Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren

Möglichkeit a) konnte nach einem Blick auf das Spektrum ausgeschlossen werden, da hier
deutlich zu sehen ist, dass die Intensität tatsächlich von einem Ladungszustand zum nächsten
stark variiert. Außerdem sind bei allen m/z-Werten keine Überlagerungen mit bekannten Massen
vorhanden. Diese Fakten deuten darauf hin, dass eine qualitativ nicht erfasste Masse im
Spektrum vorhanden ist, welche an jeder zweiten Stelle mit der hier untersuchten Spezies der
Masse M1 überlagert. Um diese Theorie zu bestätigen, muss zunächst die Masse der unbekannten
Spezies ermittelt werden. Hierzu werden zwei beliebige nacheinander folgende Peaks
(m/z)1 und (m/z)2 an den überlappenden Stellen betrachtet:
64
⎛ m ⎞
⎜ ⎟
⎝ z ⎠
1
⎛ m ⎞
⎜ ⎟
⎝ z ⎠
2
m + nm
=
n
m + ( n + 1)
m
=
n + 1
⎢ ⎛ m ⎞
⎢ ⎜ ⎟ − m +
H
⎢ ⎝ z ⎠2
⇒ n =
⎢⎛
m ⎞ ⎛ m ⎞
⎢⎜
⎟ − ⎜ ⎟
⎣⎝
z ⎠1
⎝ z ⎠
⎛⎛
m ⎞
⇒ M = n ⎜
⎜⎜
⎟ − m
⎝⎝
z ⎠1
H
+
H
2
H
⎥
⎥
⎥
⎥
⎥
⎦
+
+
⎞
⎟
⎠
Abb. 3.6.4.1: Die nicht überlappenden Peaks der
Serie sind durch Kreuze repräsentiert. Die durchgezogene
Kurve ist das Ergebnis eines Fittings mit
zwei Basisfunktionen auf den gegebenen Punkten.
(3.6.4.1)
Für die Berechnung der Masse werden die Peaks bei (m/z)1=1010,45 und (m/z)2=1054,43
verwendet. Dies ergibt eine Masse von M2=24228,71D, was auf eine Variante der leichten
Kette hindeutet. Die Serie von M2 fällt exakt mit jedem zweiten Peak der Serie von M1 zusammen.
Nun muss die unbekannte Masse nicht zwangsweise exakt auf M2 fallen. Eine kleine
Abweichung davon würde immer noch zu einer Überlappung der Peaks im Spektrum führen.
Die berechnete Masse M2 ist vielmehr ein Hinweis auf den Massenbereich, welcher betrachtet
werden muss, um die tatsächliche Variante / Masse zu entdecken. Die leichte Kette des hier
betrachteten Antikörpers besitzt eine Masse von MLK=24200,21D. Betrachtet man die mögli-