Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren

DLL ist die Methode DLLEXPORT int Masslib_Init (Tcl_Interp *interp) {…}, weil
hier alle für incr Tcl zur Verfügung stehenden Kommandos registriert werden. An dieser Stelle
wird also das Interface für die Verbindung zwischen der Präsentationsschicht und der Logikschicht
definiert. Angenommen, man will eine ANSI-C Methode namens int
advps_isotopedistr(ClientData data, Tcl_Interp *interp, int objc, Tcl_Obj
*CONST objv[]) {…} im Interface bekannt geben, so dass die Methode in incr Tcl unter dem
Namen isotope_distribution(…) zur Verfügung steht. Die Registrierung dieses Kommandos
würde wie folgt durchgeführt werden:
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Itcl_RegisterObjC (interp, "isotope_distribution",
advps_isotopedistr, (ClientData)NULL,
(Tcl_CmdDeleteProc *)NULL);
Die Gründe für die logische Trennung des Codes in mehrere Schichten sind vielfältig. Zum
einen spielen Faktoren wie Wiederverwendbarkeit, Flexibilität sowie Wartbarkeit eine Rolle
und zum anderen die Performanz des Programms. Die Performanz ist deshalb von Bedeutung,
weil Tcl nicht für intensive Rechenoperationen, wie sie hier durchgeführt werden müssen, geeignet
ist (vgl. Konzepte aus 3. Kapitel). Deshalb wird die GUI mit Tcl/Tk umgesetzt, während
die Logik in ANSI-C abgehandelt wird.
Der C-Code wird im Falle von MS Windows in eine DLL gekapselt, welche von Tcl/Tk aus
angesprochen wird. Für eine evt. gewünschte Portierung auf andere Plattformen kann der
ANSI-C- und Tcl/Tk-Code bis auf kleine Änderungen komplett wieder verwendet werden.
Für die Darstellung der Spektren wird die freie Bibliothek PLplot
(http://plplot.sourceforge.net/) verwendet. Diese bietet entsprechende Erweiterungen an, so
dass sie von Tcl aus benutzt werden kann.
Während der Entwicklung traten die meisten Fehler auf Ebene der Präsentationsschicht auf.
Dies liegt an der Art der Skriptsprache Tcl, welche nicht typisiert ist. Syntaxfehler treten deswegen
erst zur Laufzeit des Programms auf. Bei ANSI-C beschränkten sich die meisten Probleme
auf Speicherzugriffsfehler, die jedoch selten waren und schnell behoben werden konnten.
Als Entwicklungswerkzeuge für die Programmierung wurden die OpenSource-Produkte Dev-
C++ (http://www.bloodshed.net/devcpp.html) sowie Ased (http://www.tcl-home.de/ased) für
Tcl/Tk verwendet.
Im Folgenden wird erläutert welche Programmteile selber entwickelt wurden, welche von
Drittanbietern stammen und wo die entsprechenden Bausteine in der Architektur (vgl. Abb.
4.1) eingebaut wurden.