On the Analysis of Optical Mapping Data - University of Wisconsin ...
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iii<br />
TABLE OF CONTENTS<br />
Page<br />
LIST OF TABLES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .<br />
LIST OF FIGURES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .<br />
ABSTRACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .<br />
v<br />
vi<br />
viii<br />
1 Overview <strong>of</strong> <strong>Optical</strong> <strong>Mapping</strong> . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1<br />
1.1 Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1<br />
1.2 Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5<br />
1.3 Elements <strong>of</strong> optical mapping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6<br />
1.3.1 Image processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6<br />
1.3.2 <strong>Optical</strong> map data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10<br />
1.3.3 Goals and challenges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11<br />
1.3.4 Algorithms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13<br />
1.3.5 Example (continued) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16<br />
1.4 Outline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20<br />
2 Modeling <strong>Optical</strong> Map <strong>Data</strong> . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21<br />
2.1 A stochastic model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21<br />
2.1.1 Origin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21<br />
2.1.2 Errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23<br />
2.2 Parameter estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26<br />
2.2.1 Desorption . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27<br />
2.2.2 Length errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31<br />
2.2.3 Cut errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31<br />
2.3 Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33<br />
3 Significance <strong>of</strong> <strong>Optical</strong> Map Alignments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37<br />
3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37<br />
3.2 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39