Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
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4 Analytik<br />
4.2.2 Partieller Edman-Abbau (PED) – die Leitersequenzierung<br />
Bereits 1993 stellten Chait et al. [26] eine Sequenzierungsmethode vor, bei der dem<br />
Edman-Reagenz (PITC) 5% Phenylisocyanat (PIC) zugesetzt wird: Somit wird das<br />
Peptid zu ca. 95% abgebaut, 5% werden jedoch gecappt; der Abbau ist also partiell.<br />
Durch diese Vorgehensweise erzeugt man eine Peptidleiter, weshalb die Methode<br />
auch als Leitersequenzierung bezeichnet wird. Im Gegensatz zum klassischen<br />
Edman-Abbau wird bei der Leitersequenzierung nicht in jedem Zyklus die<br />
abgespaltene PTH-Aminosäure nachgewiesen. Stattdessen wird nach Durchlaufen<br />
aller Abbauschritte die durch den partiellen Abbau erzeugte Peptidleiter massen-<br />
spektrometrisch charakterisiert (PED-MS). Die Leitersequenzierung darf nicht mit der<br />
Leitersynthese [16] verwechselt werden, bei der die Peptidleiter während der Synthese<br />
bereits aufgebaut wird (hierzu siehe 1.3.1).<br />
Die Gruppe um Pei übertrug die Methode der Leitersequenzierung auf<br />
festphasengebundene Peptide aus OBOC-Bibliotheken [27] . Durch die örtliche<br />
Fixierung der Peptide an die feste Phase ist eine sequenzielle Analyse nicht<br />
notwendig. Vielmehr bietet diese Methode eine parallele Abbaumöglichkeit. Das<br />
heißt, es können mehrere Peptide (Harzkugeln) gemeinsam die Chemie des Abbaus<br />
durchlaufen. Am Ende muss lediglich jede Harzkugel separiert werden, die erzeugte<br />
Peptidleiter muss vom Harz gespalten und massenspektrometrisch analysiert<br />
werden. Dieser parallele Ansatz ermöglicht einen immensen Zeitgewinn gegenüber<br />
dem klassischen Edman-Abbau. In einer Weiterentwicklung der Methode zeigte Pei,<br />
dass man unter Verwendung von Fmoc-OSu als Cappingreagenz, an Stelle von PIC,<br />
die Möglichkeit eines spurlosen partiellen Abbaus nutzen kann [89] . Dieses Vorgehen<br />
wird deshalb als spurlos bezeichnet, weil die capping-Gruppe (Fmoc) nach der<br />
Erzeugung der Leiter abgespalten werden kann. Um das Verfahren des PEDs auch<br />
für die Sequenzierung cyclischer Peptide nutzen zu können, bedienten sie sich dem<br />
biphasic approach [17] . Hierzu wird die Harzkugel in einen äußeren und einen inneren<br />
Bereich aufgeteilt. Die äußere Schale präsentiert dem biologischen Target das<br />
cyclische Peptid, während im inneren Bereich der Kugel das lineare Vorläuferpeptid<br />
einen freien N-Terminus für den Edman-Abbau bereithält. [90] Die Gruppe um Pei<br />
konnte bereits einige Cyclopeptidbibliotheken gegen diverse biologische Targets<br />
screenen und die Hitsequenzen anschließend mit dieser Methode ausfindig<br />
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