Einführung in die Rechendienste - RRZN
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Beispiel-Batchskript (MSINDO)<br />
MSINDO auf 6 Prozessorkerne laufen lassen.<br />
1 #!/b<strong>in</strong>/bash -log<strong>in</strong><br />
2 #PBS -N MgO_444<br />
3 #PBS -M ich@me<strong>in</strong>e.email.adresse.de<br />
4 #PBS -m ae<br />
5 #PBS -j oe<br />
6 #PBS -l nodes=1:ppn=6<br />
7 #PBS -l walltime=00:10:00<br />
8 #PBS -l mem=16gb<br />
9 #PBS -W x=PARTITION:tane:paris:kuh<br />
10<br />
11 # show which computer the job ran on<br />
12 echo "Job ran on:" $(hostname)<br />
13 # load the relevant modules<br />
14 module load ms<strong>in</strong>do<br />
15<br />
16 export KMP_STACKSIZE=64M<br />
17 export OMP_DYNAMIC=.FALSE.<br />
18 export OMP_NUM_THREADS=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)<br />
19<br />
20 INPUTFILE="MgO_444.<strong>in</strong>p"<br />
21<br />
22 # change to work dir:<br />
23 TEMPDIR=$BIGWORK/$(basename $INPUTFILE .<strong>in</strong>p).$$<br />
24 cd $TEMDIR<br />
25 LOGFILE=$PBS_O_WORKDIR/$INPUTFILE.out.$$<br />
26 echo "Runn<strong>in</strong>g on $OMP_NUM_THREADS cores" >> $LOGFILE<br />
27<br />
28 # the program to run<br />
29 time ms<strong>in</strong>do < $INPUTFILE >> $LOGFILE 2>&1<br />
30 # clean up output files<br />
31 if [ -s "fort.9" ]; then cp fort.9 $PBS_O_WORKDIR/$INPUTFILE.f9.$$; fi<br />
32 if [ -n "$(ls *.dat)" ]; then cp *.dat $PBS_O_WORKDIR/; fi<br />
33 if [ -n "$(ls *.molden)" ]; then cp *.molden $PBS_O_WORKDIR/; fi<br />
34 if [ -n "$(ls *.xyz)" ]; then cp *.xyz $PBS_O_WORKDIR/; fi<br />
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Compute<strong>die</strong>nste am Rechenzentrum Scientific Comput<strong>in</strong>g Gruppe | 7. November 2013 56
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