Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
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1 Einleitung<br />
Eine weitere Möglichkeit der direkten Sequenzierung von Peptiden, die sich auf<br />
Hitbeads aus einem Screening befinden, bietet der Edman-Abbau, auch Mikro-<br />
sequenzierung genannt. Hier wird jede positiv getestete Kugel einzeln der<br />
klassischen Mikrosequenzierung zugeführt. Ein vorheriges Abspalten des Peptids<br />
vom Harz ist nicht erforderlich, da während des Abbaus Aminosäure für Aminosäure<br />
vom Harz gespalten und anschließend mittels RP-HPLC detektiert wird. Mit einer<br />
Sequenzierungsrate von 3-4 Kugeln pro Tag ist diese Methode jedoch sehr zeit-<br />
intensiv und eignet sich dadurch nur bedingt zum Einsatz im Hochdurchsatz-<br />
verfahren.<br />
Die Leitersequenzierung [26] , welche partiellen Edman-Abbau mit anschließender<br />
MALDI-TOF Massenspektrometrie umfasst, wurde ursprünglich als zeitsparende<br />
Methode zur Sequenzierung von Peptiden in Lösung eingeführt. Die Gruppe um Pei<br />
übertrug diese Methode auf festphasengebundene Peptide aus OBOC-<br />
Bibliotheken. [27] Hierzu werden alle Kugeln, die eine positiv getestete Peptidsequenz<br />
tragen, vereinigt und anschließend einem gemeinsamen partiellen Edman-Abbau<br />
unterzogen. Der partielle Abbau wird durch die Behandlung mit einer Mischung aus<br />
PITC (zur Spaltung) und Fmoc-OSu (zum Capping) realisiert. Am Ende erhält man<br />
auch hier eine Fragmentleiter, welche mittels Massenspektrometrie (MALDI-TOF-<br />
MS) nachgewiesen wird.<br />
1.3.2 Sonderfall cyclische Peptide<br />
Möchte man eine rein massenspektrometrische Sequenzanalyse (tandem-MS/<br />
De-novo-Sequenzierung) auf einen kombinatorischen Ansatz anwenden, so ist der<br />
Erhalt aller Fragmentionen zur vollständigen und eindeutigen Sequenzierung<br />
unbedingt notwendig. Demnach muss die Wahrscheinlichkeit eines Bindungsbruchs<br />
zwischen den Aminosäuren im gesamten Peptid gleich groß sein. Wird dieses<br />
Prinzip zur Sequenzierung cyclischer Peptide verwendet, so sollte der Bruch des<br />
peptidischen Rings an jeder beliebigen Stelle gleich wahrscheinlich sein. Die dadurch<br />
erhaltenen linearen Peptidfragmente haben eine gemeinsame Zusammensetzung<br />
der Aminosäuren, somit eine identische Masse, aber eine unterschiedliche<br />
Aminosäuresequenz. Weitere Fragmentierungen führen zu immer komplexeren<br />
Spektren. [28] In der Gruppe von Ghadiri wurde ein Computerprogramm entwickelt,<br />
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