Package 'limma' - Bioconductor

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2 R topics documented: 08.Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 09.Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 10.GeneSetTests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 11.RNAseq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 alias2Symbol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 anova.MAList-method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 arrayWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 arrayWeightsQuick . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 as.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 as.MAList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 as.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 asMatrixWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 auROC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 avearrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 avedups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 avereps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 backgroundCorrect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 barcodeplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 beadCountWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 blockDiag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 bwss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 bwss.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 camera . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 cbind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 changeLog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 classifyTests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 contrastAsCoef . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 contrasts.fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 controlStatus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 decideTests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 designI2M . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 diffSplice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 dim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 dimnames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 dupcor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 ebayes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 EList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 exprs.MA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 fitFDist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 fitGammaIntercept . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 fitted.MArrayLM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 genas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63 geneSetTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65 getEAWP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 getLayout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 getSpacing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70 gls.series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 gridr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
R topics documented: 3 heatdiagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 helpMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 imageplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76 imageplot3by2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78 intraspotCorrelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 is.fullrank . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 isNumeric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 kooperberg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 LargeDataObject-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 limmaUsersGuide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 lm.series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 lmFit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 lmscFit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 loessFit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 ma3x3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 makeContrasts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94 makeUnique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 MAList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 MArrayLM-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97 mdplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 merge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 mergeScans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 modelMatrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 modifyWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 mrlm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 nec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105 normalizeBetweenArrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 normalizeCyclicLoess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 normalizeForPrintorder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112 normalizeMedianAbsValues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 normalizeQuantiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 normalizeRobustSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116 normalizeVSN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 normalizeWithinArrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 normexp.fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 normexp.fit.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 normexp.fit.detection.p . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 normexp.signal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 plot.MArrayLM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 plotDensities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129 plotFB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 plotlines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 plotMA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 plotMA3by2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 plotMDS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 plotPrintTipLoess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138 plotRLDF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 plotSA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
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