pdf-Dateien - Nationales Genomforschungsnetz - NGFN

Forschung 14Genomweite, nicht-redundantecDNA Klonkollektionenfür verschiedene ModellorganismenUwe Radelof 1 , Anke Schroth 2 , Johannes Maurer 1 , Bernhard Korn 2RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung, 1 Heubnerweg 6, 14059 Berlin,2Im Neuenheimer Feld 580, 69120 HeidelbergDer Zugang zur Gesamtheit der Gene eines Organismusist eine unabdingbare Voraussetzungfür das Verständnis seiner physiologischen Prozessewie Entwicklung, Differenzierung, Pathogeneseoder Anpassung an Umweltbedingungen.Genexpressions-Profiling ist eine derSchlüsseltechnologie zur Analyse der Funktionund des Zusammenspiels von Genen in diesenProzessen. Genomweite, nicht-redundante Kollektionenvon Genrepräsentanten (z.B. cDNA-Klone) liefern eine Basis für das Expressions-Profiling aller Gene des zu untersuchenden Organismusoder Gewebes.Auf Grund der großen Bedeutung und der ständigsteigenden Nachfrage nach hochqualitativennicht-redundanten cDNA-Klonkollektionenhat das RZPD (www.rzpd.de) einen Schwerpunktauf die systematische Entwicklung undkontinuierliche Verbesserung dieser Klonkollektionengelegt. Die RZPD-Produktgruppe“Unigene Sets“, umfasst derzeit genomweiteKollektionen für die Organismen Mensch,Maus, Ratte, Xenopus, Rind und Zuckerrübe.Die Unigene Sets stehen in ihrer Gesamtheitoder als indikationsspezifische Subsets als E.coli Klone, als PCR Produkte (auf Wunsch auchaufgereinigt und in definierter Konzentration)und als DNA-Macroarrays zur Verfügung. Indikations-spezifischeSubsets können auch alsMicroarrays geliefert werden.1 Mensch & MausDas Human Unigene Set – RZPD3.1Abb 1: Spezifische Anfärbung des Kardiovaskularsystemseines Mausembryosdurch eine Whole Mount In Situ Hybridisierung.(B. Hermann)und das Mouse Unigene Set – RZPD2 wurdenam RZPD entwickelt. Beide Sets sind vollständigsequenzverifiziert. Alle Klone dieser Setssind auf PCR Amplifizierbarkeit und die Abwesenheitvon Kontaminationen mit Phagen undanderen Mikroorganismen getestet. Die Resultatedieser Qualitätstests sind elektronischdokumentiert und werden auf Anfrage zur Verfügunggestellt. Mehr als 100.000 EST Sequenzen,die im Rahmen der Sequenzverifizierunggeneriert wurden, sind über GenBank verfügbar.Für jeden Klon wurden alle verfügbaren Informationenübersichtlich in einer Annotationstabellezusammengestellt.1.1 Human Unigene Set –RZPD3.1Das Human Unigene Set – RZPD3.1 istderzeit die weltweit umfangreichste und bestcharakterisiertenichtredundante cDNA-Kollektionfür das Humangenom (s. Abbott, 2002).Das Set enthält 36.500 cDNA-Klone. Von diesenKlonen repräsentieren 15.500 jeweils ein“Ensembl-Gen“. Die übrigen Klone repräsentierenNCBI UniGene Cluster, die nicht in Ensemblannotiert sind.1.2 Human Ensembl Set –RZPD1.1Das Human Ensembl Set – RZPD1.1wurde in Kooperation mit der Forschungsgruppevon Marie-Laure Yaspo (Abt. Lehrach) vomMax-Planck-Institut für Molekulare Genetik,Berlin, erstellt. Das Set besteht derzeit aus15.500 cDNA Klonen. Jeder Klon repräsentiertgenau ein “Ensembl-Gen“. Über www.genome-matrix.orgbesteht über eine intuitiv zubenutzende graphische Oberfläche Zugang zueiner umfassenden Informationsquelle bezüglichder repräsentierten Gene. Ende Novemberwird das Human Ensembl Set um ca. 5.000manuell vereinzelte, sequenzverifizierte KloneGenomXPress 3/03