C1, C2 Wy1 – Wy15 N1, N2 

T2A_K01 C3 Wy1-2; Wy12 

-Wy15 

N1, N2, N3 



2 

6



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 


Nazwa w języku polskim Seminarium dyplomowe (+ praca dyplomowa + 

przygotowanie do egzaminu dyplomowego) 


Kierunek studiów (jeśli dotyczy): Biotechnologia 





obowiązkowy 


BTC024001 

Grupa kursów 

NIE 


Graduation seminar and thesis preparation 



(ZZU) 



(CNPS) 



15 

300 

zaliczenie na 

ocenę 



(X) 








kontaktu (BK) 

10 

0,5 


KOMPETENCJI 

Wiedza teoretyczna i praktyczna niezbędna dla studiowanego kierunku studiów 

C1 

C2 

C3 


Nabycie umiejętności ustnego prezentowania celów i wyników swojej pracy. 

Nabycie umiejętności pisemnego opracowanie wyników własnych badań. 

Zapoznanie z formą publicznej dyskusji z uwzględnieniem obrony własnego 

stanowiska 

2 

7




PEK_W01 – ma pogłębioną wiedzę w zakresie tematu pracy dyplomowej. 



PEK_U01 – potrafi zastosować narzędzia informatyczne do przygotowania prezentacji 

multimedialnej, 

PEK_U02 – potrafi publicznie przedstawić przygotowana przez siebie prezentacje 

multimedialną. 

PEK_U03 – potrafi opracować wyniki i wyciągnąć wnioski ze swoich dokonań oraz bronić 

je podczas publicznej dyskusji. 

Se1 

- 

Se15 

N1 

N2 

N3 


Forma zajęć - seminarium 

Liczba 

godzin 

Przedstawienie prezentacji multimedialnej i udział w dyskusji 15 



konsultacje 

prezentacja multimedialna 

wygłoszenie referatu 






Numer 




kształcenia 

P 

PEK_W01 

PEK_U01 – 

PEK_U03 

ocena przedstawionej prezentacji i 

aktywności w dyskusjach 

(brak) 




Prowadzący poszczególne kursy Seminarium dyplomowe 

Przygotowanie karty: 

Prof.dr hab. inż. Piotr Drożdżewski, piotr.drozdzewski@pwr.wroc.pl 

2 

8


Seminarium dyplomowe 


(wszystkie kierunki Wydziału Chemicznego) 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

(wiedza) 

PEK_W01 


PEK_U01 

PEK_U02 

PEK_U03 






K2Abt_U33, K2Ach_U41, 

K2Aic_U27, K2Aim_U34, K2Atc_U36 







Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

C3 Se1-Se15 N1 



C2, C3 Se1-Se15 N1 



2 

9



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 

Analiza instrumentalna leków 

Instrumental drug analysis 


Bioinformatics, Medicinal chemistry 


Obowiązkowy 

CHC024004 

NIE 



Uczelni (ZZU) 

Liczba godzin 





15 30 

60 60 

zaliczenie 

na ocenę 

zaliczenie 

na ocenę 



(X) 




o charakterze 






(BK) 


0.5 1 


KOMPETENCJI 

1. Znajomość podstaw chemii analitycznej (wykład + laboratorium) 

2 

C1 


Zaznajomienie z technikami doświadczalnymi oraz procedurami przygotowania 

próbek w zakresie podstawowych instrumentalnych technik analitycznych leków 

3 

0

C2 

C3 

C4 

C5 

Zaznajomienie z teoretycznymi podstawami funkcjonowania odpowiedniej 

aparatury naukowej pomiarowej z zakresu analizy leków 

Zapoznanie z metodami pobierania i przygotowania próbek farmaceutyków w celu 

przeprowadzenia analizy chemicznej 

Uzyskanie podstawowych umiejętności związanych z zastosowaniem aparatury 

pomiarowej w instrumentalnej analizie chemicznej 

Nauczenie wykonywania podstawowych obliczeń niezbędnych do opracowania 

wyników przeprowadzanych oznaczeń i analiz 




PEK_W01 – zna podstawowe pojęcia związane z analizą farmaceutyczną, etapy procedury 

przygotowania próbek i analizy substancji czynnych 

PEK_W02 – zna parametry charakteryzując metody instrumentalne, wie, dlaczego metody i 

procedury stosowane w analizie farmaceutycznej powinny być poddane 

walidacji 

PEK_W03 – zna rodzaje metod spektroskopowych stosowanych w analizie leków, w 

szczególności metody spektrometrii atomowej oraz cząsteczkowej 

PEK_W04 – zna metody stosowane w analizie farmaceutycznej do wyznaczenia struktur 

chemicznych badanych substancji, tj. IR, NMR, XRD 

PEK_W05 – zna metody stosowane do chromatograficznego oraz elektroforetycznego 

rozdzielania badanych substancji 

PEK_W06 – zna podstawowe sposoby przygotowania próbek w analizie farmaceutycznej 



PEK_U01 – umie wybrać i zastosować optymalną dla danego rodzaju próbki i celu 

przeprowadzenia analizy metodę pobierania i przygotowania próbek 

medykamentów 

PEK_U02 – umie wybrać właściwą dla danego rodzaju próbki i celu przeprowadzenia 

analizy metodę pomiarową 

PEK_U03 – potrafi wykonać analizy z wykorzystaniem aparatury odpowiedniej rodzaju 

oznaczanego składnika i celu analizy 

PEK_U04 – umie wykonać obliczenia związane z wynikami przeprowadzonych analiz i 

oznaczeń, przeprowadzić ocenę poprawności uzyskanych wyników oraz 

weryfikację błędów pomiarowych 



PEK_K01 – potrafi pracować indywidualnie i w zespole, pracując w grupie potrafi 

przyjmować różne role 



Liczba 

godzin 

Wy1 Wstęp do analizy farmaceutycznej – podstawowe definicje i pojęcia, 2 

3 

1

etapy procedury przygotowania próbek i analizy substancji czynnych 

Wy2 

Parametry charakteryzując metody instrumentalne; walidacja metod i 

procedur stosowanych w analizie farmaceutycznej 

2 

Wy3 Wstęp do metod spektroskopowych stosowanych w analizie leków 2 

Wy4 

Przegląd metod spektroskopii atomowej oraz cząsteczkowej 

stosowanych w analizie farmaceutycznej do oznaczania badanych 

substancji – budowa aparatów, rodzaje układów optycznych i 

2 

detektorów, zastosowania 

Wy5 

Przegląd metod stosowanych w analizie farmaceutycznej do 

wyznaczenia struktur chemicznych badanych substancji – budowa 2 

aparatów, rodzaje układów optycznych i detektorów, zastosowania 

Wy6 

Przegląd metod stosowanych do chromatograficznego oraz 

elektroforetycznego rozdzielania badanych substancji 

2 

Wy7 

Techniki przygotowania próbek farmaceutycznych do pomiarów – 

zatężanie, rozdzielanie i wydzielania badanych substancji 

3 


Forma zajęć – laboratorium 

Liczba 

godzin 

La1 

Sposób prowadzenia i warunki zaliczenia kursu. Zasady 

2 

bezpieczeństwa pracy w laboratorium 

La2 Badanie własności preparatu zawierającego mleczan magnezu 4 

La3 Oznaczenie składników aktywnych preparatu 4 

La4 Oznaczenie głównych składników metalicznych i zanieczyszczeń 4 

La5 Statystyczna ocena wyników pomiarów 4 

La6 Zastosowanie proszkowej dyfrakcji rentgenowskiej w analizie leków 4 

La7 

Oznaczanie mikroelementów w polskich lekach ziołowych (1) – 4 

przygotowanie próbek 

La8 

Oznaczanie mikroelementów w polskich lekach ziołowych (2) – 4 

zastosowanie atomowej spektometrii absorpcyjnej 


N1 

N2 

N3 

N4 


Wykład informacyjny 

Wykonanie doświadczeń 

Przygotowanie sprawozdania 

Konsultacje 

P (laboratorium) 




Numer 



kształcenia 




P (wykład) 

PEK_W01- Egzamin końcowy 

PEK_W06 

PEK_U01- 

PEK_U04 

Średnia arytmetyczna ocen ze sprawozdań 

wykonanych na podstawie 

3 

2

PEK_K01 

przeprowadzonych analizy i uzyskanych 

wyników 



[15] A. Kar, Pharmaceutical Drug Analysis, New Age Internation (P) Ltd. Publishers, New 

Delhi, 2005 

[16] D. G. Watson, Pharmaceutical Analysis, Churchill Livingstone, Edinburgh, 1999 

[17] S. AHUJA, Stephen SCYPINSKI, Handbook of Modern Pharmaceutical Analysis, 

Academic Press, San Diego, 2000 


R. Kellner, J.-M. Mermet, M. Otto, H. M. Widmer (editors), Analytical Chemistry, Wiley- 

VCH, Weinheim, 1998 

Skoog D.A., West D.M., Holler F.J. (1996). Fundamentals of Analytical Chemistry, 

Saunders College Publishing 

WHO (1991). Guidelines for assessment of herbal medicines. Publications of the World 

Health Organisation, Geneva 



Dr hab. inż. Paweł Pohl, Prof. PWr, pawel.pohl@pwr.wroc.pl 


Instrumental drug analysis 





Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

(wiedza) 

PEK_W01- 

W06 


PEK_U01 - 

U04 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

S2Ach4_W03, S2bt5_W06 C1, C2 Wy1-Wy7 N1 

S2Ach4_U03, S2bt5_U09 C3-C5 La2- La8 N2-N4 



3 

3




Wstęp do statystyki praktycznej 

Zał. nr 4 do ZW 

Introduction to practical statistics 


Kierunek studiów (jeśli dotyczy) Biotechnologia 

Specjalność (jeśli dotyczy): Bioinformatics, Chemical metallurgy, Medicinal 

chemistry, Organic and polymer chemistry 

Stopień studiów i forma: II stopień*, stacjonarna / niestacjonarna* 

Rodzaj przedmiotu: obowiązkowy / wybieralny / ogólnouczelniany * 


MAP003047 

Grupa kursów 

TAK / NIE* 



(ZZU) 



(CNPS) 



15 15 

60 30 

Zaliczenie 

na ocenę 

Zaliczenie 

na ocenę 










kontaktu (BK) 

1 

0,5 0,5 


KOMPETENCJI 

19. Zna i umie stosować podstawowe pojęcia analizy matematycznej. 

20. Zna elementy rachunku prawdopodobieństwa odpowiadające maturze na poziomie 

podstawowym. 


C1 Poznanie i nabycie umiejętności stosowania podstawowych metod analizy opisowej i graficznej 

danych empirycznych. 

C2 Poznanie podstawowych pojęć probabilistyki i ich zastosowania w modelowaniu matematycznym. 

C3 Nabycie umiejętności kreowania modeli statystycznych wraz z formułowaniem założeń. 

C4 Nabycie umiejętności dobierania procedur i algorytmów obliczeniowych do sprecyzowanych 

zadań analiz statystycznych. 


3 

4


Z zakresu wiedzy student: 

PEK_W01 zna podstawowe metody graficznej prezentacji danych i techniki stosowane do ich 

uzyskania 

PEK_W02 ma podstawową wiedzę o modelowaniu zjawisk losowych i stosowaniu modeli 

probabilistycznych 

PEK_W03 zna konstrukcję podstawowych statystyk opisowych i algorytmy ich wyznaczania 

PEK_W04 zna metody estymacji stosowane w podstawowych modelach parametrycznych 

PEK_W05 zna testy istotności dla parametrów modeli parametrycznych oraz podstawowe 

testy nieparametryczne 

Z zakresu umiejętności student: 

PEK_U01 potrafi stosować metody graficzne do prezentacji danych eksperymentalnych 

PEK_U02 umie wykonać podstawowe operacje związane z elementami modeli 

probabilistycznych 

PEK_U03 potrafi dobrać podstawowe statystyk opisowych do danych eksperymentalnych i je 

wyznaczyć 

PEK_U04 potrafi dobrać test statystyczny do potrzeb analizy typowych danych 

eksperymentalnych 


PEK_K01 potrafi wyszukiwać i korzystać z literatury zalecanej do kursu oraz samodzielnie 

zdobywać wiedzę 

PEK_K02 potrafi wykorzystywać narzędzia informatyczne do podstawowej analizy modeli 

matematycznych 

PEK_K03 rozumie konieczność systematycznej i samodzielnej pracy nad opanowaniem 

materiału kursu 


Forma zajęć – wykłady 

Visual and numerical description of data. Variables. Frequency 

histogram. Typical statistics: mean, median, quantiles, variance, 

Wy1 standard deviation. Linear transformations of variables. 

2 

Densities. Skewness. Normal distribution: probabilities and quantiles. 

Standardization. Normal probability plot. 

Explanatory and response variables. Scatterplot. Linear regression. 

Correlation. Residuals. Causality. 

Wy2 

Experimental and observational studies. Controls. Sampling and 

randomization. Random numbers. Block designs. Statistical 

2 

significance. Parameters and statistics. Sampling distributions. Bias 

and variability. 

Binomial distribution in sampling: probabilities and parameters. 

Means and sums in the binomial setting. Central limit theorem for the 

Wy3 

binomial distribution. 

Sampling distrubution of the sample mean: their expetation and 

2 

standard deviation. Independence. Central limit theorem for the sample 

mean. 

Wy4 Tests of significance. Tests for the mean based on the central limit 2 

Liczba godzin 

3 

5

theorem. Hypotheses, P-value, significance level, directional and 

nondirectional tests. Statistical significance and practical importance. 

Bonferroni correction. 

Wy5 

Significance tests and confidence intervals based on Student 

distribution. One-sample and two-samples tests. 

Significance tests and confidence intervals for proportions. Planning 

2 

the size of the experiment. 

Wy6 

Contingency tables. Joints, marginal and conditional distributions. 

Chi-square test for independence. Simpson paradox. 

Statistical models for linear regression. Confidence intervals for 

2 

parameters and prediction in regression. 

Wy7 

Analysis of variance. Structure of data. Hypotheses and test statistics. 

Pairwise comparisons. 

2 

Wy8 Final 1 


Forma zajęć - ćwiczenia 

Ćw1 Describing distributions. Calculating basic statistics. Calculations for 

the normal distributions. 

2 

Ćw2 Planing and performing statistical studies. 2 

Ćw3 Calculating sampling distributions and their parameters. Approximate 

normal calculations. 

2 

Ćw4 Formulating hypotheses, calculating P-values, performin normal 

tests. 

2 

Ćw5 Midterm 1 

Ćw6 T-tests and confidence intervals for means. Tests and intervals for 

proportions. Plan sufficient sample size. 

2 

Ćw7 Test for independence in contingency tables. 2 

Ćw8 Perform statistical analysis of linear regression and one-factor 

analysis of variance. 

2 



1. Wykład – metoda tradycyjna. 

2. Ćwiczenia problemowe i rachunkowe – metoda tradycyjna. 

3. Konsultacje 

4. Praca własna studenta – przygotowanie do ćwiczeń i kolokwium. 


Liczba godzin 


(w trakcie semestru), 

P – podsumowująca 

(na koniec semestru) 

P-Wy 

P-Ćw 

Numer efektu 

kształcenia 

PEK_W01-PEK_W05 

PEK_K01-PEK_K03 

PEK_U01-PEK_U04 

PEK_K01-PEK_K03 


kolokwium 

odpowiedzi ustne, kartkówki, kolokwium 

3 

6



6. J. Koronacki, J. Mielniczuk, Statystyka dla studentów kierunków technicznych i 

przyrodniczych, WNT, Warszawa 2004. 

7. L. Gajek, M. Kałuszka, Wnioskowanie statystyczne. Modele i metody. WNT, 

Warszawa 2004. 

8. J. Greń, Statystyka matematyczna. Modele i zadania, PWN, Warszawa 1976. 

9. W. Kordecki, Rachunek prawdopodobieństwa i statystyka matematyczna. Definicje, 

twierdzenia, wzory, Oficyna Wydawnicza GiS, Wrocław 2002. 

10. H. Jasiulewicz, W. Kordecki, Rachunek prawdopodobieństwa i statystyka 

matematyczna. Przykłady i zadania. GiS, Wrocław 2001. 


[1] T. Inglot, T. Ledwina, Z. Ławniczak, Materiały do ćwiczeń z rachunku 

prawdopodobieństwa i statystyki matematycznej, Wydawnictwo Politechniki 

Wrocławskiej, Wrocław 1984. 

[2] W. Klonecki, Statystyka matematyczna, PWN, Warszawa 1999. 

[3] W. Krysicki, J. Bartos, W. Dyczka, K. Królikowska, M. Wasilewski, Rachunek 

prawdopodobieństwa i statystyka matematyczna w zadaniach, Cz. I-II, PWN, 

Warszawa 2007. 

[4] D. Moore, G. McCabe, Introduction to the Practice of Statistics, ed. IV, Freeman, 

2003. 


Prof. dr hab. Krzysztof Bogdan (bogdan@pwr.wroc.pl) 

Komisja programowa Instytutu Matematyki i Informatyki 

3 

7


Introduction to practical statistics 


I SPECJALNOŚCI Bioinformatics 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 




dotyczy) 

Cele 

przedmiotu** 

Treści 

programowe** 

Numer narzędzia 

dydaktycznego** 

PEK_W01 

(wiedza) 

C1, C2 Wy1 1,3,4 

PEK_W02 C1-C4 Wy1-Wy8 1,3,4 

PEK_W03 C1 Wy4-Wy8 1,3,4 

PEK_W04 C1, C3, C4 Wy4, Wy5 1,3,4 

PEK_W05 C1, C3, C4 Wy6-Wy8 1,3,4 

PEK_U01 


C1 Ćw1, Ćw8 1,2,3,4 

PEK_U02 C1-C4 Ćw1-Ćw4, 1,2,3,4 

Ćw8 

PEK_U03 C1 Ćw5, Ćw8 1,2,3,4 

PEK_U04 C1, C3, C4 Ćw6-Ćw8 1,2,3,4 

PEK_K01 

(kompetencje) 

C1-C4 Wy1-Wy8 

Ćw1-Ćw8 

PEK_K02 C1-C4 Wy1-Wy8 

Ćw1-Ćw8 

PEK_K03 C1-C4 Wy1-Wy8 

Ćw1-Ćw8 

** - z tabeli powyżej 

1,2,3,4 

1,2,3,4 

1,2,3,4 

3 

8



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 


Metodologia badań doświadczalnych 

Methodology of experimental research 




obowiązkowy 

FLC024003 

NIE 



Uczelni (ZZU) 

Liczba godzin 





30 

90 

zaliczenie 

na ocenę 



(X) 




o charakterze 






(BK) 


1 


KOMPETENCJI 

Podstawy chemii ogólnej i organicznej. 

Podstawy biochemii. 

3 

9

C1 

C2 

C3 

C4 

C5 

C6 

C7 


Zapoznanie studentów z podstawami metodologii badań eksperymentalnych. 

Zapoznanie z wybranymi aspektami badan eksperymentalnych jak analiza i 

interpretacja wyników, błędy i niepewność pomiaru, tworzenie modeli i hipotez. 

Zapoznanie się z wybranymi metodami badawczymi stosowanymi w chemii i 

biochemii. 

Nauczenie prowadzenia notatek laboratoryjnych oraz pisanie raportów z badań. 

Nauczanie organizacji badań i planowania eksperymentu 

Zapoznanie się z bazami danych i programami do obróbki wyników. 

Zapoznanie z problemami etyki w badaniach naukowych. 




PEK_W01 - zna podstawowe typy metod naukowych. 

PEK_W02 - zna podstawowe bazy danych. 

PEK_W03 - wie jak poprawnie prowadzi się dziennik laboratoryjny i potrafi przygotować 

raport z badań. 

PEK_W04 - zna podstawowe metody badawcze stosowane w chemii i biochemii. 

PEK_W05 - zna podstawowe aspekty etyki prowadzenia badań naukowych. 

PEK_W06 - potrafi sformułować problem badawczy. 

PEK_W07 - potrafi zaplanować eksperyment i dokonać analizy uzyskanych wyników. 



Liczba 

godzin 

Wy1 Podstawowe pojęcia i typy metod naukowych. 2 

Wy2 Wybór przedmiotu badań i formułowanie problemów badawczych. 2 

Wy3 Metody badawcze w chemii. 2 

Wy4 Metody badawcze w biochemii. 2 

Wy5 Formułowanie praw i konstruowanie modeli. 2 

Wy6 Interpretacja i analiza wyników. 2 

Wy7 Błędy pomiarowe i ich rodzaje. Niepewność wyników. 2 

Wy8 Prowadzenie notatek laboratoryjnych i pisanie raportów. 2 

Wy9 Weryfikacja hipotez. 2 

Wy10 Walidacja metody. 2 

Wy11 Planowanie bezpiecznego eksperymentu. 2 

Wy12 Zarządzanie czasem i projektem. 2 

Bazy danych oraz podstawowe oprogramowanie do analizy 

Wy13 

wyników. 

2 

Wy14 Organizacja grupy badawczej. 2 

Wy15 Etyka w nauce i badaniach naukowych. 2 

4 

0


N1 






Numer 



kształcenia 




F 

PEK_W01- Dwie prace pisemne 

PEK_W07 

P=średnia arytmetyczna z uzyskanych ocen 



[18] R. B. Burns, Introduction to research methods, SAGE Publications Ltd, 2000. 

[19] C. Fini, A. Floridi, V. N. Finelli, Laboratory Methodology in Biochemistry, CRC 

Press, 1989. 


[3] Dowolne podręczniki do chemii ogólnej, organicznej oraz biochemii. 



Dr inż. Waldemar Goldeman, waldemar.goldeman@pwr.wroc.pl 

Dr inż. Marcin Sieńczyk, marcin.sienczyk@pwr.wroc.pl 

4 

1


Metodologia badań doświadczalnych 




Bioinformatyka 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

(wiedza) 

PEK_W01 

K2Abt_W02 C1 Wy1 N1 

PEK_W02 K2Abt_W02 C6 Wy13 N1 


PEK_W04 K2Abt_W02 C3 Wy3,Wy4 N1 



PEK_W07 K2Abt_W02 C2,C5 



Wy5-7, Wy9- 

12, Wy14 

N1 

4 

2



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 


Dynamika molekularna 

Molecular Dynamics 




obowiązkowy 

CHC024052 

NIE 



(ZZU) 



(CNPS) 



30 30 

120 60 

zaliczenie na 

ocenę 

zaliczenie na 

ocenę 



(X) 








kontaktu (BK) 

2 

1 1 


KOMPETENCJI 

Znajomość chemii fizycznej na poziomie I stopnia studiów chemicznych 

Znajomość analizy matematycznej na poziomie I stopnia studiów chemicznych 

C1 

C2 

C3 


Zapoznanie studentów z podstawową wiedzą z termodynamiki statystycznej. 

Zapoznanie studentów z projektowaniem pól siłowych i schematem obliczeń 

dynamiki molekularnej. 

Uzyskanie podstawowej wiedzy o algorytmach wykorzystywanych w symulacjach 

dynamiki molekularnej. 

4 

3

C4 

Nauczenie wykonywania podstawowych obliczeń symulacji dynamiki molekularnej. 




PEK_W01 – zna podstawowe pojęcia i prawa termodynamiki statystycznej, 

PEK_W02 – potrafi prawidłowo zapisać równanie energii potencjalnej dla pola siłowego i 

równania dla poszczególnych jej składowych, 

PEK_W03 – ma podstawowe wiadomości o metodach poszukiwania globalnego minimum w 

układach biologicznych, 

PEK_W04 – zna podstawy i potrafi posługiwać się kryteriami wyboru algorytmów 

całkowania, 

PEK_W05 – zna podstawowe metody kontrolowania temperatury i ciśnienia w trakcie 

symulacji dynamiki molekularnej, 

PEK_W06 – zna podstawowe metody obliczania entalpii swobodnej w metodzie dynamiki 

molekularnej, 

PEK_W07 – potrafi zanalizować wyniki uzyskane z obliczeń dynamiki molekularnej. 



PEK_U01 – potrafi praktycznie posługiwać się systemem operacyjnym Linux, 

PEK_U02 – potrafi praktycznie posługiwać się programami do wizualizacji i modyfikacji 

biomolekuł, 

PEK_U03 – umie przygotować pliki wsadowe i potrafi wykonać proste obliczenia 

minimalizacji i dynamiki molekularnej dla rozpuszczalnika, 

PEK_U04 – umie przeprowadzić podstawowe obliczenia dynamki molekularnej dla białek. 

Wy1 

Wy2 

Wy3 



Pojęcia podstawowe. Mechanika molekularna vs. mechanika 

kwantowa. Ograniczenia w zastosowaniu mechaniki molekularnej do 

opisywania zjawisk fizykochemicznych w układach molekularnych. 

Realizm symulacji dynamiki molekularnej w odniesieniu do 

danych eksperymentalnych. Krok czasowy w dynamice molekularnej 

w opisie określonych zjawisk fizykochemicznych 

Wstęp do termodynamiki statystycznej. Permutacje i konfiguracje. 

Teoria prawdopodobieństwa w chemii. Przybliżenie Stirlinga. 

Rozkład Boltzmanna. Funkcja rozdziału. Znaczenie rozkładu 

Boltzmanna w chemii. Zespoły statystyczne. Zespół kanoniczny. 

Kanoniczna funkcja rozdziału: człon translacyjny, rotacyjny, 

oscylacyjny i elektronowy. 

Wstęp do termodynamiki statystycznej – część 2. Energia 

wewnętrzna a funkcja rozdziału: wkład translacyjny, rotacyjny, 

oscylacyjny, elektronowy. Pojemność cieplna w stałej objętości a 

funkcja rozdziału. Entropia a funkcja rozdziału. Równanie 

Liczba godzin 

2 

2 

2 

4 

4

Boltzmanna wiążące entropię z kanoniczną funkcją rozdziału. 

Entropia rezydualna. Entalpia swobodna i stała równowagi 

chemicznej a funkcja rozdziału. 

Wy4 Kolokwium nr 1. Termodynamika statystyczna 2 

Wy5 

Pola siłowe – część 1. Definicja pola siłowa. Energia potencjalna w 

polu siłowym. Składowe wiążące i niewiążące potencjału. Potencjał 

harmoniczny i potencjał Morse'a. Człony mieszane. Model ładunków 

punktowych. Procedura RESP. Potencjał Buckinghama i Lennarda- 2 

Jonesa. Reguły kombinacyjne do tworzenia parametrów van der 

Waalsa. Skalowanie oddziaływań niewiążących. Koszt obliczenia 

poszczególnych członów oddziaływania. 

Wy6 

Pola siłowe – część 2. Pola siłowe: 'all-atom' i 'united-atom'. 

Transferowalność parametrów pól siłowych pomiędzy różnymi 

polami siłowymi. Algorytm optymalizujący parametry pola siłowego 

2 

dla danej cząstki. Dokładność popularnych pól siłowych. 

Przygotowanie plików wsadowych do obliczeń dynamiki 

Wy7 

molekularnej. Zapoznanie się z podstawowymi możliwościami 

programu GROMACS. Jak wybrać strukturę początkową? Wybór 

pola siłowego. Fazy prowadzenia obliczeń MD: minimalizacja, faza 

2 

podgrzewania, równoważenia i produkcyjna. Przygotowanie danych 

do obliczeń MD. 

Wy8 

Metody poszukiwania globalnego minimum w biomolekułach. 

Metody minimalizacji energii. Paradoks Levinthala. Lokalne i 

globalne minima w bioukładach. Metoda Monte-Carlo. Metoda 

symulowanego wyżarzania. Metoda algorytmów genetycznych. 

Metoda wzrostu łańcucha. Modelowanie przez homologię. Metoda 

2 

bazująca na więzach geometrycznych uzyskanych z metod 

eksperymentalnych. Metoda bazująca na fragmentach 

molekularnych. 

Wy9 

Algorytmy MD – część 1. Determinizm. Niestabilność Lyapunova. 

Formalizm Newtona. Formalizm Lagranga. Formalizm Hamiltona. 

Algorytmy całkowania: Eulera, Verlet, velocity-Verlet, leap-frog, 2 

predictor-corrector. Pożądane cechy algorytmów całkowania. 

Kryteria wyboru algorytmu całkowania. 

Algorytmy MD – część 2. Kryteria wyboru kroku całkowania. 

Wy10 Algorytmy 'Shake' i 'Rattle'. Metoda 'Multiple time-step'. Operator 2 

Liouvilla. 

Algorytmy MD – część 3. Periodyczne warunki brzegowe. 'Minimum 

Wy11 image convention'. Technika cut-off. Funkcje 'switching' i 'shifting'. 2 

Metoda 'Neighbor list', 'Cell list ' i 'Verlet list'. 

Algorytmy MD – część 4. Temperatura i ciśnienie w MD. Metody 

kontrolowania temperatury w MD: stochastyczne, słabo-sprzęgające, 

Wy12 silnie-sprzęgające i metoda Nose-Hoovera. Metody kontrolowania 2 

ciśnienia w MD: skalowania objętości, Berendsena, Nose-Hoovera i 

Andersena. 

Obliczenia energii/entalpii swobodnej w MD. Algorytmy 

Wy13 obliczania energii swobodnej w MD: 'Thermodynamic perturbation' 2 

(np. Metoda powolnego wzrostu), 'Thermodynamic integration' i 

4 

5

'Linear interaction energy'. Energia swobodna solwatacji. Energia 

swobodna wiązania inhibitora do enzymu. 

Analiza wyników uzyskanych z symulacji MD. Wartości średnie – 

temperatura i ciśnienie. Fluktuacje: izochoryczna i izobaryczna 

pojemność cieplna. Wielkości strukturalne: funkcja rozkładu par i 

Wy14 

2 

statyczny czynnik struktury. Wielkości dynamiczne: współczynnik 

dyfuzji, funkcja autokorelacji prędkości, dynamiczny czynnik 

struktury, MSD. Funkcja autokorelacji momentu dipolowego. 

Wy15 Kolokwium nr 2. Algorytmy MD 2 



Ćw1 

Sposób prowadzenia i zaliczenia laboratorium. Dokładność 

obliczeń. 

2 

Ćw2 Zapoznanie się z podstawowymi komendami Linuxa. 2 

Ćw3 

Zapoznanie się z podstawowymi komendami edytora tekstu 'vim' w 

systemie Linux/Unix. 

2 

Ćw4 

Macierz 'Z' i jej konstrukcja dla przykładowych cząsteczek z 

użyciem programu Molden. 

2 

Zapoznanie się z podstawowymi funkcjami programu VMD 

Ćw5 służacego do wizualizacji biomolekuł. Wykorzystanie języka 2 

skryptowego Tcl/Tk do obsługi programu. 

Ćw6 

VMD jako narzędzie do analizy rezultatów obliczeń dynamiki 

molekularnej. 

2 

Przygotowanie danych i plików wsadowych do symulacji MD 216 

Ćw7 cząsteczek wody w programie GROMACS. Obliczenia i analiza 2 

wyników. 

Ćw8 

Przygotowanie danych i plików wsadowych do symulacji MD 216 

cząsteczek metanolu. Obliczenia i analiza wyników. 

2 

Przygotowanie danych i plików wsadowych do symulacji MD 

Ćw9 mieszaniny złożonej z metanolu i wody. Obliczenia i analiza 2 

wyników. 

Ćw10 

Przygotowanie danych i plików wsadowych do symulacji MD dla 

rybonukleazy S w wodzie. Symulacje MD. 

2 

Ćw11 

Analiza wyników symulacji dynamiki molekularnej dla 

rybonukleazy S w wodzie. 

2 

Przygotowanie danych i plików wsadowych do obliczeń MD dla 

Ćw12 inhibitora trypsyny trzustki wołowej (BPTI) w wodzie – 

2 

minimalizacja układu 

Ćw13 

Obliczenia MD dla inhibitora trypsyny trzustki wołowej (BPTI) w 

wodzie – faza podgrzewania, równoważenia i produkcyjna MD. 

2 

Analiza trajektorii MD dla białka BPTI: obliczenia RMSD, RMSF, 

Ćw14 

energii kinetycznej, temperatury, ciśnienia, wykresu 

Ramachandrana, analiza wiązań wodorowych i mostków solnych, 

2 

analiza gęstości białka i rozpuszczalnika, 

Jak zmiana kroku czasowego, pola siłowego, zmiana współrzędnych 

Ćw15 początkowych białka, zmiana algorytmu i sposób obliczania 

2 

oddziaływań van der Waalsa wpływa na właściwości fizyczne białka 

Liczba godzin 

4 

6

– analiza. 


N1 

N2 

N3 

N4 



rozwiązywanie zadań 

wykorzystanie oprogramowania 

przygotowanie sprawozdania 









F1 (wykład) PEK_W01 Kolokwium 1 

F2 (wykład) PEK_W02 – Kolokwium 2 

PEK_W07 

P (laboratorium) PEK_U01 – Raport 

PEK_U05 

P (wykład) = 3,0 jeżeli (F1 + F2) = 50-60% max. liczby punktów. 





5,5 jeżeli (F1 + F2) = 100% max. liczby punktów. 



11. D. Frenkel, B. Smith “Understanding Molecular Simulation”, Academic Press, 2001. 

12. J.M. Haile “Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods”, Wiley- 

Interscience, 1997. 


[1] M. P. Allen, D. J. Tildesley “Computer Simulation of Liquids”, Oxford University Press, 

1989. 



4 

7

dr hab. Tadeusz Andruniów, tadeusz.andruniów@pwr.wroc.pl 


Molecular dynamics 


Biotechnologia, specjalność: bioinformatics 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

(wiedza) 

PEK_W01 

S2bt5_W02 C1 Wy1-Wy4 N1, N2 

PEK_W02 S2bt5_W02 C2 Wy5-Wy6 N1 

PEK_W03 S2bt5_W02 C2 Wy7-Wy8 N1 

PEK_W04 S2bt5_W02 C3 Wy9–Wy11 N1 



PEK_W07 S2bt5_W02 C3 Wy14– Wy15 N1 


PEK_U01 

S2bt5_U02 C4 La1 – La3 N3 

PEK_U02 S2bt5_U02 C4 La4 – La6 N3 

PEK_U03 S2bt5_U02 C4 La7-La9 N3,N4 

PEK_U04 S2bt5_U02 C4 La10– La15 N3, N4 



4 

8



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 

Modelowanie molekularne 

Molecular modeling 




Obowiązkowy 

CHC024006 

NIE 



Uczelni (ZZU) 

Liczba godzin 





15 30 15 

60 60 15 

egzamin 

zaliczenie 

na ocenę 

zaliczenie 

na ocenę 



(X) 

Liczba punktów ECTS 2 2 1 



o charakterze 






(BK) 

2 1 

0,5 1 0,5 


KOMPETENCJI 

Znajomość teorii budowy atomu i cząsteczki 

Znajomość analizy matematycznej 

Znajomość technologii informatycznych 

Znajomość chemii organicznej 

4 

9

C1 

C2 

C3 

C4 

C5 


Zapoznanie studentów z konstrukcją trójwymiarowych modeli molekularnych 

Zapoznanie studentów z metodami kwantochemicznymi 

Zapoznanie studentów z teorią oddziaływań międzycząsteczkowych 

Zapoznanie studentów z technikami modelowania agregatów biocząsteczek 

Zapoznanie studentów z technikami modelowania reakcji chemicznych i 

biokatalizatorów 




PEK_W01 – zna matematyczne podstawy konstrukcji trójwymiarowych modeli 

molekularnych oraz ich transformacji 

PEK_W02 - ma podstawowe wiadomości o metodach obliczeniowych stosowanych w 

modelowaniu molekularnym i zna ich zakres stosowalności 

PEK_W03 - zna charakterystyki głównych składowych energii oddziaływań 

międzycząsteczkowych 

PEK_W04 - zna techniki projektowania ligandów i biokatalizatorów 



PEK_U01 – potrafi skonstruować trójwymiarowy model cząsteczki w oparciu o przyjęte 

typy hybrydyzacji 

PEK_U02 – umie przewidzieć drogą obliczeń strukturę i właściwości cząsteczki 

PEK_U03 - potrafi zaproponować możliwe struktury agregatów molekularnych 

PEK_U04 - potrafi analizować oddziaływania ligandów z białkami 

PEK_U05 - potrafi modelować dynamiczne właściwości agregatów molekularnych 

Wy1 

Wy2 



Pojęcia podstawowe. Interdyscyplinarny charakter modelowania 

molekularnego. Typowe zagadnienia rozwiązywane metodami 

modelowania molekularnego. Źródła informacji strukturalnych. 

Algorytm konstrukcji trójwymiarowych modeli molekularnych. 

Hybrydyzacja. Przykłady konstrukcji modeli molekularnych. 

Podstawowe transformacje współrzędnych. Elementarne pojęcia 

grafiki molekularnej. Techniki wizualizacji cząsteczek 

chemicznych. Przegląd źródeł literaturowych. 

Repetytorium podstawowych pojęć mechaniki kwantowej. 

Przegląd metod obliczeniowych chemii kwantowej. Metoda HMO 

LCAO MO. Teoretyczne przewidywanie wielkości fizycznych. 

Liczba 

godzin 

2 

2 

5 

0

Przewidywanie struktury izolowanych cząsteczek chemicznych. 

Wy3 Cwiczenia i test z zakresu konstrukcji modeli molekularnych 2 

Wy4 

Podstawowe pojęcia teorii oddziaływań międzycząsteczkowych. 

Rachunek zaburzeń. Charakterystyki głównych składowych energii 2 

oddziaływań międzycząsteczkowych. 

Wy5 

Wiązania wodorowe. Rozkład ładunku w cząsteczkach chemicznych 

i modele elektrostatyczne. Pola siłowe. Przewidywanie struktury 2 

agregatów molekularnych. 

Wy6 

Cwiczenia i test z zakresu przewidywania właściwości cząsteczek 

chemicznych oraz przewidywania struktury agregatów 

2 


Wy7 

Modelowanie oddziaływań w receptorach i centrach aktywnych 

enzymów. Projektowanie leków. Elementy dynamiki molekularnej. 2 

Modelowanie struktury białek przez homologię. 

Wy8 

Analiza aktywności katalitycznej enzymów i projektowanie 

biokatalizatorów. 

1 



Liczba 

godzin 

La1 

Wprowadzenie do tematyki zajęć i organizacji pracy w laboratorium 2 

komputerowym. 

La2 Sposoby reprezentowania struktury cząsteczki. 2 

La3 Przygotowanie symulacji dynamiki molekularnej. 2 

La4 Analiza trajektorii dynamiki molekularnej. 2 

La5 Zadanie obliczeniowe nr 1. 2 

La6 

Opis struktury cząsteczki za pomocą macierzy Z - wprowadzenie do 2 

programu Molden. 

La7 

Wprowadzenie teoretyczne do metod stosowanych w kwantowochemicznych 

obliczeniach struktury i właściwości cząsteczek. 

2 

La8 

Optymalizacja geometrii i obliczenie podstawowych właściwości 2 

cząsteczek metodami kwantowo-chemicznymi. 

La9 

Analiza i wizualizacja wyników obliczeń kwantowo-chemicznych. 2 

Analiza częstości drgań normalnych. 

La10 

Oddziaływania niekowalencyjne - struktura kompleksu i obliczenia 2 

energii oddziaływania. 



La13 

Wprowadzenie teoretyczne do metod stosowanych w dokowaniu in 2 

silico. 

La14 Przeprowadzenie symulacji dokowania receptor-ligand. 2 



Forma zajęć – seminarium 

Liczba 

5 

1

Se1 

Se2 

Se3 

Se4 

Se5 

Se6 

Se7 

Se8 

N1 

N2 

N3 

N4 

N5 

Referaty uczestników dotyczące wybranych technik modelowania 2 

molekularnego (przewidywanie struktury białek, modelowanie 

przez homologię) 


molekularnego (techniki nakładania cząsteczek, dokowanie, 

przewidywanie stanów protonacji) 


molekularnego(modelowanie receptorów, sensorów, przełączników 

molekularnych, motorów molekularnych) 


molekularnego( wykorzystanie algorytmów genetycznych, sieci 

neuronowych w modelowaniu molekularnym) 


molekularnego( projektowanie leków) 


molekularnego(modelowanie widm IR, Ramana, UV, NMR) 


molekularnego(modelowanie reakcji chemicznych, stanów 

przejściowych) 


molekularnego(projektowanie biokatalizatorów) 




Rozwiązywanie zadań 

Wykorzystywanie oprogramowania do rozwiązywania zadań 

Referat z prezentacją multimedialną 

Przygotowanie sprawozdania 

godzin 






Numer 




F1 (wykład) PEK_U01 Test cząstkowy I 

F2 (wykład) 

PEK_U02 Test cząstkowy II 

PEK_U03 

P1 (wykład) = F1 + F2 

P2 (seminarium) 

PEK_W01 

PEK_W02 

PEK_W03 

PEK_W04 

Referaty z prezentacjami multimedialnymi 

F3 (laboratorium) PEK_U05 Sprawozdanie z wyników projektu 

obliczeniowego I 

5 

2

F4 (laboratorium) PEK_U01 

PEK_U02 

Sprawozdanie z wyników projektu 

obliczeniowego II 

F5 (laboratorium) PEK_U02 

PEK_U03 

Sprawozdanie z wyników projektu 

obliczeniowego III 

F6 (laboratorium) PEK_U04 Sprawozdanie z wyników projektu 

obliczeniowego IV 

P3 (laboratorium) = F3 + F4 + F5 + F6 



13. K. Pigon, Z. Ruziewicz, Chemia Fizyczna T.2 Fizykochemia molekularna, PWN, 2011 

14. L. Piela, Idee chemii kwantowej, 2 wydanie, PWN 2012 

15. A.R. Leach, Molecular Modeling:Principles and Applications, 2 wydanie, Prentice 

Hall, 2001 

16. H.D. Hotje, Molecular modeling. Basic principles and applications, 3 wydanie, Wiley, 

2008 

17. T. Schlick, Molecular modeling and simulation, Springer, 2002. 

18. A. Michalak - Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej 

http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ 


21. R.F. Nalewajski: Podstawy i metody chemii kwantowej: wykłady. Warszawa: 

Wydawnictwo Naukowe PWN, 2001. 

22. F. Jensen, Introduction to computational chemistry, Wiley, 2006 (2-nd Ed) 

23. J.M. Goodman, Chemical Applications of Molecular Modeling, RSC, 1999. 

24. J.P. Doucet, J. Weber, Computer-Aided Molecular Design, 1996,Academic Press, 

1996 

25. G.H. Grant, W.G. Richards, Computational chemistry, Oxford Sci. Publ., 1995 

26. http://cmm.info.nih.gov/modeling/ 



Prof. dr hab.inż. W. Andrzej Sokalski, sokalski@pwr.wroc.pl 

5 

3


Molecular modeling 





Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

(wiedza) 

PEK_W01 

PEK_W02 

PEK_W03 

PEK_W04 

Wykład i seminarium 






T2A_W02 T2A_W03 

X2A_W02 X2A_W03 

T2A_W02 T2A_W03 

X2A_W02 X2A_W03 

T2A_W02 T2A_W03 

X2A_W02 X2A_W03 

T2A_W02 T2A_W03 

X2A_W02 X2A_W03 

Cele 

przedmiotu 

*** 

C1 

C2 

C3 

C4, C5 

Treści 

programowe 

*** 

Wy1,Wy3 

Se1, Se2 

Wy2,Wy6 

Se3, Se4 

Wy4, Wy6 

Se5, Se6 

Wy7, Wy8 

Se7,Se8 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

N1,N2, N4 

N1,N2, N4 

N1,N2, N4 

N1,N4 

Laboratorium 


PEK_U01 

PEK_U02 

PEK_U03 

PEK_U04 

PEK_U05 

Kierunek: biotechnologia, specjalność: bioinformatics 

T2A_U01 T2A_U08 T2A_U11 

C1 La2, La6 N2, N3, N5 

InzA_U01 

T2A_U01 T2A_U08 T2A_U11 

La7, La8, La9, 

C2 

N2, N3, N5 

InzA_U01 

La11 

T2A_U01 T2A_U08 T2A_U11 

C3 La10, La12 N3, N5 

InzA_U01 

T2A_U01 T2A_U08 T2A_U11 

La13, La14, 

C4 

N3, N5 

InzA_U01 

La15 

T2A_U01 T2A_U08 T2A_U11 

C4 La3, La4, La5 N3, N5 

InzA_U01 

Laboratorium 

Kierunek: chemia, specjalność: medicinal chemistry 


PEK_U01 

X2A_U03 X2A_U04 InzA_U01 C1 La2, La3 N2, N3, N5 

PEK_U02 X2A_U03 X2A_U04 InzA_U01 C2 

La4, La5, La6, 

La8 

N2, N3, N5 

PEK_U03 X2A_U03 X2A_U04 InzA_U01 C3 La7, La9 N3, N5 

PEK_U04 X2A_U03 X2A_U04 InzA_U01 C4 La10, La11 N3, N5 

PEK_U05 X2A_U03 X2A_U04 InzA_U01 C4 

La12, La13, 

La14 

N3, N5 

5 

4

Zał. nr 4 do ZW 33/2012 


Wydział Chemiczny 


Nazwa w języku polskim Sieci i stacje robocze z systemem unix 

Nazwa w języku angielskim Networks and workstations with unix system 

Kierunek studiów (jeśli dotyczy): …biotechnologia 

Specjalność (jeśli dotyczy): …bioinformatics 



Kod przedmiotu INC024002l 

Grupa kursów NIE 



(ZZU) 



(CNPS) 



30 

60 

zaliczenie na 

ocenę 










kontaktu (BK) 


2 

1 


KOMPETENCJI 

Znajomość języka angielskiego na poziomie podstawowym 

2. Umiejętność elementarnej obsługi komputera 

\ 


C1 Nabycie wiedzy na temat mechanizmów, według których funkcjonują systemy uniksowe 

C2 Wykształcenie umiejętności pracy w systemie uniksowym, na poziomie samodzielnej administracji. 

C3. Zrozumienie zasad działania sieci opartej o protokół internetowy 

C4. Nauczenie korzystania w systemie uniksowym z usług sieciowych i poznanie metod oraz zasad ich 

udostępniania. 

5 

5


Z zakresu wiedzy, 

osoba, która zaliczyła przedmiot: 

PEK_W01 zna mechanizmy funkcjonowania i konfigurowania systemu uniksowego 

PEK_W02 wie, jaka relacja panuje w między kontem a identyfikatorem użytkownika i grupy; 

rozumie związek z uprawnieniami do wykonywania różnych operacji w systemie 

PEK_W03 zna podstawowe zasady działania sieci opartej o protokół internetowy (wersja 4 

protokołu IP) oraz relację pomiędzy nazwą a adresem internetowym 

PEK_W04 zna mechanizmy używania i udostępniania usług sieciowych, korzystających z 

protokołów transportowych TCP i UDP 

Z zakresu umiejętności, 

osoba, która zaliczyła przedmiot: 

PEK_U01 umie uruchamiać programy z linii poleceń, w terminalu tekstowym 

PEK_U02 potrafi tworzyć różne rodzaje plików, wykonywać podstawowe operacje na plikach, 

używać edytora tekstu, obchodzić się z plikami skomprymowanymi i archiwami 

programu tar 

PEK_U03 potrafi napisać plik inittab i proste skrypty startowe systemu, sprawdzić spójność 

systemu plików i dołączyć go do drzewa katalogów 

PEK_U04 potrafi dodawać i usuwać konta użytkowników, zmieniać hasła oraz umieszczać 

użytkowników w grupach; umie pisać skrypty inicjujące sesję użytkownika (powłoka 

bash) 

PEK_U05 umie przypisać adres internetowy do interfejsu sieciowego, zbudować tablicę tras, 

tworzyć lokalny spis relacji adres-nazwa i przygotować system do korzystania z usługi 

DNS 

PEK_U06 umie korzystać, w systemie uniksowym, z usług zdalnego terminala (telnet, ssh), 

kopiowania plików (ftp, sftp, scp), poczty elektronicznej i www; potrafi udostępnić 

wymienione usługi i ograniczać dostęp do nich, poprzez wpisy w pikach hosts.allow i 

hosts.deny 

PEK_U07 potrafi uruchamiać programy graficzne w systemie okien X - lokalnie i zdalnie. 

PEK_U08 potrafi korzystać z dokumentacji programów, dostępnej w systemie uniksowym 



La1 Programy i procesy. Procesy macierzyste i potomne, mechanizmy 

2 

systemowe wykorzystywane podczas uruchamiania programów, obsługa 

zakończenia procesu. Sygnały. Identyfikatory użytkownika i grupy - wstęp 

do mechanizmów regulujących prawa dostępu procesów do różnych 

zasobów systemu. 

La2 Pliki. Rodzaje plików: zwykłe, katalogi, pliki specjalne znakowe i blokowe, 2 

pliki reprezentujące kanały komunikacji między procesami (gniazda i łącza 

nazwane). Łącza zwykłe i ich podobieństwo do plików. Pojęcie systemu 

plików, dowiązania twarde i symboliczne. Prawa dostępu do plików. 

Przegląd programów, służacych do wykonywania różnych operacji na 

plikach, w tym krótkie omówienie pracy z edytorem tekstu vi. 

La3 Uruchamianie jądra systemu linux pod kontrolą emulatora QEMU. 2 

Tworzenie pliku reprezentującego dysk twardy, zakładanie partycji i 

tworzenie systemu plików. Archiwa utworzone programem tar. Instalacja 

minimalnego zestawu programów, stanowiących rdzeń systemu. 

La4 Zadania programu, działającego z identyfikatorem procesu równym 1. 2 

Liczba godzin 

5 

6

Konfiguracja programu init (implementacja: sysvinit) - plik inittab. 

Przegląd czynności wykonywane na etapie inicjalizacji systemu. 

La5 Sprawdzanie spójności systemów plików i ich dołączanie do drzewa 2 

katalogów. Programy mount i umount, opis systemów plików w pliku 

/etc/fstab. Dzielone biblioteki. 

La6 Konta użytkowników - wpisy w pliku /etc/passwd, relacja między nazwami 2 

a identyfikatorami użytkowników, katalogi osobiste, szyfrowanie i 

przechowywanie haseł. Skrypty wykonywane automatycznie, na początku 

sesji użytkownika - systemowy i osobisty. Tworzenie grup (plik /etc/group), 

Programy su i newgrp. 

La7 Adresy IP, klasy adresów, struktura adresu wewnątrz danego segmentu sieci 2 

(maska sieciowa). Przypisywanie adresu IP do interfejsu sieciowego za 

pomocą programu ifconfig. Interfejs pętli zwrotnej do komunikacji lokalnej. 

Tworzenie tablicy tras za pomocą programu route. 

La8 Nazwy internetowe, relacja nazwa - adres IP, Metody tłumaczenia nazwy 2 

na adres (i na odwrót): lokalny spis w pliku /etc/hosts i korzystanie z DNS. 

La9 Protokoły transportowe - TCP i UDP. Pojęcie gniazda sieciowego. 2 

Przypisanie usług sieciowych do numerów portów (plik /etc/services). 

Reguły udostępniania usług sieciowych z wykorzystaniem programu inetd. 

La10 Ograniczanie zdalnego dostępu do usług sieciowych - mechanizmy i 2 

konfiguracja oprogramowania TCP wrappers (program tcpd i kod 

biblioteczny) poprzez listy kontroli dostępu w plikach /etc/hosts.allow i 

/etc/hosts.deny. 

La11 Praca w systemie zdalnym - usługi zdalnego terminala (telnet i ssh) i 2 

przesyłania plików (ftp, scp, sftp). Przyczyny stosowania szyfrowanych 

kanałów komunikacyjnych. 

La12 Poczta elektroniczna - programy MTA i MUA, uruchomienie programu 2 

smail (MTA) i korzystanie z tekstowego programu mutt (MUA). 

Podstawowe zasady zabezpieczania programu MTA (serwera poczty). 

La13 Serwer WWW - podstawowa konfiguracja na przykładzie programu boa, 2 

tworzenie najprostszych stron WWW w języku HTML. Przeglądarka 

tekstowa - lynx. 

La14 System okien X - środowisko graficzne z architekturą klient-serwer 2 

La15 Zaliczenie 2 



N1 Pokaz 

N2 Zadania praktyczne, pod kierunkiem prowadzącego zajęcia 

N3 Samodzielne zadania praktyczne, wymagające rozwiązania prostego problemu 


Oceny (F – formująca (w 

trakcie semestru), P – 

podsumowująca (na 


Numer efektu 

kształcenia 


F1 PEK_U01-U08 samodzielnie wykonywane zadania (max 25 

punktów) 

F2 

PEK_W01-W04, kolokwium zaliczeniowe (max 75 punktów) 

PEK_U02-U06 

F3 PEK_W01-W04, student wykazuje się wiedzą lub umiejętnościami 

5 

7

P=F1+F2+F3; ocena końcowa: 

50


Sieci i stacje robocze z systemem unix 

Z EFEKTAMI KSZTAŁCENIA NA KIERUNKU biotechnologia…………….. 

I SPECJALNOŚCI bioinformatics………………….. 

Przedmiotowy 

efekt kształcenia 




dotyczy)** 

Cele 

przedmiotu*** 

Treści 

programowe*** 

Numer 

narzędzia 


PEK_W01 

(wiedza) 

C1 La1-La14 N1,N2,N3 

PEK_W02 C1,C2 La1,La2,La6 N1,N2 

PEK_W03 C3 La7,La8 N1,N2 

PEK_W04 C1,C4 La9-La13 N1,N2,N3 

PEK_U01 


S2Abt5_U03 C1 La1 N1,N2 

PEK_U02 S2Abt5_U03 C1,C2 La2,La3 N1,N2 

PEK_U03 S2Abt5_U03 C1,C2 La4,La5 N1,N2,N3 

PEK_U04 S2Abt5_U03 C1,C2 La6 N1,N2 

PEK_U05 S2Abt5_U03 C3 La7,La8 N1,N2 

PEK_U06 S2Abt5_U03 C3,C4 La9-La13 N1,N2,N3 

PEK_U07 S2Abt5_U03 C1,C2,C3,C4 La14 N1,N2 

PEK_U08 K2Abt_U05 C1,C2 La1,La2 N1,N2 



5 

9

Zał. nr 4 do ZW 33/2012 




Systemy Zarządzania Jakością 

Nazwa w języku angielskim Quality Management Systems 

Kierunek studiów (jeśli dotyczy): Biotechnologia 

Specjalność (jeśli dotyczy): Bioinformatics 

Stopień studiów i forma: I / II stopień*, stacjonarna / niestacjonarna* 

Rodzaj przedmiotu: obowiązkowy / wybieralny / ogólnouczelniany * 

Kod przedmiotu ZMC024003w 

Grupa kursów 

TAK / NIE* 



(ZZU) 




15 

30 

(CNPS) 

Forma zaliczenia Egzamin / 

zaliczenie 

na ocenę* 










kontaktu (BK) 


0 

1 

Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 

Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 

Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 

Egzamin / 

zaliczenie na 

ocenę* 


KOMPETENCJI 

1. Podstawy statystycznej analizy danych 

\ 


C1 Zrozumienie podstawowych zasad organizacji pracy i zintegrowanego zarządzania w działaniach 

technicznych oraz innej aktywności. 

C2 Opanowanie podstawowych metod statystycznego sterowania procesami oraz umiejętności 

szacowania niepewności wyników badań. 

C3 Opanowanie podstawowych pojęć metrologii chemicznej. 

6 

0



PEK_W01: Znajomość genezy i podstaw koncepcji zarządzania jakością 

PEK_W02: Znajomość metod statystycznej analizy danych i testowania hipotez 

PEK_W03: Znajomość wymagań odnośnie walidacji metod badawczych 

PEK_W04: Znajomość wymagań odnośnie zapewnienia spójności pomiarowej 


PEK_U01 Projektowanie i dokumentacja elementów systemu zarządzania jakością 

PEK_U02 Umiejętność stosowania narzędzi opisu, planowania i analizy procesów 

PEK_U03 Umiejętność stosowania podstawowych narzędzi statystycznej kontroli procesów 



Liczba godzin 

Wy1 Systemy zarządzania jakością – wprowadzenie i rys historyczny. 2 

Wy2 Systemy oceny zgodności. 2 

Wy3 

System zarządzania w laboratorium badawczym: Organizacja i 

system zarządzania. Nadzorowanie pracy niezgodnej z 

wymaganiami lub odstępstw od polityki i procedur w systemie 

zarządzania. 

2 

Wy4 

Wy5 

Wy6 

Wy7 

System zarządzania w laboratorium badawczym: Metody badań i 

wzorcowań oraz ich walidacja. 3 

System zarządzania w laboratorium badawczym: Szacowanie 

niepewności pomiaru. Statystyczna weryfikacja hipotez. 3 

System zarządzania w laboratorium badawczym: Wyposażenie 

badawcze i zapewnienie spójności pomiarowej. 1.5 

System zarządzania w laboratorium badawczym: Zapewnienie 

jakości wyników badania. Raportowanie wyników. 1.5 



N1. Wykład w formie prezentacji 

N2. System zarządzania kursami Moodle 






P: Egzamin w formie testu 

Numer efektu 

kształcenia 


6 

1



D. Hoyle „Quality Management Essentials”, Elsevier 2007; 

„Complying with ISO 17025 

- A practical guidebook”, UNIDO, Vienna 2007; 

Normy PN-EN ISO 9000 „System zarządzania jakością – Podstawy i terminologia” 

oraz PN-EN ISO 9001 „System zarządzania jakością – wymagania”; 

Norma PN-EN ISO/IEC 17025 „Ogólne wymagania dotyczące kompetencji laboratoriów 

badawczych i wzorcujących”; 


Norma PN-EN ISO/IEC 17025 „Ogólne wymagania dotyczące kompetencji laboratoriów 

badawczych i wzorcujących”; 

EA-2/05 „Zakres akredytacji oraz rozważenie metod i kryteriów do oceny zakresu badań” 

(identyczny z dokumentem ILAC-G18:2002); 

ILAC-G17:2002 „Wprowadzenie problematyki niepewności pomiarów w badaniach w 

związku z wejściem w życie normy ISO/IEC 17025”; 

ILAC-G8:1996 „Wytyczne dotyczące oceny I przedstawiania zgodności ze specyfikacją” ; 

EURACHEM / CITAC Guide „Traceability in Chemical Measurement” (2003); 

EURACHEM / CITAC Guide „Quantifying Uncertainty in Analytical Measurement”, 2nd 

Edition (2000) 


Robert Góra, robert.gora@pwr.wroc.pl 

6 

2


Quality Management Systems 

Z EFEKTAMI KSZTAŁCENIA NA KIERUNKU Biotechnologia 

I SPECJALNOŚCI Bioinformatics 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 




dotyczy)** 

Cele 

przedmiotu*** 

Treści 

programowe*** 

Numer 

narzędzia 


PEK_W01 

(wiedza) 

PEK_W02 

… 

… 

PEK_U01 


PEK_U02 

… 

PEK_K01 

(kompetencje) 

PEK_K02 

… 


*** - z tabeli powyżej



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 


Racjonalne projektowanie leków 

Rational drug design 

Biotechnologia i Chemia 



obowiązkowy 

BTC024014 

NIE 



(ZZU) 



(CNPS) 



30 

90 

zaliczenie na 

ocenę 



(X) 








kontaktu (BK) 

1 


KOMPETENCJI 

Znajomość podstaw chemii organicznej 

Znajomość podstaw biologii 

C1 

C2 

C3 

C4 


Zapoznanie studentów z podstawami projektowania leków. 

Poznanie ekonomicznych aspektów projektowania leków. 

Poznanie sposobów terapii celowanej. 

Poznanie podstaw terapii genowej.




PEK_W01 – zna podstawowe zasady projektowania leków, 

PEK_W02 – potrafi dobrać odpowiednią technikę projektowania leku w zależności od 

poziomu wiedzy na temat procesu fizjologicznego, 

PEK_W03 – ma podstawową wiedzę o kosztach i horyzoncie czasowym projektowania 

leków, 

PEK_W04 – rozumie fizjologiczne i ekonomiczne skutki stosowania leków. 



PEK_U01 – potrafi zaproponować sposób zaprojektowania leku na wybraną chorobę. 


Wy1 

Wy2 

Forma zajęć – wykład w języku angielskim 

Economics of drug design and development. Cost and time 

required to introduce new drug to the market. Generic drugs. 

Globalization. 

Randomized screening. Historical perspective. Illustration of the 

opinion of Louyis Pasteur „Fortune favors prepared minds”. Case 

studies. 

Natural products as a source of drugs. History of the discovery of 

Wy3 

aspirin, morphine, artemisinin, quinine, penicillin and taxol. Current 

trends in natural drug research. 

Wy4 Choice of the target. HIV as an example for choice of the target for 

drug design. 

Theory of structural analogy. Historical perspective 

Wy5 (sulfonamides). Direct similarity versus topological one with analogs 

of morphine and anti-influenza drugs as examples. 

Theory of structural analogy. Chemical outlook, trics and “magic 

Wy6 

methods”. Peptidomimetics. 

Three-dimensional structure of receptors as a basis for drug 

design. Construction of pharmacophore. Computer-aided methods 

Wy7 

for drug design – QSAR and molecular modeling. Receptor 

flexability. 

Topological conformity. Antagonists and agonists. Natural peptides 

Wy8 

as scaffolds. 

Covalent drugs – enzyme killers. Overview of functional groups 

Wy9 able for irreversivble bonding with proteins. Techniques of design of 

covalent drugs. Case studies. 

Liczba godzin 

2 

2 

2 

4 

2 

2 

2 

2 

2

Suicidal drugs (suicide substrates) – Troian horses of enzymatic 

reactions. Overview of the techniques leading to suicide substrates. 

Wy10 

2 

Types od inhibition after conversion of suicidal drug into real 

inhibitor. 

Transition-state analogues. Techniques used for the identification 

of transition state. Pauling's theory of the course of enzymatic 

Wy11 

2 

reaction. Construction of transition-state analogues. Computer-aided 

techniques. 

Selective complexation of metalloenzymes. History of the discovery 

Wy12 of captopril. Convertase as a target for anti-hypertensive drugs. Choice 2 

of ligand. 

Drug targeting and delivery. Invasive drug delivery (catheters, 

stents, microdialysers etc.). Nano-carriers – liposomes, vesicles, 

Wy13 dendrimers, antibodies, proteins, nanopolymers and nanoparticels. 2 

Bacterial ghosts and virosomes. Prodrugs. Engineered metabolic 

activation. Targeted enzyme prodrug therapy. 

Gene therapy. Lacking gene delivery. Anti-sense oligonucleotides, 

Wy14 2 

siRNAs, rybosymes. 

Wy15 Przegląd i ocena projektów. 2 


N1 

N2 

N3 




interaktywny system elektronicznej konsultacji projektu 






Numer 




P (wykład) 

PEK_W01 do 

PEK_W04 

PEK_U01 

Projekt leku dla wybranej przez studenta 

choroby



20. K. M. Merz, Drug Design, structure and Ligand-Based Approaches, Cambridge University 

Press, 2010 

21. Medicinal Chemistry and Drug Design, e d.D. Dnkici, Intech (open access), 2012 


28. Design of Drugs: Basic Principles and applications, ed. J. H. Poupaert, Marcel Dekker, 

2002 

29. The Organic Chemistry of Drug Design and Drug Action, Academic Press, 2004 

30. Virtual Screening. ed. M. O. Taha, Intech (open access), 2012 

31. Drug Development – A Case study Based Insight intor Modern Startegies, Intech (open 

access), 2011 



Prof.dr hab. inż. Paweł Kafarski, pawel.kafarski@pwr.wroc.pl 


Rational drug design 



Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

(wiedza) 

PEK_W01 

PEK_W04 






S2Ach4_W01, S2Ach4_W10, 

S2bt5_W04 

Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

C1, C2 Wy1 - W3 N-jeden 

PEK_W01 

S2Ach4_W02, S2Ach4_W10, 

S2bt5_W04 

C1 Wy2, Wy3 N1 

PEK_W03 

S2Ach4_W10, S2bt5_W04, 

S2bt5_W02 

C1,C3 Wy2, W5-W14 N-jeden 

PEK_U01 S2Ach4_W10, S2bt5_W04 C1 W15 N2, N3 


*** - odpowiednie symbole z tabel powyżej



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 

Informacja naukowa w biotechnologii 

Retrieval of scientific and technical 

information 




Obowiązkowy 

INC024008 

NIE 



Uczelni (ZZU) 

Liczba godzin 





15 

30 

zaliczenie 

na ocenę 



(X) 




o charakterze 






(BK) 

1 

0,5 


KOMPETENCJI 

Znajomość technologii informatycznych i systemu operacyjnego unix

C1 

C2 

C3 

C4 

C5 


Zapoznanie studentów z elementami literatury naukowej 

Zapoznanie studentów z literaturowymi bazami danych 

Zapoznanie studentów z faktograficznymi bazami danych 

Zapoznanie studentów z systemem finansowania badań naukowych 

Zapoznanie studentów z etycznymi problemami w nauce 




PEK_W01 - ma podstawowe wiadomości o strukturze i sposobie przygotowywania 

publikacji naukowych oraz najważniejszych literaturowych bazach danych 

PEK_W02 - zna najważniejsze faktograficzne bazy danych w chemii i biotechnologii 

PEK_W03 - zna najważniejsze agencje finansujące badania naukowe i rozwojowe 

PEK_W04 - posiada orientację w zakresie etycznych problemów w nauce i technice 



PEK_U01 – potrafi konstruować złożone pytania w literaturowych bazach danych 

PEK_U02 - potrafi konstruować złożone pytania w faktograficznych bazach danych 

PEK_U03 - potrafi znajdować oferty pracy, staży naukowych 

PEK_U04 - potrafi znaleźć aktualnie realizowane granty na dany temat 

PEK_U05 - potrafi sprawdzić czy dany tekst jest plagiatem 


La1 

La2 

La3 

La4 


Liczba 

godzin 

Zajęcia wstępne, przydział kont, Struktura publikacji naukowych 2 

konstrukcja zapytań, Literaturowe bazy Web of Science 2 

Indeks cytowań oraz współczynniki oddziaływania 

Baza danych strukturalnych Cambridge Structural Database 

Analiza danych strukturalnych 

2 

2 

La5 

Granty naukowe, poszukiwanie ofert pracy i pisanie życiorysów 

2 

naukowych 

La6 Baza danych Beilstein i Chemical Abstracts 2 

La7 Bazy patentowe i inne chemiczne bazy faktograficzne 2 

La8 Problemy etyczne w nauce, odbiór sprawozdań 1 

Suma godzin 15

N1 

N2 

N3 



Rozwiązywanie zadań 

Wykorzystywanie oprogramowania do rozwiązywania zadań 


Oceny 

P podsumowująca (na 


Numer 




kształcenia 

P (laboratorium) 

PEK_U01 

PEK_U02 

PEK_U03 

PEK_U04 

Sprawozdanie koncowe maks. 100 pkt 

3.0 jeżeli 50-60 pkt 








[1] D. Lindsay, Dobre rady dla piszących teksty naukowe, Oficyna Wydawnicza PWr, 1995 

[2] D. Ridley, Finding scientific information – information retrieval, Wiley, 2002 

Prof. dr hab.inż. W. Andrzej Sokalski, 



sokalski@pwr.wroc.pl 


Informacja naukowa i techniczna w biotechnologii 

Z EFEKTAMI KSZTAŁCENIA NA KIERUNKU biotechnologia, chemia 

I SPECJALNOŚCI bioinformatics, medicinal chemistry 

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

(wiedza) 

PEK_W01 

T2A_U01 T2A_U07, X2A_U03 C1 La1 N1 

PEK_W02 T2A_U01 T2A_U07, X2A_U03 C2 La2,La3 N2,N3 

PEK_W03 T2A_U11 InzA_U05, X2A_U03 C3 La4, La6,La7 N1,N2,N3 

PEK_W04 T2A_U11 InzA_U05, X2A_U03 C4 La5 N1,N3 

PEK_W05 T2A_U11 InzA_U05, X2A_U03 C5 La8 N1,N3 


T2A_U01 T2A_U07, X2A_U03 C1 La2 N2,N3 

PEK_U01 

PEK_U02 T2A_U01 T2A_U07, X2A_U03 C3 La4,La6 N2,N3 

PEK_U03 T2A_U01 T2A_U07, X2A_U03 C4 La5 N2,N3 

PEK_U04 T2A_U01 T2A_U07, X2A_U03 C5 La5 N3 

PEK_U05 T2A_U01 T2A_U07, X2A_U03 C5 La8 N1,N3



Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 


Ekologia lądowa 

Terrestrial ecology 

Biotechnology 


2nd level 

obligatory 

OSC024002 

Wykład 



30 

Uczelni (ZZU) 

Liczba godzin 

całkowitego nakładu 60 


Forma zaliczenia egzamin / 

zaliczenie 

na ocenę* 



(X) 




o charakterze 






(BK) 


Ćwiczenia Laboratoriu 

m 

egzamin / 

zaliczenie 

na ocenę* 

egzamin / 

zaliczenie 

na ocenę* 

Projekt 

egzamin / 

zaliczenie 

na ocenę* 

Seminarium 

egzamin / 

zaliczenie 

na ocenę* 


KOMPETENCJI 

General knowledge about principles of ecology 

General knowledge about natural resources 

General knowledge about protection of environment

General knowledge about global climate 

C1 

C2 

C3 

C4 

C5 


Student should understand the ecological principles 

Student should known the aspects of biodiversity 

Student should known the natural resources (renewable and nonrenewable) 

Student should known the human impact on ecosystem and be familiar with the 

protection of environment 

Student should known the aspects of global climate 




PEK_W01 – student knows what terrestrial ecology is 

PEK_W02 – student knows the concept of Industrial ecology and Sustainable development 

PEK_W03 – student knows the general structure of the Earth, Earth’s atmosphere, types of 

ecological pyramids, Law of tolerance, limiting factors to ecosystem 

PEK_W04 – student knows a biome definition, factors that produce biomes, major types and 

characteristics of terrestrial biomes, biome distribution 

PEK_W05 – student knows a classification of aquatic ecosystems, groups of aquatic 

organisms , characteristics of freshwater and marine ecosystems 

PEK_W06 – student knows ecosystem niches, types of ecological interactions and types of 

ecological succession 

PEK_W07 – student knows major mechanisms of evolution, types of biodiversity and 

ecosystem services 

PEK_W08 – student knows characteristics of populations, changes in population size, the 

form and structure of communities and functional aspects of communities 

PEK_W09 – student knows the decomposition processes and major cycles: carbon, nitrogen, 

phosphorus, sulphur and simplified hydrologic cycle 

PEK_W10 – student knows the aspects of food, soil (erosion) and pest management 

PEK_W11 – student knows the types of hazardous wastes, aspects of air pollution (primary 

and secondary air pollutants, the formation of photochemical smog) and 

water pollution (point and nonpoint sources of water pollution, wastewater 

treatment) 

PEK_W12 – student knows the major types of material resources, types of nonrenewable 

energy, types of renewable energy 

PEK_W13 – student knows the aspects of biomonitoring, types of organisms used in 

biomonitoring studies 

PEK_W14 – student knows the elements of weather and climate, the chemical composition 

of the atmosphere, structure of the atmosphere, the energy balance in 

atmosphere, ozone layer, greenhouse effect 



Liczba 

godzin 

Wy1 Introduction to terrestrial ecology 2

Wy2 Relevance of biological ecology to industrial ecology 2 

Wy3 Ecosystems. What are they and how do they work 2 

Wy4 Major ecosystems of the world - terrestrial biomes 2 

Wy5 Major aquatic ecosystems of the world 2 

Wy6 Interactions of species in ecosystems; ecological succession 2 

Wy7 Evolution, biodiversity and ecosystem services 2 

Wy8 Population and community ecology 2 

Wy9 Decomposition processes and biogeochemical cycles in ecosystems 2 

Wy10 Food, soil and pest management 2 

Wy11 Human impact on ecosystems 2 

Wy12 Energy for human use 2 

Wy13 Biomonitoring 2 

The global climate 

Wy14 

The energy balance in atmosphere 

4 


N1 


Lecture with the multimedia presentation 




Numer 



kształcenia 




P PEK_W01- PEK_W14 Exam 



[20] T.E. Graedel, B.R. Allenby, Industrial Ecology and Sustainable Engineering, 

Pearson Education Inc., Boston, 2002. 

[21] Egbert Boeker i Rienk van Grondelle, Environmental Physics, Wiley, Chichester, 

1999. 

[22] E. J. Kormondy, Concepts of Ecology, Prentice Hall, Upper Saddle River, 1996. 

[23] Clint Baird, Environmental Chemistry, W.H. Freeman and Co., New York 1995. 

[24] G. Tyler Miller Jr., Living in the Environment, Wadswards Publishing Company, 

Belmont, 1992. 

[25] Archie W. Culp Jr, Principles of Energy Conversion, McGraw-Hill, New York, 

1991. 


[4] Nigel Bunce, Environmental Chemistry, Wuerz publishing Ltd., Winnipeg, Canada 

1991.



Dr. Izabela Michalak, izabela.michalak@pwr.wroc.pl 


Terrestrial ecology 


Biotechnology 



Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

(knowledge) 

PEK_W01 






Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

C1 Wy 1 N1 

PEK_W02 C1 Wy 2 N1 








PEK_W010 C3 Wy 10 N1 

PEK_W011 C4 Wy 11 N1 

PEK_W012 C3, C4 Wy 12 N1 

PEK_W013 C4 Wy 13 N1 

PEK_W014 C5 Wy 14 N1 





Zał. nr 4 do ZW 33/2012 









Grupa kursów 


Chemia Teoretyczna 

Theoretical Chemistry 

Chemia 


obowiązkowy 

CHC024040 

NIE 



(ZZU) 



(CNPS) 



30 15 30 

120 30 60 

egzamin 

zaliczenie na 

ocenę 

zaliczenie na 

ocenę 



(X) 

Liczba punktów ECTS 4 1 2 







kontaktu (BK) 

1 2 

1 0.5 1 


KOMPETENCJI 

Chemia ogólna, Fizyka I i II 

Algebra, Analiza matematyczna 

Chemia fizyczna, Podstawy chemii kwantowej 

C1 

C2 

C3 


Zapoznanie studentów z teorią budowy atomu i cząsteczki. 

Uzyskanie umiejętności przewidywania struktury układów molekularnych stosując 

metody chemii kwantowej. 

Teoretyczna interpretacja właściwości termodynamicznych i elektronowych

C4 

układów molekularnych. 

Nauczenie wykonywania podstaw modelowania molekularnego. 




PEK_W01 – rozumie problemy i niedostatki fizyki klasycznej w opisie mikroskopowym, 

PEK_W02 – zna postulaty mechaniki kwantowej i elementy rachunku operatorowego. 

PEK_W03 – potrafi zapisać równanie Schrödingera (RS) dla wybranych problemów 

fizycznych oraz dla dowolnego układu molekularnego, 

PEK_W04 – zna rozwiązanie RS dla atomu wodoru i interpretację tych rozwiązań, 

PEK_W05 – rozumie budowę elektronową atomów, 

PEK_W06 – zna podstawy teorii orbitali molekularnych, 

PEK_W07 – zna teorię hybrydyzacji, teorię mezomerii oraz pojęcie wiązania 

wielocentrowego 

PEK_W08 – ma podstawową wiedzę o rozwiązaniach równań Hartree-Focka i znaczenie 

energii korelacji. 

PEK_W09 – rozumie teorię oddziaływań molekularnych. 



PEK_U01 – potrafi praktycznie stosować informacje o konfiguracji elektronowej atomów, 

PEK_U02 – umie interpretować widma elektronowe atomu wodoru i atomów ciężkich, 

PEK_U03 – umie przewidywać strukturę cząsteczek organicznych i nieorganicznych, 

PEK_U04 – potrafi interpretować wyniki spektorskopowe w oparciu o obliczenia 

kwantowo-chemiczne, 

PEK_U05 – potrafi badać mechanizmy reakcji chemicznych. 

Wy1 

Wy2 

Wy3 

Wy4 



Mechanika klasyczna i kwantowa. Podstawy matematyczne 

rachunku prawdopodobieństwa. Doświadczalne podstawy dualizmu 

korpuskularno-falowego. Powstanie teorii kwantów z elementami 

teorii Bohra i przyczyny jej niepowodzenia. 

Podstawy mechaniki kwantowej. Postulaty mechaniki kwantowej. 

Definicja funkcji falowej i jej probabilistyczna interpretacja. 

Definicja operatorów odpowiadających wielkościom mierzalnym. 

Podstawy mechaniki kwantowej II. Równanie Schrödingera. 

Wartości i funkcje własne równania Schrödingera. Wartości średnie 

wielkości mierzalnych. Właściwości funkcji własnych równania 

Schrödingera nie zawierającego czasu. 

Atom wodoru. Równanie Schrödingera dla atomu wodoru i jonów 

wodoropodobnych. Rozwiązania równiania ze względu na energię i 

funkcje. Reprezentacje orbitali atomowych. Geometryczne 

właściwości orbitali wodoropodobnych. Liczby kwantowe atomu 

Liczba godzin 

2 

2 

2 

2

Wy5 

Wy6 

Wy7 

Wy8 

Wy9 

Wy10 

Wy11 

Wy12 

Wy13 

Wy14 

Wy15 

wodoru. Poziomy energii i widmo emisyjne atomu wodoru. 

Zakaz Pauliego. Spin. Multipletowośc układu wieloelektronowego. 

Stany elektronowe atomów (termy atomowe). Nierozróżnialnść 

cząstek. Fermiony i bozony. Pojęcie spinorbitalu. Zakaz Pauliego. 

Wyznacznik Slatera. Pojęcie konfiguracji elektronowej. Koncepcja 

układu okresowego pierwiastków. Reguły Hundta. 

Atom wieloelektronowy. Hamiltonian i rownanie Schrödingera dla 

atomu wieloelektronowego. Wyznaczniki Slatera. Funkcje falowe dla 

atomów wieloelektronowych. Przybliżenie jednoelektronowe – 

spinorbitale i orbitale. Zakaz Pauliego jako wymaganie 

antysymetryczności funkcji. 

Równania Hartree-Focka. Wyrażenie na energię w przybliżeniu 

jednoelektronowym. Wyprowadzenie równań Hartree-Focka. Całki 

jedno i dwuelektronowe. Energia wymiany. Pojęcie otwarto- i 

zamknietopowłokowej konfiguracji elektronowej. Reguły wyboru dla 

elektronowych przejść optycznych. Korelacja elektronowa 

Cząsteczka. Przybliżenie Borna-Oppenheimera. Równanie 

Schrödingera dla cząsteczek. Teoria orbitali molekularnych. 

Przybliżenie LCAO. Równania Hartree-Focka-Roothaana-Halla. 

Baza funkcji orbitali atomowych. Funkcje gaussowskie i 

slaterowskie. 

Wiązania chemiczne. Elektrostatyczny and covalencyjny charakter 

wiązań chemicznych. Rodzaje wiązań. Orbitale σ i π, orbitale 

wiążące i antywiążące, ich względne energie i kształty (reprezentacja 

graficzna). Struktura elektronowa cząsteczek dwuatomowych, rząd 

wiązania. 

Koncepcja orbitali zlokalizowanych. Hybrydyzacja typu sp 3 , sp 2 i 

sp. Reprezentacja gęstości elektronowej atomów w cząsteczkach. 

Orbitale zlokalizowane jako element metody przewidywania 

struktury cząsteczek. Struktura związków biologicznych 

zawierających fosfor. Mezomeria. Wiązania chemiczne 

wielocentrowe. 

Spektroskopia molekularna I. Rozdzielenie rotacji i oscylacji. 

Widmo rotacyjne cząsteczek dwuatomowych i elementy 

spektroskopii mikrofalowej. Reguły wyboru. 

Spektroskopia molekularna.II. Widmo oscylacyjne cząsteczek 

dwuatomowych i wieloatomowych. Widma w podczerwieni i widma 

Ramana. Intensywności widm. Reguły wyboru. 

Właściwości cząsteczek oparte na energii. Energie jonizacji i 

powinowactwo elektronowe. Energetyka reakcji chemicznych. 

Spektroskopia masowa. Koncepcja stanu przejściowego w reakcji 

chemicznej. Mechanizmy reakcji. 

Właściwości cząsteczek oparte na funkcji falowej. Gęstość 

elektronowa w cząsteczce. Rząd wiązania chemicznego. Rozkład 

ładunku w cząsteczce. Momenty dipolowe i wyższe w układach 


Oddziaływania molekularne. Teoria oddziaływań molekularnych. 

Oddziaływania elektrostatyczne, wymienne, indukcyjne, 

2 

2 

2 

2 

2 

2 

2 

2 

2 

2 

2

dyspersyjne. Kompleksy z przeniesieniem ładunku. Wiązanie 

wodorowe. Struktura drugorzędowa układów molekularnych, analiza 

konformacyjna. 



Ćw1 

Sposób prowadzenia i zaliczenia ćwiczeń. Problemy interpretacyjne 

mechaniki klasycznej i narodziny teorii kwantowych. 

2 

Ćw2 

Rachunek operatorowy. Badanie właściwości operatorów. 

Zapisywanie równania Schrödingera. 

2 

Rozwiązywanie prostych zagadnień kwantowo-mechanicznych: 

Ćw3 

studnia potencjalu i cząstka w pudle. Zastosowania tych modeli do 

problemów chemicznych. Rotator i oscylator – klasyczny i 

2 

kwantowy. Elementy spektroskopii. 

Orbitale wodoropodobne. Właściwości przestrzenne orbitali s, p i d. 

Ćw4 Transformacja orbitali pomiedzy reprezentacjami. Obrazy części 2 

radialnych i kątowych. Badanie antysymetryczności funkcji. 

Ćw5 Model hybrydyzacji orbitali. Przewidywanie struktury cząsteczek. 2 

Ćw6 Badanie energetycznych i elektronowych właściwości cząsteczek. 2 

Ćw7 

Obliczenia energii oddziaływań molekularnych. Rozkład ładunków, 

moment dipolowy i polaryzowalność. 

2 

Ćw8 Powtórzenie materiału i kolokwium. 1 


Liczba godzin 


Liczba 

godzin 

Organizacja laboratorium komputerowego i centrum 

2 

La1 obliczeniowego. Dystrybucja kont i podstawowe informacje o 

systemach. 

La2 Elementy systemu UNIX (komendy). 2 

La3 Elementy systemu UNIX (edytory). 2 

La4 Struktura programu Gaussian-90, system kolejkowy, 2 

La5 Konstrukcja geometrii cząsteczek – Macierz-Z. 2 

La6 Obliczenia Hartree-Focka, struktura pliku wynikowego. 2 

La7 Program graficzny – Molden. 2 

La8 Optymalizacji struktury cząsteczki. 2 

La9 Częstości, funkcje termodynamiczne i widma wibracyjne. 2 

La10 Projekt I – struktura i właściwości termodynamiczne cząsteczki. 2 

La11 Energetyka reackji chemicznej. 2 

La12 Projekt II – obliczenia częstości cząsteczki, symulacja widm IR. 2 

La13 Ciepło reakcji, energia tworzenia, rozkład ładunków. 2 

La14 Projekt III – mechanizm reakcji. 2 

La15 Stan przejściowy, oddziaływania molekularne. 2 

Suma godzin 30

N1 

N2 

N3 


wykład 

rozwiązywanie zadań 

wykonanie projektu 




Numer 



kształcenia 




P (wykład) PEK_W01 – egzamin końcowy 

PEK_W09 

F1 (ćwiczenia) PEK_U01 – elektroniczne kolokwium 

PEK_U03 

F2 (laboratorium) PEK_U01 – 

PEK_U04 

wykonanie projektów 



[26] W. Kołos, J. Sadlej, Atom i Cząsteczka, WNT, Warszawa, 1998. 

[27] Mechanika Kwantowa dla Chemików, D. O. Hayward, PWN, Warszawa, 2007. 

[28] M. A. Ratner, G. C. Schatz, Introduction to Quantum Mechanics in Chemistry. 

Prentice Hall, Upper Saddle River, 2001. 

[4] Gaussian-90 electronic manual 


[5] L. Piela, Idee Chemii Kwantowej, PWN, Warszawa, 2010. 

[6] W. Kołos, Chemia Kwantowa, PWN, Warszawa, 1975. 

[7] K. Pigoń, Z. Ruziewicz, Chemia Fizyczna (cz. 2), PWN, Warszawa, 2005. 

[8] System elektronicznych korepetycji (e – learning). 



Prof.dr hab. inż. Szczepan Roszak, szczepan.roszak@pwr.wroc.pl 


Chemia teoretyczna 


(Chemia)

Przedmiotowy 

efekt 

kształcenia 

(wiedza) 

PEK_W01 

PEK_W02 

PEK_W03 

PEK_W04 

PEK_W05 

PEK_W06 

PEK_W07 

PEK_W08 


PEK_U01 

PEK_U02 

PEK_U03 

PEK_U04 

PEK_U05 






K2Ach_W02, K2Ach_W03, 

S2Ach1_W06, S2Ach4_W06 















K2Ach_U01, K2Ach_U02, 

S2Ach2_U05,S2Ach3_ U05 









Cele 

przedmiotu 

*** 

Treści 

programowe 

*** 

Narzędzia 

dydaktyczne 

*** 

C1 Wy1 N1 

C1 Wy3, Wy4 N1 

C2 Wy2 N1 

C2 Wy5 – Wy9 N1 

C3 Wy10 N1 

C3 Wy11 N1 

C3 Wy12 – Wy14 N1 

C2 Wy15 N1 

C4 

C4 

C4 

C4 

C4 

Ćw1 – Ćw3 

La6 - La14 

Ćw3 – Ćw7 

La6 - La14 

Ćw1 – Ćw5 

La6 - La14 

Ćw7 

La6 - La14 

Ćw7 

La6 - La14 

N2, N3 

N2, N3 

N2, N3 

N2, N3 

N2, N3

karty przedmiotÃ³w - WydziaÅ Chemiczny

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?

karty przedmiotÃ³w - WydziaÅ Chemiczny