Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
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Verbindungsnr.<br />
Linear/Cyclisch<br />
5 Anwendung der Methode<br />
Tabelle 8 Die aus dem SPR-Experiment erhaltenen Bindungskonstanten. Experimente,<br />
die keine brauchbaren Werte ergaben, wurden mit ND (no data) gekenn-<br />
zeichnet.<br />
Sequenz KD (mM)<br />
des linearen Peptids<br />
KD (mM)<br />
des cyclischen Peptids<br />
93/92 H-KHPQHGEβAPPR-NH2 2,76 ± 0,46 0,323 ± 0,024<br />
95/94 H-KHGHPQEβAPPR-NH2 1,80 ± 0,24 8,6 ± 2,7<br />
97/96 H-KQPHHGEβAPPR-NH2 ND ND<br />
Im Falle der Peptide 93/92 mit Hitsequenz zeigte das cyclische Peptid eine<br />
Bindungsaffinität zu Streptavidin von KD = 323 ± 24 µM, während das lineare Peptid<br />
um einen Faktor von 8,5 schlechter band. Dies belegt, dass durch die Cyclisierung<br />
ein Peptid in einer für die Bindung günstigen Konformation fixiert werden kann. Der<br />
umgekehrte Fall zeigt sich bei den Peptiden 94/95 mit HPQ-Motiv in den Positionen<br />
4-6. Hier wurde für die cyclische Form ein KD von 8,6 ± 2,7 mM bestimmt, der<br />
offensichtlich zu hoch war, um die Verbindung beim Bibliotheksscreening<br />
anzufärben. Das (nicht in der Bibliothek enthaltene) lineare Peptid zeigte eine fast<br />
fünffach bessere Bindung. In diesem Fall wird durch die Cyclisierung eine für die<br />
Bindung ungünstige Konformation fixiert. Diese Beobachtung unterstreicht die<br />
Bedeutung der in dieser Arbeit entwickelten Methode zur Analyse von Cyclopeptid-<br />
bibliotheken, bei der die harzgebundenen Cyclopeptide nicht mit linearen Peptid-<br />
fragmenten verunreinigt sind, die zu falschpositiven Ergebnissen führen können.<br />
Mit den durchgeführten SPR-Experimenten konnte gezeigt werden, dass die mit der<br />
neu entwickelten Methode identifizierten Peptide tatsächlich Hitsequenzen sind.<br />
Durch diesen tag-freien Ansatz kann die Kombination von PED und massenspektro-<br />
metrischer Analyse einzelner Harzkugeln jetzt auch auf OBOC-Cyclopeptid-<br />
bibliotheken zur Untersuchung biologisch relevanter Fragestellungen angewandt<br />
werden.<br />
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