Genetische Untersuchung der Populationsstruktur ... - Die Schmellers

56
6.4 DATENANALYSE
Für nähere Informationen zu dem Programmpaket PHYLIP 386 von FELSENSTEIN{
XE "FELSENSTEIN" } (1993) sollten die zahlreichen Publikationen dieses Autors
herangezogen werden.
6.4.4 Homogentitätstest
Mit dem Programm IITEST wurden mehrere Homogenitätstest gerechnet. Dabei
handelt es sich um ein kleines Turbo-Pascal-Programm. Dieses sich selbsterklärende
Programm wurde von SEITZ{ XE "SEITZ" } geschrieben. Als Eingabedaten können
die absoluten Allelzahlen aus dem Programm G-STAT verwendet werden, die in
eine rechteckige Matrix überführt werden müssen.
6.5 Clusteranalyse{ XE "Clusteranalyse" }-Methoden
Es soll in diesem Abschnitt nur kurz auf die in dieser Arbeit verwendeten Methoden
eingegangen werden. Es handelt sich dabei um die UPGMA{ XE "UPGMA" }- und die
REML{ XE "REML" }-Methode.
− UPGMA{ XE "UPGMA" }:
Diese Abkürzung bedeutet unweighted pair-group method using an arithmetric
average. Diese Methode definiert die Distanzen zwischen OUs (Operational Units)
als den Mittelwert von allen paarweisen Distanzen innerhalb von OUs. D.b., daß
bei jeder neuen Zusammenfassung einzelner OUs eine neue Distanzmatrix errechnet
wird. Die Distanz der neuen OUs zu jeder anderen Gruppe, wird aus dem
Mittelwert der Distanzen der „Eltern-OUs“ zu jedem OU auf dieser Ebene berechnet.
Grundannahme für die Clusteranalyse{ XE "Clusteranalyse" } mit der
UPGMA{ XE "UPGMA" }-Methode ist, daß die Werte additiv sind, weil sonst keine
mathematisch korrekten Mittelwerte berechnet werden können (SNEATH &
SOKAL{ XE "SNEATH & SOKAL" } 1973{ XE "SNEATH & SOKAL 1973" }).
− REML{ XE "REML" }:
Diese Methode, deren Abkürzung für restrictiv maximum likelihood steht, wurde
von FELSENSTEIN{ XE "FELSENSTEIN" } (1973 und 1981) entwickelt. Das
Computerprogramm CONTML startet nach einem der UPGMA{ XE "UPGMA" }-
Methode ähnlichen Verfahren und berechnet ein erstes Phenogramm. Bei dem
folgenden sich wiederholenden Prozeß schätzt es die Wahrscheinlichkeit der Topologie
und der Anzahl und Länge der Stammbaumverzweigungen ab. Das Resultat
ist der für die eingegebenen Allelfrequenzen wahrscheinlichste Baum. Als
sehr weitreichende Grundannahme legte FELSENSTEIN (1981) fest, daß sich jeder
Charakter, in dieser Untersuchung entspricht das den Individuen einer Subpo-