24. Ulusal Biyokimya Kongresi - Türk Biyokimya Dergisi

XXIV. ULUSAL B‹YOK‹MYA KONGRES‹
25 - 28 Eylül 2012
Dedeman Otel - Konya
24. Ulusal Biyokimya Kongresi, Konya [24 th National Biochemistry Congress, Konya / TURKEY]
İÇİNDEKİLER
S05 - KANTİTATİF PCR YÖNTEMİ İLE
DNA HASARININ ÖLÇÜLMESİ
1
Ayşe Gül MUTLU
1
Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji, Burdur
S05 - MEASURING OF DNA DAMAGE BY
QUANTITATIVE PCR
1
Ayşe Gül MUTLU
1
Biology, Mehmet Akif Ersoy University, Art- Sciences Faculty, Burdur
CONTENTS
SÖZLÜ SUNUM ÖZETLERİ
Florimetrik boyalarda yakın tarihli gelişmeler DNA’nın hızlı ve çok duyarlı
kantitasyonuna olanak sağlamıştır. Florimetrik kantitatif PCR yönteminin keşfinden
önce, bir genin miktarını ölçmek isteyen araştırmacılar, kompetetif PCR, solid faz
testleri, HPLC, dot blot ya da immunoassay gibi yöntemleri kullanıyordu. Kantitatif
PCR ın pek çok uygulamaları arasında, mRNA ekspresyon seviyelerinin ölçümü,
DNA kopya sayısının belirlenmesi ve ekspresyon analizleri de vardır. Metod aynı
zamanda genotoksik ajanlar ya da oksidatif stres sonucu oluşan DNA hasarı ve
tamirinin ölçümü için oldukça kullanışlıdır. Kantitatif PCR metodunun can alıcı
basamağı PCR optimizasyonudur. Termal koşullar, özellikle annealing sıcaklığı
optimize edilmelidir. Optimizasyonun bunun dışındaki önemli noktaları, uzama
(extension) sıcaklığının belirlenmesi (uzun amplifikasyonlarda sıcaklık daha düşük
tutulabilir), adjuvantlar (eğer gerekirse), hot start PCR (primer dimer oluşumunu
ve istenmeyen bölgelerin amplifikasyonunu minimize eder), döngü sayısının
belirlenmesi, %50 kalıp içeren ve kalıp içermeyen bir kontrolün PCR da örneklerle
beraber yürütülmesidir. Biz bugüne kadar değişik çalışmalarımızda toksik ajanlar,
oksidatif stres ve yaşdan kaynaklanan mtDNA hasarlarını araştırdık. Bunların yanı
sıra QPCR, beslenme çalışmaları ve bazı kanser araştırmalarında da kullanılabilir.
Recent advances of the fluorometric dyes allow the very sensitive and quick
quantitation of DNA. Before the invention of fluorometric quantitative PCR
(QPCR) method, the researchers who measured a gene’s amount, have used the
different methods like competetive PCR, solid phase assays, HPLC, dot blot or
immunoassay. Many of the applications of QPCR include measuring mRNA
expression levels, DNA copy number and expression analysis. Method also
useful to determining DNA damage and repair that originated by the genotoxic
agents and oxidative stress. Crucial step of the QPCR is PCR optimization.
Thermal conditions, especially annealing temperature must be optimized.
Important points of the optimization: Determination of annealing temperature;
Optimization of the extention temperature (Extention temperature may be lower
for long PCR amplifications); Adjuvants (if necessary); Hot start PCR (minimize
nontarget amplification and the formation of primer-dimer); Determination of
cycling number; Running of %50 template and nontemplate controls in PCR.
We detected mtDNA damage that originated by the toxic agents, oxidative
stress and age, above mentioned conditions in our various studies. Also, QPCR
method is suitable for the nutritional studies and some cancer researches.
ABSTRACTS OF ORAL PRESENTATIONS
Turk J Biochem, 2012; 37 (S1)
http://www.TurkJBiochem.com