Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren
Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren
Bei der manuellen Quantifizierung gab es Schwierigkeiten bei den Spektren AK5 und AK6. Das schlechte Signal-zu-Rausch-Verhältnis hat eine Messung per Hand ausgeschlossen. Für alle anderen Spektren wurde die Quantifizierung durchgeführt und die erhaltenen Werte liegen sehr nahe an der Referenz. 78 1000% 10% 1000% 10% Abb. 5.2.2: Quantifizierungsvarianz eines Laboranten. MaxEnt 100% 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% Abb. 5.2.1: Quantifizierungsvarianz von MaxEnt Manuell 100% 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90%
Die Standardabweichung ist bei der manuellen Bewertung nie höher als 2,5% und im Schnitt liegt sie bei 1,4% (vgl. Tab. 5.2.2). Ein Blick auf das Streudiagramm in Abb. 5.2.2 zeigt, dass auch bei der manuellen Messung, Massen mit einem geringen Anteil am Spektrum (kleiner 10%) schwer zu quantifizieren sind. Die Streuung ist aber halb so groß wie bei MaxEnt. Das In-House entwickelte Quantifizierungsprogramm, welches über die 4. Ableitung quantifiziert, schneidet bei der Auswertung mit am schlechtesten ab. Dies hat überrascht, wo doch die gleichen Peaks für die Quantifizierung verwendet wurden wie bei QA2. Beim Betrachten von Abb. 5.2.3 fällt außerdem auf, dass die Messungen verfälscht sind. Massen mit einem geringem Anteil am Spektrum werden überbewertet und Massen mit einem hohen Anteil werden unterbewertet. Ob das Programm nun tatsächlich schlechter quantifiziert oder das Ergebnis durch falsche Programmparameter verfälscht wurde, konnte nicht geklärt werden. An dieser Stelle besteht noch Klärungsbedarf. 1000% In-House Entwicklung 100% 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 10% Abb. 5.2.3: Quantifizierungsvarianz der In-House Entwicklung. Nachdem die Quantifizierung mit MaxEnt, mit der Hand und mit der In-House Entwicklung betrachtet wurde, werden im Folgenden die verschiedenen Quantifizierungswege von Massfinder II betrachtet. In Abb. 5.2.4 ist das Resultat abgebildet, welches man erhält, wenn die Basislinie nicht abgezogen wird. Unabhängig von der Quantifizierungsart, lässt sich ein starker Bias beobachten, der sich analog zur In-House Entwicklung verhält. Ebenso lässt sich auch hier bei ca. 10% die Stelle finden, bei der ein Qualitätssprung stattfindet. Innerhalb dieser Gruppe schneidet QA3 (Bestimmung der Hüllkurve) v.a. im Bereich unter 10% am besten ab. 79
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Die Standardabweichung ist bei der manuellen Bewertung nie höher als 2,5% und im Schnitt<br />
liegt sie bei 1,4% (vgl. Tab. 5.2.2). Ein Blick auf das Streudiagramm in Abb. 5.2.2 zeigt, dass<br />
auch bei der manuellen Messung, Massen mit einem geringen Anteil am Spektrum (kleiner<br />
10%) schwer zu quantifizieren sind. Die Streuung ist aber halb so groß wie bei MaxEnt.<br />
Das In-House entwickelte Quantifizierungsprogramm, welches über die 4. Ableitung quantifiziert,<br />
schneidet bei der Auswertung mit am schlechtesten ab. Dies hat überrascht, wo doch die<br />
gleichen Peaks für die Quantifizierung verwendet wurden wie bei QA2. Beim Betrachten <strong>von</strong><br />
Abb. 5.2.3 fällt außerdem auf, dass die Messungen verfälscht sind. Massen mit einem geringem<br />
Anteil am Spektrum werden überbewertet und Massen mit einem hohen Anteil werden<br />
unterbewertet. Ob das Programm nun tatsächlich schlechter quantifiziert oder das Ergebnis<br />
durch falsche Programmparameter verfälscht wurde, konnte nicht geklärt werden. An dieser<br />
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Abb. 5.2.3: Quantifizierungsvarianz der In-House Entwicklung.<br />
Nachdem die Quantifizierung mit MaxEnt, mit der Hand und mit der In-House Entwicklung<br />
betrachtet wurde, werden im Folgenden die verschiedenen Quantifizierungswege <strong>von</strong> Massfinder<br />
II betrachtet.<br />
In Abb. 5.2.4 ist das Resultat abgebildet, welches man erhält, wenn die Basislinie nicht abgezogen<br />
wird. Unabhängig <strong>von</strong> der Quantifizierungsart, lässt sich ein starker Bias beobachten,<br />
der sich analog zur In-House Entwicklung verhält. Ebenso lässt sich auch hier bei ca. 10% die<br />
Stelle finden, bei der ein Qualitätssprung stattfindet. Innerhalb dieser Gruppe schneidet QA3<br />
(Bestimmung der Hüllkurve) v.a. im Bereich unter 10% am besten ab.<br />
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