Quantitative Analyse von Protein-Massenspektren

Damit die Messung der Quantitäten möglichst unabhängig vom jeweiligen Benutzer ist, soll
ein weitestgehend automatisiertes Quantifizierungsverfahren entwickelt werden. Dabei soll
die Automatisierung mindestens die gleiche Genauigkeit haben wie die des „erfahrenen“ Laboranten.
Um das zu bewerkstelligen muss das Problem der Peaküberlappung und die damit
verbundene Verfälschung der Signalintensität gelöst werden.
Die Bestimmung der Güte der entwickelten Methoden ist bei empirischen Daten nicht ohne
weiteres möglich. Deswegen wird am Ende der Arbeit eine Evaluierung anhand von Monte-
Carlo-Simulationen vollzogen. Es werden künstliche Daten erzeugt und mit Teilen des Programms
bzw. mit der kompletten Prozesspipeline ausgewertet. Zusätzlich werden auch andere
gängige Methoden der Quantifizierung in die Evaluierung mit einbezogen. Dadurch ist ein
Vergleich der Verfahren untereinander möglich.
Mit der Weiterentwicklung von Massfinder wird eine robuste und vielseitig anwendbare Plattform
für die Quantifizierung geschaffen, welche nicht die Mängel anderer Lösungen aufweist.
15