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Methoden - Kapitel 3.4.
Die AMOVA wurde mit Hilfe der Website www.yhrd.org berechnet. Die Website
ermöglicht eine Berechnung von paarweisen R ST -Werten von maximal zehn dort
erfassten Populationen mit 10.000 Permutationen.
Die R ST -Werte liegen in der Regel zwischen 0 für identische Populationen und 1 für
sich absolut unterscheidende Populationen. Bei sehr nahverwandten Populationen
können die Werte auch leicht negativ sein. Auf Grundlage der erhaltenen Distanzmatrizen
wurden die Abstände für eine bessere Interpretation in einem Baumdiagramm
dargestellt, dazu wurde die Neighbor Joining-Methode (NJ) gewählt (Saitou
u. Nei 1987). Im Gegensatz zur UPGMA-Methode wird hierbei nicht nur ein Ausgangspunkt
für alle Populationen berechnet, sondern auch die genauen Beziehungen
untereinander. NJ basiert auf dem minimum evolution-Kriterium (Cavalli-Sforza u.
Edwards 1967), setzt jedoch keine molekulare Uhr voraus, so dass ein unbalancierter
Baum entsteht. Aufgrund der Einschränkungen bei der AMOVA über das Website-
Tool können als Grundlage für die Bäume nur die Distanzmatrices genutzt werden,
was zur Folge hat, dass keine bootstrap-Werte berechnet werden können. Da bei der
NJ-Methode nicht alle möglichen Bäume berechnet werden, kann es möglich sein,
dass nicht der optimale Baum dargestellt wird. Die Bäume wurden mit Hilfe der
Website http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?form=quicktree erstellt.
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