Biophysical studies of membrane proteins/peptides. Interaction with ...

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Fernandes, F., Loura, L. M. S., Fedorov, A., and Prieto, M. (2006). Absence of clustering of phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate in fluid phosphatidylcholine. J. Lipid Res. 47: 1521- 1525. Fernandes, F., Neves, P., Gameiro, P., Loura, L. M. S., and Prieto, M. Ciprofloxacin Interactions With Bacterial Protein OmpF: Modelling of FRET from a Multi-Tryptophan Protein Trimer (aceite para publicação). Fernandes, F., Loura, L. M. S., Matos, A. P., Fedorov, A., and Prieto, M. Role of Helix-0 of the N-BAR domain in membrane curvature generation. (submetido). Uma vez que a maior parte do trabalho já foi aceite para publicação em revistas internacionais, optou-se pela sua apresentação na forma de artigo científico e pela redacção desta tese em língua inglesa. Este manuscrito está dividido em nove partes. No primeiro Capítulo é feita uma introdução às biomembranas e às interacções proteína-lípido. Na segunda parte, os trabalhos respeitantes ao estudo da interacção da proteína principal da cápside do baacteriófago M13 são apresentados. O Capítulo III é dedicado aos estudos de interacção do potencial fármaco SB242784 com sistemas modelo de membranas e da ligação de inibidores da V-ATPase a um péptido contendo um putativo local de ligação para estes inibidores. No Capítulo IV é apresentado o trabalho respeitante aos estudos de ligação do antibiótico ciprofloxacina à proteína membranar OmpF. Seguidamente, no Capítulo V, os estudos da interacção do péptido N-terminal do domínio N-BAR com sistemas modelo de membranas são introduzidos e o Capítulo VI é dedicado aos estudos de caracterização da distribuição lateral de fosfoinositol-(4,5)-bisfosfato em liposomas de fosfocolinas. Os Capítulos II a VI, são sempre iniciados com uma breve introdução aos sistemas estudados. No Capítulo VII são apresentadas as conclusões globais referentes aos estudos de cada um dos sistemas investigados. Finalmente, o Capítulo VIII é dedicado à apresentação de considerações finais e perspectivas futuras e o Capítulo IX compreende a bibliografia. Gostaria ainda de finalizar agradecendo sinceramente a todos que de uma maneira ou outra contribuiram para a realização dos trabalhos aqui descritos: Agradeço ao Centro de Química-Física Molecular, na pessoa do Professor José Manuel Gaspar Martinho, pelas facilidades concedidas para a realização deste trabalho.
PREFÁCIO Aos Professores Manuel Prieto e Luís Loura, meus orientadores dos trabalhos de doutoramento, pela dedicação, apoio incansável, pela oportunidade de partilhar da sua paixão pela ciência, pelo muito que me ensinaram, mas principalmente pela amizade. À Professora Ana Coutinho pelas muito úteis discussões científicas, pela disponibilidade constante e pela amizade. Aos meus colegas do grupo de Biofísica Molecular: Liana Silva (companheira de doutoramento), Rodrigo de Almeida, Bruno Castro e Sandra Pinto pela amizade, ambiente de camaradagem e apoio no dia-a-dia do laboratório. Aos antigos membros do grupo de Biofísica Molecular (Miguel Castanho, Sílvia Lopes, Ana Silva e Renske Hesselink) pela sua amizade. A Sílvia Lopes merece um agradecimento especial e com muito carinho, pela paciência, ajuda inestimável na realização de medidas de dicroísmo linear, mas principalmente pela amizade e pelo prazer da sua companhia! Um agradecimento especial também ao Prof. Miguel Castanho pelo encorajamento e disponibilidade que sempre demonstrou. Aos restantes membros do Laboratório de Biofísica Molecular da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa pela amizade e pelos momentos de diversão. Ao Doutor Alexander Fedorov, pela contribuição essencial para este trabalho através da realização das medidas de fluorescência resolvidas no tempo. À todos os colegas do Centro de Química-Física Molecular pelo companheirismo. Ao Prof. Marcus Hemminga, Doutor Ruud Sprüijt e Rob Koehorst por todo o apoio concedido durante as minhas visitas ao seu laboratório. Um agradecimento especial ao Rob Koehorst pela sua amizade, pela preocupação e pelo seu entusiasmo contagiante pela ciência. Ao Doutor António Pedro Matos pela realização das medidas de microscopia electrónica de transmissão. Ao Professor Benedito Cabral pela realização dos cálculos sobre o momento de transição do fármaco SB24784. Ao Professor João Pessoa por me ter facultado a utilização do aparelho de dicroísmo circular. À Fundação para a Ciência e Tecnologia, pelo apoio financeiro concedido (bolsa SFRH/BD/14282/2003 e vários projectos no âmbito do POCTI e POCI). À Comissão Europeia pelo apoio concedido através do contracto número QLG-CT- 2000-01801 (MIVASE consortium). iii
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