ProNews-12-Q3 - 波仕特生物科技股份有限公司

波 仕 特 季 刊
2012 Q3
ISO 9001-2008 Certificated
DNASTAR Lasergene Core Suite
— 10.0 版 全 新 上 市
Amresco Rapid Western Blotting Kit
— 90 分 鐘 做 完 Western !!
Protech 新 品 MMLV Reverse Transcription Kit
— 省 去 您 分 項 購 買 的 麻 煩 , All-in-One Kit!
Axygen 磁 珠 純 化 系 列 挖 膠 法 OUT
— 提 供 給 您 超 快 速 與 高 品 質 的 磁 珠 純 化 方 法
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Protech Technology Enterprise Co., Ltd.
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台 北 02-2655-7677 新 竹 037-680-138
台 中 04-2262-4883 高 雄 07-342-5707 花 蓮 038-463-953
北 部 0800-231-530 中 部 0800-555-650 南 部 0800-268-266

D N A S T A R
10 版 全 新 發 佈
梁 成 芝 彙 整
DNASTAR 公 司 位 於 美 國 威 斯 康 辛 大 學 麥 迪 遜 分 校 旁 , 成 立 超 過 25 年 , 其 販 售 的 Lasergene 軟 體 已 販 售 超 過 15
年 , 經 歷 不 斷 更 新 改 版 , 功 能 也 不 斷 增 加 。
目 前 的 Lasergene Core Suite 總 共 包 含 11 個 不 同 的 應 用 程 式 : SeqBuilder、SeqMan Pro、MegAlign、GeneQuest、
Protean 3D、Protean、SeqNinja、GenVision、PrimerSelect、EditSeq、 及 Navigator。
除 此 之 外 ,DNASTAR 也 針 對 二 代 定 序 或 Microarray 客 戶 推 出 Lasergene Genomics Suite, 除 了 Lasergene Core
Suite 之 外 , 還 包 括 SeqMan NGen、ArrayStar、QSeq 等 應 用 程 式 。
Lasergene® Core Suite ( 目 前 最 新 10.0 版 , 包 含 下 列 11 種 應 用 程 式 )
整 合 所 有 應 用 程 式 , 變 成 單 一 方 便 的 操 作 介 面 。
未 購 買 的 應 用 程 式 會 以 灰 色 顯 示
繪 製 物 理 圖 譜 、 自 動 虛 擬 選 殖 、 設 計 引 子 、 序 列
編 輯 及 註 釋 、 篩 選 限 制 酶 切 位 等 功 能
( 批 次 ) 組 合 Sanger 及 Roche 454 定 序 數 據 、
Coverage 分 析 、SNP 分 析 等 功 能
DNA 及 蛋 白 質 序 列 比 對 及 相 關 分 析 、 繪 製 樹 狀 圖
基 因 預 測 及 註 釋 。 可 預 測 Transcription Factor、
RNA Folding 等
蛋 白 質 結 構 分 析 。 可 開 啟 蛋 白 質 結 構 PDB 檔 , 內
建 蛋 白 質 結 構 動 畫 資 料 庫
蛋 白 質 序 列 分 析 及 預 測
核 酸 引 子 及 探 針 設 計 。DNAStar 經 典 軟 體 , 大 部
分 功 能 已 與 SeqBuilder 整 合
NEW!
匯 入 及 編 輯 不 同 檔 案 格 式 的 序 列 檔 案 。 具 序 列 反
轉 、 互 補 、 轉 譯 及 反 轉 譯 等 功 能
NEW!
將 Lasergene 對 基 因 組 相 關 之 分 析 結 果 輸 出 為 縮
放 不 會 失 真 的 向 量 圖 檔
基 因 組 序 列 註 釋 及 編 輯
1
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Lasergene® Genomics Suite ( 除 了 Lasergene® Core Suite 之 外 , 還 包 含 下 列 3 種 應 用 程 式 )
用 來 組 合 各 種 次 世 代 定 序 的 數 據 , 包 括 Illumina、
Roche 454、SOLiD 及 Ion Torrent 等 機 型
SeqMan NGen ® 獲 得 BMC Genomics
期 刊 評 比 為 最 適 合 用 來 組
合 Illumina 及 454 數 據 的 軟 體 *
RNA-Seq、ChIP-Seq、 及 miRNA 的 比 對 及 分 析
分 析 microarray 數 據 呈 現 的 基 因 表 現 結 果 , 可 搭
配 Qseq ® 使 用
* 評 比 內 容 請 見 下 面 兩 篇 review :
1. Kumar and Blaxter: Comparing de novo assemblers for 454 transcriptome data. BMC Genomics 201011:571.
2. Feldmeyer et al.: Short read Illumina data for the de novo assembly of a non-model snail species transcriptome (Radix balthica,
Basommatophora, Pulmonata), and a comparison of assembler performance. BMC Genomics 2011 12:317.
Lasergene 有 3 種 版 本 可 供 選 擇
單 機 版 (Standalone):
可 灌 在 一 台 電 腦 上 , 一 年 保 固 期
內 可 更 新 至 最 新 版 本 , 也 可 更 換
電 腦 ( 需 告 知 原 廠 取 得 新 的 認 證
金 鑰 )。
網 路 版 (Network):
可 灌 在 客 戶 架 設 之 server 上 , 在
電 腦 上 安 裝 網 路 版 軟 體 後 , 可 連
結 至 server 上 使 用 。 一 年 保 固 期
內 可 更 新 至 最 新 版 本 。
單 位 版 (Site):
整 個 單 位 一 起 購 買 , 可 灌 在 無 限
台 電 腦 上 。 一 年 保 固 期 內 可 更 新
至 最 新 版 本 。
~~ 其 他 相 關 資 訊 請 參 考 原 廠 網 站 或 直 接 來 信 或 來 電 波 仕 特 洽 詢 ~~
DNASTAR 原 廠 網 站
http://www.dnastar.com
波 仕 特 公 司 聯 絡 方 式
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台 中 0800-555-650
高 雄 0800-268-266
新 竹 0800-500-110
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Rapid Western Blotting Kit — 90 分 鐘 做 完 Western!!
梁 成 芝 彙 整
Amresco 公 司 新 推 出 “Rapid Western Blotting Kit”, 原 本 約 需 7.5 小 時 甚 至 overnight 的 Western 實 驗 , 若 使 用
本 套 組 , 可 將 時 間 大 幅 縮 短 至 約 90 分 鐘 , 且 無 須 搭 配 特 定 的 儀 器 或 耗 材 !
( 小 時 )
Rapid Western Blotting Kit 內 容 物
此 套 組 內 容 物 包 含 4 種 buffer 及 二 抗 ,buffer 名 稱 及 所 需 時 間 如 下 所 示 :
1. Rapid Transfer Buffer 10X: 快 速 Transfer 10-20 分 鐘 ( 可 單 買 )
* 可 用 於 1D 或 2D SDS-PAGE 膠 體
* 可 用 於 PVDF 或 Nitrocellulose 轉 漬 膜
* 可 用 於 溼 式 (Wet Transfer) 或 半 乾 式 轉 漬 (Semi-Dry Transfer)
* 不 含 甲 醇 , 無 毒 配 方
* 可 搭 配 其 他 廠 牌 產 品 使 用
2. RapidBlock Solution 10X: 快 速 blocking 5 分 鐘 ( 可 單 買 )
* 5 分 鐘 有 效 blocking PVDF 或 Nitrocellulose 轉 漬 膜
* 可 增 強 冷 光 呈 色 訊 號
* 無 蛋 白 質 配 方 , 避 免 產 生 交 叉 反 應 (cross-reactivity)
* 可 搭 配 其 他 廠 牌 產 品 使 用 , 但 Transfer Buffer 不 可 含 甲 醇
3. Rapid Antibody Diluent 10X: 快 速 Hybridization 30 ~ 45 分 鐘
* One-Step 反 應 , 將 一 抗 及 二 抗 使 用 特 殊 的 Rapid Antibody Diluent 稀 釋 後 , 反 應 30 ~ 45 分 鐘
4. Rapid Wash Solution 20X: Wash 時 間 3 x 5 分 鐘
* 全 部 wash 時 間 共 15 分 鐘
5. Secondary HRP Conjugated Antibody: 加 入 Rapid Antibody Diluent 中 使 用
* 共 有 4 種 物 種 可 供 選 擇 : 小 鼠 (Mouse)、 兔 子 (Rabbit)、 山 羊 (Goat)、 大 鼠 (Rat)
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D N A S T A R
www.amresco-inc.com
您 可 直 接 使 用 本 套 組 , 也 可 單 買 套 組 內 的 Rapid Transfer Buffer 或 RapidBlock Solution, 搭 配 其 他 廠 牌 的 產 品 一
起 使 用 , 來 節 省 Transfer 或 Blocking 步 驟 的 時 間 , 使 用 上 十 分 有 彈 性 。
其 他 須 自 行 準 備 的 產 品 包 括 , 蛋 白 質 電 泳 膠 片 、 轉 漬 膜 、 一 抗 、 冷 光 呈 色 試 劑 、X-ray 底 片 或 冷 光 影 像 系 統 。
蛋 白 質 電 泳 膠 片 :
可 用 一 般 的 SDS-PAGE 或 Amresco Fluorescent Sprint NEXT GEL, 可 大 幅 縮 短 蛋 白 質 電 泳 時 間 , 且 電 泳 完 後 可 直 接
在 UV 光 下 呈 色 。
轉 漬 膜 :
可 用 PVDF 或 Nitrocellulose 膜
冷 光 呈 色 試 劑 :
可 使 用 Amresco 的 VisiGlo Plus HRP Chemiluminescent Substrate Kit 或 其 他 廠 牌 之 產 品 。
Fluorescent
Sprint
NEXT GEL
Amresco
Rapid Western
Blotting Kit
Fluorescent
Sprint
NEXT GEL
Competitor
1hr Western
Blotting Kit
Blocking 時 間
5 30 5 30 ( 分 鐘 )
Hsp90 β-Tubulin
Hsp90 β-Tubulin
TBST/Milk
RapidBlock
圖 1. Amresco Rapid Western Blotting Kit 和 競 爭 廠 牌 產 品 比 較 結 果 。
搭 配 使 用 產 品 : Cytoplasmic/Nuclear Protein Enrichment Kit ( 蛋 白 質 萃 取 試
劑 )、Fluorescent Sprint NEXT GEL( 蛋 白 質 電 泳 )、VisiGlo Plus HRP Chemiluminescent
Substrate Kit ( 冷 光 呈 色 試 劑 )。
圖 2. Amresco RapidBlock Solution 和 傳 統 配 方
(TBST 加 脫 脂 奶 粉 ), 經 過 不 同 反 應 時 間 的 Blocking
結 果 ,RapidBlock Solution 有 增 強 冷 光 訊 號 的 效
果 。 搭 配 使 用 產 品 同 圖 1。
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Rapid Western Blotting Kit 訂 購 資 訊 及 其 他 相 關 產 品 列 表
產 品 名 稱 包 裝 產 品 編 號
Rapid Western Blotting Kit – Mouse – SDT 15 rxn N790-KIT
Rapid Western Blotting Kit – Rabbit – SDT 15 rxn N791-KIT
Rapid Western Blotting Kit – Goat – SDT 15 rxn 1B1322-KIT
Rapid Western Blotting Kit – Rat – SDT 15 rxn 1B1324-KIT
Rapid Western Blotting Kit – Mouse – WT 15 rxn N792-KIT
Rapid Western Blotting Kit – Rabbit – WT 15 rxn N793-KIT
Rapid Western Blotting Kit – Goat – WT 15 rxn 1B1323-KIT
Rapid Western Blotting Kit – Rat – WT 15 rxn 1B1325-KIT
Rapid Transfer Buffer, 10X ( 單 買 )
RapidBlock Solution, 10X ( 單 買 )
SDT: 半 乾 式 轉 漬 (Semi-Dry Transfer)
WT: 溼 式 轉 漬 (Wet Transfer)
1L
4L
15mL
100mL
N789-1L
N789-4L
M325-15ML
M325-100ML
其 他 相 關 產 品 列 表
產 品 名 稱 包 裝 產 品 編 號
快 速 電 泳
膠 片
Fluorescent Sprint Next Gel®, 10%
Fluorescent Sprint Next Gel®, 12.5%
10 rxn
50 rxn
10 rxn
50 rxn
M317-KIT-100ML
M317-KIT-500ML
M318-KIT-100ML
M318-KIT-500ML
一 般 鑄 膠
藥 品
Acryl/Bis 29:1 500 mL 0311-500ML
Acryl/Bis 37.5:1 (30:0.8) 500 mL 0254-500ML
APS/TEMED Tablets 100 錠 N310-100TAB
緩 衝 液
(Buffer)
Tris Glycine, 10X Liquid Concentrate 2 L PT-0307-2L
TG-SDS, 10X Liquid Concentrate
2 L
5 L
PT-0783-2L
PT-0783-5L
轉 漬 膜 TotalBLOT+ PVDF Membranes 5 x 15 cm
10 x 10 cm
1 捲 (30 cm x 3 m)
E578-5X15CMSQ
E578-10X10CMSQ
E578-1ROLL
冷 光 呈 色
試 劑
Stripping
Buffer
VisiGlo HRP Chemiluminescent Substrate Kit ~ 1200 cm 2 轉 漬 膜
~ 2400 cm 2 轉 漬 膜
N218-S-KIT
N218-KIT
VisiGlo Plus HRP Chemiluminescent Substrate Kit ~ 2400 cm 2 轉 漬 膜 N219-KIT
Gentle Review Stripping Buffer 1 L N552-1L
蛋 白 質 電 泳 及 轉 漬 相 關 產 品 種 類 繁 多 , 其 他 部 分 請 直 接 洽 波 仕 特 業 務 人 員 !
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只 需 一 組 kit, 就 可 讓 你 得 到 total cDNA!!
By Tiffany Lin
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All in One 組 合 , 省 去 分 項 添 購 的 麻 煩
Oligo dT 適 用 於 具 有 poly A tail 的 RNA, 例 如 哺 乳 類 動 物 , 可 以 轉 錄 出 基 因 的 全 長
Random Hexmer 適 用 於 具 有 hairpin 的 RNA, 可 以 轉 錄 出 大 量 的 cDNA
RNase inhibitor 可 以 保 護 RNA, 避 免 RNA 在 轉 錄 的 過 程 中 分 解
高 靈 敏 度 與 高 效 率 MMLV, 不 須 大 量 的 RNA, 即 使 微 量 的 RNA 亦 可 轉 錄 出 cDNA
轉 錄 出 的 cDNA 可 以 應 用 於 real-time PCR, microarray 的 實 驗
MMLV Reverse Transcription Kit 實 測 結 果
使 用 zebra fish RNA 用 oligo dT 轉 錄 出 cDNA --> 將 cDNA 做 10X 稀 釋 後 用 bb3 primer set 上 real-time PCR
Lane 1 : 100 ng
Lane 2 : 10 ng
Lane 3: 1 ng
Lane 4 : 0.1 ng
Lane 5 : 0.01 ng
[ 圖 一 ] [ 圖 二 ] [ 圖 三 ]
1 2 3 4 5
[ 圖 一 ] real time PCR 後 的 產 物 跑 膠 結 果
--> 產 物 隨 著 template 量 遞 減
[ 圖 二 ] melting curve
--> 產 物 專 一
[ 圖 三 ] Cq 圖
--> Cq 值 隨 著 10X 稀 釋 而 有 3 的 差 異
Component Name Volumn Cap Color
產 品 編 號 PT-RT-KIT SA-RT-KIT
反 應 數 100 rxns 10 rxns
1 M-MuLV Reverse Transcriptase 50 μ L 5 μ L White Cap
2 5x Reaction Buffer 1 mL 100 μ L White Cap
3 10mM dNTP 250 μ L 25 μ L Grey Cap
4 Oligo (dT) 18 (1 μ g/μ L) 50 μ L 5 μ L Clear Cap
5 Random Hexamers (1 μ g/μ L) 50 μ L 5 μ L Violet Cap
6 DEPC Water 2mL 500 μ L Orange Cap
7 RNase Inhibitor 50 μ L (40U/μ L) 50 μ L 5 μ L Green Cap
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簡 易 確 認 RNA quality 的 方 法
建 議 抽 完 RNA 後 , 跑 0.8 或 1 % TBE/TAE gel ( 新 鮮 配 製 ), 以 human RNA 為 例 , 18S rRNA 的 位 置 約 略 在 1.9 kb, 28S
rRNA 位 置 約 略 在 5 kb, 若 是 跑 出 的 band 為 清 楚 的 , 如 此 轉 錄 出 的 cDNA 品 質 即 OK!
如 何 避 免 RNase 的 汙 染
在 實 驗 室 內 , RNase A 的 汙 染 , 是 最 會 影 響 RNA 品 質 的 最 大 主 因 , 要 如 何 把 RNase A 去 除 呢 有 以 下 幾 種 方 法
1. 使 用 nuclease free 的 microtube、tips, 或 是 使 用 DEPC water 來 處 理 會 使 用 到 的 耗 材
2. 一 套 專 屬 RNA 實 驗 的 pipettes
3. 在 抽 取 RNA 的 過 程 中 , 一 定 要 戴 手 套 , 因 為 皮 膚 為 RNase 的 主 要 來 源 , 在 抽 取 RNA 的 過 程 中 , 若 是 可 以 , 請 多 換
手 套
4. 回 溶 RNA, 請 務 必 使 用 DEPC-treated water
5. 在 轉 錄 cDNA 時 , 建 議 加 入 RNase inhibitor, 來 保 護 RNA
相 關 產 品 訊 息
Product Name Cat. No. Package Applicaons
RNase/DNase Terminator PT-R475 100mL / 500mL 去 除 實 驗 環 境 中 的 DNase 和 RNase
UltraPure DEPC Water PT-P560 1L
DEPCwater 可 以 用 於 清 潔 RNA 實 驗 的 物 品 、 回 溶
RNA 等 等
RNase Keeper Tissue Sample
Storage Reagent
PT-R485 100mL / 500mL 保 存 檢 體 用 , 以 確 保 檢 體 內 的 RNA 不 會 被 分 解
可 以 從 多 種 類 的 樣 品 內 快 速 抽 取 大 量 的 RNA
AxyPrep TM Mulsource RNA miniprep
kit
AP-MN-MS
-RNA
4 / 50 /250 rxns
column 方 式 , 不 須 使 用 有 機 溶 劑
High yield: 80ug / column
適 用 樣 品 : -ssue, cells, bacteria, yeast, filamentous fungi
AxyVac Vacuum Manifold
AP-VM
18 column + 96
well plate
抽 氣 萃 取 裝 置 , 不 須 使 用 離 心 機 , 即 可 大 量 且 快 速 的 使
用 column 或 plate 形 式 來 做 HTP (high through put
assay)
RNAse Inhibitor 30281 10,000U / 50,000U 可 於 RT 的 步 驟 添 加 , 來 保 護 RNA
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By Tiffany Lin
目 前 在 純 化 核 酸 的 kit 上 , 主 要 有 兩 種 型 式 的 純 化 方 式 , 一 種 為 column 式 結 合 , 一 種 則 是 磁 珠 式 結 合 ◦ Column
式 結 合 , 在 使 用 上 得 搭 配 離 心 機 或 是 抽 氣 裝 置 ; 而 磁 珠 式 結 合 , 只 需 要 一 個 磁 座 即
可 以 完 成 反 應 ◦ Axygen 提 供 的 磁 珠 最 大 特 色 為 磁 珠 的 尺 寸 一 致 , 為 1um ± 8%, 最 大
意 義 為 實 驗 再 現 性 高 ◦
Axygern 提 供 的 磁 珠 系 列 產 品 , 囊 括 了 DNA isolation kit、clean-up and normalizer kit、NGS 可 用 的 size
fragments kit 與 Sanger sequencing 方 法 的 big dye removal kit ◦ 這 些 kit 的 特 色 除 了 操 作 步 驟 簡 便 、 時 間 快 速 之
外 , 還 可 以 得 到 高 純 度 與 高 產 量 的 產 物 , 讓 您 的 實 驗 快 又 精 準 !
1 - Sample Prep
gDNA Extrac-on
DNA Shearing
AxyPrep Mag TM Tissue gDNA Kit
AxyPrep Mag TM FFPE Kit
Library Prepara-on
AxyPrep Mag TM Plasmid Kit
2 - Targeted Sample Enrichment
Target Selec-on
Target Enrichment
AxyPrep Mag TM PCR Clean-up Kit
AxyPrep Mag TM FragmentSelect Kit
for Roche or Illumina/ABI
3 - Sequencing
Cluster Genera-on /
emulsion PCR
DNA Sequencing
AxyPrep Mag TM PCR Normalizer Kit
AxyPrep Mag TM DyeClean Kit
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AxyPrep Mag TM Fragment Selection Kit
* 有 Roche 機 器 和 Illumina / ABI 機 器 專 屬 的 kit 可 以 選 擇
* 可 以 調 製 磁 珠 與 DNA 比 例 , 來 得 到 欲 純 化 的 片 段 區 間 ( 請 參 考 右 圖 與 圖 四 )
* 以 操 作 時 間 來 說 , 不 到 10 分 鐘 即 可 以 完 成
* 以 回 收 率 來 說 , 比 起 他 牌 和 挖 膠 回 收 方 式 高 出 數 倍 以 上 ( 請 看 圖 一 與 圖 二 )
* 以 分 離 區 間 來 說 , 比 起 他 排 區 間 範 圍 較 窄 , 如 此 上 NGS 時 成 功 率 才 會 高 ( 請 看 圖 三 )
[ 圖 一 ]
[ 圖 二 ]
[ 圖 三 ]
[ 圖 四 ]
一 般 上 機 常 使 用 的 回 收 片 段
為 300 - 500 bp ( 請 參 考 上
圖 的 操 作 流 程 )
挖 膠 法
磁 珠 法
獲 得 核 酸 片 段 方 式
跑 膠 後 挖 下 想 要 的 片 段 區 間
直 接 調 整 磁 珠 與 產 物 的 比 例 來 獲 得 片
段 區 間
操 作 時 間 長 短
可 否 在 同 一 時 間 處 理 大 量 樣 品 不 可 可
使 用 kit Gel purifica-on kit Fragment selec-on Kit
請 與 波 仕 特 各 區 業 務 預 約 demo
一 起 來 體 驗 超 快 速 磁 座 !!!
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螺 旋 管 型 式
* 人 體 工 學 設 計 , 方 便 好 握 , 可 單 手 操 作
* 強 力 磁 性 , 磁 珠 吸 附 超 快 速 ( 請 看 下 圖 )
只 需 不 到 10 秒 , 即 可 將 磁 珠 完 全 吸 附
* 可 隨 意 放 大 實 驗 樣 品 的 大 小
96 well plate 型 式
可 使 用 0.5mL / 1.5mL / 2.0mL tube
* 具 兩 種 型 態 可 以 選 擇
一 般 性 使 用 : 建 議 選 擇 螺 旋 管 型 式
HTP 使 用 : 建 議 使 用 96 well plate 型 式
操 作 流 程 說 明
相 關 產 品 訊 息
實 驗 類 型 產 品 名 稱 產 品 編 號 包 裝
AxyPrep Mag Tissue Genomic DNA Isola-on Kit MAG-T-GDNA 48/384/3840 rxn
DNA/RNA Isola-on
AxyPrep Mag Blood Genomic DNA Isola-on Kit MAG-BL-GDNA 100/384 rxn
AxyPrep Mag FFPE DNA/RNA/miRNA Isola-on Kit MAG-FFPE 96/384 rxn
AxyPrep Mag Plasmid Isola-on Kit MAG-P 400/4000 rxn
AxyPrep Mag Fragment Selec-on-I Kit (For Illumina & SOLiD) MAG-FRAG-I 5/50/250 mL
Fragment Selec-on
AxyPrep Mag Fragment Selec-on-R Kit (For Roche) MAG-FRAG-R 5/50/250 mL
Big Dye Removing AxyPrep Mag Sequencing Dye-Terminator Removing Kit MAG-DYECL
5/50/250 mL
(5-10μL/rxn)
PCR Normaliza-on AxyPrep Mag Normaliza-on Kit MAG-PCR-NM
5/50/250 mL
(18μL + 10μL
PCR products)
PCR Clean Up AxyPrep Mag PCR Clean Up Kit MAG-PCR-CL
5/50/250 mL
(18μL + 10μL
PCR products)
AxyPrep Mag 12 Tubes 1.5/2.0mL Magne-c Separa-on Devices
IMAG-12T 1 unit
Accessory
AxyPrep Mag 96 Well PCR Plate Magne-c Separa-on Devices IMAG-96P 1 unit
AxyPrep Mag 96 Well Round BoIom Cell Culture Plate Magne-c
Separa-on Devices
IMAG-96D 1 unit
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