VMD User's Guide

8.3.20 molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1108.3.21 molinfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1108.3.22 mouse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1118.3.23 play . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1128.3.24 quit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1128.3.25 render . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1128.3.26 rock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1138.3.27 rotate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1138.3.28 scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1138.3.29 stage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1138.3.30 tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1148.3.31 translate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1148.3.32 user . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1148.3.33 vmdinfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1158.3.34 volmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1158.3.35 wait . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1188.3.36 sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1188.4 Tcl callbacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1189 Python Text Interface 1249.1 Using the Python interpreter within VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1249.2 Python modules within VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1249.3 Atom selections in Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1259.3.1 The built-in atomsel type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1259.3.2 The AtomSel class (DEPRECATED) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1259.3.3 An atom selection example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1279.3.4 Changing the selection and the frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1289.3.5 Combining atom selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1299.3.6 RMS example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1299.4 Python callbacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1329.4.1 Using Tkinter menus in VMD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1329.5 Controlling VMD from Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1329.5.1 animate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1339.5.2 axes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1349.5.3 color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1349.5.4 display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1349.5.5 graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1359.5.6 imd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1369.5.7 label . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1379.5.8 material . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1379.5.9 molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1389.5.10 molrep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1409.5.11 render . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1419.5.12 trans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1419.5.13 vmdnumpy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1429.6 High-level Python Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1439.6.1 Molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1435