Arabidopsis thaliana - OPUS - Universität Würzburg

3. Chloroplastidäre Lipasen
3.1 In-Silico-Analyse
In Kooperation mit dem Lehrstuhl für Bioinformatik der Julius-Maximilians-Universität
in Würzburg wurde eine bioinformatische Recherche nach Lipasen bzw. lipolytischen
Enzymen durchgeführt, welche einerseits durch Sequenzhomologien zu α/β-
Hydrolasen, Serin-Lipasen sowie GDSL-Lipasen, und andererseits durch die
Lokalisation im Chloroplasten charakterisiert sind. Im Rahmen der Diplomarbeit von
Herrn Dipl. Biol. Alexander Schmid konnten hierbei 21 Lipasen identifiziert werden.
Sieben dieser lipolytischen Enzyme gehören zu den PLA der Klasse I. Neben der
bereits identifizierten DAD1-Lipase handelte es sich um sechs weitere DAD1-
ähnlichen Lipasen (Ishiguro et al. 2001, Ryu 2004). Aus Tabelle III.1 sind alle
bioinformatisch identifizierten Lipasen und deren Genannotationen zu entnehmen.
Tabelle III.1: Ergebnis der Datenbankrecherche durch den Lehrstuhl Bioinformatik der Julius-
Maximilians-Universität in Würzburg.
Dargestellt sind die durch Sequenzanalyse mittels Prosite (http://www.expasy.ch/ prosite/), PFAM
(http://pfam.sanger. ac.uk/), String (http://www.string.embl.de/), PPDB (http://ppdb.tc.cornell.edu/
introduction.aspx) sowie TargetP (http://www.cbs.dtu.dk/ services/TargetP) identifizierten Lipasen,
deren vorausgesagte Lokalisation in der pflanzlichen Zelle.
Genlocus Lokalisation Benennung nach Ryu 2004
At1g05800 Lumen AtPLA1-Iα1 (DGL)
At1g06800 Stroma AtPLA1-Iγ1
At1g13610 Stroma
At1g18360 Stroma
At1g20130 Stroma
At1g29120 Stroma
At1g33270 Lumen
At1g51440 Stroma AtPLA1-Iγ3
At1g54570 Stroma
At1g73480 Transmembran
At2g30550 Stroma AtPLA1-Iγ2
At2g31690 Lumen AtPLA1-Iα2
At2g44810 Chloroplast AtPLA1-Iβ1 (DAD1)
At3g14075 Stroma
At3g26820 Chloroplast
At3g61680 Stroma
At4g16820 Stroma AtPLA1-Iβ2
At5g11650 Transmembran
At5g14890 Stroma
At5g23530 Stroma
At5g43860 Stroma
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