Package 'oligo' - Bioconductor

2 R topics documented:LazyLoad YesbiocViews Microarray, OneChannel, TwoChannel, Preprocessing, SNP,DifferentialExpression, ExonArray,GeneExpression, DataImportR topics documented:oligo-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3basecontent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4basicPLM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4basicRMA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5boxplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6chromosome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7crlmm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8darkColors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9fitProbeLevelModel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10getAffinitySplineCoefficients . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11getBaseProfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12getContainer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12getCrlmmSummaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13getNetAffx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13getNgsColorsInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14getPlatformDesign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15getProbeInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15getX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16hist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18justSNPRMA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19list.xysfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19MAplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20mm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22mmindex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23mmSequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24oligo-defunct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24oligoPLM-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25paCalls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27plotM-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29pmAllele . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29pmFragmentLength . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30pmPosition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30pmStrand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31probeNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31read.celfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32read.xysfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33readSummaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35rma-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35runDate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37sequenceDesignMatrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38