Chemische Strukturformeln mit LaTeX - suedraum
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Marcus Herbig<strong>Chemische</strong> <strong>Strukturformeln</strong> <strong>mit</strong>L A TEX15. Januar 2012
Das Paketaktuelle Version 1.0d vom 12. Dezember 2011benötigt tikzkann direkt PDF erzeugentikz berechnet Bounding BoxSyntax\chemfig{[,,,,]}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 1
Einfache Strukturenn-Butan\chemfig{C-C-C-C}C C C C\chemfig{H_3C-CH_2-CH_2-CH_3}H 3 C CH 2 CH 2 CH 3\chemfig{H_3C-{{(CH_2)}_2}-CH_3}H 3 C(CH 2 ) 2CH 315. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 2
Einfache Strukturenn-Butan\chemfig{C-C-C-C}C C C C\chemfig{H_3C-CH_2-CH_2-CH_3}H 3 C CH 2 CH 2 CH 3\chemfig{H_3C-{{(CH_2)}_2}-CH_3}H 3 C(CH 2 ) 2CH 315. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 2
Einfache Strukturenn-Butan\chemfig{C-C-C-C}C C C C\chemfig{H_3C-CH_2-CH_2-CH_3}H 3 C CH 2 CH 2 CH 3\chemfig{H_3C-{{(CH_2)}_2}-CH_3}H 3 C(CH 2 ) 2CH 315. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 2
Einfache Strukturenn-ButanRichtungsangaben3214 05 67\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[2]H)(-[6]H)-C%(-[2]H)(-[6]H)-C(-[2]H)(-[6]H)-H}HHCHHCHHCHHCHH15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 3
Einfache Strukturenn-ButanRichtungsangaben3214 05 67\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[2]H)(-[6]H)-C%(-[2]H)(-[6]H)-C(-[2]H)(-[6]H)-H}HHCHHCHHCHHCHH15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 3
Einfache Strukturen3-EthylpentanWinkelangaben[:Winkel] absoluter Winkel[::Winkel] relativer Winkel\chemfig{-[:30]-[:-30]%(-[:-90]-[:-30])-[:30]-[:-30]}\chemfig{-[::30]-[::-30]%(-[::-90]-[::-30])-[::30]-[::-30]}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 4
Einfache Strukturen3-EthylpentanWinkelangaben[:Winkel] absoluter Winkel[::Winkel] relativer Winkel\chemfig{-[:30]-[:-30]%(-[:-90]-[:-30])-[:30]-[:-30]}\chemfig{-[::30]-[::-30]%(-[::-90]-[::-30])-[::30]-[::-30]}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 4
Einfache StrukturenMoleküle drehenals erste Angabe im \chemfig -Befehlnur absolute Winkelkeine Auswirkungen auf absolute Winkel innerhalb desMoleküls\chemfig{[:45]-[:30]-[:-30]%(-[:-90]-[:-30])-[:30]-[:-30]}\chemfig{[:45]-[::30]-[::-30]%(-[::-90]-[::-30])-[::30]-[::-30]}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 5
Einfache StrukturenMoleküle drehenals erste Angabe im \chemfig -Befehlnur absolute Winkelkeine Auswirkungen auf absolute Winkel innerhalb desMoleküls\chemfig{[:45]-[:30]-[:-30]%(-[:-90]-[:-30])-[:30]-[:-30]}\chemfig{[:45]-[::30]-[::-30]%(-[::-90]-[::-30])-[::30]-[::-30]}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 5
BindungenBindungstypen und BindungslängenBdg. Code Ergebnis Bindungstyp1 \chemfig{A-B} A B Einfachbindug2 \chemfig{A=B} A B Doppelbindung3 \chemfig{A~B} A B Dreifachbindung4 \chemfig{A>B} A B gefüllte Cramb. rechts5 \chemfig{A:B} A B gepunktete Cramb. rechts7 \chemfig{A|B} A B leere Cramb. rechts9 \chemfig{A
BindungenBeispiele\chemfig{C(-[5]H)(-[2]H)(:[:-20]H)}HCHHH\chemfig{A
BindungenBeispiele\chemfig{C(-[5]H)(-[2]H)(:[:-20]H)}HCHHH\chemfig{A
BindungenStart- und EndatomeBei mehreren Atomen als dritter Parameter einer Bindung dasStart- und als vierter Parameter das Endatom angegebenwerden.\chemfig{AB-[1]CDE-[2]F}ABFCDE\chemfig{AB-[1,,2,3]CD-[2,,2]F}FCDEAB15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 8
BindungenStart- und EndatomeBei mehreren Atomen als dritter Parameter einer Bindung dasStart- und als vierter Parameter das Endatom angegebenwerden.\chemfig{AB-[1]CDE-[2]F}ABFCDE\chemfig{AB-[1,,2,3]CD-[2,,2]F}FCDEAB15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 8
BindungenVerbinden entfernter AtomeAtomen können Anker gegeben werden, wo<strong>mit</strong> Bindungenzwischen entfernten Atome möglich sind.?[,,]\chemfig{-[:30]=(-[:-90]-[:-30]-[:30])-[:-30]-[:30]}\chemfig{-[:30]=(-[:-90]-[:-30]-[:30]?)-[:-30]-[:30]?}\chemfig{A?[a]-B(-[1]W?[a,2,red]-X?[b])(-[7]Y-%Z?[b,1,{line width=2pt}])-C?[b,{>},blue]}ABWCYXZ15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 9
BindungenVerbinden entfernter AtomeAtomen können Anker gegeben werden, wo<strong>mit</strong> Bindungenzwischen entfernten Atome möglich sind.?[,,]\chemfig{-[:30]=(-[:-90]-[:-30]-[:30])-[:-30]-[:30]}\chemfig{-[:30]=(-[:-90]-[:-30]-[:30]?)-[:-30]-[:30]?}\chemfig{A?[a]-B(-[1]W?[a,2,red]-X?[b])(-[7]Y-%Z?[b,1,{line width=2pt}])-C?[b,{>},blue]}ABWCYXZ15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 9
IonenLadungen an Atomen plazieren\chemfig{O^{2-}}O 2−\chemfig{H_3C-C(=[1]O)-[7]O^\ominus}OH 3 C CO ⊖\chemfig{-\chemabove{N}{\oplus}(=[1]O)-[7]%\chembelow{O}{\ominus}}⊕ONO ⊖15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 10
IonenLadungen an Atomen plazieren\chemfig{O^{2-}}O 2−\chemfig{H_3C-C(=[1]O)-[7]O^\ominus}OH 3 C CO ⊖\chemfig{-\chemabove{N}{\oplus}(=[1]O)-[7]%\chembelow{O}{\ominus}}⊕ONO ⊖15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 10
LEWIS-Formeln\lewis{..., } bestehen aus einer Zahl, die die Richtung um das Atomangibt (0 bis 7) und ggf. ., : oder |O\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]%\lewis{13,O})(=[6]\lewis{57,O})% H O S O H-\lewis{26,O}-H}OH\chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}%(-[2]H)-H}H O + H\lewis{4.,NO_2}\lewis{0:2:4:6:,Cl^-}NO 2Cl −15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 11
LEWIS-Formeln\lewis{..., } bestehen aus einer Zahl, die die Richtung um das Atomangibt (0 bis 7) und ggf. ., : oder |O\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]%\lewis{13,O})(=[6]\lewis{57,O})% H O S O H-\lewis{26,O}-H}OH\chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}%(-[2]H)-H}H O + H\lewis{4.,NO_2}\lewis{0:2:4:6:,Cl^-}NO 2Cl −15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 11
RingeAllgemeine Syntax:*()\chemfig{*6(-=-=-=)}Aromatische Syntax:**()\chemfig{**6(------)}\chemfig{O*5(-----)}\chemfig{\chembelow{N}%{H}**5(-----)}O15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 12NH
RingeAllgemeine Syntax:*()\chemfig{*6(-=-=-=)}Aromatische Syntax:**()\chemfig{**6(------)}\chemfig{O*5(-----)}\chemfig{\chembelow{N}%{H}**5(-----)}O15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 12NH
RingeAromatische BesonderheitenErweiterte aromatische Syntax:**[,,]()\chemfig{**[30,330]6(------)}\chemfig{**[0,270,dash pattern=on 2pt off 2pt]4(----)}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 13
RingeKondensierte Ringe und substituierte Ringe\chemfig{*7(=-=*5(-=-=-)--=-)}OHCH 3OOH\chemfig{*6(=(-OH)-(-O-[1]CH_3)=-(-(=[3]O)-[1]H)=-)}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 14
RingeKondensierte Ringe und substituierte Ringe\chemfig{*7(=-=*5(-=-=-)--=-)}OHCH 3OOH\chemfig{*6(=(-OH)-(-O-[1]CH_3)=-(-(=[3]O)-[1]H)=-)}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 14
RingeKondensierte Ringe und substituierte Ringe\chemfig{*7(=-=*5(-=-=-)--=-)}OHCH 3OOH\chemfig{*6(=(-OH)-(-O-[1]CH_3)=-(-(=[3]O)-[1]H)=-)}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 14
RingeBekannte Schwierigkeiten\chemfig{A-B*5(-C-D*5(-X-Y-Z-)-E-F-)}F ZEA BC D YX\chemfig{A-B*5(-C-D*5(-X-Y-Z?)-E?-F-)}F ZEA BC D YX15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 15
RingeBekannte Schwierigkeiten\chemfig{HSi*6(-\chembelow{Si}{H}=SiH-SiH=%\chemabove{Si}{H}-HSi=)}HSiHSiSiHHSiHSiSiHHSiSiHSiH\chemfig{HSi*6(-\chembelow{Si}{H}=SiH-SiH=%\chemabove{Si}{H}-HSi=[,,2])}HSiSiHSiH15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 16
RingeBekannte Schwierigkeiten\chemfig{HSi*6(-\chembelow{Si}{H}=SiH-SiH=%\chemabove{Si}{H}-HSi=)}HSiHSiSiHHSiHSiSiHHSiSiHSiH\chemfig{HSi*6(-\chembelow{Si}{H}=SiH-SiH=%\chemabove{Si}{H}-HSi=[,,2])}HSiSiHSiH15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 16
Namen\chemname{}{}\chemname{\chemfig{H_3C-N?[a]-[::-30]?[b]-(-[::60]%(=[::60]O)-[::-60]O-[::60]CH_3)-[::-60]([::60]-[::150]?[b])%-[::60]O-[::-60](=[::-60]O)-[::60]*6(-=-=-=)}}{Kokain}O CH 3H 3 CNOOKokainO15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 17
Namen\chemname{}{}\chemname{\chemfig{H_3C-N?[a]-[::-30]?[b]-(-[::60]%(=[::60]O)-[::-60]O-[::60]CH_3)-[::-60]([::60]-[::150]?[b])%-[::60]O-[::-60](=[::-60]O)-[::60]*6(-=-=-=)}}{Kokain}O CH 3H 3 CNOOKokainO15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 17
Beispiel(S)-N-Methamphetamin\chemfig{*6(-=-(--[:-30](
BeispielTetrahydrocannabinol\chemfig{*6(-(
Beispield-LysergsäurediethylamidONN CH 3H\chemfig{[:150]?*6(=*6(--*6(-N%(-CH_3)--(
Beispiel(5R,6S,9R,13S,14R)-4,5-Epoxy-N-methylmorphinan-7-en-3,6-diol\setcrambond{3pt}{}{}\chemfig{*6(?[a]-(*6(-(
SubmoleküleReste einmal anders\definesubmol{}[]{}\redfinesubmol{}[]{}\definesubmol{iPr}{-(-[::60])-[::-60]}\chemfig{*6(-(-!{iPr})=-(-!{iPr})=-(-!{iPr})=)}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 22
SubmoleküleReste einmal anders\definesubmol{}[]{}\redfinesubmol{}[]{}\definesubmol{iPr}{-(-[::60])-[::-60]}\chemfig{*6(-(-!{iPr})=-(-!{iPr})=-(-!{iPr})=)}15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 22
SubmoleküleGrenzen\definesubmol\iPr[-(-[::60]H_3C)-[::-60]H_3C]%{-(-[::60]CH_3)-[::-60]CH_3}\chemfig{*6(-(-!\iPr)=-(-!\iPr)=-(-!\iPr)=)}H 3 CCH 3CH 3C H 3CH 3CH 315. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 23
ReaktionsgleichungenReaktionspfeile und mehr\chemsign[]\chemrel[][]{}\setchemrel{}%{}{}CodeErgebnisA\chemrel{->}B A BA\chemrel{,red,thick}B A B*15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 24
ReaktionsgleichungenBeispiel\chemfig{**6(------)}\chemsign+\chemfig{H_3C-Cl}\chemrel[\itshape\footnotesize \cf{AlCl3}]{->}\chemfig{**6(---(-)---)}\chemsign+\chemfig{H-Cl}+ H 3 C ClAlCl 3+ H Cl15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 25
ReaktionsgleichungenAusrichtung der Reaktanden\chemfig{[:-30]**6(------)}\chemsign+\chemfig{H_3C-Cl}\chemrel[\itshape\footnotesize \cf{AlCl3}]{->}\chemfig{[:-30]**6(---(-)---)}\chemsign+\chemfig{H-Cl}+ H 3 C ClAlCl 3+ H Cl15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 26
Reaktionsgleichungenkomplexeres Beispiel\small\setchemrel{}{}{5.5em}\definesubmol{Pyr}{N*5(-=-=-)}\chemfig{H-!{Pyr}}\chemsign+\chemfig{Cl-Si(-[2]CH_3)%(-[6]CH_3)-Cl}\chemrel[\itshape\footnotesize +2 \cf{Et3N}]%[\itshape\footnotesize -2 \cf{Et3N*HCl}]{->}\chemfig{Si(-[4]!{Pyr})(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-!{Pyr}}CH 3H N + Cl Si ClCH 3+2 Et 3 N-2 Et 3 N · HClNCH 3Si NCH 315. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 27
AusblickReaktionsschemataElektronenbewegungendelokalisierte ElektronenPolymereweiter tikz-Einstellungen (z.B. Rahmen)Text über Bindungen und an Winkeln. . .15. Januar 2012 Marcus HerbigChemFig TU Bergakademie Freiberg 28
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