VMD User's Guide

5.3.5 Double Quotes and Regular Expressions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 735.3.6 Comparison selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 745.3.7 Comparison Operators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 745.3.8 Other selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 756 Viewing Modes 816.1 Perspective/Orthographic views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 816.2 Monoscopic Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 816.3 Stereoscopic Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 816.3.1 Side-By-Side and Cross-Eyed Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 826.3.2 DTI Side-by-side Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 826.3.3 Scanline Interleaved Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 826.3.4 Anaglyph Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 826.3.5 CrystalEyes Stereo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 836.3.6 Stereo Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 837 Scene Export and Rendering 847.1 Screen Capture Using Snapshot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 847.2 Higher Quality Rendering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 847.3 Caveats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 857.4 One Step Printing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 877.5 Making Stereo Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 877.6 Making a Movie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 888 Tcl Text Interface 898.1 Using text commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 898.2 Tcl/Tk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 908.3 Tcl Text Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 908.3.1 animate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 908.3.2 atomselect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 918.3.3 axes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 948.3.4 color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 948.3.5 colorinfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 958.3.6 display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 968.3.7 draw . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 978.3.8 exit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 988.3.9 graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 988.3.10 gettimestep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1008.3.11 help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1008.3.12 imd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1008.3.13 label . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1018.3.14 light . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1018.3.15 logfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1028.3.16 material . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1028.3.17 measure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1038.3.18 menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1068.3.19 mol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1074