Package 'KEGGgraph' - Bioconductor

2 R topics documented:
R topics documented:
expandKEGGNode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
expandKEGGPathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
getDisplayName-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
getEntryID-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
getKEGGgeneLink-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
getKEGGID-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
getKEGGnodeData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
getKGMLurl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
getName-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
getNamedElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
getPathwayInfo-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
getReactions-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
getRgraphvizEdgeNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
getSubtype-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
getTitle-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
getType-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
getValue-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
graphDensity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
isHomoList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
KEGGEdge-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
KEGGEdgeSubtype . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
KEGGEdgeSubType-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
KEGGGraphics-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
KEGGGroup-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
KEGGNode-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
KEGGPathway-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
KEGGpathway2Graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
KEGGpathway2reactionGraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
KEGGPathwayInfo-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
KEGGReaction-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
kgmlFileName2PathwayName . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
mergeGraphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
mergeKEGGgraphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
neighborhood . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
parseEntry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
parseGraphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
parseKGML . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
parseKGML2DataFrame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
parseKGML2Graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
parseKGMLexpandMaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
parsePathwayInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
parseReaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
parseRelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
parseSubType . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
plotKEGGgraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
pvalue2asterisk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44