Genetische Untersuchung der Populationsstruktur ... - Die Schmellers
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6 MATERIAL UND METHODEN<br />
COCKERHAM 1984) zu berechnen (vgl. Abbildung 6.4-1).<br />
6.4.2 BIOSYS<br />
Mit Hilfe des FORTRAN-Programms BIOSYS (SWOFFORD & SELANDER 1989)<br />
lassen sich verschiedene populationsgenetische Maße berechnen. Genutzt wurde<br />
die Berechnung für die F-Statistik nach WRIGHT{ XE "WRIGHT" } (1951), die Berechnung<br />
und Prüfung <strong>der</strong> Abweichung von <strong>der</strong> HARDY-WEINBERG-Verteilung und<br />
die Berechnung <strong>der</strong> Heterozygotie{ XE "Heterozygotie" }.<br />
6.4.3 PHYLIP<br />
Mit Hilfe des Programmpakets PHYLIP 386 V. 3,5c von FELSENSTEIN{ XE<br />
"FELSENSTEIN" } (1993) wurde über die Allelfrequenz-output-Matrix von G-FSTAT<br />
genetische Distanz{ XE "genetische Distanz" }en berechnet und Phenogramme erstellt.<br />
Dazu wurden folgende Teilprogramme benötigt:<br />
− CONTML:<br />
<strong>Die</strong>ses Programm erstellt eine Stammbaummatrix anhand <strong>der</strong> restriktiven<br />
maximum likelihood Methode (REML{ XE "REML" }). <strong>Die</strong>se Methode basiert auf<br />
einem Modell von EDWARDS und CAVALLI-SFORZA, das von FELSENSTEIN{<br />
XE "FELSENSTEIN" } (1973, 1981) verbessert wurde (vgl. Kapitel 6.5).<br />
− NEIGHBOR:<br />
<strong>Die</strong>ses Programm erstellt eine Stammbaummatrix anhand <strong>der</strong> weitverbreiteten<br />
UPGMA{ XE "UPGMA" }-Methode (unweighted pair-group method using an<br />
arithmetic average, vgl. Kapitel 6.5).<br />
− GENDIST:<br />
Das Programm berechnet genetische Distanz{ XE "genetische Distanz" }maße<br />
nach REYNOLDS, NEI und CAVALLI-SFORZA anhand <strong>der</strong> Allelfrequenzen und<br />
erstellt eine Input-Matrix für NEIGHBOR.<br />
− DRAWGRAM:<br />
<strong>Die</strong>ses Teilprogramm plottet gerichtete Phenogramme anhand <strong>der</strong> Matrix von<br />
CONTML und NEIGHBOR.<br />
− DRAWTREE:<br />
<strong>Die</strong>ses Teilprogramm plottet ungerichtete Phenogramme anhand <strong>der</strong> Matrix <strong>der</strong><br />
Programme CONTML und NEIGHBOR.<br />
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