Package 'xcms' - Bioconductor

2 R topics documented:
fillPeaks.chrom-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
fillPeaks.MSW-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
findMZ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
findneutral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
findPeaks-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
findPeaks.centWave-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
findPeaks.massifquant-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
findPeaks.matchedFilter-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
findPeaks.MS1-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
findPeaks.MSW-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
getEIC-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
getPeaks-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
getScan-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
getSpec-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
group-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
group.density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
group.mzClust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
group.nearest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
groupnames-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
groupval-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
image-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
loadRaw-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
medianFilter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
msn2xcmsRaw . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
peakPlots-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
peakTable-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
plot.xcmsEIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
plotChrom-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
plotEIC-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
plotPeaks-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
plotRaw-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
plotrt-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
plotScan-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
plotSpec-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
plotSurf-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
plotTIC-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
profMedFilt-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
profMethod-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
profRange-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
profStep-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
rawEIC-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
rawMat-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
retcor-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
retcor.obiwarp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
retcor.peakgroups-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
retexp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
sampnames-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
specDist-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54