SIEVE User Guide
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Contents<br />
Thermo Scientific <strong>SIEVE</strong> <strong>User</strong> <strong>Guide</strong> iii<br />
C<br />
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .v<br />
<strong>SIEVE</strong> <strong>User</strong> <strong>Guide</strong> . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v<br />
Viewing the Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v<br />
System Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .vi<br />
Getting a License. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii<br />
Getting a New License Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii<br />
Installing a New License Code. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .ix<br />
Safety and Special Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .ix<br />
Contacting Us . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . x<br />
Chapter 1 Overview to <strong>SIEVE</strong>. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1<br />
Understanding <strong>SIEVE</strong>. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2<br />
About the <strong>SIEVE</strong> Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3<br />
Chapter 2 Setting up a Procedure. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5<br />
Starting a New Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6<br />
Setting Parameters. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12<br />
Analyzing Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15<br />
Framing the Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18<br />
Identifying Proteins and Peptides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20<br />
Viewing a Saved Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23<br />
Appendix A Understanding the ChromAlign Process. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27<br />
Outlining the ChromAlign Process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28<br />
Starting the ChromAlign Process. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29<br />
ChromAlign First Level Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30<br />
ChromAlign Second Level Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31<br />
Aligning Over Different Abundance Levels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32<br />
Aligning Over Chromalign Time Shifts. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
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