VMD User's Guide

4.4.4 Molecule File Browser Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 334.4.5 Mouse Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 344.4.6 Display Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364.4.7 Graphics Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 394.4.8 Labels Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 434.4.9 Color Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 454.4.10 Material Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 464.4.11 Render Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 474.4.12 Tool Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 484.4.13 Simulation Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 514.4.14 Sequence Form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 524.4.15 RamaPlot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 555 Molecular Drawing Methods 575.1 Rendering methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 575.1.1 Lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 585.1.2 Bonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 585.1.3 DynamicBonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 595.1.4 HBonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 595.1.5 Points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 595.1.6 VDW . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 595.1.7 CPK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605.1.8 Licorice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605.1.9 Tube . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605.1.10 Trace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605.1.11 Ribbons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 615.1.12 NewRibbons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 615.1.13 Cartoon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 625.1.14 NewCartoon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 625.1.15 Surf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 625.1.16 MSMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 635.1.17 VolumeSlice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 635.1.18 Isosurface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 645.1.19 Beads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 655.1.20 Dotted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 655.1.21 Solvent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 655.2 Coloring Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 655.2.1 Color categories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 665.2.2 Coloring Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 665.2.3 Coloring by color categories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 675.2.4 Color scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 685.2.5 Materials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 685.3 Selection Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 705.3.1 Definition of Keywords and Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 715.3.2 Boolean Keywords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 725.3.3 Short Circuiting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 725.3.4 Quoting with Single Quotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 723