Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren

4. Technische Umsetzung
In diesem Kapitel wird die Entwicklungsumgebung kurz vorgestellt, wobei teilweise auch auf
Implementierungsdetails eingegangen wird. Eine Beschreibung der Programmoberfläche von
Massfinder II lässt sich in Anhang C finden.
Massfinder I, welches für die qualitative Analyse entwickelt wurde, ist komplett in der Skriptsprache
Tcl/Tk geschrieben [ELehmann05]. Die Gründe hierfür lagen an den Möglichkeiten,
schnell und einfach ein Programm zu entwickeln und zum anderen an der Tatsache, dass
Tcl/Tk auf allen wichtigen Plattformen wie etwa Mac, Linux oder MS Windows eingesetzt
werden kann.
Eine der Hauptanforderungen war es, das existierende Programm durch Methoden für eine
Quantifizierung zu erweitern. Eine komplette Neuentwicklung war also nicht erwünscht und
somit stand die Vorgabe fest, Tcl/Tk als Programmiersprache zu verwenden.
Abb. 4.1: Multi-Layer-Architektur von
Massfinder II.
Der Aufbau von Massfinder II entspricht einer Multi-Schicht-Architektur (vgl. Abb. 4.1). Das
Programm gliedert sich in eine Präsentationsschicht, eine Logikschicht und eine Persistenzschicht.
In der Präsentationsschicht sind die Dialogdarstellung sowie die Dialogsteuerung eingebaut.
Als Programmiersprache wird hierfür eine objektorientierte Variante von Tcl/Tk verwendet,
nämlich incr Tcl (http://incrtcl.sourceforge.net/itcl/). Die Logikschicht ist in ANSI-C
geschrieben und implementiert die Geschäftsprozesse sowie damit verbundenen Funktionen.
Schließlich gibt es noch die Persistenzschicht, welche die Datenhaltung regelt und ebenfalls in
ANSI-C programmiert ist. Als Dateiformat für die Daten wird der XML (Extended Markup
Language) Standard verwendet.
Damit man von Tcl aus auf ANSI-C Prozeduren zugreifen kann, wird eine Tcl Erweiterungs-
Bibliothek (DLL) erzeugt, welche die notwendigen Funktionen enthält. Zentraler Punkt in der
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