VMD User's Guide

9.6.2 MoleculeRep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1459.6.3 Draw Style Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1459.6.4 Saving and Restoring Molecule State . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14610 Vectors and Matrices 14710.1 Vectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14710.2 Matrix routines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15010.3 Multiplying vectors and matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15310.4 Misc. functions and values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15311 Molecular Analysis 15511.1 Using the molinfo command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15511.2 Using the atomselect command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15611.3 Analysis scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16111.4 RMS Fit and Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16411.4.1 RMS Fit and Alignment Extension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16511.4.2 RMS and scripting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16611.5 VMD Script Commands for Colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16811.5.1 Changing the color scale definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16811.5.2 Creating a set of black-and-white color definitions . . . . . . . . . . . . . . . 16911.5.3 Revert all RGB values to defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16911.5.4 Coloring Trick - Override a Coloring Category . . . . . . . . . . . . . . . . . 17012 Customizing VMD Sessions 17112.1 VMD Command-Line Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17112.2 Environment Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17312.3 Startup Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17612.3.1 Core Script Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17612.3.2 User Script Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17612.3.3 .vmdrc and vmd.rc Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17612.4 Using VMD as a WWW Client (for chemical/* documents) . . . . . . . . . . . . . . 17712.4.1 MIME types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17712.4.2 Setting up your .mailcap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17712.4.3 Example sites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178Index 1796