Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
Sie wollen auch ein ePaper? Erhöhen Sie die Reichweite Ihrer Titel.
YUMPU macht aus Druck-PDFs automatisch weboptimierte ePaper, die Google liebt.
4 Analytik<br />
Abb. 4.2 a) Fragmentierungsschema mit Nomenklatur nach Roepstorff und Biemann.<br />
b) Schema zur sequenzspezifischen Fragmentierung eines Peptids. Durch<br />
Spaltung der Peptidbindung entstehen b- und y-Fragmente als<br />
Produktionen. [76]<br />
Jedes Massenspektrometer besteht, vereinfacht dargestellt, aus einem Interface,<br />
also einer Aneinanderkopplung von Bauteilen (Abb. 4.1). In der ersten Einheit, der<br />
Ionenquelle, werden die Ionen generiert. In der zweiten Einheit, dem<br />
Massenanalysator, werden die Ionen gesammelt und anschließend entsprechend<br />
ihres Masse-zu-Ladung-Verhältnisses (m/z-Wertes) an die dritte Einheit, den<br />
Detektor, entlassen. Um eine De-novo-Sequenzierung durchführen zu können, muss<br />
das Massenspektrometer die Fähigkeit besitzen, intakte Peptidionen isolieren zu<br />
können, welche anschließend absichtlich in Fragmente gespalten werden. Die<br />
Fragmentierung verläuft hauptsächlich entlang der Peptidkette (Abb. 4.2). Verbleibt<br />
bei der Spaltung die Ladung an den Fragmenten der N-terminalen Serie, so werden<br />
die entsprechenden Fragmente mit a, b, c indiziert. Verbleibt die Ladung dagegen an<br />
den Fragmenten der C-terminalen Serie, werden sie mit x, y, z bezeichnet. Ein<br />
zusätzlicher Index gibt die Zahl der im Fragmention enthaltenen Aminosäurereste an.<br />
Daher läuft dieser Index für die a-, b- und c-Serie in umgekehrter Reihenfolge zur x-,<br />
y- und z-Serie. Diese Benennungsregeln sind als Roepstorff-Fohlman-Biemann-<br />
Nomenklatur bekannt. Bei höherer Fragmentierungsenergie treten noch zusätzliche<br />
48