18 juin 2009

Institut Méditerranéen d’Ecologie et Paléoécologie
18 juin 2009
http://www.imep
www.imep--cnrs.com

Sommaire
• Programme de la journée
• Présentation & Organigramme de l'IMEP
• Liste des communications
• Résumés

Marseille, le 18 juin 2009
La diversité des thèmes de recherche de l’Institut Méditerranéen d’Ecologie et de
Paléoécologie présentée par ses jeunes chercheurs en 1 ière ou 2 ième année de thèse. La
journée s’accompagne d’une conférence et d’un repas offert au jardin botanique.
Lieux : Faculté des Sciences de St Jérôme, Av. Normandie Niémen, Marseille dans le 13 ième ,
quartier du Merlan. Amphithéâtre Rohard et jardin botanique.
Programme
8h45-9h00 : Accueil par Thierry Tatoni
9h-9h15 : Hommage à Christopher Augur
9h15 : Session 1 « Changement global »
Modérateur : Yogan Monnier.
Intervenants : Jérémy Migliore, Yogan Monnier, Mélanie Saulnier, Aïda Gasmi, Samir Ait-Said
10h30 : Présentation de l’O 3 HP par Thierry Gauquelin
10h45 : Pause café
11h : Session 2 « Hydrobiologie »
Modérateur : Stéphane Charpentier
Intervenants : Julia Vergalli, Camille Roumieux, Stéphane Charpentier
11h45 : Présentation IRD DSF – IFS par Ouidir Benabderrahmane
12h-14h15 : Repas au jardin botanique
14h15-14h45 : Conférence Etienne Danchin : L'évolution en plusieurs dimensions : tout
n'est pas qu'une histoire de gènes
15h : Session 3 « Restauration de la biodiversité»
Modérateur : Clémentine Coiffait Gombault
Intervenants : Renaud Jaunatre, Clémentine Coiffait Gombault Teddy Baumberger, Sami
Youssef
16h : Association E4
16h15 : Pause café
16h30 : Session 4 « Matière organique du sol et microbiologie »
Modérateur : Leïla Qasemian
Intervenants : Leïla Qasemian, Hussain Rizvi, Antoine Cellier, Frédérique Guillamot, Olga
Djossou
17h45 : film scientifique : La sécheresse du coeur

Présentation de l' IMEP
Directeur Thierry Tatoni (Pr, UPCAM)
# Thématiques principales :
Pour la période 2008-2011, l'IMEP garde un objectif général qui consiste à
comprendre comment les perturbations locales interagissent avec les forçages
globaux pour structurer les écosystèmes méditerranéens. Toutefois, tout en
abordant les patrons de biodiversité à différentes échelles de temps et d'espace,
l'accent sera mis la vulnérabilité écologique (vulnérabilité des espèces et des
écosystèmes). Les travaux de recherche des quatre prochaines années exploreront
donc en priorité les champs thématiques suivants :
- origine, mise en place et évolution de la biodiversité (notamment dans le cadre
des changements globaux) ;
- organisation et vulnérabilité des systèmes écologiques ;
- fonctionnement des écosystèmes et valorisation de la biodiversité.
Suivant ce positionnement scientifique, la structure de l'UMR repose, comme dans
le précédent plan quadriennal, sur trois grands départements.
# Nouvelle organisation depuis Janvier 2008 :
Département 1 : Paléoenvironnements et biogéographie évolutive
Département 2 : Organisation et vulnérabilité des systèmes écologiques
Département 3 : Processus fonctionnels et valorisation de la biodiversité

CONSEIL DE
LABORATOIRE
Services communs
Biologie Moléculaire :
L e Bris/Baumel MCF
M. Cigna AI CNRS,
N. Duong TC N UPC AM,
M. Juin TCE CNRS
Serre et jardin
L . A ffre MCF
A. Bence AJT UPCAM
Documentation
T. Pin CR
Biostat et bases
de données
F. Torre MCF
Pédologie
(en collab. C E R E G E )
R. Gros et C. Miramont
Comitéd’Animation
10 animateurs
d’équipes
Le 30/03/09
Dépt 1
F. Médail PR
UPCAM
3 équipes
15 MC F 2 PR 6 C R 1 DR
8 doctorants 1 A T E R
1 post‐doc.
IT / IATOS :
LeydetAI UPCAM
Thomas IR CNRS
Rolando IR CNRS
DenelleIE CNRS
AlvitreTCE CNRS 50%
MF Salducci TCE UP
UPC AM
Saint‐Jérôme
DIRECTION : T. Tatoni
Directeurs Délégués :
S. Roussos, T. Gauquelin, F. Médail, T. Dutoit
Secrétaire Générale :
P. Bentoza AI CNRS
3 départements ‐ 5 axes de recherche
Dépt 2
T. DutoitPR
UAPV
4 équipes
16 MC F 4 PR 4 C R 1 DR
22 doctorants 5 A T E R 2 C DD
Université
Provence
IT / IATOS :
Garnier IE UPCAM
LorreAGT UP
4 Sites
UPC AM
E uropôle Arbois
Dépt 3
T . Gauquelin PR UP
3 équipes
19 MC F 3 PR 2 C R 2
DR
20 doctorants 2 C DD
IT / IATOS :
Greff AI UP,
Lecareux AI UP
DupouyetADT UP
MF Blanc ADT UP
CalvertTcn. UPCAM
Ruaudel TcnUPCAM
Giffard Tcn IRD
Martinez AJT IRD
L abrousse T cn. IR D
Université
d’Avignon
G estion financière
A. CocheméAI UPCAM
M.F. Barot TCE IRD
Web master :
C. Goeury TCE CNRS
Aide au Secrétariat
Dougny Tcs CNRS
Coste AJT UPCAM
Alvitre. TCE CNRS(50%)
Service technique
P. Metodini A JT UPC A M
J.C. Aversano T. UPCAM
Formation
Permanente
C. Goeury TCE
CNRS
C or r espondant en
communication
S. Gachet MCF
ACMO
M. Alvitre T. CNRS
M.D. Salducci T.
UP
I. Giffard T. IRD

DPT 1 : "PALEOENVIRONNEMENTS ET BIOGEGRAPHIE EVOLUTIVE"
# Responsable : Frédéric Médail (PR, UPCAM)
A travers la confrontation des données écologiques, évolutives et paléoécologiques, le
département « Paléoenvironnement et biogéographie évolutive » de l’IMEP dispose de multiples
atouts pour approfondir les questionnements relatifs à l’origine et à l’évolution de la biodiversité,
notamment du monde méditerranéen,
La distribution et la structure actuelles des espèces et des populations animales et végétales ont
surtout été expliquées par les caractéristiques environnementales locales, en considérant
seulement le « temps écologique ». Par contre, les processus macroécologiques, qui s’inscrivent
dans de vastes échelles spatio-temporelles, ont été bien moins considérés. Les avancées
méthodologiques et conceptuelles des approches paléoécologiques et les récents enseignements
fournis par la phylogéographie autorisent un nouvel éclairage, en favorisant un recul de
biogéographie historique nécessaire pour mieux comprendre l’organisation et la dynamique de la
biodiversité terrestre actuelle.
Les perspectives de recherches du département 1 pour la période 2008-2011 s’organiseront
autour de cinq axes principaux de recherche :
- Variabilité climatique haute fréquence et réponse du monde vivant continental.
- Déterminisme de la mise en place des écosystèmes méditerranéens actuels : facteurs
climatiques ou anthropiques ?
- Dynamiques spatio-temporelles des systèmes forestiers et changements globaux.
- Place et rôle des zones refuges dans l'organisation de la biodiversité actuelle.
- Plasticité individuelle et réponse adaptative aux changements globaux.
DPT 2 : "ORGANISATION ET VULNERABILITE DES SYSTEMES ECOLOGIQUES"
# Responsable : Thierry Dutoit (PR, UAPV)
Les recherches menées au sein du département 2 « Organisation et vulnérabilité des systèmes
écologiques » ont pour objectifs de répondre à la question fondamentale suivante : Comment
expliquer la présence d’une espèce au sein d’un système écologique, son installation, ses
interactions avec d’autres individus/espèces, ses capacités de survie, son succès ou sa rareté ?
Cette question fondamentale est celle de nombreux chercheurs en écologie depuis plus d’un
siècle mais l’originalité des approches dans ce département réside dans la multiplicité des
modèles biologiques (végétaux, animaux), des niveaux d’organisation (individus, populations,
communautés, écosystèmes, paysages) et des sites ateliers (écosystèmes terrestres et aquatiques
continentaux) utilisés pour un même point chaud de biodiversité : le bassin méditerranéen. Ces
systèmes écologiques sont également testés par des approches « top-down » (réponse des
populations, communautés, paysages, etc.) ou « bottom-up » (autécologie - croissance, nutrition,
reproduction et interactions biotiques - compétition, facilitation) dans le cadre des changements
d’usages, processus macro-écologique reconnu comme la deuxième composante à l’origine des
changements globaux (Vitousek, 1994).
Les perspectives de recherches du département 2 pour la période 2008-2011 s’organiseront
autour de cinq axes :
1- Interactions biotiques et dynamique des systèmes écologiques
2- Dynamique populationnelle et modèles démographiques
3- Règles d’assemblage des communautés
4- Changements d’usages, résilience et persistance des systèmes écologiques sensibles.
5- Identification de biomarqueurs et de bioindicateurs ; diagnostic écologique précoce.

DPT 3 : PROCESSUS FONCTIONNELS ET VALORISATION DE LA BIODIVERSITE
# Responsable : Thierry Gauquelin (PR, UP)
Deux grandes problématiques sont développées au sein de ce département : l’une plus
fondamentale sur le fonctionnement des systèmes et notamment leurs relations avec la
biodiversité, et l’autre plus appliquée, même si étroitement liée à la première, sur la valorisation
de la biodiversité et les développements biotechnologiques. Les recherches conduites au niveau
de ce département se rejoignent à deux niveaux :
D’une part, deux des trois équipes s’intéressent à la matière organique, que ce soit au niveau des
humus du sol, au niveau de la biomasse qu’elle constitue ou encore au niveau de la valorisation
de résidus récalcitrants de différentes activités agricoles ou alimentaires.
D’autre part, les trois équipes se rejoignent dans la prise en compte des stress et perturbations
affectant les individus, les communautés et les écosystèmes, stress qui prennent un relief
particulier dans les systèmes méditerranéens qui sont ici privilégiés.
Dans tous les cas, les approches envisagées sont replacées dans le cadre des changements
globaux et du développement durable.
Cinq thématiques transversales et complémentaires sont privilégiées au niveau de ce
département :
1. Relations Biodiversité/fonctionnement
2. Stress/perturbations, leviers du fonctionnement des individus et des écosystèmes
3. Evolution et valorisation de la matière organique
4. Diversité fonctionnelle et gestion durable
5. Valorisations de la biodiversité et développements biotechnologiques
CINQ SERVICES COMMUNS
Biologie moléculaire
Serres et Jardin
Documentation
Pédologie
Bases de données & Biostatistique

Liste des Communications
Etienne Danchin : L'évolution en plusieurs dimensions : tout n'est pas qu'une
histoire de gènes
Thierry Gauquelin : Présentation de l’O 3 HP
Association E4
Session 1 « Changement global »
Modérateur : Yogan Monnier
Intervenants : Jérémy Migliore, Yogan Monnier, Mélanie Saulnier, Aïda Gasmi,
Samir Ait-Said
1. Jérémy Migliore «Evolution et persistance des végétaux méditerranéens face à une
aridification croissante du climat : le cas du genre Myrtus L. (Myrtaceae) »
2. Yogan Monnier «Rôle des interactions plantes-plantes dans la dynamique forestière
méditerranéenne»
3. Mélanie Saulnier «Histoire Et Dynamique De La Forêt Subalpine dans Le Queyras»
4. Aïda Gasmi «Phénomènes de persistance et changements globaux : déterminisme
écologique, fonctionnel et évolutif de la flore endémique dans les massifs forestiers
sublittoraux de Numidie (NE-Algérie/N-Tunisie) »
5. Samir Ait-Said « Ecophysiologie de Pistacia lentiscus L. en milieux aride et salin. »
Session 2 « Hydrobiologie »
Modérateur : Stéphane Charpentier
Intervenants : Julia Vergalli, Camille Roumieux, Stéphane Charpentier
5. Julia Vergalli «Remédiation par les variations de salinité de deux étangs
méditerranéens ? Etude spatio-temporelle du phytoplancton et de son potentiel toxique.
(Etangs de l’Olivier et du Bolmon)»
6. Camille Roumieux «Modélisation de la dynamique des populations d’Aedes
(Ochlerotatus) caspius (Pallas, 1771) (Culicidae) dans un contexte de changements
globaux . »
7. Stéphane Charpentier « Dynamique et interactions des communautés micro-algales
phytoplanctoniques et épilithiques avec les caractéristiques hydrauliques et physicochimiques
d’écosystèmes artificiels : Le Canal de Provence (13 et 83) et le Canal de
Gignac (34)»

Session 3 « Restauration de la biodiversité»
Modérateur : Clémentine Coiffait Gombault
Intervenants : Renaud Jaunatre, Clémentine Coiffait Gombault, Teddy
Baumberger, Sami Youssef
8. Renaud Jaunatre «Le forçage des processus de dispersion permettra –t-il de restaurer
la végétation steppique de la plaine de Crau après réhabilitation d’un verger intensif ?»
9. Clémentine Coiffait Gombault «Utilisation du transfert de foins et semis d’espèces
nurses pour restaurer des pelouses sèches : résultats préliminaires dans la plaine de La
Crau (Bouches-du-Rhône, France)»
10. Sami Youssef «Distribution et niche écologique de deux endémiques de Basse
Provence, Arenaria provincialis (Caryophyllacée) et Genista lobelii (Fabacée)»
Session 4 « Matière organique du sol et microbiologie »
Modérateur : Leïla Qasemian
Intervenants : Leïla Qasemian, Hussain Rizvi, Antoine Cellier, Frédérique
Guillamot, Olga Djossou
11. Leïla Qasemian « Epandage de compost en contexte méditerranéen littoral : Impacts
sur la diversité microbienne et la minéralisation de la litière »
12. Hussain Rizvi «Amendements calco-magnésiens de bassins versants forestiers
acidifiés : effets sur la dynamique de la matière organique des sols»
13. Antoine Cellier «Apport de compost sur un sol méditerranéen après incendie : effets
sur la microbiologie et les paramètres physico-chimiques du sol et sur la végétation.»
14. Frédérique Guillamot « Biotraitement de surface de poudrettes de pneus usagés »
15. Olga Djossou « Mycoflore post-récolte de café robusta en Côte d’Ivoire et utilisation
des bactéries lactiques pour le contrôle des moisissures mycotoxinogènes»

Résumés

Etienne Danchin
DR CNRS au laboratoire EDB (Evolution et Diversité
Biologique) de Toulouse UMR5174 CNRS-UPS.
Spécialiste de l'évolution du comportement, il s'intéresse en
particulier à l'évolution culturelle animale.
L'évolution en plusieurs dimensions : tout n'est pas qu'une histoire de gènes
L'évolution une affaire de gènes? Oui, mais pas seulement. Depuis plusieurs décennies
l'hégémonie génétique est remise en question au profit d'une vision plus large dans laquelle
développement, comportements et culture … trouvent leur place. Une révolution est en
cours qui vise à intégrer toutes les dimensions de l'hérédité. L'émergence de cette nouvelle
synthèse se heurte encore au dogme du 'tout génétique' car elle conduit à intégrer aussi
l'hérédité non génétique. Je développerai le cas de l'hérédité culturelle et de son impact sur
l'évolution biologique.

L’O3HP, site expérimental d'étude du fonctionnement de la Chênaie
pubescente
La chênaie pubescente, formation forestière dominante en Région PACA avec plus de 200000
ha, structure les paysages naturels de l’Arrière Pays Méditerranéen, participant ainsi, au même
titre que les champs de lavande ou les oliveraies, à l’identité régionale, renforcée encore par ses
liens forts avec la trufficulture.
Parfois dépérissantes ou vieillissantes, ces forêts patrimoniales s’avèrent potentiellement très
sensibles aux changements globaux, notamment climatiques qui affectent déjà la région
méditerranéenne et vont se manifester avec plus d’intensité dans les décennies à venir.
La nécessité de mieux comprendre le fonctionnement de cette chênaie, afin d’en prévoir les
évolutions futures, a conduit à la mise en place d’un ambitieux programme de recherche
fortement soutenu par la Région PACA et le CNRS et piloté scientifiquement par l’IMEP. Ce
programme s’articule autour de la réalisation d’une plate-forme expérimentale développée sur
le site de l’Observatoire de Haute Provence (OHP) à St Michel l’Observatoire, près de
Manosque où une centaine d’ha de Chênaie sont disponibles. L’OHP est donc co-responsable
de cette opération qui bénéficie du savoir-faire technique des personnels de l’OHP impliqués
dans la conception et mise en place de ce site expérimental.
Il s’agit en particulier, à l’aide d’un système de passerelles installées à demeure au niveau de
la canopée, de pouvoir suivre les performances et le fonctionnement de cet écosystème forestier,
en le soumettant, par un système d’exclusion partielle des précipitations, à des stress hydriques
variables simulant un changement climatique potentiel. Ceci est complété par la mise en place de
stations automatisées de mesure (mésoclimat, croissance arbres, etc), avec transmission en temps
réel des données et de l’installation de salles pour stockage, prétraitement des échantillons,
analyses sommaires et archivage des données.
Différentes approches sont privilégiées et pour certaines effectives :
-Etudes méso et microclimatique
-Etude des cycles biogéochimiques
-Etude des émissions et stockage de métabolites secondaires
-Etude de l’efficacité photosynthétique et nutritionnelle du système
-Etude des flux d’eau
-Etude de la phénologie et de la croissance du Chêne pubescent
-Etude des stocks carbonés immobilisés dans l’écosystème et étude des flux de CO2
-Etude de l’évolution des communautés microbiennes du sol et de la phylosphère
-Etudes de diversité génétique (Chêne, micro-organismes, etc)
-Etude des communautés de faune associées
Un Assistant Ingénieur (Jean Philippe ORTS, CDD CNRS IMEP) est chargé du suivi des installations
et des premières expériences et mesures. Un IR CNRS, affecté à la fédération de recherche
ECCOREV, sera recruté, à l’automne comme chef de projet.
Sera donc ainsi mis en place un outil de terrain à fort
potentiel scientifique, constituant un plate forme
mutualisé au sein de l’IMEP mais aussi entre différents
laboratoires, largement ouvert à la communauté
scientifique, et permettant d’appréhender diverses
recherches interdisciplinaires.
Parallèlement, il s’agit de mettre en place, sur ce site,
un véritable "Observatoire de la biodiversité", permettant
le suivi à long terme de la végétation, de la flore et de la
faune et plus localement l'étude de sa dynamique.

Association E4
Expertise Écologique, Éducation à
l'Environnement
Maison de la Vie Associative
Le Ligourès - Place Romée de Villeneuve
13090 Aix-en-Provence
Email:e4asso@hotmail.fr
Historique
Fondée en août 2007, l’association E4 (Expertise Ecologique, Education à l’Environnement)
réunit des étudiants de la faculté de Saint-Jérôme, des enseignants, des chercheurs et des
personnes de la société civile passionnés de nature et soucieux de préserver la biodiversité.
Nos buts
Préserver et valoriser la biodiversité par l’expertise écologique, la sensibilisation, l’éducation,
l’aide à la recherche et la gestion. En France, la région Provence-Alpes-Côte-d'Azur ainsi que la
Corse présentent de nombreux espaces naturels qui comprennent des habitats, une faune et une
flore des plus diversifiés.
Notre Conseil d’Administration
Jean Micheau : psychologue (Président)
Blandine Maille Noble : étudiante (Trésorière)
Jérôme Volant : étudiant (Secrétaire)
Erick Provost : chercheur CNRS (Secrétaire adjoint)
Olivier Agullo : enseignant chercheur en physique
Jean-David Chapelin-Viscardi : chargé d’études
Jonathan de Mari : écologue
Isabelle Gremaud : chargée de production
Alain Harivel : metteur en scène
Mylène Hidreau : éducatrice spécialisée
Philippe Largois : Docteur en géologie
IMEP (Institut Méditerranéen d’Ecologie et de Paléoécologie)
Expertise écologique
Sensibiliser les citoyens et les élus sur les richesses naturelles présentes dans leurs communes, à
travers la réalisation d’inventaires floristiques et faunistiques. Ces bilans écologiques se veulent
interactifs à travers divers axes de communication : réalisation de conférences, publications,
plaquettes informatives ou activités pédagogiques afin de permettre la découverte et la
valorisation du patrimoine naturel et de la biodiversité à l’échelle locale.
Education à l’environnement
Animations pédagogiques au sein du jardin botanique de l’Université Paul Cézanne (Marseille) à
l’attention d’un public scolaire des quartiers alentour. Les animations sont réalisées par des
étudiants en Sciences de la Vie (Masters et Licences) et des membres de l’association.
Animations pédagogiques sur la faune et la flore au sein des établissements scolaires et des
associations en région PACA.
Sorties naturalistes
L’association organise des sorties naturalistes dans la région. Celles-ci sont animées par des
intervenants spécialistes de la faune et de la flore (botanistes, entomologistes…).
Aide à la recherche
Participation à des projets de recherche axés sur la connaissance et la valorisation du patrimoine
naturel.

Evolution et persistance des végétaux méditerranéens face à une aridification croissante du
climat : le cas du genre Myrtus L. (Myrtaceae)
Jérémy Migliore - 2 ème année
Département 1 - Paléoénvironnements et biogéographie évolutive
Equipe 3 Persistance et évolution de la biodiversité
Directeurs de thèse : Frédéric MÉDAIL & Alex BAUMEL
jeremy.migliore@etu.univ-cezanne.fr
Au sein de la famille des Myrtaceae, regroupant plus de 4 000 espèces, seules les deux espèces
du genre Myrtus sont présentes dans l'hémisphère Nord. Myrtus communis L. est largement
répandu sur l’ensemble du pourtour méditerranéen, ainsi qu'en Macaronésie et en Asie
occidentale, tandis que Myrtus nivellei Batt. & Trab. est endémique des montagnes du Sahara
central.
La structuration géographique de la diversité génétique a été examinée pour 120 populations de
M. communis et 23 populations de M. nivellei, à partir du séquençage des espaceurs
intergéniques d'ADN ribosomal et chloroplastique.
Les analyses phylogéographiques révèlent l’existence d’une lignée ancienne et périméditerranéenne
dont dériveraient les populations occidentales et orientales de M. communis, et,
de manière étonnante, les populations sahariennes de M. nivellei. Par ailleurs, les patrons
phylogéographiques soulignent une nette différenciation est-ouest méditerranéenne, une forte
diversité du sud-ouest de la Turquie, l’homogénéité des îles et archipels ouest-méditerranéens et
une faible différenciation entre le sud de l’Espagne et le Maroc.
Ces résultats seront confrontés par la suite à d'autres marqueurs moléculaires (AFLP), ainsi
qu'aux données paléoécologiques disponibles. Les hypothèses de dispersion à partir d’un ou de
plusieurs refuges et de vicariance seront examinées afin de mieux comprendre la réponse
évolutive d’une espèce thermophile clé de la flore méditerranéenne face à différents processus
biogéographiques ou environnementaux.
En parallèle, un volet expérimental, sous serre, vise à étudier la réponse évolutive du myrte
commun (adaptation ou plasticité phénotypique), selon un gradient d'aridité régional et
méditerranéen. Par analyse fine de la diversité génétique AFLP de ces populations, d'éventuelles
signatures adaptatives seront recherchées. Enfin, notre démarche comporte un volet plus
appliqué qui s'intègre dans un projet de conservation du myrte en Corse, notamment face à son
exploitation croissante à des fins cosmétiques, pharmaceutiques et alimentaires.
Myrtus communis témoin des changements climatiques sahariens ? (Gauche : M. communis Var, France / Droite : M. nivellei Immidir, Algérie)

Rôle des interactions plantes-plantes dans la dynamique forestière méditerranéenne
Yogan Monnier – 2 ème année
Département 3 - Processus fonctionnels et Valorisation de la Biodiversité
Equipe Diversité Fonctionnelle des Communautés Végétales
Directeurs de thèse : Catherine Fernandez, Bernard Prévosto
yogan.monnier@etu.univ-provence.fr
Les interactions plantes-plantes jouent un rôle très important dans la structuration des
communautés végétales. L’importance de chacun de ces phénomènes (ex : compétition,
facilitation) dépend des conditions causées par les facteurs abiotiques et du niveau de stress
résultant. Afin de comprendre comment les interactions entre espèces présentes dans un milieu
vont influencer l’évolution de ce milieu, il est donc important de faire un bilan de ces
interactions, à différents niveaux de stress abiotiques. Notre modèle d’étude est la forêt
méditerranéenne, et plus particulièrement deux espèces de chênes : le chêne vert (Quercus ilex
L.) et le chêne pubescent (Quercus pubescens W.). L’étude est menée sur la réussite
d’installation et de développement des chênes méditerranéens dans différentes conditions
environnementales. Le rôle des interactions plantes-plantes est exploré majoritairement à travers
les interactions avec le pin d’Alep (Pinus halepensis M) une espèce forestière pionnière souvent
coexistante avec les chênes. La réalisation de cette étude s’est faite par la mise en place de trois
expérimentations. Le premier dispositif est localisé dans un peuplement de pin d’Alep éclairci
suivant trois intensités afin de créer des conditions de disponibilité de la lumière contrastées
(respectivement 13, 33 et 52 % de lumière transmise). Le deuxième dispositif vise à introduire
les chênes directement sur sol nu dans des terrains à bonnes potentialités (terrains de culture) en
utilisant une végétation d’accompagnement arborée ou arbustive. Le troisième dispositif est
réalisé en pépinière en conditions contrôlées. Nous étudions la baisse de la luminosité par la mise
en place d’une ombrière atténuant de 70% l’intensité lumineuse, les effets allélopathiques des
pluviolessivats sous couvert de pin par un apport régulier de macérats d’aiguilles de pin, la
compétition interspécifique directe et la compétition pour les ressources entre pins et chênes.
Bilan des interactions positives et négatives pin-chênes
Les interactions avec la
canopée des pins
Une diminution de la
lumière reçue
Les interactions
avec les pins en
régénération
interférence directe
(Compétition, effet d’abri)
Allélopathie via les
pluviolessivats
pin
Limitation du développement
herbacé
chêne

Histoire Et Dynamique De La Forêt Subalpine dans Le Queyras
Mélanie Saulnier - 1 ère année
Département 1 : Paléoenvironnements et biogéographie évolutive.
Equipe Systèmes Forestiers, Anthropisation et Climat
Directeurs de thèse : Jean-Louis Edouard, Brigitte Talon
melanie.saulnier@etu.univ-cezanne.fr
Mon projet s’inscrit dans les problématiques de changement global et de leur prise en
compte dans la mise en place d’une gestion durable des écosystèmes. Ainsi, cette étude vise ainsi
à comprendre l’histoire et la dynamique de la forêt subalpine dans le Parc Naturel Régional du
Queyras (Hautes-Alpes) dont les écosystèmes originaux présentent une grande sensibilité aux
changements environnementaux.
Ce travail s’inscrit dans une démarche spatialisée, qui, associée à l’utilisation conjointe
de 2 méthodes paléoécologiques, permettra une reconstitution très fine à différentes échelles de
temps et d’espace de la dynamique des écosystèmes forestiers du Queyras.
L’anthracologique sera utilisée pour identifier des variations de la composition floristiques liées
aux fluctuations du climat et/ou aux phases successives d’occupations humaines sur plusieurs
milliers d’années, avec une résolution centennale à pluri-centennale. L’analyse
dendrochronologique, aura pour objectif de préciser les relations entre la croissance annuelle des
arbres, les facteurs climatiques et les pratiques agro-sylvo-pastorales au cours du dernier
millénaire à haute résolution temporelle (annuelle).
Les données exploitées dans cette étude proviennent à la fois d’études déjà réalisées mais
également de récoltes d’échantillons au cours de plusieurs phases de terrain qui débuteront en
juillet 2009.
Les résultats attendus en terme d’histoire forestière sont d’identifier les phases
successives d’occupation des sols, de déterminer des périodes climatiquement favorables à la
croissance des espèces mais également d’identifier et de dater des évènements perturbateurs (feu,
pullulation d’insectes ravageurs,etc.) avec une résolution temporelle variable.
En ce qui concerne la dynamique, les résultats attendus visent à préciser le caractère naturel de
ces écosystèmes forestiers, d’identifier les variations de la limite supraforestière, de rechercher
une modification au cours du temps des relations entre la croissance des arbres et le climat et de
déterminer la dynamique des compositions floristiques sur un site.
De fait, l’intérêt et les applications des études paléoécologiques sont encore mal connus
des gestionnaires et des chercheurs en écologie forestière. Les témoignages paléoécologiques
apportent pourtant des informations indispensables pour orienter les choix de gestion forestière
dans une optique de développement durable et apporter des éléments nouveaux sur l’état de
référence des écosystèmes. Cette étude vise finalement à faire le lien entre les résultats obtenus
par ces approches et une gestion plus durable des milieux au travers d’une démarche scientifique
multiproxies.
Ainsi les résultats obtenus pourront être utilisés dans la protection et la gestion des forêts
subalpines de montagne qui impliquent :
- De bien connaître l’histoire ancienne pour préciser le degré naturalité et la dynamique
naturelle,
- de comprendre les relations complexes entre ces écosystèmes et leur environnement pour
émettre des hypothèses probables d’évolution,
- de mesurer l’impact actuel et passé de l’Homme sur ces écosystèmes.
Partenaire : Bourse Région PACA, Parc Naturel Régional du Queyras

Phénomènes de persistance et changements globaux : déterminisme écologique, fonctionnel
et évolutif de la flore endémique dans les massifs forestiers sublittoraux de Numidie (NE-
Algérie/N-Tunisie)
Aïda Gasmi - 1 ère année
Département 2 - Organisation et Vulnérabilité des Systèmes Écologiques
Équipe Populations-Communautés-Paysages
Directeurs de thèse : Thierry Tatoni, Errol Vela
aidagasmi@yahoo.fr
Le bassin méditerranéen se distingue par une histoire paléogéologique et paléoclimatique
complexe, une hétérogénéité spatiale marquée et
une origine biogéographique variée des taxons qui
constituent sa flore. C'est une zone à forte
biodiversité et qui présente un taux d'endémisme de
près de 50%. Cette richesse étant menacée, de
nombreux hotspots de biodiversité ont été identifiés
sur les deux rives de la Méditerranée.
C'est dans ce contexte que cette thèse se propose
de mieux comprendre l’origine et le maintient de Points-chauds de biodiversité en Méditerranée – 11 : « Kabyliesl'endémisme
en Méditerranée et les processus qui Numidie-Kroumirie » (d’après MEDAIL & QUEZEL 1997,
le déterminent à travers l'étude de deux espèces modifié par VELA & BENHOUHOU, 2007). En encadré, la zone
endémiques d'Afrique du Nord : Genista
d’étude.
aspalathoides Lam et Odontites triboutii Gren.&
Paill.
Le premier objectif de cette thèse consistera en une clarification taxonomique des modèles
choisis ainsi qu'en l'étude des liens phylogénétiques avec les espèces qui leurs sont voisines. Ceci
nous permettra de préciser une systématique lacunaire et d'obtenir des éléments de réponse quant
à l'histoire biogéographique et évolutive des espèces dans cette partie du bassin méditerranéen.
Dans un second temps une cartographie et un inventaire des populations ciblées seront réalisés.
La niche écologique des taxons étudiés sera alors établie via une caractérisation de leur habitat et
des communautés végétales auxquelles ils participent. Ceci permettra d’apporter un éclairage sur
le fonctionnement actuel des communautés en général.
La dernière partie consistera à comparer la niche écologique de Genista aspalathoides et
Odontites triboutii avec des niches d’espèces phylogénétiquement proches pour participer à la
compréhension de ce qui, d’un point de vue adaptatif et en rapport avec les contraintes de leur
milieu, permet à ces taxons de se maintenir.
Les aspects taxonomique, phylogénétique et biogéographique seront explorés par des méthodes
moléculaires (séquençage ADN et horloge moléculaire). La description de la niche écologique
des deux espèces se fera à partir d’analyses multivariées sur la base de relevés phytoécologiques.

Ecophysiologie de Pistacia lentiscus L. en milieux aride et salin
Samir Ait-Saïd – 1 ère année
Département 3 : Processus fonctionnels et Valorisation de la Biodiversité
Equipe : Diversité Fonctionnelle des Communautés Végétales
Directeurs de thèse : Jean-Philippe Mévy
samsping2000@yahoo.fr
Dans les zones arides et semi arides, la sécheresse et/ou la salinité sont deux facteurs majeurs
limitant la production des végétaux. Certaines espèces ont développé au cours de leur évolution
des mécanismes physiologiques leur permettant de s’adapter à ces milieux. Ces modifications se
portent essentiellement sur l’ensemble de l’appareil végétatif de l’arbre et spécialement sur la
feuille, l’organe le plus exposé à la lumière et à la sécheresse.
Le but de notre travail est l’étude des effets de la salinité et de l’aridité sur les performances
photosynthétiques du lentisque.
L’échantillonnage a porté sur trois sites : un site (témoin) à Montespin, un second à
Montredon (salin) et un troisième site (aride) situé à Callelongue. Trois populations sont
retenues par site à raison de 12 pieds (6 mâles et 6 femelles) par population. Pour chaque
arbre, des compagnes de mesures (avant le levé du soleil) de fluorescence, de potentiel
hydrique et le dosage de pigments sont réalisées en saisons hivernale et printanière (en
attendant les données de l’été et de l’automne).
Les premiers résultats révèlent des valeurs faibles (< 0,832) de l’efficacité quantique maximale
(Fv/Fm) durant la saison hivernale. Les valeurs les plus faibles sont obtenues chez les
populations de Montredon (0,713) qui s’expliquerait par l’effet conjugué d’une photoinhibition
hivernale et de la salinité dans ce site.
Au printemps, toutes les stations présentent des valeurs similaires de Fv/ Fm avec des valeurs
significativement élevées enregistrées chez les femelles. En effet, durant cette période, ces
dernières allouent plus de ressources à la formation de leurs fruits.
Les taux de chlorophylle a et les Chlorophylles totaux sont plus importants au printemps avec
des valeurs maximales enregistrées sur le témoin. On note la même tendance pour les teneurs en
caroténoïdes.
Les variations de l’efficacité quantique maximale semblent être en relation avec la composition
pigmentaire des feuilles. Ceci est confirmé par l’obtention des coefficient de quenching non
photochimique particulièrement élevé pour la station soumise au stress salin.
Le milieu salin semble être le plus stressant pour le lentisque comparé au milieu aride.

Remédiation par les variations de salinité de deux étangs méditerranéens ?
Etude spatio-temporelle du phytoplancton et de son potentiel toxique.
Etangs de l’Olivier et du Bolmon)
Julia Vergalli - 1 ère année
Département 2 – Organisation et Vulnérabilité des Systèmes Ecologiques
Equipe Ecologie des eaux continentales
Directeurs de thèse : Stéphanie Fayolle et Claude Charpy-Roubaud
julia.vergalli@etu.univ-cezanne.fr
L’Etang de Bolmon est très dégradé et fermé aux activités de pêche et de baignade depuis 2000.
Le suivi écologique réalisé depuis, a montré des proliférations d’algues et de cyanobactéries
constituant des nuisances incompatibles avec les utilisations de l’étang.
La restauration de l’étang, un des objectifs programmé par le Conservatoire du littoral et son
gestionnaire, repose, entre autre, sur des modifications qualitatives et quantitatives du peuplement
phytoplanctonique.
Le contexte de ce projet s’inscrit dans une problématique de nouvelle gestion de l’Etang de Berre
coordonnée par le GIPREB, qui consiste en une nouvelle gestion des rejets d’eaux douces de
l’usine EDF de Salon-Saint-Chamas.
La problématique de la thèse s’intègre dans le cadre actuel du projet de restauration qui implique
d'organiser la gestion en s’interrogeant sur les différents compartiments biotiques et abiotiques:
-Comment influencer la composition physico-chimique de la colonne d’eau par aménagement des
échanges hydriques?
-Comment évaluer, par la composition des communautés phytoplanctoniques, la récupération d’un
système restauré?
La méthodologie adoptée consiste en une caractérisation du changement phytoplanctonique suite
aux modifications de la salinité liées aux échanges eaux saumâtres - eaux salées. De nouvelles
espèces pourront également être identifier et permettre ainsi d’augmenter les connaissances du
spectre des espèces vis-à-vis de la salinité et l’expression ou non des cyanotoxines et des toxines
de dinoflagellés. Ces données seront par la suite intégrées dans une problématique de
réhabilitation de l’Etang de Bolmon. La finalité de la thèse devra en effet déboucher sur des
indicateurs capables d’aider à l’évaluation des outils de gestion (circulation d’eau de mer,
réouverture du tunnel du Rove).
L’objectif est donc de pouvoir limiter, prévenir les blooms algaux et les accumulations de
sédiment consécutives pour atteindre un bon état écologique de l’étang.
Il s’agira de montrer si le mode de réhabilitation par ajustement d’entrée d’eau salée va réguler ou
non la biomasse algale, modifier le peuplement phytoplanctonique et rétablir une bonne qualité
d’eau.
Financement : bourse 100% région PACA
Collaborateurs : MNHN de Paris (Muséum National d’Histoire Naturelle) ; SIBOJAI (Syndicat
Intercommunal du Bolmon et du Jaï) ; GIPREB (Groupement d’intérêt Public pour la
Réhabilitation de l’Etang de Berre)

Modélisation de la dynamique des populations d’Aedes (Ochlerotatus) caspius (Pallas, 1771)
(Culicidae) dans un contexte de changements globaux
Camille Roumieux - 2 ème année
Département 2 - Organisation et Vulnérabilité des Systèmes Ecologiques
Equipe : Ecologie des Eaux Continentales ; Populations, Communautés, Paysages
Directeurs de thèse : Evelyne Franquet, Gérard Metge, Alain Sandoz, Franck Torre
camilleroumieux@yahoo.fr
Aedes caspius est une espèce très représentative du bassin méditerranéen. Une bibliographie
importante sur ce Culicidé a permis d’identifier les variables environnementales qui régissent la
présence de cet insecte. La qualité physico-chimique du sol détermine le site de ponte.
L’induction et la levée de diapause des imagos femelles sont déterminées par des variations
saisonnières de température et de la photopériode. La température de l'eau, la fréquence des
épisodes d'inondation et leur durée agissent sur l'éclosion et le développement des stades
larvaires.
Dans un contexte d’un changement climatique global, ces paramètres vont être affectés. Les
scénarii officiels de l’Intergovernmental Panel on Climate Change envisagent une augmentation
de la température et une variation dans la fréquence et la distribution des précipitations. Selon
ces différentes hypothèses, des effets directs et indirects peuvent être attendus: activité subcontinue
de l'insecte (plus de diapause hivernale) en raison de l'augmentation éventuelle de la
température maximale du mois le plus froid, changement dans l'utilisation des terres et
fragmentation de son habitat due à la sécheresse. Ces deux effets sont quantifiés à l'aide d'une
méthodologie appropriée afin de prévoir d'éventuels changements dans la dynamique des
populations d'Aedes caspius pour le Sud de la France.
La première partie de ce travail vise à définir l’échelle spatiale et temporelle de l’étude.
L’utilisation de logiciels statistiques, d’analyses spatiales et de données climatologiques à haute
résolution, a permis une véritable réactualisation des représentations cartographiques des critères
retenus dans la définition de l’aire climatique méditerranéenne.
Une deuxième partie est consacrée à la création d’une base de données à partir des fiches de
surveillance (datant de 1968) de l’Entente Interdépartementale pour la Démoustication du
littoral méditerranéen. Ces données journalières présentent les zones positives à Aedes. Ces
fiches nommées “Tableau Aedes” associent les données météorologiques (température,
précipitation, évaporation, direction et force du vent) aux suivis des éclosions (mode de mise en
eau, stade larvaire, habitats). L’intégration de l’ensemble de ces données spatiales et temporelles
permettra une meilleure connaissance de la réponse de cette espèce aux conditions
environnementales, dans le temps.
Enfin, une expérimentation en laboratoire, de variation de température sur des œufs de Aedes
caspius permettra d’évaluer les exigences de levée de diapause de ce diptère. Cette étude
physiologique permettra d’affiner les travaux de Sinègre en 1974. Dans un contexte de
réchauffement climatique, l’augmentation de température est un paramètre essentiel dans
l’activité du diptère (diapause, développement).
Ce travail de thèse devrait permettre de mieux appréhender la dynamique spatio-temporelle de
vecteurs de maladies, diagnostic important dans la lutte épidémiologique, et de prévoir dans
l’éventualité de changements climatiques le devenir de ces vecteurs sur le bassin méditerranéen
occidental.

Dynamique et interactions des communautés micro-algales phytoplanctoniques et
épilithiques avec les caractéristiques hydrauliques et physico-chimiques d’écosystèmes
artificiels :
Le Canal de Provence (13 et 83) et le Canal de Gignac (34)
Stéphane Charpentier - 1 ère année
Département 2 : Organisation et Vulnérabilité des Systèmes Ecologiques
Equipe Ecologie des Eaux Continentales
Directrices de thèse : C. Charpy-Roubaud, C. Bertrand
stephane.charpentier@univ-cezanne.fr
Les canaux méditerranéens de transport d'eau brute, souvent pluri-centenaires, fournissent un
apport d’eau qui apaise en partie les conflits d’usage (irrigation, eau potable, industrie,
tourisme) ou les situations de manque, notamment pendant la saison estivale. La gestion de la
qualité des eaux de ces canaux est donc primordiale et correspond à un besoin croissant, tant
pour les gestionnaires de réseaux que pour les utilisateurs finaux.
Comme tout écosystème aquatique, un canal abrite divers compartiments biocénotiques dont
notamment celui des microalgues. Leur dynamique a des conséquences aussi bien physiques que
biologiques, voire sanitaires selon les usages de l’eau. Les enjeux de la gestion des canaux sont
donc de limiter ces nuisances algales au niveau de l’exploitation des ouvrages et des usages
domestiques (irrigation, potabilisation) et industriels.
L’objectif général de ce projet est donc de définir les patrons de réponses des communautés
algales (diatomées, chrysophycées, dinophycées, cryptophytes, rhodophytes, euglenophycées,
chlorophytes, cyanobactéries) aux conditions hydrodynamiques (intensité et occurrence des
perturbations hydrodynamiques : débit et vitesse d’écoulement) dans des systèmes artificialisés.
Plus précisément, les objectifs sont d’examiner à différentes échelles in situ et en conditions
expérimentales (i) comment se structurent et évoluent, les communautés microalgales le long
des canaux de transport d’eau brute ? (ii) quels sont les facteurs écologiques et
hydrodynamiques qui favorisent leur développement ? (iii) quelles sont les nuisances
occasionnées par leur développement dans la gestion des ouvrages hydrauliques et comment les
limiter ? Les résultats obtenus devraient permettre de proposer une gestion visant à limiter la
croissance et les nuisances physiques et chimiques que certaines microalgues peuvent engendrer
au niveau de l’exploitation, de la maintenance des ouvrages hydrauliques et de la qualité des
eaux en fonction des usages et notamment l’AEP et l’irrigation.
Responsable d’entreprise : P. Dollet (SCP)

Le forçage des processus de dispersion permettra –t-il de restaurer la végétation steppique
de la plaine de Crau après réhabilitation d’un verger intensif ?
Renaud Jaunatre – 1 ère année
Département 2 - Organisation et vulnérabilité des systèmes écologiques –
Equipe Populations, Communautés, Paysages – IUT d’Avignon
Directeurs de thèse : Elise Buisson – Thierry Dutoit
renaud.jaunatre@yahoo.fr
La plaine de la Crau abrite un écosystème de type steppique unique en Europe : le coussoul. Il
s'agit de l'association végétale Asphodelum fisulosi caractérisée notamment par la présence de
Brachypodium retusum. Cette communauté n'abrite aucune espèce rare mais c'est l'association
elle même qui est exceptionnelle, tout comme sa richesse spécifique élevée (plus de 70 sp. par
m²). De nombreux hectares ont été transformés en verger dans les années 1990, modifiant ainsi
radicalement le paysage et la végétation. Aujourd'hui abandonné, un de ces vergers va faire
l'objet d'une opération de réhabilitation. L'objectif est, à court terme de minimiser la présence
d'espèces non caractéristiques du coussoul et de maximiser la présence des taxons
caractéristiques de cette association ; à moyen terme de ré-orienter la communauté sur la bonne
trajectoire successionnelle ; et à long terme de restaurer l'écosystème coussoul dans sa structure
et sa composition floristique et faunistique. Nous allons mesurer les effets de plusieurs
opérations de génie écologique de forçage des processus de dispersion des espèces végétales afin
de déterminer leurs efficacité en terme de restauration : (i) le transfert de foin devant permettre à
la fois d'apporter les graines d'une végétation locale et riche en espèce caractéristiques, de limiter
l'établissement d'espèces non souhaitées et d'assurer un milieu favorable à la germination des
espèces apportées ; (ii) le semis d'espèces nurses ayant pour but de modifier et rétablir les
propriétés du milieu et donc de faciliter l’installation des espèces de la steppe; (iii) le transfert
d'espèces structurantes comme B. retusum qui permettrait de limiter la colonisation d'espèces
non souhaitées et qui pourraient avoir un effet sur la morphologie du sol et sur le piégeage des
espèces anémochores typiques de la steppe; (iv) l'épandage ou « inoculum »d’une couche
superficielle de sol de coussoul permettant d'apporter non seulement les propagules des espèces
de la communauté non séparées de leurs éventuels symbiotes (bactéries, mycorhizes, etc.) et (v)
le rétablissement du pâturage ovin, un des facteurs structurant de cette communauté végétale
depuis des milliers d'années.

Utilisation du transfert de foins et semis d’espèces nurses pour restaurer des pelouses
sèches : résultats préliminaires dans la plaine de La Crau (Bouches-du-Rhône, France)
Clémentine Coiffait Gombault – 2 ème année
Département 2 - Organisation et Vulnérabilité des Systèmes Écologiques
Equipe Populations-Communautés-Paysages
Directeurs de thèse : Thierry Dutoit, Elise Buisson
clementine.coiffait@univ-avignon.fr
La plaine de La Crau est caractérisée par une végétation de type steppique s’étendant sur 11500
ha abritant une faune remarquable et caractéristique de ce milieu unique en France. Bien
qu’aujourd’hui protégée par son statut de Réserve naturelle nationale et de Zone de Protection
Spéciale, cet espace a subi ce dernier siècle une forte pression anthropique qui a engendré sa
destruction partielle et sa fragmentation. Les perturbations liées aux ouvrages de génie civil
(pose de canalisations) ou à l’agriculture (cultures maraîchères) ont eu notamment pour impact
majeur de changer drastiquement la composition floristique de la végétation steppique. A long
terme, la végétation spontanée qui colonise les terres remaniées reste très différente même si des
morceaux de steppe sont adjacents aux sites perturbés. Cette dynamique est à relier avec les
faibles capacités de dispersion des espèces steppiques. Afin de restaurer la composition
floristique de végétation steppique pour ces espaces ; deux protocoles expérimentaux de
restauration écologique ont été mis en place. (1) Le transfert de foins qui a été réalisé à
l’automne 2006 sur des parcelles de terres remaniées par la mise en place d’une canalisation
souterraine. Ce protocole a consisté à prélever, dans une zone steppique de La Crau, du foin
contenant des graines viables et de l’épandre sur la zone perturbée. (2) le semis d’espèces
« nurses » a quant à lui été mis en place en 2007 sur une culture céréalière abandonnée depuis
une année. Cette opération a consisté à semer des espèces « nurses » en mélange (Brachypodium
retusum, Thymus vulgaris et Trifolium subterraneum). Les premiers résultats montrent que (1)
deux ans après la mise en place de l’expérience, le transfert de foins a permis de changer la
composition floristique et d’augmenter la richesse spécifique sur les parcelles de terres
remaniées en réintroduisant des espèces steppiques et que (2) le semis d’espèces nurses a
engendré un changement dans la composition floristique un an après la mise en place de
l’expérience.
Fig.1. a) Transfert de foins, b) Semis d’espèces nurses
Partenaires : Région PACA, GRT gaz, CEEP

Dynamique des populations et conservation/restauration d'espèces rares dans un site
industriel : le cas de Limonium girardianum sur le PAM
Baumberger Teddy – 1 ère année
Département 2 – Equipe Populations Communautés Paysage
Co-encadrants : Laurence Affre (IMEP) et François Mesléard (Tour du Valat)
teddy.baumberger@etu.univ-cezanne.fr
Problématique scientifique :
Les zones littorales représentent dans le monde, et
notamment en région Méditerranéenne, de forts enjeux
de conservation de part leur relative richesse, leur
rareté et leur fragilité. Cependant, elles connaissent
une menace croissante provenant des activités
humaines aboutissant à la dégradation voire la
destruction d'une partie ou de l'ensemble des
écosystèmes littoraux. Afin de préserver et conserver
de telles zones, il devient urgent de prendre en compte
ce contexte particulier de pression de perturbation anthropique. L'étude
s'insère dans le cadre de la destruction de populations de Limonium
girardianum (Guss.) Four. (Plumbaginaceae) suite à la construction d'une
centrale électrique à Fos-sur-Mer (zone industrielle du Grand Port Maritime
de Marseille GPMM, ancien PAM). Cette espèce endémique du nord-ouest du
bassin Méditerranéen (France, Espagne), est protégée nationalement. Elle se
développe au sein des marais salés littoraux, milieux subissant, depuis les
années 60, une forte expansion des infrastructures industrielles.
Objectifs / Méthodologies :
L’objectif général consistera à étudier précisément l'écologie et la biologie de l'espèce afin de
proposer des méthodes de suivi des populations et de conservation/restauration de l'espèce en
tenant compte du contexte industriel de la zone du Grand Port Maritime de Marseille de Fos.
- Appréhension de l'habitat favorable de l'espèce sur l'ensemble de son aire de répartition, par
l'analyse des conditions physiques environnementales (salinité, hygrométrie, granulométrie et
pH du sol, profondeur de la nappe, microtopographie…) ainsi que des espèces végétales
associées.
- Analyse de la structure et de la dynamique des populations en relation avec les conditions
physiques locales et les communautés végétales associées.
- Etude des modalités de reproduction de cette espèce triploïde (3x) et agamospermique (c’està-dire
production de graines viables sans fécondation des ovules) et leurs conséquences sur la
structuration génétique populationnelle afin d’évaluer son
potentiel évolutif et adaptatif.
- Etude de la dispersion des propagules et du succès de leur
établissement relativement aux paramètres environnementaux
(durée, fréquence et intensité de l'inondation, sécheresse,
microtopographie…).
- Essais in situ de renforcement, de réimplantation et de
restauration des populations en zone remaniée.
endémiques de Basse Provence, Arenaria
IMEP, Tour du Valat – Ministère de la Recherche, Electrabel Suez

Distribution et niche écologique de deux endémiques de Basse Provence, Arenaria
provincialis (Caryophyllacée) et Genista lobelii (Fabacée)
Sami Youssef – 2 ème année
Département 2 - Populations, Communautes, Paysage
Directeur de thèse : Thierry. Tatoni, Alex Baumel
sami.youssef@etu.univ-cezanne.fr
Pourquoi une espèce a-t-elle une distribution restreinte alors que d’autres espèces, de forme et
d’écologie a priori similaires, phylogénétiquement proches ou non, ont une plus grande
distribution ? Cette question est posée pour deux espèces rares occupant les milieux ouverts et
rocheux de Basse Provence : Arenaria provincialis et Genista lobelii. Nos objectifs sont de
définir à l’échelle régionale la niche réalisée de ces deux espèces et d’identifier à la fois les
contraintes environnementales et les traits biologiques agissant sur la viabilité et la répartition
spatiale des populations. Nous souhaitons également valoriser ces connaissances dans le cadre
d’un projet de gestion et de conservation à long terme de ces espèces et de leur habitat en
collaboration avec l’ONF, le CG13 et bientôt le Parc national des Calanques.
Du point de vue des méthodes, la niche réalisée des deux espèces est caractérisée par l’amplitude
écologique des milieux qu’elles occupent, ces milieux étant eux même caractérisés par les
assemblages d’espèces qu’ils abritent. Cette approche descriptive est complétée par des
approches plus fines : cultures expérimentales, suivis démographiques, étude de la banque de
graines et des trais biologiques. Notre démarche, se focalisant sur l’occurrence actuelle des
populations, amène des hypothèses évolutives qui pourront être explorées dans cette thèse, ou
dans d’autres cadres, par les méthodes moléculaires et confrontées aux données historiques et
paléoécologiques.
Durant l’exposé nous présenterons des résultats préliminaires sur la distribution, la niche
écologique des deux modèles végétaux et sur la comparaison d’Arenaria provincialis à ses
proches parents.
Genista lobelii à la Sainte Baume

Epandage de compost en contexte méditerranéen littoral : Impacts sur la diversité
microbienne et la minéralisation de la litière
Leila Qasemian 1 ère année
Département III, Équipe Ecologie Microbienne et Biotechnologies,
Service 452 Faculté des Sciences et Technique de Saint-Jérôme
Directeurs de thèse : Anne-Marie Farnet et Daniel Guiral
leila_qasemian@yahoo.com
Problématique
transformation sont inhibées par les ions
chlorures. Cela soulève les questions suivantes :
comment les communautés microbiennes
fonctionnent-elles confrontées à de fortes
contraintes naturelles (stress halin permanent et
aridité saisonnière) et en situation péri-urbaine à
des pressions anthropiques diverses (dont
pollution atmosphérique et fréquentation
touristique)? Les communautés fongiques
peuvent-elles détoxifier ces écosystèmes en
transformant des composés aromatiques polluants
ubiquistes issus de contaminations
atmosphériques tels que les hydrocarbures
aromatiques polycycliques (HAP) ? L’épandage
de compost, source de nutriments et d’énergie,
facilite-t-il cette détoxification ?
Méthode
L’action des communautés microbiennes dans la
minéralisation de la matière organique des litières en zone littorale
est très peu documentée. Classiquement les champignons jouent un
rôle clé en intervenant dans l’oxydation des composés phénoliques
récalcitrants à la dégradation.
Or certaines phénoloxydases fongiques impliquées dans cette
Le fonctionnement
microbien sera évalué
par la méthode de
« litter bags » en
fonction d’un gradient
Objectifs
Le but de cette étude est d’étudier
i) l’effet du stress halin apporté
par les embruns sur le
fonctionnement des
communautés microbiennes
présentes dans la litière du pin,
espèce végétale dominante en
zone littorale,
ii) la diversité génétique et
fonctionnelle des communautés
fongiques en se focalisant sur
leurs fonctions
phénoloxydasiques responsables
de la transformation de la
fraction la plus récalcitrante de
la matière organique (phénols
végétaux) et certains composés
polluants (HAP),
de salinité par différentes méthodes microbiologiques (activités
enzymatiques, profil catabolique des communautés microbiennes,
respirations basale et induite) et chimiques (RMN du solide).
L’évolution de la diversité génétique fongique sera étudiée en mésocosmes en fonction de
différents types d’apports contaminants (HAP) et fertilisants (compost de déchets verts). Ces
approches en conditions contrôlées viseront à déterminer si le compost peut favoriser
l’installation de communautés fongiques productrices de phénoloxydases. Par ailleurs, la
capacité de dégradation des HAP par les communautés fongiques présentes et l’effet inductif de
la récurrence de la perturbation sur les activités laccases seront évalués.
Collaboration entre IMEP et INRA de Bordeaux. Organismes financeurs : Région PACA et l’Agence de l’Environnement et de la
Maîtrise de l’Energie (ADEME)

Amendements calco-magnésiens de bassins versants forestiers acidifiés : effets sur la
dynamique de la matière organique des sols
Hussain Rizvi – 1 ère année
Département 3 - Processus fonctionnels et Valorisation de la Biodiversité-
Equipe Diversité Fonctionnelle des Communautés Végétales
Directeurs de thèse : Thierry Gauquelin, Virginie Baldy
syed.rizvi@etu.univ-provence.fr ; hussain_haider77@yahoo.com
Cette thèse s’insère dans un projet ANR Biodiversité intitulé “Amendements de bassins versants
forestiers acidifiés et restauration de la biodiversité (Recover)” dont l’objectif principal est de
mieux comprendre, dans une approche globale, si le recours à des épandages aériens
d’amendements calco-magnésiens dans desécosystèmes forestiers acidifiés par des décennies de
dépôts atmosphériques se traduit :
- par une restauration effective des caractéristiques abiotiques des bassins versants
- par des changements de biodiversité dans les sols et les ruisseaux
- et, le cas échéant, par une augmentation des performances des processus fonctionnels.
In fine, les recherches doivent permettre de proposer et valider ou non des pratiques
d’exploitation et de gestion forestière respectueuses des cycles biogéochimiques et compatibles
avec la restauration de la biodiversité fortement appauvrie par l’acidification et la
déminéralisation des écosystèmes.
Le travail de thèse a pour objectif spécifique d’évaluer l’impact de ces pratiques sur la
dynamique de la matière organique du sol. Les premiers résultats concernent les formes
d’humus, intégrateurs des conditions écologiques de ces milieuxforestiers. Nous avons
déterminé la morphologie des humus en identifiant et mesurant l’épaisseur sur le terrain des
différents horizons holorganiques OL, OF, OH. Quatre bassins versants ont été sélectionnés dans
le massif vosgien, deux sur granite et deux sur grès. Pour chacun des substrats géologiques, un
bassin versant témoin a été comparé à un bassin versant amendé par des apports calcomagnésiens.
Les résultats montrent une grande hétérogénéité entre les différents points
d’échantillonnage, expliquée par la topographie des sites. Néanmoins s grès, les horizons OL et
OH sont plus épais dans les bassins versants amendés que dans les bassins versants acidifiés,
alors que sur granite l’amendement réduit l’accumulation de litière. Sur grès, on peut supposer
que l’activité de la mésofaune a été stimulée par l’amendement, avec une tendance à une
diminution de l’épaisseur de l’horizon OF au profit de l’horizon OH où s’accumulent des
boulettes fécales. Sur granite, l’amendement a probablement augmenté l’activité des
décomposeurs, entraînant une augmentation du taux de decomposition et donc de l’épaisseur de
l’horizon OL. L’amendement conduit au passage d’un humus de type eumoder dominant à
dysmoder dominant sur grès, l’inverse étant observé sur granite.
5
4,5
4
3,5
3
2,5
2
1,5
1
0,5
0
Sandstone
acid
Sandstone
limed
Granite acid
Granite
limed
OL
OF
OH
Epaisseur (cm) des horizons OL, OF et OH
(moyenne de 21 points d’échantillonnage).

Apport de compost sur un sol méditerranéen après incendie : effets sur la microbiologie et
les paramètres physico-chimiques du sol et sur la végétation.
Antoine Cellier – 2 ème année
Département 3 : Processus fonctionnels et Valorisation de la Biodiversité
Equipe : Diversité Fonctionnelle des Communautés Végétales
Directeurs de thèse : Thierry Gauquelin, Christine Ballini
antoine.cellier@etu.univ-provence.fr
En région méditerranéenne, les incendies récurrents, associés à la sécheresse climatique, sont un
des facteurs majeurs de dégradation des écosystèmes. Ils entraînent une perte de la matière
organique et des nutriments du sol durant l’incendie. Cette dégradation est accentuée par
l’augmentation du risque d’érosion due à la diminution de la stabilité du sol et de la vitesse de
régénération de la végétation. L’apport de compost est considéré comme étant une solution à ce
processus.
Cette étude se propose de déterminer, sur une période de 2 ans, l’effet in situ de l’apport en
mulch d’un compost de boue de station d’épuration sur un écosystème de garrigue récemment
incendié en Provence calcaire (plateau de l’Arbois). L’évolution des paramètres chimiques
(CEC, cations échangeables, métaux lourds, C, N) et physiques (humidité, stabilité structurale)
du sol est évaluée tous les 3 mois à partir de la date d’épandage. La biomasse, la diversité
fonctionnelle et des activités enzymatiques microbiennes (FDAse, phénoloxydase, phosphatase
alcaline et uréase) sont déterminées suivant le même pas de temps comme indicateurs des effets
du compost à court et moyen termes sur les propriétés biologiques du sol amendé. La biomasse
des espèces végétales dominantes est relevée en mars et juillet par la méthode des points de
contact afin d’avoir une estimation de la production végétale annuelle.
Les premiers résultats obtenus ont montré que l’apport de compost en mulch permet le maintien
de l’humidité dans les premiers 20 cm du sol après une pluie et ainsi qu’un développement plus
important de la biomasse microbienne. En revanche, cet apport n’a pas eu d’effet significatif sur
la diversité des fonctions cataboliques de la communauté microbienne ni sur les activités
enzymatiques étudiées. Mais un effet des variations saisonnières est observé pour les activités
enzymatiques. Au niveau de la végétation, l’amendement favorise certaines espèces comme le
brachypode rameux, le ciste blanc et le ciste à feuilles de sauge mais il ne modifie pas la
croissance du chêne kermès.
Site d’étude après épandage (avril 2008) Site d’étude 1 an après épandage (avril 2009)

Biotraitement de surface de poudrettes de pneus usagés
Frédérique Guillamot – 2 ème année
Département 3 - Processus fonctionnels et Valorisation de la Biodiversité
Equipe Ecologie microbienne
Directeur de thèse : Elisée Ferré
frederique.guillamot@hotmail.fr
Problématique : Une partie des pneus usagés produits chaque année en France est broyée et
réduite en poudrettes. Celles-ci peuvent être incorporées à d’autres matériaux, mais des
problèmes de compatibilité se posent dans certains cas.
Collecte des pneus usagés
Broyage
Obtention de poudrettes
Valorisation matière par incorporation à
d’autres matériaux
Objectif et hypothèses : Afin d’améliorer leur compatibilité, un traitement de la surface des
poudrettes peut être envisagé. Le traitement biologique semble le plus prometteur en ce qui
concerne la sécurité et le respect de l’environnement. Deux hypothèses sont proposées : la
biodévulcanisation et la biofonctionnalisation.
Méthodologie : Les poudrettes de pneus usagés ont une composition complexe et variable qui
rend leur analyse chimique difficile. C’est pourquoi les premiers essais de biodésulfuration et de
biodégradation ont été effectués sur des modèles afin de pouvoir sélectionner un certain nombre
de micro-organismes : des molécules soufrées, des échantillons de gant en latex naturel et des
poudrettes de caoutchouc de composition connue. Les échantillons traités biologiquement sont
analysés par différentes techniques (HPLC, MEB, IRTF-ATR,...)
Premiers résultats :
Biodésulfuration
Micro-organismes
aérobies oxydant le
soufre en tant que source
d’énergie
Elimination du soufre
sous forme de sulfate
Biodévulcanisation
Micro-organismes
réduisant le soufre en
tant qu’accepteur final
d’électrons au cours d’une
respiration anaérobie
Elimination du soufre
sous forme de sulfure
d’hydrogène
Oxydation des liaisons
soufrées
Champignons excrétant des
phénoloxydases engendrant
des radicaux et provoquant
ainsi des délocalisations
électroniques susceptibles
d’aboutir à la rupture des
liaisons soufrées
Biofonctionnalisation
Biodégradation contrôlée
Micro-organismes capables
d’oxyder ou réduire des
constituants de la poudrette
Avec co-substrat Sans co-substrat
énergétique énergétique
S
S
O O
Oxydation du dibenzothiophène DBT,
molécule soufrée modèle, en DBT
sulfone par un champignon de pourriture
blanche
Biodégradation de gant en caoutchouc naturel
par une culture d’enrichissement sur poudrette
de pneus usagés : observation au MEB x1000 : gant non
traité à gauche, gant traité biologiquement à droite
ADEME - Aliapur - Eiffage Travaux Publics
Laboratoire des Systèmes Chimiques Complexes
(UMR CNRS 6171 Université P.Cézanne – Marseille)
Laboratoire de Recherche et de Contrôle
du Caoutchouc et des Plastiques LRCCP (Vitry sur Seine)

Les émissions de COV (Composés Organiques Volatiles) saisonnières du chêne kermès sous
différents niveaux de fertilité du sol.
Romain Olivier – 2 ème année
Département 3 - Processus Fonctionnels et Valorisation de la Biodiversité
Equipe Diversité Fonctionnelle des Communautés Végétales
Directeurs de thèse : Catherine Fernandez, Michael Staudt
romain.olivier@etu.univ-provence.fr
L'étude est réalisée sur le plateau de l'Arbois, dans une garrigue constituée majoritairement de
chêne kermès (Quercus coccifera). Un compost de boues de station d'épuration a été épandu en
juillet 2007 sur certaines parcelles du site, à hauteur de 50 ou 100 tonnes par hectare.
L'objectif est d'évaluer l'effet de cet épandage sur les émissions de COV (principalement des
monoterpènes) de l'espèce, le long d'une année. Pour cela, nous avons prélevé les COV émis
avec la technique de Head-Space qui consiste à enfermer un rameau de la plante dans une
chambre dynamique dans laquelle on échantillonne un volume d’air défini. Les composés émis
par la plante ont été identifiés et quantifiés en chromatographie en phase gazeuse.
Le chêne kermès se distingue des espèces émettrices telles que le romarin par le fait qu'il ne
stocke pas ces composés dans ses feuilles avant de les émettre : la synthèse des composés fait
suite à leur libération quasi immédiate. Du fait de cette absence de réservoir « tampon » entre la
synthèse et l’émission, on considère que son taux d'émission est principalement contrôlé par la
température et la lumière qui agissent respectivement sur l'activité enzymatique et la synthèse de
précurseurs à partir du carbone assimilé. C’est pourquoi l’algorithme de Guenther (1993) a été
utilisé pour normaliser les émissions à des températures et rayonnements standard.
Les premiers résultats font état d’une
saisonnalité nettement marquée se
traduisant par un taux d’émission
globalement 3 fois plus faible en hiver et
à la fin du printemps, par rapport à
l’automne. Cependant, ces premières
données ne montrent pas, pour le
moment, de différences significatives
entre les modalités d’amendement du sol.
10
9
8
7
6
5
4
3
2
1
0
Emissions saisonnières normalisées du chêne kermes
(mg.gMS-1.h-1)
a
(Total des 6 composés majoritaires)
b
Témoin
50t compost/ha
100t compost/ha
nov 07 fev 08 juin 08
b
Cette étude s’inscrit dans une problématique de gestion des déchets. En effet, l’épandage de
boues urbaines en milieu naturel, jusqu’alors interdit, constituerait une alternative à leur
enfouissement ou à leur incinération, dans un contexte de production constamment croissante
saturant les voies de recyclage actuellement disponibles.

Mycoflore post-récolte de café robusta en Côte d’Ivoire et utilisation des bactéries lactiques
pour le contrôle des moisissures mycotoxinogènes
Olga Djossou 2 ème année
Département 3 ; équipe Ecologie Microbienne et Biotechnologies
Directeur de thèse S.Roussos Co-encadrants : A.G.T Karou ; S. Niamke et I.Perraud-Gaime
Cotutelle de thèse (1) Université Paul Cézanne-France/ (2) Université Cocody-Côte d’Ivoire
Fincancement : Ambassade de France en Côte d’Ivoire E-mail : olgitha@yahoo.fr
1-Contexte de l’étude : La contamination récurrente et élevée du café par l’ochratoxine A (OTA)
affecte sa qualité sanitaire et son prix marchand, ce qui déstabilise l’économie des pays
exportateurs qui en ont fait leur principale source de revenus. En zone tropicale humide, comme en
Côte d’Ivoire, le traitement post-récolte des cerises de café par voie sèche serait l’un des facteurs
importants de contamination par des moisissures telles que Aspergillus carbonarius responsable de
la production de mycotoxines (OTA).
2- Matériels et Méthodes : Des échantillons de café robusta comprenant des cerises séchées, des
coques de café sèches et humides, des grains de café vert ont été prélevés à l’est et à l’ouest en
Côte d’Ivoire. En 2008, 16 échantillons de cerises de café ou de coques de café ont été prélevés à
l’Est et à l’Ouest et en 2009, 15 échantillons ont été prélevés à l’Ouest de Côte d’Ivoire.
2-1 L’Isolement et la purification des souches ont été réalisés sur gélose PDA (Patate Dextrose
Agar) par contact direct en trois points. Les boîtes de Petri sont incubées à 25°C pendant trois à
quatre jours ; les souches purifiées sont conservées sur gélose inclinée de PDA (+5°C).
2.2 Identification phénotypique : L’étude des caractères culturaux est faite sur gélose CYA
(Czapeck Yeast Agar) et MEA (Malt Extract Agar). Les souches sont ensuite observées entre lame
et lamelle au bleu Cotton pour leurs caractères morphologiques microscopiques.
Cerises de café séchées Colonie d’Aspergillus niger sur Tête conidienne, bisériée
naturellement au sol
PDA à 25°C, pendant 7 jours. d’Aspergillus. niger (x 400).
3- Résultats préliminaires : A partir des 31 échantillons, 218 souches de moisissures post
récolte ont été isolées. Les principaux genres de moisissures contaminant le café robusta en Côte
d’Ivoire sont répartis comme suit : Aspergilli noirs ( 52%), Aspergilli verts ( 13%), Penicillium
(10%), Mucor (16%), Fusarium (4%), Autre (5%) Les Aspergilli noirs parmi lesquels se
retrouvent A. niger et A.carbonarius représentent un peu plus de la moitié de la population
fongique soit 52% pour 2008 et 2009, avec une proportion de 30% en 2008 et 70% en 2009 de la
flore fongique totale. Nos travaux actuels portent sur l’étude du pouvoir ochratoxinogène des
moisissures isolées, afin d’en déduire leur toxicité sur le café. Par ailleurs, en complément des
mesures préventives pour limiter la contamination du café par les OTA, on envisage d’utiliser
des bactéries lactiques en lutte biologique contre la prolifération des moisissures et la
contamination par les mycotoxines.
Conclusion : Les Aspergilli noirs dominent la flore fongique du café robusta en Côte d’Ivoire.
Le pouvoir mycotoxinogène des souches (production d’OTA) est actuellement en cours.
Fig
ure
2:
Ceri
ses
de
café
en
cour
s de

Bioconversion des composés phénoliques des feuilles d’olivier par les bactéries lactiques
Fathia Aoudi 1 ère année
INSAT Laboratoire d’Ecologie et de Technologie Microbienne, Université 7 novembre de
Carthage, Tunis, Tunisie
IMEP UMR 193 : Département 3 - Processus fonctionnels et Valorisation de la Biodiversité
Equipe Ecologie microbienne et UMR ISM2 6263
Directeurs de thèse : M. Hamdi, I. Perraud-Gaime ; N. Dupuy et S. Roussos
E-mail : aouidifathia@yahoo.fr
Antécédents et intérêts: L’olivier est un arbre largement cultivé dans le bassin méditerranéen.
L’industrie oléicole engendre des quantités énormes de rejets solides et liquides, dont les feuilles
d’olivier qui sont riches en composés phénoliques (notamment Oleuropéine). Ces composés
possèdent, entre autres, des pouvoirs antioxydant, anticancéreux, antimicrobien qui les rendent
très importants pour les domaines de la santé et l’industrie agroalimentaire. L’intérêt est
multiple: commercial, scientifique et écologique.
Champs oliviers Olives propres Feuilles et olives Elimination des feuilles
L’objectif : L’objectif de cette thèse est la caractérisation et la bioconversion des composés
phénoliques des feuilles d’olivier par des bactéries lactiques, dans un but de valorisation de cette
biomasse pour un développement durable du secteur oléicole.La Démarche Expérimentale en
4 points : (1) Caractérisations physicochimiques qualitatives et quantitatives des feuilles
d’oliviers, en particulier les composés phénoliques, par différents techniques analytiques ; (2)
Isolement de bactéries lactiques à partir du biotope olive : identification et criblage des souches
oleuropéi-nolytiques ; (3) Bioconversion des composés phénoliques d’extrait aqueux de feuilles
d’olivier par les bactéries lactiques, en particulier la bioconversion de l’oleuropéine en
Hydroxytyrosol ; et (4) Transfert de la bioconversion à la fermentation en milieu solide dans
l’objectif d’incorporer les feuilles d’oliviers dans un procédé de conservation par ensilage des
résidus de l’agro-industrie oléicole à des fins alimentaires.
Méthodes
*Des méthodes analytiques: Dosages spectrophotométriques UV-Visible, HPLC, IR proche et
moyen, RMN.
*Des méthodes d’identification microbienne: observation microscopique, coloration gram, test
catalase,test oxydase, profil fermentaire par HPLC, galerie API CHL50…
*Des méthodes enzymatiques: détection des enzymes par des galeries APIzyme, dosage
spectrophotométriques des activités enzymatiques.

Etude des Aspergilli ochratoxinogènes contaminants
des céréales en Tunisie
Nesrine BELKACEM-HANFI, 1 ère année
Laboratoire Microorganismes et Biomolécules Actives, Faculté des Sciences de Tunis, Tunisie et
Stage à l’IMEP dans l’équipe Ecologie Microbienne et Biotechnologies
Directeur de thèse : A. BOUDABOUS Encadrant: S. ROUSSOS
E-mail : nesrinebelkacem@hotmail.fr
Les mycotoxines sont des métabolites toxiques dont l’ingestion provoque une intoxication chez
le consommateur à condition que leur concentration soit suffisamment élevée pour produire un
effet. Les troubles causées par ces substances se manifestent par des syndromes variés, dont la
plupart provoquent des lésions graves d'un seul tissu ou de plusieurs tissus, mais c'est surtout le
foie qui est le plus touché.
Ce sont des produits contaminant les denrées alimentaires d’origine animale ou végétale,
notamment les aliments de base comme les céréales et les oléagineux.
Toutes les récoltes obtenues sous des climats chauds et humides
et exposées aux moisissures toxinogènes peuvent être
contaminées par les mycotoxines. Dans les pays du Nord de
l’Afrique comme la Tunisie, les aliments les plus susceptibles
d’être contaminés par diverses mycotoxines comme
l’ochratoxine A et les aflatoxines sont les produits céréaliers
locaux ou importés (blé, orge, sorgho…). Celles-ci sont ingérées
à grande quantités car consommées sous forme de produits
locaux et traditionnels.
De récentes études ont montré des taux élevés en OTA retrouvés
également dans les aliments et les sérums de patients
néphropathes issus de la population tunisienne.
Objectifs
L’objectif de cette thèse est de déterminer la biodiversité écologique des moisissures
productrices de mycotoxines dans les céréales et d’évaluer leur taux de contamination par cellesci
pour les comparer aux normes mises en vigueur.
Méthodologie
(i) Dosage des mycotoxines dans les céréales (ii) Isolement et identification morphologique et
moléculaire des espèces Aspergillus susceptible de contaminer ces produits. (iii) Etude de la
biodiversité de la mycoflore en fonction des régions et du mode de conservation.

Plan du Jardin Botanique dressé par Fernand David