Genetische Untersuchung der Populationsstruktur ... - Die Schmellers

6 MATERIAL UND METHODEN
COCKERHAM 1984) zu berechnen (vgl. Abbildung 6.4-1).
6.4.2 BIOSYS
Mit Hilfe des FORTRAN-Programms BIOSYS (SWOFFORD & SELANDER 1989)
lassen sich verschiedene populationsgenetische Maße berechnen. Genutzt wurde
die Berechnung für die F-Statistik nach WRIGHT{ XE "WRIGHT" } (1951), die Berechnung
und Prüfung der Abweichung von der HARDY-WEINBERG-Verteilung und
die Berechnung der Heterozygotie{ XE "Heterozygotie" }.
6.4.3 PHYLIP
Mit Hilfe des Programmpakets PHYLIP 386 V. 3,5c von FELSENSTEIN{ XE
"FELSENSTEIN" } (1993) wurde über die Allelfrequenz-output-Matrix von G-FSTAT
genetische Distanz{ XE "genetische Distanz" }en berechnet und Phenogramme erstellt.
Dazu wurden folgende Teilprogramme benötigt:
− CONTML:
Dieses Programm erstellt eine Stammbaummatrix anhand der restriktiven
maximum likelihood Methode (REML{ XE "REML" }). Diese Methode basiert auf
einem Modell von EDWARDS und CAVALLI-SFORZA, das von FELSENSTEIN{
XE "FELSENSTEIN" } (1973, 1981) verbessert wurde (vgl. Kapitel 6.5).
− NEIGHBOR:
Dieses Programm erstellt eine Stammbaummatrix anhand der weitverbreiteten
UPGMA{ XE "UPGMA" }-Methode (unweighted pair-group method using an
arithmetic average, vgl. Kapitel 6.5).
− GENDIST:
Das Programm berechnet genetische Distanz{ XE "genetische Distanz" }maße
nach REYNOLDS, NEI und CAVALLI-SFORZA anhand der Allelfrequenzen und
erstellt eine Input-Matrix für NEIGHBOR.
− DRAWGRAM:
Dieses Teilprogramm plottet gerichtete Phenogramme anhand der Matrix von
CONTML und NEIGHBOR.
− DRAWTREE:
Dieses Teilprogramm plottet ungerichtete Phenogramme anhand der Matrix der
Programme CONTML und NEIGHBOR.
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