Öffnen - eDiss - Georg-August-Universität Göttingen

Methoden - Kapitel 3.4.
Nach der Aufreinigung wurde der gesamte Überstand in den Sequenzierer (DNA-
Sequencer Modell ABI Prism® 310Genetic Analyser, PE Applied Biosystems) eingebracht.
Die Produkte wurden mittels elektrophoretischer Auftrennung unter Verwendung
des Polymers Pop-6® (PE Applied Biosystems) analysiert, die Signale
wurden mit Hilfe der Analyse-Software ABI Prism® Sequencing Analysis (PE Applied
Biosystems) ausgewertet. Die Software stellt die Sequenz der Basen innerhalb
eines Elektropherogramms mittels spezifischer Farben dar (Adenin = grün, Cytosin =
blau, Guanin = schwarz und Thymin = rot).
Die ermittelten Sequenzdaten wurden anschließend mit der SeqMan Software (Lasergene
Software Paket, DNASTAR) überprüft und von Analyse- bzw. Lesefehlern
der Sequenzer-Software bereinigt (Salas et al. 2005). Für Nukleotidpositionen, an
denen mehr als eine Base realisiert war, wurde der entsprechende IUB-Code eingesetzt.
Die abschließende Auswertung und der Abgleich mit der Referenzsequenz erfolgte
mit Hilfe der Programme SeqMan und MegAlign (Lasergene Software Paket,
DNASTAR).
3.4.9. Statistische Auswertung
Autosomale STRs und Y-chromosomale Haplogruppen
Für die Genotypen der Individuen wurden zunächst die beobachtete und die erwartete
Heterozygotie bestimmt sowie auf Abweichungen zum Hardy-Weinberg-
Gleichgewichtet getestet. Dafür wurde die Software Arlequin Version 3.5.1.2
(Excoffier et al. 2005) verwendet. Der exakte Test wurde exakt mit der Markov-
Chain-Methode mit 1000000 Schritten durchgeführt, die dememorization steps-
Anzahl betrug 100000. Anschließend wurden die Häufigkeiten der Allele sowie der
Y-Haplogruppen verschiedener europäischer Populationen mit den gefundenen Häufigkeiten
aus der Kasseler Serie verglichen.
Exkurs: χ 2 -Tests
In der Statistik gibt es eine Reihe von Hypothesentests, deren Testprüfgröße χ 2 -
verteilt ist. Die χ 2 -Verteilung kann dabei von der Normalverteilung abgeleitet werden:
bei n unabhängigen und normalverteilten Zufallsvariablen Z i ist sie mit n Freiheitsgraden
definiert als die Verteilung der Summe der quadrierten Zufallsvariablen
Z 1
2
+ Z 2 2 +…+ Z n 2 . Die χ 2 -Verteilung wurde von Friedrich Robert Helmert im Jahr
1876 eingeführt und von Karl Pearson im Jahr 1900 so bezeichnet (Schmetterer
1966).
Die Hypothesentests, die auf der χ 2 -Verteilung basieren, werden vorrangig für drei
Arten des Testens verwendet:
Unabhängigkeitstest (stochastische Unabhängigkeit zweier Merkmale)
Verteilungstest (Sind die Daten auf eine bestimmte Weise verteilt?)
Homogenitätstest (Entstammen zwei oder mehr Stichproben einer homogenen
Grundgesamtheit?)
59