Package 'limma' - Bioconductor

4 R topics documented:
plotSplice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
poolVar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
predFCm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
printHead . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
PrintLayout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
printorder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
printtipWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
propexpr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
propTrueNull . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
protectMetachar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
qqt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
QualityWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
rankSumTestWithCorrelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
read.columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
read.idat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
read.ilmn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
read.ilmn.targets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162
read.maimages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
readGAL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
readHeader . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
readImaGeneHeader . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
readSpotTypes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
readTargets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
removeBatchEffect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
removeExt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
residuals.MArrayLM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
RGList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
roast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
romer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
selectModel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
squeezeVar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
strsplit2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
subsetting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
symbols2indices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
targetsA2C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
TestResults-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
tmixture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
topRomer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
topSplice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
toptable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
tricubeMovingAverage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
trigammaInverse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
trimWhiteSpace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
uniquegenelist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
unwrapdups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
venn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
volcanoplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203