Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren
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Die Auswertung der Spektren findet statt<br />
76<br />
Molekül Basisfunktion Amplitude Mittelpunkt Sigma<br />
Maximale<br />
Intensität<br />
AK1<br />
2,5% Noise<br />
LK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,84<br />
0,16<br />
26,00<br />
16,49<br />
3,55<br />
1,61<br />
25316<br />
SK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,34<br />
0,66<br />
40,00<br />
56,92<br />
4,96<br />
6,59<br />
16418<br />
AK2, AK8<br />
5% Noise<br />
LK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,92<br />
0,09<br />
17,30<br />
13,50<br />
1,15<br />
0,99<br />
40000<br />
SK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,87<br />
0,13<br />
36,64<br />
35,19<br />
3,28<br />
7,00<br />
54054<br />
AK3<br />
2,5% noise<br />
LK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,24<br />
0,76<br />
18,98<br />
26,88<br />
1,89<br />
2,69<br />
25000<br />
SK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,44<br />
0,56<br />
51,44<br />
36,40<br />
5,13<br />
5,09<br />
4167<br />
AK4, AK9<br />
2,5% noise<br />
LK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,33<br />
0,67<br />
17,70<br />
27,13<br />
1,57<br />
3,30<br />
14300<br />
SK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,26<br />
0,74<br />
36,64<br />
57,29<br />
7,00<br />
6,62<br />
5600<br />
AK5<br />
10% noise<br />
LK<br />
B1(z)<br />
---<br />
1,00<br />
---<br />
21,94<br />
---<br />
4,21<br />
---<br />
333<br />
SK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,39<br />
0,61<br />
44,03<br />
58,59<br />
6,99<br />
6,99<br />
300<br />
AK6<br />
30% noise<br />
LK<br />
B1(z)<br />
---<br />
1,00<br />
---<br />
20,59<br />
---<br />
4,63<br />
---<br />
57<br />
SK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,57<br />
0,43<br />
41,02<br />
57,18<br />
6,89<br />
5,96<br />
50<br />
AK7<br />
2,5% noise<br />
LK<br />
---<br />
---<br />
---<br />
---<br />
---<br />
---<br />
---<br />
---<br />
---<br />
SK<br />
B1(z)<br />
B2(z)<br />
0,25<br />
0,75<br />
30,08<br />
43,29<br />
4,85<br />
5,35<br />
18750<br />
• manuell (per Hand mit Lineal),<br />
• mit der In-House Entwicklung,<br />
• mit dem MaxEnt-Algorithmus.<br />
• und mit Massfinder II.<br />
Tab. 5.2.1: Die<br />
Tabelle gibt die<br />
Daten, welche<br />
zur Erzeugung<br />
der Hüllkurven<br />
verwendet wurden,<br />
wieder.<br />
Bei der <strong>Analyse</strong> mit Massfinder II werden drei Quantifizierungsarten (QA) betrachtet:<br />
• QA1: Die Peakauswahl entspricht der zweiten Variante aus Kap. 3.1 (Schnittmenge).<br />
Die Hüllkurve wird nicht bestimmt, d.h. als Intensität wird die Intensität des<br />
Spektrums an entsprechender Stelle verwendet.<br />
• QA2: Die Peakauswahl entspricht der dritten Variante aus Kap. 3.1 (Schnittmenge<br />
& nicht überlappend). Auch hier wird die Hüllkurve nicht bestimmt.<br />
• QA3: Die Peakauswahl entspricht der vierten Variante aus Kap. 3.1 (alle). Die Hüllkurve<br />
wird durch Fitting bestimmt.<br />
Diese drei Varianten werden einmal direkt auf das Spektrum angewendet und einmal nachdem<br />
die Basislinie mit einer der drei vorgestellten Methoden entfernt wurde. Es werden also drei<br />
Arten mit vier Methoden des Basislinienabzugs getestet, somit werden insgesamt 12 Möglichkeiten<br />
der Quantifizierung durchleuchtet.<br />
Da die <strong>Analyse</strong> bei allen Methoden manuelle Schritte enthält, welche Zeit kosten, wurde die<br />
Untersuchung auf 9 synthetische Spektren beschränkt. Diese Anzahl ist für eine umfassende
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