Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren
Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren
3. Konzepte In diesem Kapitel werden die einzelnen Bausteine, welche in der Quantifizierung Verwendung finden, im Detail vorgestellt. Um den Zusammenhang zwischen den Grundbausteinen besser zu verstehen, wird zunächst eine Übersicht über das entworfene Gesamtkonzept gegeben. Hierbei werden die möglichen Arbeitsabläufe einer Quantifizierung gezeigt und auf mögliche Probleme wird kurz hingewiesen. 3.1. Lösungswege Ausgehend von einem gemessenen Spektrum stellen sich die Fragen, welche Komponenten vorhanden sind und in welchen Verhältnissen diese zueinander stehen. Die erste Frage kann bereits mittels „Massfinder I“ beantwortet werden [ELehmann05]. Die Beantwortung der zweiten Frage, d.h. die Bestimmung der Quantitäten der im Spektrum vorhandenen Spezies, kann auf mehrere Arten erfolgen. Abb. 3.1.1: Das Flussdiagramm zeigt die möglichen Quantifizierungswege in Massfinder II. Der bevorzugte Weg ist blau markiert. Für alle Quantifizierungsvarianten (vgl. Abb. 3.1.1) kann optional eine Glättung und eine Basislinienkorrektur des Spektrums durchgeführt werden. Ersteres muss bei sehr stark verrauschten Spektren angewendet werden, da sonst die Peakintensitäten nicht richtig erkannt werden. 35
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3. Konzepte<br />
In diesem Kapitel werden die einzelnen Bausteine, welche in der Quantifizierung Verwendung<br />
finden, im Detail vorgestellt. Um den Zusammenhang zwischen den Grundbausteinen<br />
besser zu verstehen, wird zunächst eine Übersicht über das entworfene Gesamtkonzept gegeben.<br />
Hierbei werden die möglichen Arbeitsabläufe einer Quantifizierung gezeigt und auf mögliche<br />
Probleme wird kurz hingewiesen.<br />
3.1. Lösungswege<br />
Ausgehend <strong>von</strong> einem gemessenen Spektrum stellen sich die Fragen, welche Komponenten<br />
vorhanden sind und in welchen Verhältnissen diese zueinander stehen. Die erste Frage kann<br />
bereits mittels „Massfinder I“ beantwortet werden [ELehmann05]. Die Beantwortung der<br />
zweiten Frage, d.h. die Bestimmung der Quantitäten der im Spektrum vorhandenen Spezies,<br />
kann auf mehrere Arten erfolgen.<br />
Abb. 3.1.1: Das Flussdiagramm zeigt die möglichen<br />
Quantifizierungswege in Massfinder II.<br />
Der bevorzugte Weg ist blau markiert.<br />
Für alle Quantifizierungsvarianten (vgl. Abb. 3.1.1) kann optional eine Glättung und eine Basislinienkorrektur<br />
des Spektrums durchgeführt werden. Ersteres muss bei sehr stark verrauschten<br />
Spektren angewendet werden, da sonst die Peakintensitäten nicht richtig erkannt werden.<br />
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