Package 'charm' - Bioconductor
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2 bgAdjust<br />
dmrFdr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8<br />
dmrFind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9<br />
dmrFinder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13<br />
dmrPlot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16<br />
getControlIndex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17<br />
maxDensity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18<br />
methp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19<br />
methPercent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21<br />
normalizeBetweenSamples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22<br />
normalizeWithinSamples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23<br />
plotDensity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24<br />
plotDMRs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26<br />
plotRegions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27<br />
pmQuality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29<br />
qcReport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30<br />
qval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31<br />
readCharm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34<br />
regionMatch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36<br />
regionPlot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37<br />
spatialAdjust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38<br />
validatePd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39<br />
Index 41<br />
bgAdjust<br />
Remove background<br />
Description<br />
Estimate and remove background signal using anti-genomic background probes<br />
Usage<br />
bgAdjust(dat, copy=TRUE)<br />
Arguments<br />
dat<br />
copy<br />
a TilingFeatureSet<br />
Only relevant when using disk-backed objects. If TRUE a copy will be made<br />
leaving the original object (dat) unchanged. The input object will not be preserved<br />
if copy=FALSE<br />
Details<br />
Background signal removal using a modified version of the RMA convolution model. The background<br />
signal level is estimated within GC-strata using anti-genomic background probes.
Change language