Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren

Anhang
A. Quantifizierungsergebnisse synthetischer Spektren
Ergebnisse des Vergleichs zwischen verschiedenen Quantifizierungsarten anhand synthetischer
Spektren. Die Referenz entspricht den tatsächlichen Werten. Die grauen Prozentzahlen
entsprechen den von den jeweiligen Methoden gefundenen Verhältnissen. Die blauen Zahlen
geben die Standardabweichung zur Referenz wieder. Bei manchen Datensätzen war eine
Quantifizierung mit der entsprechenden Methode nicht möglich. Bei QA2 liegt das daran, dass
keine nicht überlappenden Peaks gefunden wurden. Bei der manuellen Methode hingegen
liegt das am zu schlechten Signal-zu-Rausch-Verhältnis des Spektrums.
Molekül Massen Referenz Manuell MaxEnt
In-House
Lösung
Basislinie: nicht abgezogen
QA1 QA2 QA3
AK1 48801 65.1% 62.9% 62.6% 59.4% 53.2% 55.1% 56.6%
(SK) 48963 10.8% 13.3% 13.7% 13.2% 14.5% 15.3% 15.1%
49090 5.1% 4.4% 4.1% 6.6% 8.4% 6.7% 6.2%
49123 5.8% 6.9% 6.5% 6.8% 10.2% 8.5% 8.0%
48929 13.2% 12.5% 13.2% 14.0% 13.7% 14.4% 14.2%
1.6% 1.8% 2.9% 6.1% 5.1% 4.4%
Basislinie: Tal zu Tal
Basislinie: Spline
Basislinie: 4. Ableitung
QA1 QA2 QA3 QA1 QA2 QA3 QA1 QA2 QA3
67.5% 70.1% 72.4% 53.8% 55.8% 57.5% 61.8% 65.6% 67.2%
9.3% 10.2% 9.7% 14.4% 15.2% 15.0% 9.2% 11.2% 10.9%
6.2% 3.8% 3.2% 8.2% 6.5% 5.8% 6.9% 5.0% 4.5%
8.0% 5.9% 5.1% 10.0% 8.3% 7.7% 8.6% 6.1% 4.9%
9.1% 10.0% 9.6% 13.6% 14.3% 14.1% 13.5% 12.2% 12.6%
2.5% 2.8% 3.8% 5.8% 4.8% 4.0% 2.2% 0.6% 1.1%
Molekül Massen Referenz Manuell MaxEnt
In-House
Lösung
Basislinie: nicht abgezogen
QA1 QA2 QA3
AK1 23428 88.5% 86.4% 86.6% 83.4% 76.5% 82.4% 82.7%
(LK) 23590 6.5% 7.6% 6.9% 6.3% 10.9% 8.4% 8.3%
23612 2.3% 6.0% 3.8% 4.6% 8.4% 5.0% 5.0%
23753 2.6% 0.0% 2.7% 5.7% 4.3% 4.3% 4.0%
2.5% 1.2% 3.2% 7.1% 3.5% 3.3%
Basislinie: Tal zu Tal
Basislinie: Spline Basislinie: 4. Ableitung
QA1 QA2 QA3 QA1 QA2 QA3 QA1 QA2 QA3
84.5% 88.3% 90.9% 77.0% 77.0% 84.4% 82.0% 85.4% 87.3%
7.9% 6.2% 4.4% 10.7% 10.7% 7.2% 8.5% 5.9% 5.4%
5.2% 3.0% 2.2% 8.2% 8.2% 5.3% 7.2% 5.9% 4.9%
2.5% 2.6% 2.5% 4.1% 4.1% 3.0% 2.4% 2.8% 2.5%
2.5% 0.4% 1.6% 6.8% 6.8% 2.5% 4.2% 2.4% 1.5%
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