Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren

Als nächstes werden die Ergebnisse nach Elimination der Basislinie mittels 4. Ableitung betrachtet
(vgl. Abb. 5.2.6). Mit diesem Ansatz ist kein Bias mehr zu beobachten. Somit kann
man diese Methode für die Quantifizierung heranziehen, jedoch gilt auch hier, dass die Güte
der Vorhersage bei einem Massenanteil von unter 10% stark abnimmt. QA2 und insbesondere
QA3 erreichen in diesem Grenzbereich bessere Ergebnisse als QA1.
1000%
Basislinie: 4. Ableitung
100%
0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90%
10%
Abb. 5.2.6: Quantifizierungsvarianz von MF II bei entfernen der Basislinie mittels 4. Ableitung.
Als letzte Methode wird der Abzug der Basislinie mit dem „Tal-zu-Tal“-Verfahren betrachtet
(vgl. Abb. 5.2.7). In Kap. 3.3.1 wurde gezeigt, dass mit dieser Variante u.U. zuviel vom Signal
abgezogen wird. Solche Fälle treten auf, wenn Peaks sehr nahe neben anderen Peaks liegen,
so dass die Basislinie zuviel wegschneidet (vgl. Abb. 3.3.1.1). Dadurch, dass bei manchen
Peaks mehr Signal als bei anderen abgeschnitten wird, wird ein starkes Rauschen in der
Hüllkurve generiert. Die direkte Folge ist, dass ein Fitting der Hüllkurve bei zu starkem Rauschen
nicht gut gelingen kann. Dies ist wahrscheinlich der Hauptgrund dafür, dass QA3
manchmal schlechter abschneidet als QA2. Trotz aller Kritik an der „Tal-zu-Tal“-Variante
und den offensichtlichen Schwächen, zeigt die Auswertung, dass man mit dieser Variante mit
die besten Ergebnisse erzielt. Evt. gleichen sich die beim Basislinienabzug gemachten Fehler
beim Betrachten mehrerer Peaks wieder aus, so dass das Ergebnis am Ende wieder stimmt. Ob
dies wirklich die Ursache ist, bleibt aber offen. Hierzu sind genauere Untersuchungen notwendig.
Für die verschiedenen Arten des Basislinienabzugs lässt sich zusammenfassend sagen, dass
die Ergebnisse durchweg besser sind, wenn die Basislinie abgezogen wird. Ferner ist bei Massenanteilen
unter 10% nur mit den Methoden „Tal-zu-Tal“ bzw. „4. Ableitung“ in Kombination
mit QA3 noch eine halbwegs vernünftige Aussage durchführbar.
QA1
QA2
QA3
81