Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz
Erfolgreiche ePaper selbst erstellen
Machen Sie aus Ihren PDF Publikationen ein blätterbares Flipbook mit unserer einzigartigen Google optimierten e-Paper Software.
5 Anwendung der Methode<br />
5.5 Bestimmung der Bindungskonstanten<br />
Um die Affinität der gefundenen Peptide zu Streptavidin einordnen zu können,<br />
wurden Bindungsstudien durchgeführt. Die dafür ausgesuchten Peptidsequenzen<br />
sind in Abb. 5.9 aufgeführt.<br />
Abb. 5.9 Die für die Bindungsstudien ausgewählten Peptidsequenzen. Es handelt sich<br />
immer um über die seitenkettencyclisierte Peptide und ihre linearen Analoga.<br />
Über die mit Unterstrich hervorgehobenen Aminosäuren Lysin und<br />
Glutaminsäure erfolgte die Cyclisierung.<br />
Aus den im Streptavidin-Screening positiv getesteten Sequenzen (Hitbead-<br />
sequenzen) wurde eine Peptidsequenz ausgewählt. Die ausgewählte Peptidsequenz<br />
92 ist eine der drei doppelt gefundenen Hitsequenzen. Aufgrund ihrer Aminosäuren-<br />
zusammensetzung erhoffte ich mir von ihr eine besonders gute Löslichkeit im<br />
wässrigen Puffersystem der Bindungsstudie. Verbindung 94 war ebenfalls ein<br />
Mitglied der OBOC-Peptidbibliothek. Dieses Peptid enthält ebenfalls ein HPQ-Motiv<br />
und wurde somit als potentieller Binder eingestuft. Im Screening wurde dieses Peptid<br />
jedoch nicht gefunden. Es stellt sich also die Frage, ob dieses Peptid trotz<br />
vorhandenen HPQ-Motiv eine nur sehr geringe Bindung zu Streptavidin aufweist. Bei<br />
Verbindung 96 wurde das HPQ-Motiv der Hitsequenz invertiert. Das Peptid war kein<br />
Mitglied der Bibliothek. Die Aminosäurenzusammensetzung ist bei allen drei<br />
Peptidsequenzen gleich; sie unterscheiden sich lediglich in der Abfolge der<br />
Aminosäuren (unterschiedliche Sequenz). Somit haben alle drei Sequenzen ein<br />
nahezu gleiches äußeres elektrostatisches Potential. Dadurch können Unterschiede<br />
in der Bindungsaffinität auf molekular-spezifische Selektivität zurückgeführt werden.<br />
Um den Einfluss der konformativen Einschränkung durch die Cyclisierung zu<br />
untersuchen und daraufhin eine Aussage über eine Struktur-Aktivitätsbeziehung<br />
treffen zu können, wurde von allen drei ausgewählten Peptiden die entsprechenden<br />
linearen Analoga hergestellt und ebenfalls experimentell untersucht.<br />
86