Prinzip der Herstellung von monoklonalen Antikörpern - Pharmazie
Prinzip der Herstellung von monoklonalen Antikörpern - Pharmazie
Prinzip der Herstellung von monoklonalen Antikörpern - Pharmazie
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• Transgene Tiere<br />
Übersicht über die Inhalte <strong>der</strong> Vorlesung<br />
„Grundzüge <strong>der</strong> Biotechnologie und<br />
Molekularbiologie für Pharmazeuten“<br />
• Einführung: Grundlegende Arbeitstechniken bei <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Biotechnologie <strong>der</strong> Pflanzen<br />
• Biotechnologische Gewinnung <strong>von</strong> Antibiotika<br />
• Biotransformation (mikrobielle Stoffumwandlung)<br />
• DNA-Sequenzierung und -Synthese<br />
• Funktionelle Charakterisierung <strong>von</strong> Genen<br />
• Gentherapie<br />
• Molekularbiologische Methoden in <strong>der</strong> Wirkstoffentwicklung<br />
• Monoklonale Antikörper<br />
• Pharmazeutische relevante rekombinante Proteine<br />
• Polymerase-Kettenreaktion
Empfohlene Literatur<br />
Dingermann, Theodor: Gentechnik, Biotechnik.<br />
Unter Mitarb. v. Ilse Zündorf. 1. Aufl. 1999.<br />
ISBN: 3-8047-1597-4; WISSENSCHAFTLICHE VERLAGSGESELLSCHAFT<br />
85.90 EUR<br />
Kreis, Wolfgang; Baron, Diethard; Stoll, Günther: Biotechnologie <strong>der</strong> Arzneistoffe.<br />
Grundlagen und Anwendungen. Wissen & Praxis. 1. Aufl. 2001.<br />
ISBN: 3-7692-2310-1; DEUTSCHER APOTHEKER VERLAG<br />
50.10 EUR<br />
Kayser, Oliver; Müller, Rainer H.: Pharmazeutische Biotechnologie.<br />
Ein Kompendium für Forschung und Praxis. 1. Aufl. 2000.<br />
ISBN: 3-8047-1768-3; WISSENSCHAFTLICHE VERLAGSGESELLSCHAFT<br />
36.80 EUR<br />
Kayser, Oliver: Grundwissen Pharmazeutische Biotechnologie.<br />
1. Aufl. 2002.<br />
ISBN: 3-5190-3553-7; TEUBNER<br />
29.90 EUR
Empfohlene Literatur<br />
Glick, Bernard R.; Pasternak, Jack J.: Molekulare Biotechnologie.<br />
(Spektrum Lehrbuch). 1. Aufl. 1995.<br />
ISBN: 3-86025-378-6; SPEKTRUM AKADEMISCHER VERLAG<br />
24.95 EUR<br />
alternativ: Molecular Biotechnology: Principles and Applications<br />
of Recombinant DNA. 3 rd edition, 2003.<br />
ISBN: 1-55581-269-4; ASM PRESS<br />
ca. 50,00 EUR<br />
Brown, Terence A.: Gentechnologie für Einsteiger.<br />
(Spektrum Lehrbuch). 3. Aufl. 2002.<br />
ISBN: 3-8274-1302-8; SPEKTRUM AKADEMISCHER VERLAG<br />
32.00 EUR<br />
Schmid, Rolf D.: Taschenatlas Biotechnologie und Gentechnik.<br />
1. Aufl. 2001.<br />
ISBN: 3-5273-0865-2; WILEY-VCH<br />
37.90 EUR
Definitionen<br />
iotechnologie<br />
rste Verwendung des Begriffes bereits 1917:<br />
alle Arbeitsgänge, bei denen aus Rohstoffen mit Unterstützung leben<strong>der</strong> Organismen<br />
Konsumartikel erzeugt werden<br />
o<strong>der</strong>ne Definition (DECHEMA, 1976):<br />
Einsatz biologischer Prozesse im Rahmen technischer Verfahren und industrieller<br />
Produktion<br />
eine anwendungsorientierte Wissenschaft <strong>der</strong> Mikrobiologie und Biochemie in enger<br />
Verbindung mit <strong>der</strong> technischen Chemie und <strong>der</strong> Verfahrenstechnik<br />
behandelt Reaktionen biologischer Art, die entwe<strong>der</strong> mit lebenden Zellen<br />
(Mikroorganismenzellen, pflanzlichen und tierischen Zellen bzw. Geweben) o<strong>der</strong> mit<br />
Enzymen aus Zellen durchgeführt werden<br />
eingeschlossen ist die Gewinnung <strong>von</strong> Biomasse aus den genannten Organismen<br />
o<strong>der</strong> Organismenteilen
Definitionen<br />
entechnologie<br />
erän<strong>der</strong>ung des Erbguts mit molekularbiologischen Methoden, um neue Produkte<br />
u erhalten o<strong>der</strong> die Qualität und Ausbeute eines Produktes zu verbessern<br />
lonen<br />
Herstellen genetisch identischer Organismen<br />
natürliche Klone sind z. B. eineiige Mehrlinge o<strong>der</strong> vegetativ vermehrte<br />
Pflanzenpopulationen<br />
können auch durch Aufspalten <strong>der</strong> ersten Zellen eines sich entwickelnden<br />
Organismus in vitro erreicht werden<br />
mo<strong>der</strong>nes Verfahren: genetisches Material einer befruchteten Eizelle (Zygote) wird<br />
durch das genetische Material einer ausdifferenzierten somatischen Zelle ersetzt<br />
lonieren<br />
rundlegendes Verfahren <strong>der</strong> Molekularbiologie, mit dessen Hilfe fremde genetische<br />
nformation in eine Zelle übertragen wird und <strong>von</strong> dieser an ihre Nachkommen weiter<br />
egeben wird
Einsatzgebiete <strong>der</strong> Biotechnologie
Geschichte <strong>der</strong> (molekularen) Biotechnologie<br />
17: Karl Ereky prägt den Ausdruck „Biotechnologie“<br />
43: Penicillin wird im industriellen Maßstab produziert.<br />
44: Avery, McLeod und McCarty zeigen, daß die DNA die Trägerin <strong>der</strong><br />
Erbinformation ist.<br />
53: Watson und Crick bestimmen die Doppelhelix-Struktur <strong>der</strong> DNA.<br />
66: Die Entschlüsselung des genetischen Codes gilt als abgeschlossen.<br />
69: Jonathan Beckwith gelingt erstmals die Isolierung eines Gens.<br />
70: Entdeckung <strong>der</strong> Restriktionsendonucleasen<br />
73: Boyer und Cohen führen die rekombinierte DNA-Technik ein.<br />
75: Im kalifornischen Asilomar findet erstmals eine Konferenz über Sicherheitsaspekte<br />
in <strong>der</strong> Gentechnik statt.<br />
75: Köhler und Milstein beschreiben die Produktion <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern.<br />
76: In San Francisco wird das erste Biotechnologie-Unternehmen <strong>der</strong> Welt gegründe<br />
die Firma Genentech.<br />
77: Gilbert und Sanger entwickeln Methoden zur DNA-Sequenzierung.
Geschichte <strong>der</strong> (molekularen) Biotechnologie<br />
78: Genentech produziert Humaninsulin in Escherichia coli (Zulassung 1982).<br />
81: erste kommerzielle automatische DNA-Sequenziermaschine<br />
83: Verwendung <strong>von</strong> Ti-Plasmiden zur Transformation <strong>von</strong> Pflanzen<br />
88: erstes Patent für ein gentechnisch verän<strong>der</strong>tes Säugetier - eine transgene Maus<br />
88: Publikation <strong>der</strong> Polymerase-Kettenreaktion (PCR)<br />
90: In Deutschland wird das Gesetz zur Regelung <strong>der</strong> Gentechnik verabschiedet.<br />
94: In den USA kommen gentechnisch verän<strong>der</strong>te Tomaten auf den Markt.<br />
95: Das "Institute for Genomic Research" veröffentlicht die erste komplette<br />
Genomsequenz eines Bakteriums.<br />
96: Genom <strong>von</strong> Saccharomyces cerevisiae entschlüsselt<br />
97: Klonen eines erwachsenen Säugetieres - das Klonschaf Dolly<br />
98: embryonale Stammzellen werden zur Differenzierung in spezialisierten<br />
Gewebezellen angeregt<br />
00: Genome <strong>von</strong> Drosophila und Arabidopsis entschlüsselt<br />
01: Humangenom entschlüsselt
Probleme und Bedenken im Zusammenhang<br />
mit <strong>der</strong> molekularen Biotechnologie<br />
• Können gentechnisch verän<strong>der</strong>te Organismen an<strong>der</strong>e Organismen o<strong>der</strong><br />
die Umwelt schädigen?<br />
• Wird die <strong>Herstellung</strong> und <strong>der</strong> Einsatz gentechnisch verän<strong>der</strong>ter Organismen<br />
die natürliche genetische Vielfalt beeinträchtigen?<br />
• In wie weit sollte die Technik auch beim Menschen angewendet werden?<br />
• Welche Auswirkungen haben diagnostische Verfahren auf das private<br />
o<strong>der</strong> berufliche Leben des Einzelnen?<br />
• Soll die Patentierung <strong>von</strong> Organismen, die durch Kombination <strong>von</strong> natürlich<br />
vorkommenden Genen mit Genen eines Empfängerorganismus erzeugt<br />
wurden, erlaubt sein?<br />
• Wird die finanzielle Unterstützung <strong>der</strong> molekularen Biotechnologie die<br />
Entwicklung an<strong>der</strong>er wichtiger Technologien behin<strong>der</strong>n?
Probleme und Bedenken im Zusammenhang<br />
mit <strong>der</strong> molekularen Biotechnologie<br />
• Wird die Betonung des kommerziellen Erfolgs bedeuten, daß die Vorteile<br />
<strong>der</strong> molekularen Biotechnologie nur Wohlhabenden zugute kommen?<br />
• Wird <strong>der</strong> Einsatz <strong>der</strong> molekularen Biotechnologie in <strong>der</strong> Landwirtschaft<br />
traditionelle Agrartechniken ersetzen?<br />
• Werden medizinische Therapien, die auf <strong>der</strong> molekularen Biotechnologie<br />
beruhen, herkömmliche gleich wirksame Behandlungsmethoden ersetzen?<br />
• Wird das Streben nach Patenten den freien Ideenaustausch zwischen<br />
Wissenschaftlern hemmen?<br />
• Welche Möglichkeiten gibt es, die mißbräuchliche Anwendung <strong>der</strong><br />
molekularen Biotechnologie zu kontrollieren bzw. zu verhin<strong>der</strong>n?
Alexis Rockman, „The Farm“
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
1) Ein DNA-Fragment, das das zu klonierende Gen enthält, wird in<br />
ein ringförmiges DNA-Molekül – den Vektor – eingefügt; es<br />
entsteht ein rekombiniertes DNA-Molekül<br />
2) Der Vektor wirkt als Vehikel und transportiert das Gen in eine<br />
Wirtszelle<br />
3) In <strong>der</strong> Wirtszelle vermehrt sich <strong>der</strong> Vektor und mit ihm das<br />
eingebaute Gen<br />
4) Bei <strong>der</strong> Teilung <strong>der</strong> Wirtszelle werden Kopien des rekombinierten<br />
DNA-Moleküls an die Tochterzellen weitergegeben<br />
5) Durch viele Zellteilungen entsteht eine Kolonie, ein Klon<br />
gleichartiger Wirtszellen, die alle das rekombinierte DNA-Molekül<br />
in einer o<strong>der</strong> mehreren Kopien enthalten
Grundlegende Schritte bei <strong>der</strong> DNA-Klonierung
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
1) Ein DNA-Fragment, das das zu klonierende Gen enthält, wird in<br />
ein ringförmiges DNA-Molekül – den Vektor – eingefügt; es<br />
entsteht ein rekombiniertes DNA-Molekül<br />
2) Der Vektor wirkt als Vehikel und transportiert das Gen in eine<br />
Wirtszelle<br />
3) In <strong>der</strong> Wirtszelle vermehrt sich <strong>der</strong> Vektor und mit ihm das<br />
eingebaute Gen<br />
4) Bei <strong>der</strong> Teilung <strong>der</strong> Wirtszelle werden Kopien des rekombinierten<br />
DNA-Moleküls an die Tochterzellen weitergegeben<br />
5) Durch viele Zellteilungen entsteht eine Kolonie, ein Klon<br />
gleichartiger Wirtszellen, die alle das rekombinierte DNA-Molekül<br />
in einer o<strong>der</strong> mehreren Kopien enthalten
Grundlegende Schritte bei <strong>der</strong> DNA-Klonierung
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
1) Ein DNA-Fragment, das das zu klonierende Gen enthält, wird in<br />
ein ringförmiges DNA-Molekül – den Vektor – eingefügt; es<br />
entsteht ein rekombiniertes DNA-Molekül<br />
2) Der Vektor wirkt als Vehikel und transportiert das Gen in eine<br />
Wirtszelle<br />
3) In <strong>der</strong> Wirtszelle vermehrt sich <strong>der</strong> Vektor und mit ihm das<br />
eingebaute Gen<br />
4) Bei <strong>der</strong> Teilung <strong>der</strong> Wirtszelle werden Kopien des rekombinierten<br />
DNA-Moleküls an die Tochterzellen weitergegeben<br />
5) Durch viele Zellteilungen entsteht eine Kolonie, ein Klon<br />
gleichartiger Wirtszellen, die alle das rekombinierte DNA-Molekül<br />
in einer o<strong>der</strong> mehreren Kopien enthalten
Grundlegende Schritte bei <strong>der</strong> DNA-Klonierung
Grundlegende Schritte bei <strong>der</strong> DNA-Klonierung
Grundprinzip des Klonierens <strong>von</strong> DNA
DNA-Amplifikation durch PCR
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Produktion tierischer Proteine in Bakterien
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Grundlegende Schritte bei <strong>der</strong> Präparation <strong>von</strong> DNA aus Bakterien
Präparation <strong>von</strong> DNA aus Bakterienzellen
Gewinnung <strong>von</strong> DNA durch Phenolextraktion
Ethanol-Präzipitation zur Gewinnung <strong>von</strong> DNA
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Durch Nucleasen katalysierte Reaktionen
Durch Nucleasen katalysierte Reaktionen
Schneiden <strong>von</strong> DNA mit Restriktionsendonukleasen
Schneiden <strong>von</strong> DNA mit Restriktionsendonukleasen
Einsatz <strong>von</strong> Restriktionsendonukleasen bei <strong>der</strong> DNA-Klonierung
Einsatz <strong>von</strong> Restriktionsendonukleasen bei <strong>der</strong> DNA-Klonierung
Biologische Funktion <strong>von</strong> Restriktionsendonukleasen
Biologische Funktion <strong>von</strong> Restriktionsendonukleasen
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Gelelektrophorese
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Gelelektrophorese
Sichtbarmachen <strong>von</strong> DNA-Fragmenten bei <strong>der</strong> Gelelektrophorese
Mechanismus <strong>der</strong> DNA-Färbung mit Ethidiumbromid<br />
cave, Ethidiumbromid<br />
ist cancerogen!
Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten durch Gelelektrophorese
Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten durch Gelelektrophorese<br />
theoretisch:<br />
D = a - b (log M)<br />
D: Wan<strong>der</strong>ungsstrecke<br />
M: Molekulargewicht<br />
a, b: Konstanten (<strong>von</strong><br />
Bedingungen bei <strong>der</strong><br />
Elektrophorese abhängig)
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Durch DNA-Ligasen katalysierte Reaktionen
Einsatz <strong>von</strong> DNA-Ligasen bei <strong>der</strong> Klonierung
Ligation <strong>von</strong> DNA-Fragmenten durch DNA-Ligasen
Funktion <strong>von</strong> Linkern bei <strong>der</strong> Ligation <strong>von</strong> glatten Enden
Reaktionen <strong>von</strong> DNA-Polymerasen
Reaktionen <strong>von</strong> DNA-Polymerasen
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Plasmide
Vermehrung <strong>von</strong> Plasmiden
Vermehrung <strong>von</strong> Plasmiden
Plasmidamplifikation durch Chloramphenicol
Der Klonierungsvektor pBR322
Aufbau <strong>von</strong> Phagen
Lebenszyklus <strong>von</strong> lytischen Phagen
Lysogener Infektionszyklus des λ-Phagen
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Technischer Ablauf <strong>der</strong> DNA-Klonierung<br />
• Präparation reiner DNA<br />
• Schneiden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten<br />
• Verbinden <strong>von</strong> DNA-Molekülen<br />
• Einschleusen <strong>von</strong> DNA in die Wirtszellen<br />
• Identifizierung <strong>von</strong> Zellen, die rekombinierte<br />
DNA-Moleküle enthalten
Das Problem <strong>der</strong> Selektion
Das Problem <strong>der</strong> Selektion
Resistenz gegen Antibiotika als selektierbarer Marker
Das Problem <strong>der</strong> Selektion
Der Klonierungsvektor pBR322
Antibiotikaresistenz als selektierbarer Marker: Beispiel pBR322
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Replikaplattierung
Der Vektor pUC8: Ein Plasmid für die Lac-Selektion
Das <strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Lac-Selektion
Das <strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Lac-Selektion
Mechanismus <strong>der</strong> Farbreaktion mit X-Gal<br />
HO<br />
OH CH2 OH<br />
O<br />
OH<br />
Lactose<br />
OH<br />
HO<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
β-Galactosidase<br />
HO<br />
OH CH2 OH<br />
O<br />
OH<br />
S<br />
H 3 C<br />
CH 3<br />
HO<br />
OH CH2 OH<br />
O<br />
OH<br />
OH<br />
+<br />
HOH 2 C<br />
HO<br />
HO<br />
O<br />
OH<br />
OH<br />
Isopropylthiogalactosid<br />
(IPTG)<br />
Induktor des lac-Operons<br />
β-D-Galactose β-D-Glucose<br />
Cl<br />
OH CH2 OH<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
Cl<br />
Br<br />
β-Galactosidase<br />
Br<br />
Cl<br />
OH<br />
Luft<br />
Cl<br />
O<br />
O<br />
N<br />
H<br />
N<br />
H<br />
N<br />
H<br />
Br<br />
NH<br />
5-Brom-4-chlor-3-indolyl-<br />
5-Brom-4-chlorindoxyl<br />
β-D-galactopyranosid<br />
(X-Gal)<br />
5,5'-Dibrom-4,4'-<br />
dichlorindigo
Praktikumsversuch Restriktionsverdau<br />
bzw. Restriktionskartierung
Auswahl geeigneter Restriktionsendonucleasen<br />
anhand <strong>von</strong> Restriktionskarten
Auswahl geeigneter Restriktionsendonucleasen<br />
anhand <strong>von</strong> Restriktionskarten
Ablauf <strong>der</strong> Restriktionsspaltung im Labor
Sichtbarmachen <strong>von</strong> DNA-Fragmenten bei <strong>der</strong> Gelelektrophorese
Größenbestimmung <strong>von</strong> DNA-Fragmenten durch Gelelektrophorese
Restriktionsspaltung <strong>der</strong> λ-DNA
Restriktionsspaltung <strong>der</strong> λ-DNA
Beispiel für eine Restriktionskartierung
Beispiel für eine Restriktionskartierung
Beispiel für eine Restriktionskartierung
Beispiel für eine Restriktionskartierung
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Produktion tierischer Proteine in Bakterien
Probleme bei <strong>der</strong> funktionellen Klonierung in E. coli<br />
• Gen muß unter die Kontrolle eines starken Promotors gestellt werden<br />
• die Transkription muß ebenfalls kontrolliert beendet werden<br />
• eine effiziente Translation muß sichergestellt sein<br />
‣ Einbinden des Gens in bakterielle Kontrollsequenzen<br />
• Bakterien neigen beson<strong>der</strong>s bei Überproduktion dazu, das<br />
synthetisierte Protein in Einschlußkörperchen abzulagern (dabei wird<br />
das Protein meist denaturiert)<br />
• zur Erleichterung <strong>der</strong> Reinigung ist es wünschenswert, eine Sekretion<br />
des Proteins zu gewährleisten<br />
‣ Einbau <strong>von</strong> Signalpeptiden
Probleme bei <strong>der</strong> funktionellen Klonierung in E. coli<br />
• Prokaryonten können meist keine korrekte Faltung <strong>der</strong> Proteine zur<br />
Ausbildung <strong>von</strong> Disulfidbrücken gewährleisten (⇒ meist besser in Hefe)<br />
• Prokaryonten sind nicht in <strong>der</strong> Lage, posttranslationale Modifikationen<br />
durchzuführen, z. B. das Anhängen <strong>von</strong> Zuckerketten (⇒ meist besser in Hefe,<br />
oft dort aber geringfügig an<strong>der</strong>es Glykosylierungsmuster)<br />
• die Präferenz für bestimmte Codons für eine Aminosäure ist artspezifisch<br />
‣ Codon-Optimierung, oft durch Totalsynthese des Gens)<br />
• eine konstitutive Proteinsynthese führt zu einem langsameren Wachstum und<br />
damit zu einem Selektionsnachteil gegenüber nichttransformierten Bakterien<br />
• wünschenswert ist das gezielte Anschalten <strong>der</strong> Proteinsynthese in einer<br />
bestimmten Wachstumsphase<br />
‣ Einbau des Gens in regulierbare Operons
Grundlagen <strong>der</strong> Expressionsklonierung
Grundlagen <strong>der</strong> Expressionsklonierung<br />
• soll ein eukaryontisches Gen in einem Bakterium funktionell exprimiert<br />
werden, so muß es mit einem bakteriellen Promotor sowie einem<br />
Transkriptionsterminator kombiniert werden<br />
• evtl. kann auch eine Signalsequenz angehängt werden, die die<br />
Sekretion des rekombinanten Proteins aus <strong>der</strong> Zelle veranlaßt
• Beispiel: Repressor-Proteine<br />
<strong>Prinzip</strong> <strong>von</strong> Kontrollelementen <strong>der</strong> Transkription<br />
cis-wirksame Kontrollelemente:<br />
• auf demselben Gen in relativ enger räumlicher Nachbarschaft<br />
• Beispiele: Promotoren, Transkriptionsterminatoren<br />
trans-wirksame Kontrollelemente:<br />
• eigenständige Moleküle, die an DNA-Zielsequenzen binden<br />
• genetische Information befindet sich an an<strong>der</strong>er Stelle im Genom
• Position -10 wird auch als TATA-Box bezeichnet<br />
Konsensussequenzen <strong>von</strong> Promotoren in E. coli<br />
• Promotoren befinden sich immer upstream, d.h. vor dem Gen<br />
• signifikante Übereinstimmung aller Promotoren in den Positionen<br />
-10 und -35 (Konsensussequenzen)<br />
• Transkription beginnt an Position +1
Termination <strong>der</strong> Transkription in E. coli<br />
• Termination erfolgt durch DNA- Sequenz, die nach Transkription auf<br />
<strong>der</strong> RNA eine Haarnadelstruktur ausbildet (Palindrom)<br />
• RNA-Polymerase fällt vom transkribierten Gen ab
Regulation <strong>der</strong> Translation bei E. coli<br />
• konservierte Sequenz („Shine-Dalgarno-<br />
Sequenz“) <strong>der</strong> mRNA ist komplementär<br />
zu Abschnitt <strong>der</strong> 16S-rRNA und initiiert<br />
die Translation<br />
• genauer Abstand zum ersten translatierten<br />
Codon ist wichtig
Das Operon-Modell<br />
Operon: transkribierter Bereich, <strong>der</strong> <strong>von</strong> Promotor und Terminationselement<br />
terminiert wird<br />
monocistronisches Operon:<br />
nur ein Gen bzw. Genprodukt
Das Operon-Modell<br />
polycistronisches Operon:<br />
eine mRNA für mehrere funktionell zusammenhängende Gene, <strong>von</strong> denen<br />
jedes einen eigenen Startpunkt für die Translation besitzt
Bedeutung <strong>von</strong> induzierbaren Promotoren<br />
<strong>Prinzip</strong>:<br />
das Fremdgen wird unter die Kontrolle<br />
eines induzierbaren Promotors<br />
gestellt (≡ dahinter kloniert)<br />
Vorteil:<br />
zu einem geeigneten Zeitpunkt kann<br />
<strong>von</strong> außen die Transkription und<br />
damit <strong>der</strong> Beginn <strong>der</strong> Proteinsynthese<br />
gestartet werden
Aufbau <strong>von</strong> Kassettenvektoren<br />
<strong>Prinzip</strong>:<br />
gebrauchsfertige Vektoren erlauben es, ein Fremdgen gezielt zwischen<br />
Kontrollelemente, die auf den vorgesehen Wirt abgestimmt sind, zu klonieren
Regulation des lac-Operons<br />
klassischer Fall eines Operons:<br />
A) bei Anwesenheit <strong>von</strong> Glucose blockiert ein Repressor die<br />
Transkription, indem er unterhalb des Promotors an die DNA bindet<br />
Sinn: sind im Medium sowohl Glucose als auch Lactose vorhanden, wird<br />
erstere <strong>von</strong> E. coli bevorzugt verwertet
Regulation des lac-Operons<br />
B) Lactose (bzw. ein an<strong>der</strong>er Induktor) führt zur Bindung an den<br />
Repressor, dieser wird vom Operon abgelöst und somit wird die<br />
Transkription ermöglicht
Induktoren des lac-Operons
Palindromstruktur des lac-Operators<br />
Das lac-Operon wird sowohl positiv als auch<br />
negativ reguliert:<br />
• bei Anwesenheit <strong>von</strong> Glucose bindet <strong>der</strong><br />
(konstitutiv gebildete) lac-Repressor an das<br />
lac-Operon und stabilisiert die Haarnadelstruktur<br />
⇒ keine Transkription<br />
• ein Mangel an Glucose führt zu einem Anstieg<br />
an cAMP; dieses bindet an CRP<br />
⇒ <strong>der</strong> cAMP-CRP-Komplex initiiert die Transkription
Katabolit-Aktivierung des lac-Operons<br />
Zustand bei Anwesenheit <strong>von</strong> Glucose, Fehlen <strong>von</strong> Lactose<br />
⇒ die maximale Transkription wird nur erreicht, wenn zum einen Lactose als<br />
Kohlenstoffquelle vorhanden ist (Aufheben <strong>der</strong> Bindung des lac-Repressors),<br />
zum an<strong>der</strong>en die Glucose-Vorräte aufgebraucht sind
Katabolit-Aktivierung des lac-Operons<br />
• ein Mangel an Glucose führt zu einem Anstieg an cAMP; dieses bindet an CRP<br />
(cAMP-Rezeptorprotein)<br />
• <strong>der</strong> cAMP-CRP-Komplex bindet oberhalb des lac-Promotors, wodurch <strong>der</strong><br />
Repressor seine Konformation än<strong>der</strong>t, abdiffundiert und die Bindungsstelle für<br />
die RNA-Polymerase freigibt
Regulation des trp-Operons<br />
Endprodukthemmung <strong>der</strong> Tryptophanbiosynthese:<br />
• vorhandenes Tryptophan bildet mit einem spezifisches Repressorprotein<br />
einen Komplex, <strong>der</strong> den trp-Promotor für die RNA-Polymerase blockiert<br />
• erst ein Mangel an Tryptophan führt zur Transkription des Operons
Regulation des trp-Operons<br />
Mechanismus <strong>der</strong> Induktion des trp-Promotors:<br />
• Substratanaloga verdrängen Tryptophan aus dem Komplex mit dem Repressor
Temperatur-Steuerung des pL-Promotors des λ-Phagen<br />
permissive<br />
Temperatur<br />
nicht-permissive<br />
Temperatur<br />
A) temperatursensitive Mutante des cI-Repressors ist nur bei 28 °C aktiv<br />
B) bei 42 °C wird cI-Repressor inaktiviert und gibt den Promotor frei<br />
⇒ Transkription kann durch die Temperatur <strong>der</strong> Bakterienkultur gesteuert werden
Steuerung <strong>der</strong> Transkription durch den T7-Promotor<br />
<strong>Prinzip</strong>:<br />
• Fremdgen steht unter Kontrolle des Promotors des Phagen T7<br />
• RNA-Polymerase <strong>von</strong> E. coli kann nicht an diesen Promotor binden<br />
• erst eine Infektion mit dem T7-Phagen führt zu einer Transkription<br />
⇒ die Transkription des Fremdgens läßt sich so zu 100% unterdrücken
Probleme bei <strong>der</strong> funktionellen Klonierung in E. coli<br />
• Gen muß unter die Kontrolle eines starken Promotors gestellt werden<br />
• die Transkription muß ebenfalls kontrolliert beendet werden<br />
• eine effiziente Translation muß sichergestellt sein<br />
‣ Einbinden des Gens in bakterielle Kontrollsequenzen<br />
• Bakterien neigen beson<strong>der</strong>s bei Überproduktion dazu, das<br />
synthetisierte Protein in Einschlußkörperchen abzulagern (dabei wird<br />
das Protein meist denaturiert)<br />
• zur Erleichterung <strong>der</strong> Reinigung ist es wünschenswert, eine Sekretion<br />
des Proteins zu gewährleisten<br />
‣ Einbau <strong>von</strong> Signalpeptiden
Intrazelluläre Produkt-Akkumulation vs. Sekretion<br />
oft irreversible Denaturierung<br />
keine Denaturierung, leichtere Reinigung
Fusionssysteme zur effizienten Produktreinigung<br />
<strong>Prinzip</strong>:<br />
• an das Fremdgen wird ein Gen für ein weiteres<br />
Protein angehängt (z. B. β-Galactosidase o<strong>der</strong><br />
Chloramphenicol-Acetyltransferase)<br />
• das Produkt wird über eine Affinitätssäule mit<br />
immobilisierten Antikörpern gegen das<br />
zusätzliche Protein aufgereinigt<br />
• anschließend wird das Fusionsprotein<br />
chemisch o<strong>der</strong> enzymatisch gespalten<br />
• analog: „his-tag“, hier wird ein Polyhistidin-<br />
Peptid angehängt und dieses über eine<br />
Metallchelataffinitätssäule gereinigt
Stabilisierung plasmidhaltiger Zellen<br />
Problem:<br />
• Plasmide stellen für Bakterienzellen<br />
zusätzliche DNA dar, die repliziert<br />
werden muß (Stoffwechselbelastung)<br />
• dies verschafft plasmidhaltigen<br />
Bakterien einen Selektionsnachteil<br />
gegenüber solchen ohne Plasmide<br />
• es besteht die Tendenz, die Plasmide<br />
und damit das Fremdgen abzustoßen<br />
• Lösung: Selektionsbedingungen müsse<br />
auch während <strong>der</strong> Fermentation<br />
aufrecht erhalten werden (z. B.<br />
Antibiotika- o<strong>der</strong> Auxotrophie-Marker)
Probleme bei <strong>der</strong> funktionellen Klonierung in E. coli<br />
• Prokaryonten können meist keine korrekte Faltung <strong>der</strong> Proteine zur<br />
Ausbildung <strong>von</strong> Disulfidbrücken gewährleisten (⇒ meist besser in Hefe)<br />
• Prokaryonten sind nicht in <strong>der</strong> Lage, posttranslationale Modifikationen<br />
durchzuführen, z. B. das Anhängen <strong>von</strong> Zuckerketten (⇒ meist besser in Hefe,<br />
oft dort aber geringfügig an<strong>der</strong>es Glykosylierungsmuster)<br />
• die Präferenz für bestimmte Codons für eine Aminosäure ist artspezifisch<br />
‣ Codon-Optimierung, oft durch Totalsynthese des Gens)<br />
• eine konstitutive Proteinsynthese führt zu einem langsameren Wachstum und<br />
damit zu einem Selektionsnachteil gegenüber nichttransformierten Bakterien<br />
• wünschenswert ist das gezielte Anschalten <strong>der</strong> Proteinsynthese in einer<br />
bestimmten Wachstumsphase<br />
‣ Einbau des Gens in regulierbare Operons
Der Begriff des „offenen Leserahmens“<br />
ORF (open reading frame)
Computersuche nach potentiellen Genen<br />
<strong>Prinzip</strong>:<br />
• ein Gen beginnt mit einem Startcodon und endet mit einem Stopcodon (5‘ → 3‘)<br />
• dazwischen muß ein hinreichend langer codieren<strong>der</strong> Abschnitt liegen<br />
• in einer bekannten DNA-Sequenz prüft <strong>der</strong> Computer alle 3 Leserahmen auf<br />
beiden DNA-Strängen (= 6 Möglichkeiten!) auf DNA-Abschnitte, die die
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> PCR (polymerase chain reaction)<br />
in Anwesenheit eines Primers ( mit freiem 3‘-OH-Ende)<br />
und Nucleotiden (dNTPs) verlängert eine (hitzestabile)<br />
DNA-Polymerase einzelsträngige DNA (ssDNA,<br />
“Matrize”) zum Doppelstrang (exponentieller Verlauf)
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> PCR (polymerase chain reaction))
Schematische Darstellung <strong>der</strong> PCR
Schematische Darstellung <strong>der</strong> PCR
Schematische Darstellung <strong>der</strong> PCR
Schematische Darstellung <strong>der</strong> PCR
Zunahme <strong>der</strong> verschiedenen PCR-Fragmente<br />
DNA-Matrize<br />
konstant<br />
„lange“ Fragmente<br />
lineare Zunahme<br />
„kurze“ Fragmente (Amplimere, PCR-Produkte)<br />
exponentielle<br />
Zunahme
Zunahme <strong>der</strong> verschiedenen PCR-Fragmente<br />
theoretische Zahl <strong>der</strong> Produkte jeweils am Ende des Zyklus<br />
1 2 3 4 5 30 n allgemein<br />
Matrize 2 2 2 2 2 2 2 x<br />
lange<br />
Fragmente<br />
2 4 6 8 10 60 2n xn<br />
Aplimere 0 2 8 22 52 ca. 2•10 9 2 n+1 - 2n - 2 x(2 n - n - 1)
Temperatur-Zeit-Profil <strong>der</strong> PCR<br />
• typischerweise<br />
finden 30 – 35<br />
Zyklen statt<br />
• theoretisch<br />
entstehen aus<br />
einem einzigen<br />
DNA-Molekül<br />
10 12 Kopien!<br />
• Zeitbedarf in<br />
etwa 2 – 3 h
<strong>Prinzip</strong>ieller Ablauf <strong>der</strong> PCR<br />
erhöhte Temperatur<br />
bedingt Stringenz <strong>der</strong><br />
Basenpaarung<br />
zwischen Matrize und<br />
Primern<br />
hitzestabile<br />
DNA-Polymerase<br />
aus Thermus aquaticus
<strong>Prinzip</strong>ieller Ablauf <strong>der</strong> PCR
Anfor<strong>der</strong>ungen an die Primer<br />
• keine Haarnadelstrukturen<br />
• keine Dimer-Bildung (we<strong>der</strong> mit sich selbst, noch mit dem 2. Primer)<br />
• möglichst keine “ungewöhnlichen” Basenabfolgen wie poly-A- o<strong>der</strong>
Anfor<strong>der</strong>ungen an die Primer<br />
• mindestens 17 Nukleotide lang (meist 17 – 28 nt)<br />
• ausgeglichener G/C- zu A/T-Gehalt<br />
• Schmelztemperatur zwischen 55 und 80 °C<br />
• möglichst gleiche Schmelztemperatur für beide Primer<br />
‣ heutzutage unterstützen Computerprogramme die Auswahl<br />
geeigneter Primer<br />
‣ Primer beliebiger Sequenz (bis ca. 30 nt) können bei Spezialfirmen<br />
bestellt werden
Auswahl geeigneter Primer<br />
• Beispiel: Amplifizierung des menschlichen α 1 -Globingens<br />
• flankierende Abschnitte müssen bekannt sein<br />
• auch möglich: Suche nach homologen Genen (Genfamilien) durch
Auswahl geeigneter Primer<br />
Primer mit 8 nt : (4 8 )<br />
bindet statistisch alle 65536 bp,<br />
d. h. 46000 mal im<br />
menschlichen<br />
Genom (300 000 000 bp)<br />
Primer mit 17 nt: (4 17 )<br />
bindet alle 17 179 869 184 bp,<br />
d. h. nur einmal im<br />
menschlichen Genom (falls<br />
Bindungsstelle vorhanden)
Einfluß <strong>der</strong> Temperatur auf die PCR<br />
⇒ geringe o<strong>der</strong> keine Reaktionsausbeute
Einfluß <strong>der</strong> Temperatur auf die PCR<br />
⇒ unspezifische Amplifikation „falscher“ DNA-Abschnitte
Einfluß <strong>der</strong> Temperatur auf die PCR<br />
⇒ Kompromiß zwischen Ausbeute und Stringenz<br />
technische Hilfsmittel: Computerberechnung <strong>der</strong> Schmelztemperatur<br />
Temperatur-Gradienten-Thermocycler
Berechnung <strong>der</strong> Schmelztemperatur<br />
grobe Abschätzung <strong>der</strong> Schmelztemperatur:<br />
T m ≈ (4 x [G+C] + 2 x [A+T]) °C<br />
Beispiel:
Vergleich <strong>der</strong> herkömmlichen mit <strong>der</strong> auf PCR<br />
basierenden Methode zur DNA-Sequenzierung
Probleme bei <strong>der</strong> PCR<br />
• in allererster Linie Kontamination, z. B. durch vorherige Proben!<br />
• daneben falsche Wahl <strong>der</strong> Annealing-Temperatur
Probleme bei <strong>der</strong> PCR<br />
• Ausbeute läßt mit zunehmen<strong>der</strong> Zahl <strong>der</strong> Zyklen nach<br />
(Verbrauch <strong>der</strong> Nukleotide, Denaturierung <strong>der</strong> Taq-Polymerase)
Klonieren <strong>von</strong> PCR-Produkten<br />
) Erzeugen <strong>von</strong> klebrigen Enden durch Primer mit Restriktionsschnittstellen<br />
(angehängt durch<br />
Taq-Polymerase)
Klonieren <strong>von</strong> PCR-Produkten<br />
b) Verwenden <strong>von</strong> Primern mit zusätzlicher Restriktionsschnittstelle<br />
am verlängerten 5‘-Ende
Problematik des Klonierens <strong>von</strong> PCR-Produkten<br />
• Taq-Polymerase besitzt relativ hohe Fehlerrate (1 nt pro 9000 nt)<br />
• nach 30 Zyklen liegt - statistisch verteilt - alle 300 bp ein Fehler vor
Problematik des Klonierens <strong>von</strong> PCR-Produkten<br />
• Fehler fallen bei direkter Sequenzierung <strong>der</strong> PCR-Produkte nicht ins<br />
Gewicht, da sie statistisch verteilt vorliegen<br />
⇒ bei <strong>der</strong> Klonierung wird jedoch jeweils ein einzelnes fehlerhaftes<br />
PCR-Produkt vermehrt!
Nested-PCR
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> RT-PCR<br />
RNA wird zunächst in cDNA umgeschrieben (durch Reverse<br />
Transkriptase o<strong>der</strong> Thermus thermophilus-Polymerase)
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> RT-PCR<br />
generell schlechtere Gesamteffizienz als normale PCR<br />
selbst unter optimalen Bedingungen werden nur ca. 10 – 30 %<br />
<strong>der</strong> RNA umgeschrieben
Reinigung <strong>von</strong> Einzelstrang-DNA
Reinigung <strong>von</strong> Einzelstrang-DNA
Typischer Verlauf <strong>der</strong> PCR<br />
Quantitative PCR<br />
theoretische Ausbeute: N = N 0 • 2 n<br />
in <strong>der</strong> Praxis: N = N 0 • (1 + E) n<br />
E (bei optimal eingestellter PCR): 0.8 – 0.9
Quantitative PCR<br />
zunächst verwendete Methoden<br />
a) limiting dilution<br />
• Referenzstandard bekannter Konzentration wird mehrfach<br />
verdünnt und amplifiziert<br />
• Grenzkonzentration, die ein nachweisbares Amplifikat ergibt<br />
• Probe: ebenfalls mehrfache Verdünnungen<br />
• nur semiquantitative Aussagen möglich<br />
b) Externe Eichkurve<br />
• z. B. HIV-Zellinien mit bekannter Anzahl proviraler Genome<br />
• fehlende interne Überwachung <strong>der</strong> Reaktion: bereits bei<br />
geringer Inhibition wird zu niedrige Konzentration ermittelt
Quantitative PCR<br />
Intern kontrollierte und standardisierte Amplifikationsreaktionen<br />
c) interner endogener Standard<br />
• Standard: endogene Sequenzen des Genoms (oft β-Globin-Gene)<br />
• Multiplex-PCR mit 2 Primerpaaren (eines für nachzuweisende DNA, eines<br />
für β-Globin-Gen-DNA)<br />
• Verhältnis <strong>der</strong> beiden Signale erlaubt Aussagen über Menge <strong>der</strong> zu<br />
bestimmenden DNA (Menge <strong>der</strong> β-Globin-Gene ist bekannt)<br />
• Erfassung <strong>von</strong> Inhibitoren möglich, solange diese nicht sequenzspezifisch<br />
sind und beide PCRs gleich beeinflussen
d) kompetitive (RT)-PCR<br />
Quantitative PCR<br />
• Zugabe eines artifiziellen klonierten Standards bekannter<br />
Konzentration<br />
• bindet diesselben Primer wie die eigentliche Zielsequenz (“Mimic-<br />
Fragment”, im Idealfall auch <strong>von</strong> ähnlicher Größe)
d) kompetitive (RT)-PCR<br />
Quantitative PCR<br />
• Zugabe <strong>von</strong> zunehmen<strong>der</strong> Menge an RNA-Mimic-Fragment zu<br />
Aliquots <strong>der</strong> Probe<br />
• Konkurrenz bei<strong>der</strong> Targets um die Primer bei <strong>der</strong> PCR
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Real-Time-PCR<br />
• erlaubt eine quantitative Echtzeitanalyse <strong>der</strong> PCR über die Messung<br />
<strong>von</strong> laserinduzierten Fluoreszenzsignalen<br />
•.neben den spezifischen Primern wird eine sequenzspezifische<br />
Hybridisierungssonde zugegeben, die am 3'-Ende mit einem<br />
Quencherfarbstoff und am 5'-Ende mit einem fluoreszierenden<br />
Reporterfarbstoff markiert ist<br />
•.die intakte Sonde fluoresziert nach Anregung nicht, da die Fluoreszenz-<br />
Emission des Reporterfarbstoffs durch die räumliche Nähe zu dem<br />
Quencherfarbstoff unterdrückt wird (Fluoreszenz-Energietransfer, FRET)
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Real-Time-PCR<br />
• während <strong>der</strong> PCR-Reaktion wird die hybridisierte DNA-Sonde durch die<br />
5'-3'-Exonuklease-Aktivität <strong>der</strong> Polymerase zerschnitten<br />
• dadurch wird die räumliche Nähe zwischen Reporter und Quencher<br />
unterbrochen, und <strong>der</strong> Reporterfarbstoff kann Fluoreszenzlicht emittieren
Quantitative Auswertung <strong>der</strong> Real-Time-PCR<br />
• die Hydrolyse <strong>der</strong> Sonde durch die 5'-3'-Exonuklease-Aktivität kann nur<br />
dann erfolgen, wenn es zu einer sequenzspezifischen Hybridisierung<br />
zwischen Sonde und Zielsequenz kommt<br />
• entsprechend <strong>der</strong> Amplifikation des spezifischen PCR-Fragmentes steigt<br />
das Fluoreszenzsignal an, dabei ist die Fluoreszenzzunahme dem<br />
Zuwachs an PCR-Amplifikat direkt proportional.<br />
Vorteile <strong>der</strong> Real-Time-PCR<br />
• verringerte Kontaminationsgefahr, das PCR-Amplifikat muss nicht mehr<br />
auf ein Agarosegel aufgetragen werden (Vermeidung <strong>von</strong> "carry-over")<br />
•die Integration <strong>der</strong> Bestätigungsreaktion im PCR-Lauf<br />
(fluoreszenzmarkierte Hybridisierungssonden).
Ermitteln des CT-Werts<br />
CT-Wert ("threshold cycle"):<br />
• entspricht <strong>der</strong> Zyklenzahl, bei <strong>der</strong> zum ersten Mal ein Anstieg <strong>der</strong><br />
Reporter-Fluoreszenz über das Grundrauschen ermittelt wird
Standard-Reihe mit bekannten DNA-Mengen
Real-Time-PCR: Erstellen einer Standardkurve
‣ eindeutige, gesicherte Aussage (Konsequenzen für Patienten!)<br />
Einsatz <strong>der</strong> PCR in <strong>der</strong> klinischen Diagnostik<br />
Schwerpunkt: Erregernachweis ohne vorherige Kultivierung<br />
a) Viren<br />
• Beispiele: HIV, HBV, HCV (Hepatitis C-Virus), CMV<br />
(Cytomegalie-Virus)<br />
• Kultivierung ist aufwendig (z. T. Labor gemäß BSL 3*)<br />
b) Bakterien<br />
• Beispiele: Chlamydia, Mycobacterium, Neisseria‚ Salmonella<br />
• Kultivierung ist oft sehr langwierig<br />
wichtige Parameter:<br />
‣ ausreichende Spezifität (cave falsch positive Ergebnisse)<br />
‣ hohe, aber klinisch relevante Sensitivität (z. T. 20 Genome pro mL)
Repetitive Sequenzen im Genom des Menschen<br />
a) (Makro-)Satelliten-DNA<br />
• bestehen aus sehr langen Sequenzen <strong>von</strong> 100en bis 1000en <strong>von</strong> bp<br />
• ihrerseits tandemartig wie<strong>der</strong>holt (bis mehrere 100000 bp lang)<br />
b) Minisatelliten<br />
• Länge zwischen 100 und 15000 bp, wobei jeweils 15 - 100 bp<br />
tandemartig wie<strong>der</strong>holt werden<br />
• Anzahl <strong>der</strong> wie<strong>der</strong>holten Sequenzen ist sehr variabel<br />
• bilden Polymorphismen (VNTR = variable number of tandem repeats)<br />
• oft herangezogen zum Erstellen eines genetischen Fingerabdrucks
Repetitive Sequenzen im Genom des Menschen<br />
c) Mikrosatelliten<br />
• ebenfalls tandemartig wie<strong>der</strong>holten Sequenzen, aber nur 2 -6 bp lang<br />
• machen insgesamt etwa 0,5% des Genoms aus<br />
• innerhalb einer Population hochpolymorph, d.h. praktisch jedes<br />
Individuum ist an diesen Orten heterozygot<br />
• bilden STRPs (short tandem repeat polymorphisms)<br />
• oft Ursache <strong>von</strong> Erbkrankheiten (Chorea Huntington, Muskeldystrophie)<br />
• diagnostisch wichtig<br />
• ebenfalls oft herangezogen für Vaterschaftstests
Einsatz <strong>der</strong> PCR zum Nachweis <strong>von</strong> genetischen Defekten<br />
Längenvariante Mutationen bei Chorea Huntington:<br />
• ursächliche Mutation: Expansion eines Trinucleotid-Repeats (CAG)<br />
im betroffenen HD-Allel (IT15-Gen)<br />
• normales Allel zeigt ebenfalls Längenpolymorphismus (bis zu 32<br />
Wie<strong>der</strong>holungen)<br />
• positiver Befund erst ab 36 CAGs<br />
Vererbung erfolgt autosomal dominant: immer zweites, gesundes Allel<br />
vorhanden
Einsatz <strong>der</strong> PCR zum Nachweis <strong>von</strong> genetischen Defekten
Einsatz <strong>der</strong> PCR zum Nachweis <strong>von</strong> genetischen Defekten<br />
1 2 3 4 5<br />
PCR-Amplifikation durch spezifische Primer, die<br />
den CAG-Repeat flankieren<br />
2) betroffene Frau (n = 55)<br />
präsymptomatische Kin<strong>der</strong>:<br />
3) erste Tochter: Reduktion (n = 51)<br />
4) Sohn: ebenfalls n = 55<br />
5) zweite Tochter: weitere Expansion (n = 59)<br />
1) Vater: homozygot (n = 19)<br />
1 2 3 4 5
<strong>Prinzip</strong> des genetischen Fingerabdrucks<br />
STR (short tandem repeats) im TPOX-Genlocus:<br />
Allel1: AATGAATGAATGAATGAATGAATG<br />
Allel2: AATGAATGAATGAATGAATGAATGAATG<br />
Bei Allel1 ist also die Folge "AATG" 6x wie<strong>der</strong>holt, bei Allel2 7x.<br />
Dies wird dann in einem genetischen Fingerabdruck<br />
folgen<strong>der</strong>maßen festgehalten:<br />
Locus Allel1 Allel2<br />
TPOX 6 7
Statistische Grundlagen des genetischen Fingerabdrucks<br />
Fiktives Beispiel:<br />
Angenommen, an jedem Genort gäbe es 10 mögliche Wie<strong>der</strong>holungen.<br />
Dann wäre die Chance, dass 2 Personen den gleichen genetischen<br />
Fingerabdruck haben:<br />
- bei 1 Genort 1:10<br />
- bei 2 Genorten 1:100<br />
- bei 16 Genorten 1:10.000.000.000.000.000<br />
- bei 17 Genorten 1:100.000.000.000.000.000<br />
Die Sicherheit potentiert sich also mit jedem hinzugekommenen Genort!<br />
Beispiel für tatsächlich herangezogene humane Genloci:<br />
D3S1358, vWA, D16S539, D2S1338, D8S1179, D21S11, D18S51,<br />
D19S433, TH01, D5S818, D13S317, D7S820, TPOX, CSF1PO<br />
und FGA
Durchführung des genetischen Fingerabdrucks<br />
in <strong>der</strong> Forensik<br />
Sicherstellen <strong>von</strong> DNA-Proben vom Tatort<br />
• geeignet sind grundsätzlich alle zellhaltigen Proben, z. B. Blut- und<br />
Sekretspuren, Haarwurzeln o<strong>der</strong> Hautschuppen<br />
• typische Spuren <strong>von</strong> Tatorten sind z.B. gerauchte Zigarettenfilter, benutzte<br />
Taschentücher, Kleidungsstücke mit Haaren, Sekretflecken o<strong>der</strong><br />
Hautabrieb<br />
molekularbiologischer Vergleich <strong>der</strong> DNA<br />
• Entnahme einer DNA-Probe des Verdächtigen (z. B. gezielt o<strong>der</strong> durch<br />
Reihenuntersuchung, DNA-Datei des BKA)<br />
• Amplifikation mit PCR und Detektion mittels Gelelektrophorese
<strong>Prinzip</strong> des genetischen Vaterschaftsnachweises<br />
•die Wie<strong>der</strong>holungsanzahlen <strong>der</strong> STR-Loci werden vererbt<br />
• ein Kind trägt an jedem STR-Genort eine Wie<strong>der</strong>holungsanzahl <strong>der</strong> Mutter<br />
und eine des Vaters<br />
M V K1 K2 K3 K4
Beispiel für Vaterschaftstest<br />
Gelelektrophorese nach PCR-Amplifikation <strong>von</strong> STRs<br />
• DNA <strong>der</strong> Mutter (M), des Kindes (K) und <strong>von</strong> zwei zu<br />
testenden Männern (V1 und V2)<br />
markiert: entscheidende Banden<br />
• V1 besitzt gemeinsame Banden mit dem Kind, aber<br />
nicht mit <strong>der</strong> Mutter, V2 dagegen nicht<br />
• die Vaterschaft <strong>von</strong> V1 ist somit nachgewiesen,<br />
V2 scheidet dagegen als Vater aus
Identifizierung <strong>von</strong> Mitglie<strong>der</strong>n einer Genfamilie<br />
• <strong>Prinzip</strong>: homologe Proteine besitzen konservierte Bereiche und damit<br />
ähnliche Genabschnitte
Identifizierung <strong>von</strong> Mitglie<strong>der</strong>n einer Genfamilie<br />
mit degenerierten Primern werden solche ähnlichen Abschnitte amplifiziert<br />
erhaltene Fragmente werden kloniert und sequenziert und können Hinweise<br />
auf bisher unbekannte Mitglie<strong>der</strong> <strong>von</strong> Genfamilien liefern
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Immuno-PCR
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Immuno-PCR
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Immuno-PCR<br />
• kurze DNA-Abschnitte sind an monoklonale Antikörper gebunden<br />
• Bindung des MAK kann durch PCR nachgewiesen werden<br />
Vorteil: weitere Empfindlichkeitssteigerung des ELISA<br />
• Nachweisgrenze:<br />
ELISA ca. 10 -18 mol<br />
Immuno-PCR: ca. 500 Proteinmoleküle
Random amplified polymorphic DNA analysis<br />
• wichtiges Verfahren <strong>der</strong> Phylogenetik<br />
• <strong>Prinzip</strong>: Einsatz kurzer Zufallsprimer<br />
liefert Gemisch verschiedener<br />
PCR-Amplifikationsprodukte<br />
• erhaltenes Bandenmuster spiegelt<br />
Struktur <strong>der</strong> Gesamt-DNA wi<strong>der</strong><br />
• je näher zwei Organismen verwandt<br />
sind, desto ähnlicher ist ihr Bandenmuster<br />
• mit Hilfe dieses Verfahrens wurde nachgewiesen, daß ein Klon des<br />
Hallimasch (Armillaria bulbosa) eines <strong>der</strong> größten und ältesten<br />
Lebewesen <strong>der</strong> Erde ist
Biosynthese des Insulins<br />
• Synthese erfolgt zelltypspezifisch in den B-Zellen <strong>der</strong> Langerhans‘<br />
schen Inseln im Pankreas
Biosynthese des Insulins<br />
⇒ Insuline werden nur <strong>von</strong> einem Gen codiert !<br />
• Insuline werden zunächst als Vorläufermoleküle mit nur einer Kette<br />
synthetisiert (Prä-Proinsulin)
Biosynthese des Insulins<br />
• Signalpeptid ist verantwortlich für Ausschleusen aus dem ER<br />
• Abspaltung des Signalpeptids bei Membrandurchtritt ergibt Proinsulin
Biosynthese des Insulins<br />
• C-Peptid ist verantwortlich für optimale Faltung zur korrekten<br />
Ausbildung <strong>der</strong> Disulfidbrücken (2 x intramolekular, 1 x intermolekular)
equenzvergleich zwischen Insulinen verschiedener Spezies
equenzvergleich zwischen Insulinen verschiedener Spezies
Humanisierung <strong>von</strong> Schweine-Insulin<br />
Abspaltung <strong>der</strong> terminalen<br />
Aminosäure in <strong>der</strong> B-Kette<br />
mit Trypsin<br />
• wasserfreies Medium: Einbau <strong>von</strong> Threonin anstelle <strong>von</strong> Wasser<br />
• Reaktionsbedingungen genau eingestellt, um Spaltung hinter
Insulinbedarf<br />
ein Diabetiker „braucht“<br />
50 Schweine im Jahr<br />
Jahresbedarf weltweit<br />
5 - 6 t pro Jahr<br />
Fa. Hoechst verarbeitete täglich<br />
11 t Schweinebauchspeicheldrüsen<br />
(aus 100.000 Schlachttieren)<br />
technisch machbar, aber nicht<br />
ausreichend, um Weltbedarf an<br />
Insulin zu decken
Übersicht über gentechnisch hergestellte Insuline<br />
Wirkstoff Präparat Hersteller Organismus<br />
Humaninsulin<br />
Berlininsulin ® Berlin-Chemie E. coli<br />
Huminsulin ® Lilly E. coli<br />
Insulin Actrapid ® Novo Nordisk S. cerevisiae<br />
Insuman ® Aventis E. coli<br />
Insulin lispro Humalog 100 ® /<br />
Liprolog ® Lilly E. coli<br />
Insulin aspart NovoRapid ® Novo Nordisk S. cerevisiae<br />
Insulin glargin Lantus ® Aventis E. coli
Insulinsynthese in zwei Bakterienstämmen<br />
• A- und -B-Ketten werden in zwei unterschiedlichen E. coli-Stämmen<br />
synthetisiert<br />
• jede Kette erhält zusätzliches Methionin am N-terminalen Ende (Start<br />
<strong>der</strong> Transkription!), das mit CNBr abgespalten werden muß
Insulinsynthese in zwei Bakterienstämmen<br />
• Kombination <strong>der</strong> Ketten nach oxidativer Sulfitolyse<br />
• oxidative Verknüpfung durch Ausbildung <strong>der</strong> Disulfidbrücken<br />
⇒ nur geringe Ausbeute möglich
Gewinnung <strong>von</strong> Einketten-Insulin<br />
• C-Peptid im Vektor<br />
enthalten<br />
⇒ Kopie <strong>der</strong> natürlichen<br />
Insulinbiosynthese:<br />
zunächst wird Pro-Insulin<br />
(-analogon) gebildet
Gewinnung <strong>von</strong> Einketten-Insulin<br />
• das C-Peptid för<strong>der</strong>t die<br />
korrekte Ausbildung <strong>der</strong><br />
Disulfidbrücken<br />
⇒ oxidative Sulfitolyse<br />
verläuft mit wesentlich<br />
höherer Ausbeute
Gewinnung <strong>von</strong> Einketten-Insulin<br />
• Abspaltung des C-Peptid<br />
mit Trypsin und<br />
Carboxypeptidase B<br />
⇒ Prozeß verläuft ähnlich<br />
<strong>der</strong> Humanisierung <strong>von</strong><br />
Schweineinsulin
Insulingewinnung aus Bäckerhefe<br />
• „Mini-Proinsulin“:<br />
C-Peptid auf drei<br />
Aminosäuren<br />
verkürzt<br />
• ausreichend für<br />
korrekte Faltung
Insulingewinnung aus Bäckerhefe<br />
• Abspaltung des<br />
„C-Peptids“ ist<br />
analog zur<br />
Humanisierung <strong>von</strong><br />
Schweine-Insulin
Insulin lispro: Das erste zugelassene Insulin-Mutein<br />
• Insulin lispro: Reihenfolge Pro B28 , Lys B29 ist vertauscht<br />
⇒ Tendenz zur Hexamerbildung ca. 300fach verringert
Insulin lispro: Das erste zugelassene Insulin-Mutein<br />
• deutlich schneller bioverfügbar als Humaninsulin<br />
• bessere Steuerbarkeit des Blutglucose-Spiegels<br />
• kein postprandialer Glucose-Anstieg<br />
• kein postprandialer Glucose-Abfall (nach Insulin-Gabe)
Insulin aspart, ein weiteres schnell wirksames Insulin<br />
• Insulin aspart: Pro B 28 ist durch Asp ersetzt<br />
• Wirkung / Pharmakokinetik ähnlich wie die <strong>von</strong> Insulin lispro
Insulin glargin, ein langwirksames Insulinanalogon<br />
Insulin glargin: die B-Kette ist am Carboxylende um zwei Arginine verlängert<br />
Asparagin in Position 21 <strong>der</strong> A-Kette durch Glycin ersetzt
Insulin glargin, ein langwirksames Insulinanalogon<br />
⇒ verzögerter Wirkungseintritt<br />
• im physiologischen pH-Bereich (pH = 7.4) schwer löslich<br />
• in schwach saurer Lösung (pH = 4) vollständig löslich<br />
• präzipitiert nach Injektion in das Subkutangewebe<br />
• bildet stabilisierte Hexamer-Assoziate
Übersicht über pflanzenspezifische in vitro-Techniken
Samenkeimung in vitro<br />
praktische Anwendung: Vermehrung und Züchtung <strong>von</strong> Orchideen<br />
nährstoffarme Samen keimen in <strong>der</strong> Natur nur in Gegenwart <strong>von</strong> Pilzen
Samenkeimung in vitro<br />
• oberflächensterilisierte Samen bilden auf Nährmedium Protokorm<br />
• sich entwickelnde Pflanzen werden auf geeignetes Substrat pikiert
Samenkeimung in vitro<br />
• weitere Entwicklung erfolgt im Gewächshaus<br />
• auch verwendet für Neuzüchtung sowie den Erhalt und die Vermehrung
Embryokultur<br />
efinition: Aufzucht eines aus Samen isolierten Embryos<br />
nwendung:<br />
üchtung <strong>von</strong> Getreidearten (evtl. komplette Samenanlage entnehmen)<br />
rechen <strong>der</strong> Samenruhe bei Holzgewächsen<br />
Embryorettung”: nicht entwicklungsfähige Samen (aus Kreuzungsxperimenten)<br />
werden auf geeigneten Nährmedien zur Weiterdifferenzierung<br />
ngeregt (Triticale-Arten)<br />
mmen-Endosperm-Technik: Hybridembryo wird freipräpariert und in<br />
normalen” Samen übertragen
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Embryokultur<br />
Haploidenkultur<br />
• Haploide: Sporophyten mit <strong>der</strong><br />
Chromosomenzahl des<br />
Gametophyten<br />
• haploide Zellen entstehen durch<br />
Meiose: Zellen des Embryosacks<br />
(Megagametophyt) bzw. des<br />
Pollens (Mikrogametophyt)<br />
• haploide Pflanzen können<br />
entwe<strong>der</strong> durch Gymnogenese<br />
o<strong>der</strong> – bevorzugt – durch<br />
Androgenese gewonnen werden
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Embryokultur<br />
Antherenkultur<br />
• aus Pollenkörnern <strong>der</strong> isolierten<br />
Antheren entsteht haploi<strong>der</strong><br />
Kallus, <strong>der</strong> zu haploiden<br />
Pflanzen regeneriert werden<br />
kann<br />
• diese können nach künstlicher<br />
Diploidisierung durch Colchicin<br />
zu Kreuzungsexperimenten<br />
genutzt werden
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Embryokultur<br />
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Mikrosporenkultur<br />
• nicht-haploide Zellen <strong>der</strong> Antherenw<br />
können Kallus bilden, aus dem<br />
sich intakte Pflanzen bilden können<br />
• wird verhin<strong>der</strong>t, wenn nicht die<br />
gesamten Antheren, son<strong>der</strong>n nur die<br />
Mikrosporen kultiviert werden<br />
• Vorteil: es wird verhin<strong>der</strong>t, daß die<br />
durch Androgenese entstandenen<br />
Pflänzchen überwuchert werden
Meristemkultur<br />
Meristeme:<br />
teilungsaktive Bildungsgewebe<br />
• können aus <strong>der</strong> Pflanze entnomme<br />
werden und in vitro kultiviert werde<br />
• häufig werden Blattprimordien<br />
verwendet (Meristem wird durch<br />
umliegende Zellen geschützt)
Meristemkultur<br />
• angewendet z. B. bei Digitalis lanata und Baptisia tinctoria<br />
• gut geeignet, um virenfreie Pflanzen zu erhalten (z. B. Erdbeere, Banane)
ikropropagation durch Adventivbildungen an Explantaten<br />
• Adventivbildung: Organentwicklun<br />
aus nicht-meristematischen<br />
Geweben<br />
⇒ bereits ausdifferenzierte,<br />
spezialisierte Zellen werden<br />
wie<strong>der</strong> meristematisch<br />
• manchmal über Bildung <strong>von</strong> Kallu<br />
als Zwischenstadium
ikropropagation durch Adventivbildungen an Explantaten<br />
• Sproßbildung kann z. B. durch<br />
Phytohormongabe induziert<br />
werden<br />
• Methode <strong>der</strong> Wahl bei Geranien,<br />
Petunien, Usambara-Veilchen,<br />
bestimmten Vertretern <strong>der</strong><br />
Liliopsida
Kallusinduktion und Organogenese<br />
Kallus: bildet sich an Wundflächen nach Auslegen auf feste Nährmedien<br />
Primärkallus kann entfernt und unabhängig kultiviert werden<br />
durch Subkultivierung lassen sich gezielt Zellinien gewinnen
Kallusinduktion und Organogenese<br />
• junger Kallus kann durch Phytohormone zu Organogenese o<strong>der</strong> Embryoidbildung<br />
angeregt werden, somit können intakte Pflanzen gewonnen werden<br />
• nach einer gewissen Zeit tritt Habituierung ein (Kalluszellen werden<br />
unabhängig <strong>von</strong> Wachstumsfaktoren, lassen sich aber auch nicht mehr<br />
regenerieren)
Kallusinduktion und Organogenese<br />
nogenese:<br />
rch Phytohormongabe kann man Bildung <strong>von</strong> Sprossen o<strong>der</strong> Wurzeln induzie<br />
minieren Cytokinine, wird Sproßbildung geför<strong>der</strong>t<br />
minieren Auxine, wird Wurzelbildung geför<strong>der</strong>t<br />
Adventivsprossen können Wurzeln induziert werden (aber nicht umgekehrt)
Bildung <strong>von</strong> Ruta-Alkaloiden in Kalluskulturen<br />
lluskulturen entwickeln meist bereits nach kurzer Zeit ihr eigenes<br />
kundärstoffmuster, unabhängig <strong>von</strong> ihrer Herkunft
generierte Pflanzen zeigen meist wie<strong>der</strong> das urspüngliche Verteilungsmuste<br />
Bildung <strong>von</strong> Ruta-Alkaloiden in Kalluskulturen<br />
rund: z. B. Verlust <strong>von</strong> Zelldifferenzierung, Verlust <strong>von</strong> Speicherorganen
Somaklonale Variation<br />
ährend <strong>der</strong> Kultivierung verän<strong>der</strong>n sich Pflanzenzellen in vielfältiger Weise<br />
rhöhte Mutationsrate durch hohe Zellteilungsraten und geringen Selektionsdr<br />
erden Verän<strong>der</strong>ungen stabil weitergegeben, so liegen Mutanten vor
Protoplastenisolierung und Elektrofusion<br />
rotoplasten: Gesamtheit aller Zellbestandteile mit Ausnahme <strong>der</strong> Zellwand<br />
ewinnung: Abbau <strong>der</strong> Zellwand mit Hilfe <strong>von</strong> Cellulasen, Hemicellulasen<br />
nd Pektinasen
Protoplastenisolierung und Elektrofusion<br />
• Protoplastenfusion kann chemisch o<strong>der</strong> elektrisch induziert werden<br />
• zunächst bildet sich ein Heterokaryon, anschließend ein Hybrid
Selektion <strong>von</strong> Zellinien<br />
• Metastabile Zellkultur: Zellsuspension<br />
stellt eine Mischpopulation<br />
aus besser und<br />
schlechter produzierenden<br />
Zellen dar<br />
• Selektion ist möglich durch<br />
- (wie<strong>der</strong>holte) Zellaggregat<br />
klonierung<br />
- Einzelzellklonierung<br />
- Protoplastenklonierung
Gewinnung <strong>von</strong> Protoberberin-Alkaloiden<br />
durch Suspensionskultur<br />
allusstücke werden in Erlenmeyerkolben überführt und unter Schütteln kultiv<br />
ubkultivierung erfolgt alle 7 bis 14 Tage
Gewinnung <strong>von</strong> Protoberberin-Alkaloiden<br />
durch Suspensionskultur<br />
• Upscaling möglich bis > 1000 L (meist Rührkesselreaktor)<br />
• auch möglich: Wurzelkulturen (z. B. bei <strong>der</strong> Gewinnung <strong>von</strong> Forskolin)
Produktivitäten einiger Pflanzenzell- und Gewebekulturen
ispiele für Naturstoffakkumulation in pflanzlichen Zellkultur
Beispiele für antineoplastische Naturstoffe,<br />
die <strong>von</strong> pflanzlichen Zellkulturen produziert werden
Beispiele für Terpenoide, die <strong>von</strong> pflanzlichen Zellkulturen<br />
produziert werden
Beispiele für Terpenoide, die <strong>von</strong> pflanzlichen Zellkulturen<br />
produziert werden
Beispiele für Alkaloide, die <strong>von</strong> pflanzlichen<br />
Zellkulturen produziert werden
Beispiele für Alkaloide, die <strong>von</strong> pflanzlichen<br />
Zellkulturen produziert werden
Beispiele für weitere Naturstoffe, die <strong>von</strong> pflanzlichen<br />
Zellkulturen produziert werden<br />
⊕ Shikonin: erstes kommerzielles Produktionsverfahren<br />
mit pflanzlichen Zellkulturen (in Japan eingesetzt in<br />
Kosmetika und zur Textilfärbung)<br />
• aus den Wurzeln <strong>von</strong> Lithospermum erythrorhizon<br />
• Anbau <strong>der</strong> Pflanze ist nicht wirtschaftlich<br />
• Produktivität <strong>der</strong> Zellkultur liegt bei 1500 mg Shikonin<br />
pro L und Tag<br />
• Marktwert ca. 3500 € / kg
Beispiele für weitere Naturstoffe, die <strong>von</strong> pflanzlichen<br />
Zellkulturen produziert werden<br />
⊕ Purpurin: Anthranoid vom Alizarin-Typ<br />
• eingesetzt in <strong>der</strong> Farbstoffindustrie
Beispiele für Biotransformationen phenolischer<br />
Verbindungen durch pflanzliche Zellkulturen<br />
rbutin: hemmt Melaninsynthese, eingesetzt in depigmentierenden Hautcreme<br />
ird bisher synthetisch gewonnen<br />
auvolfia-Zellkultur bildet 18 g/L aus zugegebenem Hydrochinon<br />
Zukunft konkurrenzfähig ?
ispiele für Biokonversionen durch pflanzliche Zellkulturen<br />
⊕ Nootkaton: Grapefruitaroma<br />
⊕ Steviol: Aglykon des Steviosids<br />
300 mal süßer als Glucose<br />
Produktion in Japan ca. 200 t<br />
pro Jahr<br />
⊕ Steroide: ungewöhnliche Posit<br />
für Hydroxylierungen durch<br />
Zellkultur
Die Wurzelhalsgallenkrankheit:<br />
Basis für die <strong>Herstellung</strong> transgener Pflanzen
Die Wurzelhalsgallenkrankheit:<br />
Basis für die <strong>Herstellung</strong> transgener Pflanzen<br />
•Auslöser:Agrobacterium tumefaciens<br />
• Bodenbakterium, das hauptsächlich Dikotyledonen befällt<br />
• genetische Basis: Ti-Plasmid
Struktur und Funktion <strong>von</strong> Opinen<br />
pine: Kondensationsprodukte aus Aminosäuren und Ketosäuren bzw. Zucker<br />
werden nach Transfer <strong>der</strong> T-DNA <strong>von</strong> den befallenen Pflanzen produziert<br />
dienen Agrobacterium tumefaciens als Kohlenstoff- und Stickstoffquelle<br />
können <strong>von</strong> an<strong>der</strong>en Bodenbakterien nicht genutzt werden
Genkarte des Ti-Plasmids
Linearisierung des Ti-Plasmids beim T-DNA-Transfer
Gentransfer in Höhere Pflanzen in <strong>der</strong> Natur
Gentransfer in Höhere Pflanzen in <strong>der</strong> Natur
Funktionen des Ti-Plasmids
Funktionen des Ti-Plasmids
Funktionen des Ti-Plasmids
Vom Ti-Plasmid abgeleitete Vektorsysteme:<br />
Zwei-Vektor-Verfahren
Vom Ti-Plasmid abgeleitete Vektorsysteme:<br />
<strong>der</strong> binäre Ti-Vektor pBin19
Cointegrationsverfahren
<strong>Prinzip</strong> des Gentransfers in Höhere Pflanzen
<strong>Prinzip</strong> des Gentransfers in Höhere Pflanzen
<strong>Prinzip</strong> des Gentransfers in Höhere Pflanzen
Vektorfreie Genübertragung
Vektorfreie Genübertragung<br />
Biolistik (Gene Gun ® )
Direkte Genübertragung
Direkte Genübertragung
Inaktivierung <strong>von</strong> Genen durch Antisense-Inhibition<br />
• <strong>Prinzip</strong>: Ziel-Gen wird „falsch<br />
herum“ in einen Vektor zwisc<br />
Promotor und Teminator<br />
eingebaut<br />
• Transkription des Antisense-<br />
Gens führt zur Bildung <strong>von</strong><br />
Antisense-RNA<br />
• Translation <strong>der</strong> Ziel-mRNA w<br />
verringert (meist nicht vollstän<br />
unterdrückt)
Vermuteter Mechanismus <strong>der</strong> Antisense-Inhibition<br />
• Sense- und Antisense-mRNA<br />
sind komplementär zueinande<br />
• es kommt zur Ausbildung eine<br />
Doppelstranges<br />
• Expression <strong>der</strong> mRNA wird<br />
blockiert (vermehrter Abbau d<br />
Nucleasen o<strong>der</strong> Verhin<strong>der</strong>n de<br />
Anlagerns an das Ribosom?)
Antimatsch-Tomaten“ als erste kommerzielle Anwendung<br />
<strong>Prinzip</strong>: Einbau eines Antisense-Gens für Polygalacturonidase
Antimatsch-Tomaten“ als erste kommerzielle Anwendung<br />
Zeitverlauf <strong>der</strong> Polygalacturonidase-Spiegel
Verzögerung <strong>von</strong> Reifeprozessen durch<br />
Hemmung <strong>der</strong> Ethylen-Produktion
Verzögerung <strong>von</strong> Reifeprozessen durch<br />
Hemmung <strong>der</strong> Ethylen-Produktion
Verzögerung <strong>von</strong> Reifeprozessen durch<br />
Hemmung <strong>der</strong> Ethylen-Produktion
Wirkungsweise <strong>der</strong> δ-Endotoxine<br />
δ-Endotoxine: potente insektizide<br />
Proteine aus Bacillus thuringensis
Expression natürlicher Insektizide
Expression natürlicher Insektizide
Positionseffekt<br />
Die Stärke <strong>der</strong> Expression hängt ab vom zufälligen Ort des Einbaus<br />
in das Chromosom
Genehmigte Freisetzungen in Deutschland
Übersicht über Freisetzungen gentechnisch<br />
verän<strong>der</strong>ter Pflanzen in Deutschland
Übersicht über Freisetzungen gentechnisch<br />
verän<strong>der</strong>ter Pflanzen in Deutschland
Inaktivierung <strong>von</strong> Herbiziden durch Biotransformation<br />
<strong>Prinzip</strong>: <strong>der</strong> Pflanze wird ein bestimmtes Enzym zur Modifikation des<br />
Herbizids übertragen<br />
⇒ Pflanze wird dadurch unempfindlich gegenüber dem Herbizid
Inaktivierung <strong>von</strong> Herbiziden durch Biotransformation<br />
<strong>Prinzip</strong>: <strong>der</strong> Pflanze wird ein bestimmtes Enzym zur Modifikation des<br />
Herbizids übertragen<br />
⇒ Pflanze wird dadurch unempfindlich gegenüber dem Herbizid
Weitere Ansätze zur gentechnischen Verän<strong>der</strong>ung<br />
<strong>von</strong> Nutzpflanzen: Än<strong>der</strong>ung des Nährwertes<br />
Antisense-Inhibition <strong>der</strong><br />
earyl-ACP-Desaturase in Raps<br />
Verän<strong>der</strong>ung des Fettsäuremusters
Weitere Ansätze zur gentechnischen Verän<strong>der</strong>ung<br />
<strong>von</strong> Nutzpflanzen: Än<strong>der</strong>ung des Nährwertes<br />
Expression einer bakteriellen ADP-Glucose-Pyrophosphatase in Kartoffeln
Überexpression <strong>der</strong> Hyoscyamin-6β-Hydroxylase<br />
in Atropa belladonna
Erzeugung männlicher Sterilität
icherheitsaspekte: Elimination <strong>von</strong> selektierbaren Markern<br />
roblem: keine sicheren Aussagen möglich über die Auswirkungen <strong>der</strong><br />
reisetzung <strong>von</strong> bakteriellen Resistenzgenen z. B. auf das Ökosystem<br />
<strong>der</strong> die menschliche Darmflora<br />
Entfernen durch Cre-Enzym des Bakteriophagen P1<br />
katalysiertRekombinationsvorgang, bei dem DNA-Fragmente zwischen zwei
icherheitsaspekte: Elimination <strong>von</strong> selektierbaren Markern<br />
Transformation mit zwei Klonierungsvektoren:<br />
- 1. Vektor mit Ziel-Gen sowie selektierbarem Marker<br />
(eingerahmt <strong>von</strong> Cre-Erkennungssequenzen)<br />
- 2. Vektor mit Cre-Gen<br />
nach Transformation schneidet das Cre-Enzym das Resistenzgen aus
Struktur <strong>von</strong> Antikörpern<br />
Antikörper<br />
• bestehen aus je zwei identischen leichten<br />
und zwei schweren , über Disulfidbrücken verknüpften Protein-Ketten
Struktur <strong>von</strong> Antikörpern<br />
Antikörper<br />
• schwere Kette: entscheidet über Subtyp (IgA, IgD, IgG, IgE, IgM)<br />
• CDR: drei hypervariable Bereiche bilden die Antigenbindungsstelle
Struktur <strong>von</strong> Antikörpern<br />
Antikörper<br />
• enthalten zwischen 3 und 13 % Zuckeranteile<br />
• werden <strong>von</strong> aktivierten B-Lymphozyten (Plasmazellen) gebildet
Spaltung <strong>von</strong> Antikörpern mit Papain und Pepsin
3D-Struktur <strong>von</strong> Antikörpern
Struktur <strong>der</strong> Antikörper-Subklassen
Eigenschaften <strong>der</strong> Antikörper-Subklassen
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
• Antikörper sind sich strukturell sehr ähnlich<br />
•dieIsolierung einzelner Antikörper aus Ig-Fraktionen des<br />
Serums ist technisch unmöglich<br />
• je<strong>der</strong> B-Zell-Lymphozyt produziert nur genau eine Sorte <strong>von</strong> AK<br />
• einzelne Zellen müßten kloniert werden<br />
• Problem: B-Zellen besitzen in vitro nur eine kurze Lebensdauer<br />
• Lösung: Fusionierung <strong>von</strong> Antikörper-produzierenden B-Zellen<br />
mit „unsterblichen“ Myeloma-Zellen
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
1 2<br />
3<br />
4<br />
1 2 3 4<br />
2 3<br />
1<br />
4
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
1<br />
2 3 4<br />
1 2 3 4<br />
2 3<br />
1<br />
4
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
1<br />
1<br />
1<br />
1<br />
2<br />
2<br />
3<br />
2 3<br />
3<br />
2<br />
3<br />
4<br />
4<br />
4<br />
4
Ablauf <strong>der</strong> <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
1) Immunisierung <strong>von</strong> Mäusen mit Antigen<br />
• mehrmalige Infusion führt zu besserer Produktion <strong>von</strong> Antikörpern<br />
• Haptene (< 10 kDa) werden durch Kopplung an hochmolekulare<br />
Träger zu Antigenen<br />
2) Kultivierung einer Maus-Myeloma-Zellinie (B-Zell-Linie)<br />
• produziert selbst keine Antikörper<br />
• gezielter Einbau eines Enzymdefekts für spätere Selektion<br />
3) Isolierung <strong>von</strong> Milz-Zellen aus immunisierter Maus
Ablauf <strong>der</strong> <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
4) Fusion <strong>von</strong> Milz-Zellen mit Myelom-Zellen<br />
•“Hybridoma-Zellen”, Fusion erfolgt meist durch Zugabe <strong>von</strong> PEG<br />
5) Selektion <strong>von</strong> Hybridoma-Zellen<br />
• durch HAT-Selektion (Hypoxanthin, Aminopterin, Thymidin)<br />
6) Primäres Screening Antikörper-produzieren<strong>der</strong> Hybridoma-Zellen<br />
• im Fall <strong>von</strong> Haptenen sollte ein an<strong>der</strong>es Proteinkonstrukt verwendet<br />
werden als das zur Immunisierung eingesetzte<br />
• meist mit Hilfe <strong>von</strong> ELISA
Ablauf <strong>der</strong> <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
7) Klonierung (Vereinzelung) vorselektionierter Zellen<br />
• z. B. durch Verdünnen (200 µl Medium pro Zelle)<br />
8) Identifizierung <strong>von</strong> MAK-produzierenden Klonen<br />
9) Charakterisierung <strong>der</strong> produzierten MAK<br />
• z. B. Bestimmung <strong>der</strong> Isotypen
Ablauf <strong>der</strong> Immunisierung<br />
• hoher Antikörpertiter ist wichtig für die Produktion <strong>von</strong> MAK<br />
• zur effektiven Immunisierung sind mehrere Injektionen notwendig<br />
• verwendete Antigen-Mengen: 5 - 100 µg pro Immunisierung und Maus
Ablauf <strong>der</strong> Immunisierung<br />
• Zeitbedarf: wenige Wochen bis mehrere Monate<br />
• Haptene (< 10 kDa) müssen an hochmolekulare Träger gebunden<br />
werden (z. B. Serumalbumin, Transferrin, synthetisches Poly-Lysin)<br />
• werden gekoppelte Haptene eingesetzt, muß für die Überprüfung <strong>der</strong><br />
Antikörperproduktion ein zweites Konjugat verwendet werden
<strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern
<strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern
Charakterisierung <strong>von</strong> Antikörpern
Ablauf und Hemmung <strong>der</strong> Purin-Biosynthese<br />
• Aminopterin hemmt Bildung <strong>von</strong> IMP ausgehend <strong>von</strong> Ribose-5-Phosphat<br />
• Zellen sterben ab, da keine Purine mehr gebildet werden können
Hemmung <strong>der</strong> C 1 -Übertragung durch Aminopterin<br />
Tetrahydrofolsäure (C 1 -Überträger)<br />
Aminopterin (Folsäureantagonist)
Ablauf und Hemmung <strong>der</strong> Purin-Biosynthese<br />
•„normale“ Zellen können Aminopterin-Block umgehen, wenn Hypoxanthin<br />
im Medium vorhanden ist (Umsetzung durch Hypoxanthin-Guanin-<br />
Phosphoribosyltransferase, HGPRT): „salvage pathway“
Ablauf und Hemmung <strong>der</strong> Pyrimidin-Biosynthese<br />
• Aminopterin hemmt Bildung <strong>von</strong> dTMP ausgehend <strong>von</strong> dUMP<br />
• Zellen sterben ab, da kein Thymidin mehr gebildet werden kann
Ablauf und Hemmung <strong>der</strong> Pyrimidin-Biosynthese<br />
•„normale“ Zellen können Aminopterin-Block umgehen, wenn Thymidin<br />
im Medium vorhanden ist (Umsetzung durch Thymidinkinase, TK)
Biochemische Grundlagen <strong>der</strong> HAT-Selektion<br />
• Aminopterin-Block führt zum Erliegen <strong>der</strong> DNA-Synthese und zum Zelltod
Biochemische Grundlagen <strong>der</strong> HAT-Selektion<br />
•„normale“ Zellen können Aminopterin-Block umgehen, weil sie über<br />
„salvage pathways“ Thymidin und Hypoxanthin zur DNA-Synthese
Biochemische Grundlagen <strong>der</strong> HAT-Selektion<br />
• Myelom-Zellen verfügen we<strong>der</strong> über HGPRT noch TK (gezielte Selektion<br />
durch „Gen-Knockout“)
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> HAT-Selektion<br />
yelomzellen: können<br />
icht auf HAT-Medium<br />
achsen<br />
ybridomazellen:<br />
önnen „unberenzt“<br />
auf HATedium<br />
wachsen<br />
Fusion<br />
Kultur auf HAT-Medium<br />
Milzzellen: können<br />
zwar auf HAT-Medium<br />
wachsen, haben aber<br />
eine begrenzte<br />
Lebensdauer
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> HAT-Selektion<br />
• nur Hybridoma-Zellen können unter den gewählten Selektionsbedingungen<br />
überleben<br />
• einzelne Zellen können weiter charakterisiert und zur Erstellung <strong>von</strong>
Industrielle <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
1) Ascites-Methode<br />
• Injektion <strong>von</strong> Hybridomazellen in die Bauchhöhle <strong>der</strong> Maus (ethisch<br />
bedenklich, in Deutschland nur in Son<strong>der</strong>fällen erlaubt)<br />
• nach 14 Tagen kann Flüssigkeit (2 – 5 mL) entnommen werden<br />
• pro Entnahme 5 – 10 mg, d. h. 50 mg AK pro Maus<br />
2) Dialyseschlauch<br />
• Ausschlußgrenze ca. 10 4 Da<br />
• Volumen bis 500 mL, 100 – 300 mg/L AK
Industrielle <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
3) Airlift-Bioreaktor<br />
• schonende Durchmischung bei geringen Scherkräften<br />
• 5 – 8000 L Volumen, 200 – 350 mg/L AK
Industrielle <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
4) Hohlfaser-Bioreaktor<br />
• Hybridomazellen befinden sich im extrakapillaren Raum<br />
• keine Durchmischung mit höhermolekularen Serumbestandteilen
Industrielle <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
4) Hohlfaser-Bioreaktor<br />
• leichtere Reinigung<br />
• Volumen bis 2 L, 1000 – 5000 mg/L AK
Industrielle <strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
5) Produktion in transgenen Tieren<br />
• selektive Produktion im Euter <strong>von</strong> Kühen, Ziegen o<strong>der</strong> Schafen<br />
• Ausbeuten bis mehrere mg pro mL Milch<br />
6) Produktion in transgenen Pflanzen<br />
• beson<strong>der</strong>s geeignet: transgener Tabak (Nicotiana tabacum)<br />
• Antikörpergehalt: bis zu 1.5% des Trockengewichts <strong>der</strong> Blätter<br />
• Vorteil: Anbau auch in Län<strong>der</strong>n <strong>der</strong> 3. Welt möglich (Vermeiden <strong>von</strong><br />
Kühlketten)
Industrielle Produktion <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern
Engineering <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
• chimäre Antikörper: nur variable Abschnitte stammen <strong>von</strong> <strong>der</strong> Maus<br />
⇒ Vorteil: geringere immunogene Eigenschaften
Humanisierung <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern
Engineering <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
• humanisierte Antikörper: nur CDR stammen <strong>von</strong> Maus, <strong>der</strong> Rest vom<br />
Menschen<br />
⇒ Vorteil: geringere / keine immunogene Eigenschaften
Humanisierung <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern
Gewinnung <strong>von</strong> Infliximab
Gewinnung <strong>von</strong> Infliximab
Engineering <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> Antikörpern<br />
• insbeson<strong>der</strong>e für diagnostische Zwecke sind oft keine vollständigen<br />
Antikörper notwendig
Produktion <strong>von</strong> Einketten-Antikörpern durch die<br />
Phagendisplay-Technik<br />
• Vorgehensweise: ausgehend <strong>von</strong> Lymphozyten <strong>von</strong> nichtimmunisierten<br />
humanen Spen<strong>der</strong>n wird eine cDNA-Bank erstellt, die alle denkbaren<br />
variablen Regionen enthält<br />
• diese werden willkürlich kombiniert und in das Gen 3 des filamentösen<br />
Phagen M13 kloniert
Produktion <strong>von</strong> Einketten-Antikörpern durch die<br />
Phagendisplay-Technik<br />
• zwischen <strong>der</strong> leichten (VL) und <strong>der</strong> schweren Kette (VH) befindet sich ein<br />
Protein-Linker (pLi)<br />
• das Genprodukt des Phagengen 3 (gp3) sorgt dafür, daß die Immunglobuline<br />
auf <strong>der</strong> Oberfläche <strong>der</strong> Phagenpartikel exprimiert werden<br />
• Phagen mit <strong>der</strong> gesuchten Spezifität werden über Bindung und Elution an
Produktion <strong>von</strong> Einketten-Antikörpern durch die<br />
Phagendisplay-Technik<br />
• durch Neuinfektion <strong>von</strong> Bakterien können Einketten-Antikörper im<br />
industriellen Maßstab gewonnen werden („coliklonale Antikörper“)<br />
• außerdem ist es möglich, die AK-Gene zu isolieren, in einer Säugetierzellinie<br />
zu exprimieren und so vollständige Antikörper herzustellen
Gewinnung <strong>von</strong> Adalimumab durch Phagendisplay
Proteinreinigung per Immunoaffinitätschromatographie
Proteinreinigung per Immunoaffinitätschromatographie
Proteinreinigung per Immunoaffinitätschromatographie<br />
•bis zu50.000fache Reinigung in einem Schritt!<br />
• Elution durch Salzgradient o<strong>der</strong> durch Proteolyse
<strong>Prinzip</strong> des heterogenen Immunoassays<br />
heterogener Immunoassay: Trennung <strong>von</strong> freiem und gebundenem Antigen<br />
(homogener Immunoassay: keine Trennung erfor<strong>der</strong>lich)
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Frontline-Teststäbchen<br />
Gloria-Technologie: gold labeled optical read immuno assay
<strong>Prinzip</strong> des ELISA-Tests<br />
Adsorbieren des<br />
Antigens<br />
enzyme linked immunosorbent assay
<strong>Prinzip</strong> des ELISA-Tests<br />
1. Antikörper<br />
(gegen Antigen)
<strong>Prinzip</strong> des ELISA-Tests<br />
2. Antikörper<br />
(gegen 1. Antikörper,<br />
gekoppelt an Enzym, z. B.<br />
Alkalische Phosphatase,<br />
Meerrettich-Peroxidase)<br />
- oft MAK einer an<strong>der</strong>en<br />
Spezies, z. B. Schaf<br />
Zugabe <strong>von</strong> Substrat<br />
⇒ Bildung <strong>von</strong> Farbstoff
<strong>Prinzip</strong> des „Sandwich-ELISA“<br />
Adsorbieren des<br />
Antikörpers<br />
(gegen Antigen)
<strong>Prinzip</strong> des „Sandwich-ELISA“<br />
Inkubation mit<br />
Antigen<br />
Zugabe <strong>von</strong><br />
2. Antikörper<br />
(gegen Antigen)<br />
⇒ entspricht 1. Schritt<br />
bei „normalem“ ELISA<br />
Antigen befindet sich „sandwichartig<br />
zwischen zwei spezifischen AK
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Immuno-PCR
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Immuno-PCR
<strong>Prinzip</strong> <strong>der</strong> Immuno-PCR<br />
• kurze DNA-Abschnitte sind an monoklonale Antikörper gebunden<br />
• Bindung des MAK kann durch PCR nachgewiesen werden<br />
Vorteil: weitere Empfindlichkeitssteigerung des ELISA<br />
• Nachweisgrenze:<br />
ELISA ca. 10 -18 mol<br />
Immuno-PCR: ca. 500 Proteinmoleküle
Anwendung <strong>von</strong> MAK in <strong>der</strong> Diagnostik
Therapeutisches Drug-Monitoring durch MAK
Therapeutisches Drug-Monitoring durch MAK
Zur Therapie zugelassene monoklonale Antikörper
otumumab HumaSpect Organon Teknika Szintigraphie <strong>von</strong> Kolonkarzinom<br />
In Deutschland zugelassene monoklonale Antikörper<br />
N-Name Handelsname Hersteller Indikation<br />
alivizumab Synagis Abbott, UK Prävention <strong>der</strong> durch<br />
das Respiratory-Syncytial-<br />
Virus (RSV) hervorgerufenen<br />
schweren Erkrankungen <strong>der</strong><br />
unteren Atemwege<br />
fliximab Remicade Centocor, NL Rheumatoide Arthritis,<br />
Morbus Crohn<br />
bciximab Reopro Centocor, NL zur Vermeidung ischämischer<br />
kardialer Komplikationen bei<br />
perkutaner Koronarintervention,<br />
bei instabiler Angina pectoris
In Deutschland zugelassene monoklonale Antikörper<br />
N-Name Handelsname Hersteller Indikation<br />
rcitumomab CEA-Scan Immunomedics Scintigraphie <strong>von</strong> Kolon- und<br />
Rektumkarzinom<br />
ulesomab LeukoScan Immunomedics Scintigraphie <strong>der</strong> Osteomyelitis<br />
uromonab-CD3 Orthoklone OKT3 Janssen-Cilag<br />
Behandlung <strong>der</strong> akuten steroidresistenten<br />
Abstoßung <strong>von</strong><br />
allogenen Nieren-, Herz- und<br />
Lebertransplantaten<br />
lemtuzumab MabCampath Millenium & ILEX Second-Line Behandlung <strong>der</strong><br />
chronischen lymphatischen<br />
Leukämie
In Deutschland zugelassene monoklonale Antikörper<br />
N-Name Handelsname Hersteller Indikation<br />
asiliximab Simulect Novartis Prophylaxe <strong>der</strong> akuten<br />
Transplantatabstoßung nach<br />
allogener De-novo-<br />
Nierentransplantation<br />
rastuzumab Herceptin Roche Behandlung <strong>von</strong> Brustkrebs mit<br />
HER2-Überexpression<br />
großzelligen diffusen B-Zell-Non<br />
ituximab Mabthera Roche Behandlung des follikulären<br />
(Stadium III-IV) sowie des<br />
Hodgkin-Lymphoms<br />
aclizumab Zenapax Roche Prophylaxe akuter Abstoßungsreaktionen<br />
nach de novo
Therapeutisch verwendete monoklonale Antikörper<br />
) adjuvante Tumortherapie<br />
anorex ® (Edrecolomab)<br />
gegen CO17-1A-Antigen (Oberflächenantigen auf bestimmten Tumorzellen,<br />
v. a. des Kolons, Rektums, Magens)<br />
vermitteln ADCC (Antikörper-abhängige zellvermittelte Zytotoxizität)<br />
nur disseminierte Zellen können immunologisch bekämpft werden<br />
zugelassen zur postoperativen adjuvanten Therapie des kolorektalen<br />
Karzinoms im Stadium Duke C<br />
Zulassung inzwischen wi<strong>der</strong>rufen, da Wirksamkeit sich nicht bestätigen ließ<br />
erceptin ® (Trastuzumab)<br />
gegen HER2-Protein (=EGF-Rezeptor-2-Protein)<br />
zugelassen zur Therapie des metastasierenden Mammakarzinoms
Trastuzumab (Herceptin®): MAK gegen<br />
HER2-Rezeptor auf Krebszellen
Therapeutisch verwendete monoklonale Antikörper<br />
2) Organtransplantation / Immunsuppression<br />
Orthoclone ® OKT3 (Muromonab-CD3)<br />
• gegen das T3-Antigen humaner T-Zellen gerichtet (Teil des T-Zellrezeptors<br />
sowohl <strong>von</strong> CD4- als auch CD8-Zellen)<br />
• schnelle Elimination <strong>von</strong> CD3-Zellen aus dem zirkulierenden Blut<br />
• zugelassen zur Behandlung <strong>der</strong> akuten Abstoßung <strong>von</strong> allogenen Nieren-,<br />
Herz- und Lebertransplantaten<br />
Simulect ® (Basiliximab)<br />
• chimärer Antikörper<br />
• erkennt α-Untereinheit des Interleukin-2-Rezeptors<br />
• Signalfunktion <strong>von</strong> Interleukin-2 bei Immunreaktion unterbunden<br />
• zugelassen zur Prophylaxe akuter Organabstoßungsreaktionen bei<br />
allogener Nierentransplantation
Therapeutisch verwendete monoklonale Antikörper<br />
3) kardiovaskuläre Medizin<br />
ReoPro ® (Abciximab)<br />
• chimäres F(ab) 2 -Fragment<br />
• bindet Glykoproteinrezeptor GPIIb/IIIa<br />
• Bindung <strong>von</strong> Fibrinogen an diesen Rezeptor wird unterbunden<br />
• verhin<strong>der</strong>t Thrombozytenaggregation und damit Thrombose<br />
• zugelassen zur Vermeidung kardialer ischämischer Komplikationen<br />
während o<strong>der</strong> nach perkutaner transluminaler Koronarangioplasie<br />
(PTCA)
huMAb-E25: monoklonaler Antikörper gegen IgE
Hypothetischer Wirkmechanismus <strong>von</strong> rhuMAb-E25<br />
• Neutralisierung zirkulieren<strong>der</strong> IgE-Antikörper unterbindet die IgEvermittelte<br />
Degranulation <strong>der</strong> Mastzellen (Sofortreaktion) und<br />
hemmt die IgE-produzierenden B-Lymphozyten (Spätreaktion)<br />
• Bindung <strong>von</strong> E25 an APC hemmt die Antigen-Präsentation und
Therapeutisch verwendete monoklonale Antikörper<br />
4) Therapie <strong>von</strong> Entzündungskrankheiten<br />
Remicade ® (Infliximab)<br />
• erkennt Tumornekrosefaktor-α (TNF-α)<br />
• reduziert Infiltration inflammatorischer Zellen sowie die<br />
Produktion <strong>von</strong> Zytokinen<br />
• zugelassen zur Therapie des Morbus Crohn und <strong>der</strong><br />
rheumatoiden Arthritis<br />
• bei Morbus Crohn in Kombination mit Methotrexat, wenn<br />
konventionelle Therapie nicht (mehr) wirksam
Bispezifische Antikörper in <strong>der</strong> Krebstherapie<br />
<strong>Prinzip</strong>:<br />
⇒ Antikörper mit zwei unterschiedlichen Bindungsstellen<br />
⇒ binden sowohl Tumor- als auch T-Zellen<br />
⇒ Aktivierung <strong>der</strong> T-Zellen, die angedockte Tumorzellen zerstören<br />
⇒ Fc-Fragment bindet zusätzlich Makrophagen und Killerzellen<br />
(Hybrid aus Maus- und Rattenantikörper)
Gewebsspezifische Anreicherung <strong>von</strong> <strong>monoklonalen</strong> AK<br />
Szintigramme einer Maus<br />
behandelt mit bispezifischen MAK, markiert mit radioaktivem Iod
Bispezifische Antikörper in <strong>der</strong> Krebstherapie<br />
Beispiele:<br />
Removab ®<br />
• erkennt CD3 (Oberflächenantigen <strong>von</strong> T-Lymphozyten) sowie<br />
EpCAM (epithelial cell adhesion molecule, auf <strong>der</strong> Oberfläche<br />
bestimmter epithelialer Tumorzellen)<br />
Rexomab ®<br />
• erkennt neben CD3 das Oberflächenantigen HER2/neu<br />
(Onkoprotein auf <strong>der</strong> Oberfläche <strong>von</strong> bestimmten Tumorzellen)
Bispezifische Antikörper in <strong>der</strong> Krebstherapie<br />
Anwendung:<br />
•zuradjuvanten Therapie <strong>von</strong> Tumoren (Mamma-, Lungen-,<br />
Ovarial- o<strong>der</strong> Kolonkarzinom), die die Antigene EpCAM bzw.<br />
HER2/neu tragen<br />
• verhin<strong>der</strong>t wirkungsvoll Metastasen nach chirurgischem<br />
Eingriff<br />
• nicht wirksam gegen solide Tumoren<br />
Removall ®<br />
• Kombination bei<strong>der</strong> Antikörper zur ex vivo-Therapie<br />
• Reinigung <strong>von</strong> Stammzell-Suspensionen <strong>von</strong><br />
Tumorzellen<br />
• geplant zur Reinigung <strong>von</strong> Stammzelltransplantaten bei<br />
Frauen mit Brustkrebs, die eine Hochdosistherapie erhalten werden
Gentherapie<br />
efinition:<br />
bertragung <strong>von</strong> Nukleinsäuren in Körperzellen zur Erzielung<br />
ines therapeutischen o<strong>der</strong> prophylaktischen Effektes<br />
iel:<br />
in Defekt als Ursache einer Krankheit wird durch Übertragung<br />
enetischer Information auf molekularer Ebene beseitigt
Gentherapie<br />
1) somatische Gentherapie<br />
• ex vivo-Gentherapie (erstmals durchgeführt 1990)<br />
- Entnahme <strong>von</strong> Zellen des Patienten<br />
- genetische Manipulation im Labor<br />
- Retransplantation in den Patienten<br />
• in vivo-Gentherapie<br />
- direktes Einbringen <strong>der</strong> Gene in den Patienten<br />
• Antisense-Therapie<br />
- Unterdrückung / Vermin<strong>der</strong>ung <strong>der</strong> Expression eines bestimmten Genes<br />
2) Keimbahntherapie<br />
- in Deutschland an Menschen verboten (gemäß Embryonenschutzgesetz)<br />
- Manipulation <strong>der</strong> Augenfarbe <strong>von</strong> Drosophila in <strong>der</strong> folgenden Generation<br />
durch Einbringen des Gens rosy (1981)
Anwendungen <strong>der</strong> Gentherapie<br />
rster Versuch am Menschen 1990:<br />
ierjähriges Mädchen mit SCID (severe combined immune deficiency)<br />
beruht auf ADA-Mangel (Adenosindesaminase, wandelt Desoxyadenosin<br />
in Desoxyinosin um)<br />
angereichertes dATP hemmt dNTP-Synthese (”feedback inhibition”),<br />
dies führt zum Absterben v.a. <strong>von</strong> B- und T-Zellen und damit zum<br />
Verlust <strong>der</strong> Immunantwort<br />
Therapie: periphere CD3 + -T-Lymphozyten wurden kultiviert und mit<br />
dem ADA-Gen ausgestattet<br />
nach Retransplantation war eine signifikante Besserung <strong>der</strong> Symptome<br />
festzustellen
Anwendungen <strong>der</strong> Gentherapie<br />
Weitere Krankheiten, bei denen <strong>der</strong> mögliche Einsatz <strong>von</strong> Gentherapie<br />
<strong>der</strong>zeit erforscht wird (monogene Erbleiden)<br />
• familiäre Hypercholesterinämie (LDL-Rezeptor)<br />
• Hämophilie A (Blutgerinnungsfaktor VIII)<br />
• Phenylketonurie (Phenylalanin-Hydroxylase)<br />
• Zystische Fibrose = Muskoviszidose (CFTCR-Ionenkanal)<br />
• Sichelzellenanämie (β-Globin)<br />
• Duchenne-Form des Muskelschwunds (Dystrophin)<br />
• Gaucher-Krankheit (Glucocerebrosidase)
Schematische Darstellung <strong>der</strong> ex vivo-Gentherapie
Schematische Darstellung <strong>der</strong> ex vivo-Gentherapie<br />
1. Isolierung genetisch defekter Zellen<br />
des Patienten<br />
2. Vermehrung <strong>der</strong> isolierten Zellen in vitro<br />
3. Transfektion <strong>der</strong> Zellen mit einem<br />
therapeutisch wirksamen Genkonstrukt<br />
4. Selektion, Vermehrung und Testen <strong>der</strong><br />
transfizierten Zellen<br />
5. Wie<strong>der</strong>einführung <strong>der</strong> transfizierten<br />
Zellen in den Patienten durch<br />
Transplantation und Transfusion
Schematische Darstellung <strong>der</strong> in vivo-Gentherapie
Schematische Darstellung <strong>der</strong> in vivo-Gentherapie<br />
<strong>Prinzip</strong>:<br />
direktes Einbringen eines Genes in die Zellen ein<br />
bestimmten Gewebes, ohne daß diese dem<br />
Patienten vorher entnommen werden müssen<br />
• bereits durchgeführt an Hirntumoren <strong>von</strong> Ratten<br />
(Injektion <strong>von</strong> Retrovirusvektoren mit HSV-<br />
Thymidinkinase; nach 5 Tagen Gabe <strong>von</strong><br />
Ganciclovir): in 11 <strong>von</strong> 14 Fällen komplette<br />
Rückbildung <strong>der</strong> Tumoren<br />
⇒ “molekulare Chirurgie”<br />
• z. Zt. Genehmigungsverfahren für Erprobung an<br />
Patienten mit inoperablen Hirntumoren im<br />
Endstadium
Einsatz einer viralen Thymidinkinase zur<br />
enzymatischen Giftung <strong>von</strong> Ganciclovir<br />
– verwendetes Enzym: Thymidinkinase aus Herpessimplex-Viren<br />
(HSV)<br />
– Ganciclovir: prodrug (erst nach Biotransformation akt<br />
an sich nicht zytotoxisch)
Antisense-Therapie zur Hemmung spezifischer Gene<br />
a) Einsatz <strong>von</strong> antisense-Oligonucleotiden
Antisense-Therapie zur Hemmung spezifischer Gene<br />
b) Einsatz <strong>von</strong> antisense-Genen
Formen <strong>der</strong> somatischen Gentherapie<br />
) Substitution<br />
enersatztherapie: das Produkt des eingebrachten Gens substituiert<br />
ie Funktion eines defekten zellulären Gens<br />
) Addition<br />
inzufügen <strong>von</strong> Genen, die für Proteine kodieren, welche in den<br />
erapierten Zellen nicht vorkommen<br />
genetische Immunisierung<br />
- direkte Injektion <strong>von</strong> DNA führt zur Expression <strong>von</strong> Antigenen, die<br />
eine Immunantwort hervorrufen (mögliches Konzept zur Behandlung<br />
<strong>von</strong> Hepatitis C, Influenza sowie Malaria)<br />
- es ist möglich, die Art <strong>der</strong> Immunantwort – humoral o<strong>der</strong> zellulär –<br />
zu beeinflussen
Formen <strong>der</strong> somatischen Gentherapie<br />
) Addition<br />
Tumor-Vakzinierung<br />
- Einbringen <strong>von</strong> Genen für Zytokine (IL-2, TNF-α) o<strong>der</strong><br />
koloniestimulierende Faktoren (G-CSF, GM-CSF) in T-Zellen,<br />
Fibroblasten o<strong>der</strong> Tumorzellen, um T-Zellen anzulocken, die<br />
die Tumorzellen eliminieren<br />
zytotoxische Gentherapie (Suizid-Gentherapie)<br />
- toxisches Genprodukt bringt Tumorzellen zum Absterben (nur<br />
sinnvoll, wenn Genprodukt enzymatisch aktiv ist und auch<br />
benachbarte, nicht transfizierte Tumorzellen abgetötet werden:<br />
”bystan<strong>der</strong> killing effect”)
Formen <strong>der</strong> somatischen Gentherapie<br />
) Addition<br />
Sensibilisierung <strong>von</strong> Zellen für eine Sekundärtherapie<br />
a) Ausstatten <strong>von</strong> Tumorzellen mit Thymidinkinase aus dem<br />
Herpex-simplex-Virus (HSV); Zellen werden sensibel für<br />
Ganciclovir-Behandlung<br />
- mögllicher therapeutischer Ansatz zur Behandlung <strong>von</strong> AIDS<br />
b) Übertragen eines Gens für ”Multidrug resistance” (P-Glycoprotein)<br />
in hämatopoetische Stammzellen<br />
- gesunde hämatopoetische Stammzellen werden vor hochdosierter<br />
Zytostatika-Therapie geschützt, die infizierte Zellen eliminiert
Formen <strong>der</strong> somatischen Gentherapie<br />
) Antisense-Therapie<br />
omplementäre Oligonukleotide hybridisieren mit <strong>der</strong> mRNA des<br />
nerwünschten Gens und verhin<strong>der</strong>n <strong>der</strong>en Translation<br />
zur Zeit getestet bei entzündlichen Erkrankungen, viralen Infektionen<br />
und Tumorerkrankungen (Hemmung <strong>von</strong> Onkogenen)<br />
eispiele:<br />
<strong>der</strong>egulierte zelleigene Gene wie bcr-abl-Fusionsgen bei <strong>der</strong><br />
chronisch-myeloischen Leukämie<br />
Gene <strong>von</strong> Infektionserregern zur Unterbindung des replikativen Zyklus<br />
wie im Falle <strong>von</strong> Infektionen mit Cytomegalievirus (CMV) bei AIDS-<br />
Patienten (in USA bereits zugelassen)
Gentransfersysteme<br />
Nicht-virale Gentransfersysteme<br />
ikroinjektion <strong>von</strong> ”nackter” DNA<br />
intramuskuläre Injektion <strong>von</strong> Plasmid-DNA führt zur Aufnahme und<br />
Expression (ebenfalls möglich in Leber und Schilddrüse)<br />
iolistische Systeme (”Particle bombardment”, ”Gene gun”)<br />
DNA wird auf winzige Gold- o<strong>der</strong> Wolframpartikel aufgezogen und in die<br />
Zellen ”geschossen”<br />
a-phosphat-Präzipitation<br />
DNA (= Polyphosphat-Anion) wird durch Ca 2+ -Ionen mikrodispers auf <strong>der</strong><br />
Zelloberfläche präzipitiert<br />
anschließende Aufnahme wahrscheinlich durch ATP-abhängige Endozytose<br />
Effizienz: 10 -3 –10 -5 , nur ex vivo
Gentransfersysteme<br />
Nicht-virale Gentransfersysteme<br />
lektroporation<br />
durch plötzliche Entladung eines Plattenkondensators, zwischen dem<br />
sich eine Zellsuspension und die einzubringende DNA befindet, wird<br />
DNA quasi ”in die Zelle gezogen”<br />
größere Effizienz, nur ex vivo<br />
iposomen<br />
DNA-Aufnahme durch Endozytose<br />
schützen DNA vor Degradation (in Endosomen ?)<br />
Targeting möglich durch Ligand/Rezeptor-Systeme (z.B. Transferrin)<br />
ex vivo- und in vivo-Applikation möglich
Gentransfersysteme<br />
virale Gentransfersysteme<br />
etrovirale Vektoren<br />
zufällige Integration in das Wirtsgenom: größere Stabilität <strong>der</strong><br />
Transduktion, aber Gefahr <strong>der</strong> unvorhersehbaren Beeinflussung <strong>der</strong><br />
Aktivität an<strong>der</strong>er Gene (Aktivierung <strong>von</strong> Onkogenen o<strong>der</strong> Inaktivierung<br />
<strong>von</strong> Tumorsuppressorgenen durch “insertional mutagenesis”)<br />
transfizieren nur teilungsaktive Zellen<br />
denovirale Vektoren<br />
eingebrachte DNA liegt extrachromosomal vor (auf Plasmiden) und wird<br />
nicht integriert (weniger stabil)<br />
transfizieren auch ruhende Zellen (z.B. Epithelzellen <strong>der</strong> Bronchialmucosa,<br />
Neuronen, Hepatozyten)
Einsatz <strong>von</strong> Retroviren zum Gentransfer<br />
Genkarte eines typischen Retrovirus<br />
LTR : long terminal repeat (lange terminale Sequenzwie<strong>der</strong>holung)<br />
ψ +<br />
: Signalsequenz für Verpackung<br />
gag : group specific antigene (virales Capsidprotein)<br />
pol<br />
: Reverse Transkriptase, Integrase<br />
env : virales Hüllprotein
Einsatz <strong>von</strong> Retroviren zum Gentransfer<br />
benszyklus eines Retrovirus<br />
fektion einer Wirtszelle<br />
roduktion einer DNA-Kopie mit Hilfe <strong>der</strong> Reversen Transkriptase<br />
m Virion enthalten)<br />
ransport viraler DNA in den Zellkern<br />
inbau <strong>der</strong> viralen DNA in das Wirtsgenom (an ± zufälliger Stelle im Chromoso<br />
ranskription <strong>der</strong> viralen DNA in mRNA (starker Promotor in 5‘-LTR)<br />
ranslation <strong>der</strong> Proteine Gag, Pol und Env im Cytoplasma<br />
roduktion des Capsids, Beladen mit zwei RNA-Strängen sowie einigen<br />
olekülen <strong>der</strong> Reversen Transkriptase<br />
reisetzung <strong>von</strong> Virionen in das umgebende Medium
Einsatz <strong>von</strong> Retroviren zum Gentransfer<br />
erstellen eines Retrovirusvektors<br />
Klonierung einer vollständigen Retrovirus-RNA in ein Plasmid<br />
Entfernen <strong>der</strong> Gene gag, pol und env<br />
5‘- und 3‘-LTR sowie ψ + bleiben erhalten<br />
Klonierung eines therapeutischen menschlichen Gens (bis 8 kb) neben 5‘-LT<br />
(Transkription wird durch 5‘-LTR-Promotor gesteuert)<br />
Einbringen eines selektierbaren Markers mit eigenem Promotor<br />
pische Genkarte eines Retrovirusvektors
Einsatz <strong>von</strong> Retroviren zum Gentransfer<br />
insatz <strong>von</strong> Verpackungszellinien<br />
enthalten im Genom nur Fragmente des ursprünglichen Genoms ohne<br />
funktionstüchtige Verpackungssequenz ψ + (∆ψ)<br />
produzieren nur leere Hüllen<br />
nach Transfektion mit Retrovirusvektor-DNA entstehen intakte Viruspartikel<br />
(mit Retrovirusvektor-DNA), die Wirtszellen effektiv infizieren<br />
ontrolle notwendig, ob<br />
transduzierte Zellen das therapeutische Genprodukt synthetisieren<br />
keinereplikationsfähigen Retroviren produziert werden<br />
Vermehrungseigenschaften sowie normale Zellfunktionen <strong>der</strong> Zielzellen<br />
nicht gestört sind
Einsatz <strong>von</strong> Retroviren zum Gentransfer
Einsatz <strong>von</strong> Retroviren zum Gentransfer
Gentransfersysteme<br />
virale Gentransfersysteme<br />
etrovirale Vektoren<br />
zufällige Integration in das Wirtsgenom: größere Stabilität <strong>der</strong><br />
Transduktion, aber Gefahr <strong>der</strong> unvorhersehbaren Beeinflussung <strong>der</strong><br />
Aktivität an<strong>der</strong>er Gene (Aktivierung <strong>von</strong> Onkogenen o<strong>der</strong> Inaktivierung<br />
<strong>von</strong> Tumorsuppressorgenen durch “insertional mutagenesis”)<br />
transfizieren nur teilungsaktive Zellen<br />
denovirale Vektoren<br />
eingebrachte DNA liegt extrachromosomal vor (auf Plasmiden) und wird<br />
nicht integriert (weniger stabil)<br />
transfizieren auch ruhende Zellen (z.B. Epithelzellen <strong>der</strong> Bronchialmucosa,<br />
Neuronen, Hepatozyten)
Gentransfersysteme<br />
virale Gentransfersysteme<br />
denovirus-abgeleitete Vektoren<br />
adenoassoziierte Viren (AAV): Parvoviren, sind abhängig <strong>von</strong> Helferviren<br />
(Adeno- o<strong>der</strong> Herpesviren)<br />
zwischenzeitlich latent in Chromosom 19 integriert<br />
können Zellen des Blutes bzw. des blutbildenden Systems infizieren,<br />
sind aber nicht humanpathogen<br />
Zukunft:<br />
künstliche Chromosomen (artificial chromosomes)<br />
adenovirale Vektoren ohne virale Gene (”gutless adenovirus”)<br />
idealer Fall: exakter Austausch des defekten durch das korrigierte Gen<br />
(bislang technisch nicht machbar)
Übersicht über genehmigte Studien in Deutschland<br />
Anzahl <strong>der</strong> Studienanzeigen<br />
pro Jahr<br />
Art <strong>der</strong> Erkrankung o<strong>der</strong><br />
Anwendungsform<br />
Anzahl<br />
1994: 2<br />
1995: 4<br />
1996: 7<br />
1997: 7<br />
1998: 8<br />
1999: 11<br />
2000: 10<br />
2001: 4<br />
2002: 2<br />
Krebs (Immuntherapie) 21<br />
Krebs (Nicht-Immuntherapie) 17<br />
Infektion (alle HIV) 5<br />
Monogene Erbkrankheit 1<br />
Kardio-vaskuläre Erkrankungen 5<br />
Marker-Gentransfer 5<br />
rheumatoide Arthritis 1<br />
Quelle:<br />
(Stand Juni 2003)<br />
Paul-Ehrlich-Institut<br />
Bundesamt für Sera und Impfstoffe
Übersicht über genehmigte Studien in Deutschland<br />
Phase <strong>der</strong> klinischen<br />
Prüfung/ Heilversuch<br />
Anzahl<br />
Phase I o<strong>der</strong> I/II 40<br />
Phase II o<strong>der</strong> II/III 9<br />
Phase III 4<br />
Heilversuch 2<br />
Art des Gentransfers<br />
Anzahl<br />
ex vivo 25<br />
in vivo 30<br />
Quelle:<br />
• Vorlagen gemäß § 40 AMG beim Paul-Ehrlich-Institut<br />
• Studien-Anträge bei <strong>der</strong> Kommission Somatische Gentherapie<br />
des Wissenschaftlichen Beirates <strong>der</strong> Bundesärztekammer (KSG-BÄK)<br />
• Gentherapie-Register <strong>der</strong> Deutschen Arbeitsgemeinschaft Gentherapie
Übersicht über genehmigte Studien in Deutschland<br />
rt des Vektors bei<br />
-vivo-Verfahren<br />
Anzahl<br />
Art des Vektors bei<br />
in-vivo-Verfahren<br />
Anzahl<br />
ko-retroviral 12<br />
cht viral, (komplexierte<br />
NA = verpackt) 12<br />
cht viral, nackt 1<br />
Paul-Ehrlich-Institut<br />
ndesamt für Sera und Impfstoffe<br />
Verpackungszellen<br />
(onko-retroviral) 2<br />
adenoviral (replikationsinkompetent)<br />
13<br />
Orthopoxviren (repl. inkompetent,<br />
z.B. MVA, ALVAC o.ä.) 5<br />
Orthopoxviren (replikationskompetent,<br />
z. B. Vaccinia) 2<br />
nicht -viral, verpackt 4<br />
Nukleinsäure, unverpackt<br />
(“naked nucleic acid”) 4
Ausblick<br />
itische bzw. im Einzelfall zu klärende Fragen:<br />
elche Zellen eignen sich als Target für eine Gentherapie?<br />
ie gelangt die funktionsfähige Genkopie für den Patienten in diese Zellen?<br />
ie viele Zellen müssen modifiziert werden, um die Krankheit zu kurieren?<br />
uß die Transkription des eingeschleusten Gens reguliert sein?<br />
ann eine Überexpression des Gens zu Problemen führen?<br />
leibt das eingeschleuste Gen o<strong>der</strong> die Zelle lebenslang funktionstüchtig?<br />
leibt die eingebrachte DNA in <strong>der</strong> Zelle o<strong>der</strong> kommt es zu einer<br />
nachträglichen Übertragung auf an<strong>der</strong>e Zellen?
Ausblick<br />
inzwischen erste vorliegende Phase III-Studien<br />
kein Anlaß zu übertriebenen Hoffnungen<br />
bisherige Ansätze nicht beson<strong>der</strong>s effektiv, sicherlich aber eine Therapieform<br />
<strong>der</strong> Zukunft<br />
generell wie<strong>der</strong>kehrendes Problem: mangelnde Effizienz bei <strong>der</strong> Transfektion<br />
erste Erfolge bei Tumorbehandlung mit Blutstammzellen sowie Inselzell-<br />
Transplantation bei fortgeschrittenem Diabetes mellitus<br />
in den USA und in Europa wurden vor kurzem alle klinischen Studien aufgrun<br />
<strong>von</strong> Todesfällen suspendiert, inzwischen aber unter verschärften Kontrollen<br />
wie<strong>der</strong> aufgenommen<br />
inzwischen erster Hinweis auf Entstehung eines Leberkarzinoms nach<br />
Verwendung lentiviraler Vektoren
Biotransformation durch Mikroorganismen<br />
Substanzproduktion für pharmazeutisch verwendete Produkte<br />
erfolgt durch<br />
• chemische Totalsynthese (z. B. Chloramphenicol)<br />
• Isolierung <strong>von</strong> Naturstoffen (z. B. Digitoxin)<br />
• Partialsynthese (z. B. Penicilline, Taxol)<br />
• Biokonversion (z. B. β-Methyldigitoxin in β-Methyldigoxin)<br />
• Biotransformation (z. B. Steroidhydroxylierung durch<br />
Mikroorganismen)
Biotransformation durch Mikroorganismen<br />
Vorteile <strong>der</strong> Biotransformation<br />
• hohe Regio- und Stereospezifität bei Einführung <strong>von</strong> Substituente<br />
• umweltschonende Verfahren<br />
Anwendung <strong>von</strong> Biotransformationen bei<br />
• Steroiden<br />
• Antibiotika<br />
• Kohlenhydraten<br />
• Alkaloiden
Strategie bei Biotransformationsreaktionen<br />
nicht Ersatz für gut etablierte chemische Verfahren, da <strong>der</strong><br />
Entwicklungs- und Optimierungsaufwand größer ist als bei<br />
chemischen Reaktionen<br />
Auffindung geeigneter Mikroorganismen durch Screening <strong>von</strong><br />
Stammsammlungen o<strong>der</strong> Wild-Proben<br />
Untersuchung und Optimierung <strong>der</strong> wichtigsten Faktoren zur Bildung<br />
<strong>der</strong> gewünschten Enzyme und zu ihrer Regulation<br />
Ausarbeiten eines Fermentationsverfahrens unter Prüfung einer<br />
Vielzahl <strong>von</strong> biologischen, physikochemischen und technischen<br />
Parametern
Strategie bei Biotransformationsreaktionen<br />
konomie <strong>der</strong> Biotransformation ist abhängig <strong>von</strong><br />
einer guten Produktausbeute bei guter Stoffbilanz (d. h. geringe Verluste an<br />
Ausgangs- und Endprodukt)<br />
niedrigen Rohstoffkosten (Nährlösung und Extraktionsverfahren)<br />
geringen Arbeitsvolumina in möglichst kurzer Zeit<br />
effizienter In-Prozeß-Kontrolle<br />
Beispiel: bei einem Wert <strong>von</strong> 0,01€ pro mg Substrat und einer<br />
Substanzkonzentration <strong>von</strong> 1 g pro L enthält ein 50 m 3 -Fermenter<br />
einen Substanzwert <strong>von</strong> 500.000 €
ichtige Reaktionstypen bei mikrobiellen Stoffumwandlungen
Auswahl häufig eingesetzter Mikroorganismen<br />
für mikrobielle Stoffumwandlungen
Industrielle Synthese <strong>von</strong> Ascorbinsäure
Industrielle Synthese <strong>von</strong> Ascorbinsäure<br />
mwandlung <strong>von</strong> D-Sorbit in L-Sorbose erfolgt durch Acetobacter suboxydans<br />
le an<strong>der</strong>en Schritte erfolgen chemisch
Hydroxylierungsreaktionen an Steroiden<br />
18<br />
2<br />
1<br />
19<br />
10<br />
11<br />
9<br />
8<br />
12<br />
13<br />
14<br />
17<br />
15<br />
16<br />
biotechnisch mögliche<br />
Hydroxylierungen<br />
in α-Position<br />
in β-Position<br />
3<br />
4<br />
5 7<br />
6<br />
durch Monooxygenasen katalysierte Hydroxylierungen:<br />
C H + O 2 + NAD(P)H + H + C OH + H 2 O + NAD(P) +
Hydroxylierungsreaktionen an Steroiden<br />
18<br />
3<br />
2<br />
4<br />
1<br />
19<br />
11<br />
10<br />
9<br />
6<br />
5 7<br />
8<br />
12<br />
14<br />
13<br />
17<br />
16<br />
15<br />
H<br />
tertiäre C-Atome lassen sich chemisch gut oxidieren (Orientierung des<br />
Substituenten ergibt sich durch Steroidgerüst; regiospezifische Reaktion<br />
erfor<strong>der</strong>lich!)<br />
sekundäre C-Atome können prinzipiell entwe<strong>der</strong> in α- o<strong>der</strong> β-Stellung oxidier<br />
werden (regio- und stereospezifische Reaktionen erfor<strong>der</strong>lich)
Partialsynthese <strong>von</strong> Steroiden<br />
H<br />
O<br />
H<br />
H<br />
O<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
HO<br />
Stigmasterin<br />
Diosgenin<br />
usgangsstoffe: leicht zugängliche Naturstoffe wie Diosgenin (aus Yamswurze<br />
ioscorea composita) o<strong>der</strong> Stigmasterin (aus Sojabohnen, Kokosfett o<strong>der</strong><br />
ckerrohr-Wachs)<br />
ster Schritt meist Hydrolyse <strong>der</strong> glykosidisch gebundenen Zucker
Partialsynthese <strong>von</strong> Steroiden<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
O<br />
OH<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
Progesteron<br />
11-Desoxycortisol<br />
(Substanz S)<br />
schließend chemische Umwandlung (oxidativer Abbau) zu Zwischenprodukte<br />
Progesteron o<strong>der</strong> 11-Desoxycortisol (Reichsteins Substanz S)
Hydroxylierung in 11α-Stellung<br />
O<br />
O<br />
HO<br />
H<br />
Aspergillus<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
Progesteron<br />
11α-Hydroxyprogesteron<br />
• Rhizopus- undAspergillus-Arten sind in <strong>der</strong> Lage, Progesteron regio- und<br />
stereospezifisch in 11-α-Stellung zu hydroxylieren<br />
• Entwicklung des Verfahrens bereits 1952: Durchbruch bei <strong>der</strong><br />
Kommerzialisierung <strong>von</strong> Nebennierenrinden-Hormonen
Hydroxylierung in 11α-Stellung<br />
O<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
HO<br />
O<br />
HO<br />
O<br />
H<br />
chemisch<br />
H<br />
chemisch<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
α-Hydroxyprogesteron<br />
11-Ketoprogesteron<br />
Cortisol<br />
nschließende Reaktionsschritte verlaufen chemisch, wobei zunächst an C-11<br />
xidiert, dann stereospezifisch reduziert, und anschließend an C-17 und C-21<br />
ydroxyliert wird
Hydroxylierung in 11α-Stellung<br />
O<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
HO<br />
HO<br />
O<br />
H<br />
Aspergillus<br />
H<br />
chemisch<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
Progesteron<br />
11α-Hydroxyprogesteron<br />
Cortisol<br />
⇒ letztendlich wird die erhaltene Chiralität an C-11 umgekehrt
11β-Hydroxylierung bzw. Einführung einer Ketogruppe<br />
HOH 2 C<br />
O<br />
HO<br />
OH<br />
H<br />
H<br />
H<br />
HOH 2 C<br />
H<br />
O<br />
OH<br />
Curvularia<br />
lunata<br />
O<br />
Cunninghamella<br />
blakesleana<br />
H H<br />
Cortisol<br />
O<br />
H<br />
HOH 2 C<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
11-Desoxycortisol<br />
(Substanz S)<br />
O<br />
H<br />
H<br />
Cortison<br />
• direkte 11β-Hydroxylierung ist möglich mit Hilfe <strong>von</strong> Curvularia lunata<br />
• Synthese <strong>von</strong> Cortison wird durchgeführt durch Oxidation mit<br />
Cunninghamella blakesleana (wahrscheinlich über 11-Hydroxy<strong>der</strong>ivat als<br />
Zwischenstufe)
Einführung einer Doppelbindung<br />
HOH 2 C<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
O<br />
HO<br />
OH<br />
HO<br />
OH<br />
H<br />
H<br />
Corynebacterium<br />
H<br />
H<br />
simplex<br />
H<br />
H<br />
O<br />
Cortisol<br />
Prednisolon<br />
die bakterielle Einführung einer Doppelbindung zwischen C-1 und C-2 ist alle<br />
chemischen Methoden bei weitem überlegen<br />
beson<strong>der</strong>s geeignet: Corynebacterium (bzw. Arthrobacter) simplex<br />
Prednisolon hat ähnliche physiologische Wirkungen wie Cortisol, ist aber<br />
therapeutisch viel wirksamer<br />
dieser Prozeß hat erhebliche kommerzielle Bedeutung
Seitenkettenabbau und Reduktion<br />
O<br />
O<br />
H<br />
Penicillium lilacinum<br />
H<br />
H<br />
H<br />
Gliocladium catenulatum<br />
H<br />
H<br />
O<br />
Progesteron<br />
Androsten-3,17-dion<br />
oxidativer Abbau <strong>der</strong> Seitenkette <strong>von</strong> Progesteron liefert Androsten-3,17-dion<br />
einen wichtigen Ausgangsstoff zur Synthese männlicher Sexualhormone<br />
verwendete Mikroorganismen: Penicillium, Gliocladium, Mycobacterium,<br />
Corynebacterium spp.
Seitenkettenabbau und Reduktion<br />
O<br />
OH<br />
H<br />
Saccharomyces sp.<br />
H<br />
H<br />
H<br />
> 90 % Ausbeute<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
Androsten-3,17-dion<br />
Testosteron<br />
stereospezifische Reduktion an C-17 ist möglich durch Saccharomyces sp.<br />
in hoher Ausbeute
Androsten-3,17-dion als Ausgangsstoff zur Synthese<br />
<strong>von</strong> Steroiden mit verschiedenen Wirkungen<br />
OH<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
Testosteron<br />
(androgen)<br />
O<br />
O<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
SCH 3<br />
Androsten-3,17-dion<br />
OH<br />
C<br />
CH<br />
Spironolacton<br />
(diuretisch)<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
Dimethisteron
Aromatisierung<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
Nocardia restrictus<br />
H<br />
H<br />
19-Hydroxycholesterinacetat<br />
HO<br />
Estron<br />
• vollständige Aromatisierung des Ringes A ist ebenfalls möglich<br />
• Nocardia restrictus ist in <strong>der</strong> Lage, zwei Dehydrierungen mit zwei<br />
Seitenketten-Abspaltungen zu verbinden
Aromatisierung<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
Nocardia restrictus<br />
H<br />
H<br />
19-Hydroxycholesterinacetat<br />
HO<br />
Estron<br />
• im einzelnen laufen dabei die folgenden Reaktionen ab:<br />
1) Bildung einer Doppelbindung (∆ 1,2 )<br />
2) Hydrolyse und Dehydrierung an C-3 unter Bildung <strong>der</strong> Ketoverbindung<br />
3) oxidative Abspaltung <strong>von</strong> C-19 mit Umlagerung <strong>von</strong> ∆ 5,6 zu ∆ 5,10<br />
4) Keto-Enol-Umlagerung zum aromatischen Ring<br />
5) oxidative Abspaltung <strong>der</strong> Seitenkette an C-17
Verwendung <strong>von</strong> immobilisierten Zellen<br />
HOH 2 C<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
O<br />
HOH 2 C<br />
OH<br />
HO<br />
OH<br />
HO<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
H<br />
11β-Hydroxylierung<br />
Curvularia<br />
lunata<br />
O<br />
H<br />
H<br />
∆ 1 -Dehydrierung<br />
Arthrobacter<br />
simplex<br />
O<br />
H<br />
H<br />
1-Desoxycortisol<br />
(Substanz S)<br />
Cortisol<br />
Prednisolon<br />
oren <strong>von</strong> Curvularia lunata werden in photovernetzbares Harz einpolymerisier<br />
ch Inkubation in einem Nährmedium entstehen lebende Mycelien mit hoher<br />
β-Hydroxylierungsaktivität<br />
rennt da<strong>von</strong> werden lebende Zellen <strong>von</strong> Arthrobacter simplex ebenfalls in ein<br />
l immobilisiert<br />
de Gele werden hintereinan<strong>der</strong> für die Reaktion eingesetzt<br />
Gele sind bei guter Ausbeute 25 Tage ohne Aktivitätsverlust für die Umwand<br />
n 11-Desoxycortisol zu Prednisolon einsetzbar
Weitere Beispiele für Biotransformationen<br />
a) Antibiotika<br />
OH<br />
H<br />
H<br />
N(CH 3 ) 2<br />
OH<br />
Curvularia<br />
lunata<br />
OH<br />
H<br />
H<br />
N(CH 3 ) 2<br />
OH<br />
OH O OH O<br />
12-Desoxytetracyclin<br />
CONH 2<br />
OH<br />
OH O OH O<br />
Tetracyclin<br />
CONH 2
Weitere Beispiele für Biotransformationen<br />
b) Alkaloide<br />
N<br />
H<br />
H<br />
N<br />
H<br />
Streptomyces sp.<br />
H<br />
H 3 COOC<br />
OH<br />
18α-Hydroxyyohimbin<br />
OH<br />
N<br />
H<br />
H<br />
H<br />
N<br />
H<br />
HO<br />
Pilze (Phycomyceten, Ascomyceten)<br />
N<br />
H<br />
H<br />
N<br />
H 3 COOC<br />
H<br />
Yohimbin<br />
OH<br />
H 3 COOC<br />
10-Hydroxyyohimbin<br />
O
DNA-Sequenzierung nach Sanger:<br />
Didesoxynukleotidmethode<br />
2‘,3‘-Didesoxy-CTP<br />
2‘-Desoxy-CTP<br />
<strong>Prinzip</strong>: wird ein Didesoxynukleotid (z. B. ddCTP) am Ende einer<br />
wachsenden DNA-Kette eingebaut, kommt die DNA-Synthese<br />
zum Stillstand, da keine weitere Verknüpfung zusätzlicher<br />
Nukleotide stattfinden kann
Kettenabbruch:<br />
DNA-Sequenzierung nach Sanger:<br />
Didesoxynukleotidmethode
Ablauf <strong>der</strong> DNA-Sequenzierung nach Sanger
Ablauf <strong>der</strong> DNA-Sequenzierung nach Sanger<br />
1) Sequenzierung beginnt mit <strong>der</strong> Anlagerung eines Primers<br />
(synthetischer Oligonukleotidstrang <strong>von</strong> ca. 15 - 25 Nukleotiden<br />
Länge) an die zu sequenzierende DNA<br />
2) Anlagerung des Primers ist Voraussetzung für DNA-Synthese durch<br />
DNA-Polymerase<br />
3) Reaktion findet parallel in vier Reaktionsgefäßen statt; jedes Gefäß<br />
enthält alle vier dNTPs (eines da<strong>von</strong> ist radioaktiv markiert) sowie ein<br />
Didesoxynukleotid (ddATP, ddCTP, ddGTP, ddGTP)<br />
4) molares Verhältnis dNTP:ddNTP ist ca. 200:1, damit Kettenabbruch<br />
statistisch verteilt an je<strong>der</strong> Stelle <strong>der</strong> wachsenden DNA-Kette<br />
stattfinden kann<br />
5) nach Beenden <strong>der</strong> DNA-Synthese enthält jedes Reaktionsgefäß<br />
DNA-Bruchstücke unterschiedlicher Länge, die aber alle jeweils mit
Ablauf <strong>der</strong> DNA-Sequenzierung nach Sanger
Ablauf <strong>der</strong> DNA-Sequenzierung nach Sanger<br />
6) synthetisierte DNA-Stränge werden durch denaturierende<br />
Polyacrylamid-Gelelektrophorese (SDS-PAGE) aufgetrennt; die<br />
Auflösung ist so hoch, daß DNA-Moleküle getrennt werden<br />
können, die sich in <strong>der</strong> Länge nur durch ein einziges Nukleotid<br />
unterscheiden<br />
7) die Sequenz <strong>der</strong> Nukleotide wird durch Reihenfolge <strong>der</strong> Banden<br />
im Autoradiogramm bestimmt (je kürzer, desto schneller<br />
wan<strong>der</strong>nd)<br />
⇒ maximal mögliche Auflösung: ca. 1000 bp<br />
⇒ größere DNA-Abschnitte können mit Restriktionsendonukleasen<br />
(möglichst überlappend) gespalten werden
Verbesserte Markierungsverfahren<br />
⇒ Ersetzen <strong>der</strong> radioaktiven Markierung durch Fluoreszenzfarbstoffe<br />
⇒ Nachweis durch spezifische Anregung mit Laserstrahlen<br />
Einführung fluoreszieren<strong>der</strong> Marker<br />
a) markierte Primer<br />
b) markierte dNTPs<br />
c) markierte ddNTPs<br />
‣ durch Einsatz verschiedener Farbstoffe mit unterschiedlichen<br />
Absorptionscharakteristika (Fluorescein, Texas Red,<br />
Tetramethylrhodamin und NBD) ist es möglich, die Sequenzierung<br />
auf einen einzigen Ansatz zu beschränken
Einfluß <strong>der</strong> Pyrophosphatase<br />
mit<br />
ohne
Online-Detektionssysteme<br />
• ermöglichen vollautomatische<br />
DNA-Sequenzierung<br />
• spezieller Scanning-Mechanismus:<br />
Lasergestützter Detektor gekoppelt<br />
an vertikale Gelelektrophorese-<br />
Apparatur<br />
• ortsaufgelöstes wird durch<br />
zeitaufgelöstes Bandenmuster<br />
ersetzt
Cycle-Sequencing mit thermostabilen DNA-Polymerasen<br />
• <strong>Prinzip</strong> ähnlich wie PCR<br />
• gleichzeitige Amplifikation und<br />
DNA-Sequenzierung<br />
• es wird nur ein Primer<br />
eingesetzt, deshalb nur eine<br />
lineare und keine exponentielle<br />
Amplifikation<br />
• thermisches Profil<br />
(Primerdenaturierung,<br />
Primerhybridisierung, DNA-<br />
Synthese) wird ca. 30 mal<br />
durchlaufen
Sequenzierungsprofil einer Amplitaq-FS-katalysierten<br />
Cycle-Sequencing-Reaktion
Doublex-DNA-Sequenzierung<br />
• Unterschied zu Cycle-<br />
Sequencing: mehrere Primer<br />
gleichzeitig<br />
• Amplifikation ist eher<br />
exponentiell als linear<br />
• thermisches Profil<br />
(Primerdenaturierung,<br />
Primerhybridisierung, DNA-<br />
Synthese) wird ca. 30 mal<br />
durchlaufen
Vollautomatische Sequenziermaschine
Vollautomatische Sequenziermaschine
Chemische DNA-Synthese<br />
Grundvoraussetzung: Festphasen-Synthese + Schutzgruppenchemie<br />
⇒ Reaktanden sind immobilisiert an Trägermaterialien; das jeweils<br />
reaktive Zentrum wird in jedem Schritt erst entschützt<br />
matrixgebundene Oligonukleotid-Synthese:<br />
1) Abspaltung <strong>der</strong> Dimethyltrityl-Schutzgruppe am 5‘-Ende
Chemische DNA-Synthese<br />
2) Kopplung an die<br />
3‘-Phosphoramidit-Gruppe<br />
des nächsten<br />
Desoxyribonukleosids
Chemische DNA-Synthese<br />
3) Acetylierung (“capping”) <strong>der</strong><br />
nicht abreagierten 5‘-Enden
Chemische DNA-Synthese<br />
4) Oxidation <strong>der</strong> Phosphitzur<br />
Phosphat-Funktion<br />
• Zykluszeit: < 40 min<br />
• bis 80 Zyklen möglich<br />
• Kosten: ca. 1 € pro Nukleotid
Anwendung <strong>von</strong> synthetischen RNA/DNA-<br />
Oligonukleotiden<br />
Gewinnung <strong>von</strong> (spezifischen) Primern für DNA-Sequenzierung o<strong>der</strong> PCR<br />
• Länge: meist 17 (bis 28) Nukleotide<br />
• mit Hilfe des Computers können Sequenzen in Zielgenen gefunden<br />
werden, die für eine bestimmte Spezies spezifisch sind<br />
• Analyse <strong>von</strong> konservierten Genabschnitten für die Erstellung<br />
molekulargenetischer Stammbäume<br />
• oft herangezogen: 16S-rRNA (bei Prokaryoten) o<strong>der</strong> 18S-rRNA (bei<br />
Eukaryoten) für die molekulare Taxonomie
Anwendung <strong>von</strong> synthetischen RNA/DNA-<br />
Oligonukleotiden<br />
RNA-Hybridisierungstechniken zum Nachweis <strong>von</strong> Bakterien in<br />
biologischem Material<br />
fluorescence in situ hybridization (FISH)<br />
<strong>Prinzip</strong>: an einen Fluoreszenzfarbstoff gekoppelte Oligonukleotide (Sonde)<br />
hybridisieren mit verschiedenen 16S-rRNA-Spezies und erlauben<br />
so einen in situ-Nachweis <strong>von</strong> Bakterien ohne vorherige<br />
Kultivierung
Wichtige Produzenten <strong>von</strong> Antibiotika<br />
• Gesamtmarktvolumen <strong>der</strong> Antibiotika 1990 ca. 3 Mrd. US$
Optimierung <strong>der</strong> Syntheseleistung <strong>von</strong> Antibiotikaproduzierenden<br />
Stämmen
Typischer Verlauf <strong>der</strong> Antibiotika-Produktion während<br />
<strong>der</strong> Fermentierung<br />
• Antibiotika-Produktion tritt häufig erst in <strong>der</strong> Idiophase auf
Typischer Verlauf <strong>der</strong> Antibiotika-Produktion während<br />
<strong>der</strong> Fermentierung<br />
• in vielen Fällen ist die Antibiotika-Produktion mit<br />
morphologischen Verän<strong>der</strong>ungen gekoppelt (Beispiel: Bacillus sp.)
Mechanismus <strong>der</strong> wachstumsphasen-abhängigen<br />
Aktivierung <strong>von</strong> Genen des Sekundärstoffwechsels<br />
formen <strong>der</strong> RNA-Polymerase: α-, β- und β‘-Untereinheiten werden konstitutiv<br />
primiert, verschiedene δ-Untereinheiten nur in bestimmten Wachstumsphase
Operonmodell <strong>der</strong> Regulation <strong>der</strong> Transkription<br />
• oft zusätzlich Katabolitrepression (Beispiele: Glucose bei Penicillinen,
Strategien zur <strong>Herstellung</strong> und Selektion<br />
hochproduktiver Mutanten<br />
• Beseitigung <strong>von</strong> “Flaschenhälsen” in <strong>der</strong>Intermediat- (Präkursor-)<br />
Bereitstellung für die gewünschten Biosynthesewege
Strategien zur <strong>Herstellung</strong> und Selektion<br />
hochproduktiver Mutanten<br />
• Beseitigung <strong>von</strong> Faktoren, die reprimierend auf die Genexpression o<strong>der</strong><br />
die Vorstufenbildung einwirken, z. B.<br />
a) Verhin<strong>der</strong>n <strong>von</strong> Katabolitrepression<br />
b) För<strong>der</strong>ung erhöhter Enzymspiegel an Synthetasen
Strategien zur <strong>Herstellung</strong> und Selektion<br />
hochproduktiver Mutanten<br />
• Unempfindlichkeit des Produzenten gegen das eigene Antibiotikum<br />
(z. B. durch Einfügen <strong>von</strong> Resistenzgenen, Transportproteinen)<br />
• Verhin<strong>der</strong>n <strong>der</strong> negativen Feedback-Regulation durch die gebildeten<br />
Sekundärstoffe
Biochemie und Molekularbiologie <strong>der</strong> Biogenese <strong>von</strong><br />
β-Lactam-Antibiotika<br />
• erster Schritt: Bildung eines Tripeptids (LLD-ACV) nach dem<br />
Thiotemplat-Mechanismus<br />
• Zyklisierung durch Isopenicillin N-Synthase<br />
• an dieser Stelle Verzweigung <strong>der</strong> Biosynthesewege zu den<br />
Penicillinen und den Cephalosporinen<br />
• Bildung <strong>von</strong> Penicillin N durch Epimerisierung in <strong>der</strong> Seitenke<br />
• Ringerweiterung durch Expandase<br />
• Hydroxylierung und Acetylierung führt schließlich zum<br />
Cephalosporin C<br />
⇒ Anwendung: z. B. Überexpression <strong>der</strong> Isopenicillin N-Syntha
Biotechnologische Penicillin-Synthese<br />
L-α-Aminoadipinsäure + L-Cystein + L-Valin<br />
δ(L-AAA) - L-Cys - D-Val<br />
HOOC<br />
H<br />
N<br />
H<br />
H<br />
S<br />
CH 3<br />
NH 2<br />
O<br />
N<br />
CH 3<br />
O<br />
COOH<br />
Isopenicillin N
Biotechnologische Penicillin-Synthese<br />
HOOC<br />
H<br />
N<br />
H<br />
H<br />
S<br />
CH 3<br />
NH 2<br />
O<br />
N<br />
CH 3<br />
O<br />
COOH<br />
Isopenicillin N<br />
Acyltransferase<br />
Penicillin-Amidase<br />
H<br />
N<br />
H<br />
H<br />
S<br />
CH 3<br />
H 2 N<br />
H<br />
H<br />
S<br />
CH 3<br />
O<br />
O<br />
N<br />
COOH<br />
CH 3<br />
chemische<br />
Spaltung<br />
O<br />
N<br />
COOH<br />
CH 3<br />
Penicillin G<br />
O<br />
H<br />
N<br />
H<br />
H<br />
S<br />
CH 3<br />
6-Aminopenicillansäure<br />
Ausgangstoff für partialsynthetische<br />
Penicilline<br />
O<br />
N<br />
O<br />
Penicillin V<br />
COOH<br />
CH 3<br />
Präkursordirigierte Biosynthese
Gentechnische Gewinnung <strong>von</strong> 7-ACA<br />
NH 2<br />
O<br />
O<br />
H<br />
N<br />
O<br />
Cephalosporin C<br />
O<br />
H<br />
N<br />
O<br />
H<br />
H<br />
H<br />
N<br />
H<br />
N<br />
S<br />
COOH<br />
S<br />
COOH<br />
Keto-AD-7-ACA<br />
Carboxy-5-oxopentanamido)-cephalosporansäure<br />
H 2 N<br />
O<br />
H<br />
H<br />
N<br />
S<br />
COOH<br />
O CH 3<br />
7-ACA<br />
7β-Aminocephalosporansäure<br />
D-Aminosäure-Oxidase<br />
Cephalosporin-Acylase<br />
O<br />
1<br />
2<br />
O CH 3<br />
O<br />
O CH 3<br />
O<br />
• 7-Aminocephalosporansäure ist ein<br />
wichtiger Ausgangsstoff zur<br />
<strong>Herstellung</strong> <strong>von</strong> partialsynthetischen<br />
Cephalosporinen<br />
• bislang wurde allerdings noch kein<br />
Mikroorganismus entdeckt, <strong>der</strong> 7-ACA<br />
synthetisiert<br />
• Cephalosporin C wird durch<br />
Acremonium chrysogenum erzeugt<br />
• in den Produzenten (Pilz) wurden zwe<br />
heterologe Gene übertragen:<br />
1) D-Aminosäure-Oxidase (aus dem<br />
Pilz Fusarium solani)<br />
2) Cephalosporin-Acylase (aus<br />
Pseudomonas chrysogenum)
O<br />
OH<br />
Reaktivierung „stummer“ Gene<br />
HO<br />
(H 3 C) 2 N CH 3<br />
N<br />
O<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
CH 3<br />
OH<br />
H 3 C<br />
CH 3<br />
OH<br />
O<br />
OH<br />
Indolizomycin<br />
Iremycin<br />
N<br />
H 3 C<br />
O<br />
CH 3<br />
OH<br />
O<br />
H 3 C CH 3<br />
N<br />
H<br />
Curromycin B<br />
OH<br />
CH 3 H 3 CO O<br />
HO<br />
H 3 C<br />
O<br />
N<br />
O<br />
CH 3<br />
CH 3<br />
• Grund: Expression <strong>von</strong> vorher “stummen” Genen infolge Aktivierung
O<br />
OH<br />
Reaktivierung „stummer“ Gene<br />
HO<br />
(H 3 C) 2 N CH 3<br />
N<br />
O<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
CH 3<br />
OH<br />
H 3 C<br />
CH 3<br />
OH<br />
O<br />
OH<br />
Indolizomycin<br />
Iremycin<br />
N<br />
H 3 C<br />
O<br />
CH 3<br />
OH<br />
O<br />
H 3 C CH 3<br />
N<br />
H<br />
Curromycin B<br />
OH<br />
CH 3 H 3 CO O<br />
HO<br />
H 3 C<br />
O<br />
N<br />
O<br />
CH 3<br />
CH 3<br />
• beobachtet nach Regeneration <strong>von</strong> Protoplasten o<strong>der</strong> Entfernung <strong>von</strong>
Mutasynthese und Hybridbiosynthese<br />
• Mutasynthese (mutational biosynthesis):<br />
Kulturen idiotropher Mutanten (Blockmutanten) werden strukturelle Analo<br />
<strong>von</strong> Biosyntheseintermediaten (Mutasynthons) als Ersatz für den
Mutasynthese und Hybridbiosynthese<br />
• Mutasynthese (mutational biosynthesis):<br />
– klassisches Beispiel: Bildung <strong>von</strong> Hybrimycinen in S. fradiae durch<br />
Füttern <strong>von</strong> synthetischen Zuckern
Mutasynthese und Hybridbiosynthese<br />
• Hybridbiosynthese: im <strong>Prinzip</strong> ähnlich, nur wird kein synthetisches<br />
Mutasynthon, son<strong>der</strong>n ein “biogenes” Mutasynthon einer an<strong>der</strong>en Art bzw<br />
eines an<strong>der</strong>en Stammes (ebenfalls Blockmutante) verwendet
Mutasynthese und Hybridbiosynthese<br />
• Hybridbiosynthese:<br />
– Beispiel: Bildung <strong>von</strong> Chimeramycinen durch S. ambofaciens
Mutasynthese und Hybridbiosynthese<br />
Ziel: Gewinnung <strong>von</strong> neuen Antibiotika (“non-natural natural products”) mit<br />
verbesserten Eigenschaften
Mutasynthese: Bildung <strong>von</strong> Hybrimycinen<br />
2-Desoxystreptamin-negativen Mutanten <strong>von</strong> Streptomyces fradiae wurden<br />
totalsynthetische Zucker wie Streptamin o<strong>der</strong> Epistreptamin zugesetzt<br />
Mutasynthons werden <strong>von</strong> den entsprechenden Enzymen als Substrat akzep<br />
und anstelle <strong>der</strong> “natürlichen” Zucker eingebaut
Mutasynthese: Bildung <strong>von</strong> Hybrimycinen<br />
• bislang wurden mehr als 40 mutasynthetische Aminoglykoside<br />
(Hybrimycine und Mutamycine) gewonnen; allerdings zeigte kein Derivat<br />
verbesserte Eigenschaften
Bildung <strong>von</strong> Chimeramycinen durch Hybridbiosynthese<br />
1) Streptomyces ambofaciens (Spiramycinbildner; Biosynthese des
Bildung <strong>von</strong> Chimeramycinen durch Hybridbiosynthese<br />
2) Streptomyces fradiae (Tylosinbildner; Aglykon: Protylonolid;
Bildung <strong>von</strong> Chimeramycinen durch Hybridbiosynthese<br />
Zugabe <strong>von</strong> Protylonolid zur Kultur <strong>von</strong> S. ambofaciens führt zur Bildung
Hybridbiosynthese mit molekulargenetischen Methoden<br />
N(CH 3 ) 2<br />
HO<br />
OH O CH 3<br />
O<br />
H 3 C<br />
O<br />
O<br />
H<br />
OH CH 3<br />
COOH<br />
O<br />
O<br />
H<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
2<br />
Me<strong>der</strong>mycin<br />
Streptomyces sp. AM-7161<br />
Actinorhodin<br />
Streptomyces coelicolor<br />
Einbringen des Actinorhodinbiosyntheseclusters<br />
aus S. coelicolor<br />
N(CH 3 ) 2<br />
HO<br />
OH O CH 3<br />
H 3 C<br />
O<br />
O<br />
H<br />
OH<br />
O<br />
H<br />
O<br />
Me<strong>der</strong>rhodin A<br />
O
Hybridbiosynthese mit molekulargenetischen Methoden<br />
Dihydrogranatirhodin<br />
OH OH O CH 3<br />
O<br />
H 3 C<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
H<br />
OH CH 3<br />
COOH<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
H<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
Granaticin<br />
Streptomyces violaceoruber<br />
O<br />
Actinorhodin<br />
Streptomyces coelicolor<br />
2<br />
Einbringen des Actinorhodinbiosyntheseclusters<br />
aus S. coelicolor<br />
OH<br />
OH O CH 3<br />
H 3 C<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
COOH<br />
OH<br />
O